Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3949
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3949, 736 aa
1>>>pF1KE3949 736 - 736 aa - 736 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2397+/-0.000699; mu= 13.3745+/- 0.043
mean_var=137.6415+/-27.319, 0's: 0 Z-trim(115.4): 14 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.109320
statistics sampled from 15907 (15918) to 15907 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.489), width: 16
Scan time: 4.560
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS61027.1 P3H3 gene_id:10536|Hs108|chr12 ( 736) 5040 806.2 0
CCDS3294.1 P3H2 gene_id:55214|Hs108|chr3 ( 708) 1709 280.8 5.1e-75
CCDS46981.1 P3H2 gene_id:55214|Hs108|chr3 ( 527) 1360 225.7 1.5e-58
CCDS472.2 P3H1 gene_id:64175|Hs108|chr1 ( 736) 981 166.0 1.9e-40
CCDS53307.1 P3H1 gene_id:64175|Hs108|chr1 ( 697) 938 159.2 2e-38
CCDS57986.1 P3H1 gene_id:64175|Hs108|chr1 ( 804) 938 159.2 2.2e-38
>>CCDS61027.1 P3H3 gene_id:10536|Hs108|chr12 (736 aa)
initn: 5040 init1: 5040 opt: 5040 Z-score: 4299.4 bits: 806.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5040; 100.0% identity (100.0% similar) in 736 aa overlap (1-736:1-736)
10 20 30 40 50 60
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CCDS61 MLRLLRPLLLLLLLPPPGSPEPPGLTQLSPGAPPQAPDLLYADGLRAYAAGAWAPAVALL
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 REALRSQAALGRVRLDCGASCAADPGAALPAVLLGAPEPDSGPGPTQGSWERQLLRAALR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RADCLTQCAARRLGPGGAARLRVGSALRDAFRRREPYNYLQRAYYQLKKLDLAAAAAHTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 RADCLTQCAARRLGPGGAARLRVGSALRDAFRRREPYNYLQRAYYQLKKLDLAAAAAHTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 FVANPMHLQMREDMAKYRRMSGVRPQSFRDLETPPHWAAYDTGLELLGRQEAGLALPRLE
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CCDS61 FVANPMHLQMREDMAKYRRMSGVRPQSFRDLETPPHWAAYDTGLELLGRQEAGLALPRLE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 EALQGSLAQMESCRADCEGPEEQQGAEEEEDGAASQGGLYEAIAGHWIQVLQCRQRCVGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 TATRPGRSFPVPDFLPNQLRRLHEAHAQVGNLSQAIENVLSVLLFYPEDEAAKRALNQYQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 AQLGEPRPGLGPREDIQRFILRSLGEKRQLYYAMEHLGTSFKDPDPWTPAALIPEALREK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 AQLGEPRPGLGPREDIQRFILRSLGEKRQLYYAMEHLGTSFKDPDPWTPAALIPEALREK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 LREDQEKRPWDHEPVKPKPLTYWKDVLLLEGVTLTQDSRQLNGSERAVLDGLLTPAECGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 LREDQEKRPWDHEPVKPKPLTYWKDVLLLEGVTLTQDSRQLNGSERAVLDGLLTPAECGV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 LLQLAKDAAGAGARSGYRGRRSPHTPHERFEGLTVLKAAQLARAGTVGSQGAKLLLEVSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 LLQLAKDAAGAGARSGYRGRRSPHTPHERFEGLTVLKAAQLARAGTVGSQGAKLLLEVSE
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pF1KE3 RVRTLTQAYFSPERPLHLSFTHLVCRSAIEGEQEQRMDLSHPVHADNCVLDPDTGECWRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 RVRTLTQAYFSPERPLHLSFTHLVCRSAIEGEQEQRMDLSHPVHADNCVLDPDTGECWRE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 PPAYTYRDYSGLLYLNDDFQGGDLFFTEPNALTVTARVRPRCGRLVAFSSGVENPHGVWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 PPAYTYRDYSGLLYLNDDFQGGDLFFTEPNALTVTARVRPRCGRLVAFSSGVENPHGVWA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 VTRGRRCALALWHTWAPEHREQEWIEAKELLQESQEEEEEEEEEMPSKDPSPEPPSRRHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 VTRGRRCALALWHTWAPEHREQEWIEAKELLQESQEEEEEEEEEMPSKDPSPEPPSRRHQ
670 680 690 700 710 720
730
pF1KE3 RVQDKTGRAPRVREEL
::::::::::::::::
CCDS61 RVQDKTGRAPRVREEL
730
>>CCDS3294.1 P3H2 gene_id:55214|Hs108|chr3 (708 aa)
initn: 1625 init1: 858 opt: 1709 Z-score: 1460.4 bits: 280.8 E(32554): 5.1e-75
Smith-Waterman score: 1821; 42.2% identity (68.0% similar) in 727 aa overlap (7-709:9-706)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MLRLLRPLLLLL--LLPPP---GSPEPPGLT-QLSPGAPPQAPDLLYADGLRAYAAGA
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CCDS32 MRERIWAPPLLLLLPLLLPPPLWGGPPDSPRRELELEPG-PLQPFDLLYASGAAAYYSGD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 WAPAVALLREALRSQAALGRVRLDCGASCAADPGAALPAVLLGAPEPDSGPGPTQGSWER
. :: :. ::::. : ..: :. ::: :: : : ::: :
CCDS32 YERAVRDLEAALRSHRRLREIRTRCARHCAAR--HPLPP-----PPPGEGPGA-----EL
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 QLLRAALRRADCLTQCAARRLGPGGAARLRVGSALRDAFRRREPYNYLQRAYYQLKKLDL
:.:. : :: : .: ..::: : :.: ::. .:. :.:: ::::::::: .:..:.
CCDS32 PLFRSLLGRARCYRSCETQRLG-GPASRHRVSEDVRSDFQRRVPYNYLQRAYIKLNQLEK
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 AAAAAHTFFVANPMHLQMREDMAKYRRMSGVRPQSFRDLETPPHWAAYDTGLELLGRQEA
:. :::::::::: :..:.... .:: .::. .. : :. :: .:..:.. ..
CCDS32 AVEAAHTFFVANPEHMEMQQNIENYRATAGVEALQLVDREAKPHMESYNAGVKHYEADDF
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 GLALPRLEEALQGSLAQMESCRADCEGPEEQQGAEEEEDGAASQGGLYEAIAGHWIQVLQ
.:. ..:.::. ... ::. ::::.. :: . . ..::::::: :..:::
CCDS32 EMAIRHFEQALREYFVEDTECRTLCEGPQR----FEEYEYLGYKAGLYEAIADHYMQVLV
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 CRQRCVGETATRPGRSFPVPDFLPNQLRRLHEAHAQVGNLSQAIENVLSVLLFYPEDEAA
:...:: : :::::: :. .::: . :. :. .::. .:.: . . :: .:.:: .
CCDS32 CQHECVRELATRPGRLSPIENFLPLHYDYLQFAYYRVGEYVKALECAKAYLLCHPDDEDV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 KRALNQYQAQLGEP-RPG-LGPREDIQRFILRSLGEKRQLYYAMEHLGTSFKDPDPWTPA
.. :.. : . :. . :::. :. : :.. . : : :: :. .:. :
CCDS32 LDNVDYYESLLDDSIDPASIEAREDLTMFVKRHKLESELIKSAAEGLGFSYTEPNYW---
350 360 370 380 390
420 430 440 450
pF1KE3 ALIPEALREKLREDQEKRP--WDHEPVKPKPLTYWKDV-------------LLLEGVTLT
.: :.:... : . : .. . ... : . :: :..:..
CCDS32 ------IRYGGRQDENRVPSGVNVEGAEVHGFSMGKKLSPKIDRDLREGGPLLYENITFV
400 410 420 430 440 450
460 470 480 490 500 510
pF1KE3 QDSRQLNGSERAVLDGLLTPAECGVLLQLAKDAAGAGARSGYRGRRSPHTPHERFEGLTV
.:.::::..:..::..:. .: : ..:. .: .::::. :::::.:.::: ::
CCDS32 YNSEQLNGTQRVLLDNVLSEEQCRELHSVASGIMLVG--DGYRGKTSPHTPNEKFEGATV
460 470 480 490 500 510
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 LKAAQLARAGTVGSQGAKLLLEVSERVRTLTQAYFSPERPLHLSFTHLVCRSAIEGEQEQ
::: . . : : ..:.:. ..::..: ....:: . :..:.::.:::.:. :.:..
CCDS32 LKALKSGYEGRVPLKSARLFYDISEKARRIVESYFMLNSTLYFSYTHMVCRTALSGQQDR
520 530 540 550 560 570
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 RMDLSHPVHADNCVLDPDTGECWREPPAYTYRDYSGLLYLNDDFQGGDLFFTEPNALTVT
: :::::.:::::.:::...:::.::::::.::::.:::.::::.::...::: .: :::
CCDS32 RNDLSHPIHADNCLLDPEANECWKEPPAYTFRDYSALLYMNDDFEGGEFIFTEMDAKTVT
580 590 600 610 620 630
640 650 660 670 680 690
pF1KE3 ARVRPRCGRLVAFSSGVENPHGVWAVTRGRRCALALWHTWAPEHREQEWIEAKELLQ-ES
: ..:.:::...:::: :::::: :::.:.:::.::: : : .:: : :.: :.. .
CCDS32 ASIKPKCGRMISFSSGGENPHGVKAVTKGKRCAVALWFTLDPLYRELERIQADEVIAILD
640 650 660 670 680 690
700 710 720 730
pF1KE3 QEEEEEEEEEMPSKDPSPEPPSRRHQRVQDKTGRAPRVREEL
::.. ..: .. ::
CCDS32 QEQQGKHELNINPKDEL
700
>>CCDS46981.1 P3H2 gene_id:55214|Hs108|chr3 (527 aa)
initn: 1328 init1: 858 opt: 1360 Z-score: 1164.7 bits: 225.7 E(32554): 1.5e-58
Smith-Waterman score: 1363; 40.0% identity (70.0% similar) in 540 aa overlap (188-709:1-525)
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 NYLQRAYYQLKKLDLAAAAAHTFFVANPMHLQMREDMAKYRRMSGVRPQSFRDLETPPHW
..:.... .:: .::. .. : :. ::
CCDS46 MEMQQNIENYRATAGVEALQLVDREAKPHM
10 20 30
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 AAYDTGLELLGRQEAGLALPRLEEALQGSLAQMESCRADCEGPEEQQGAEEEEDGAASQG
.:..:.. .. .:. ..:.::. ... ::. ::::.. :: . . ..
CCDS46 ESYNAGVKHYEADDFEMAIRHFEQALREYFVEDTECRTLCEGPQR----FEEYEYLGYKA
40 50 60 70 80
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 GLYEAIAGHWIQVLQCRQRCVGETATRPGRSFPVPDFLPNQLRRLHEAHAQVGNLSQAIE
::::::: :..::: :...:: : :::::: :. .::: . :. :. .::. .:.:
CCDS46 GLYEAIADHYMQVLVCQHECVRELATRPGRLSPIENFLPLHYDYLQFAYYRVGEYVKALE
90 100 110 120 130 140
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 NVLSVLLFYPEDEAAKRALNQYQAQLGEP-RPG-LGPREDIQRFILRSLGEKRQLYYAME
. . :: .:.:: . .. :.. : . :. . :::. :. : :.. . : :
CCDS46 CAKAYLLCHPDDEDVLDNVDYYESLLDDSIDPASIEAREDLTMFVKRHKLESELIKSAAE
150 160 170 180 190 200
400 410 420 430 440
pF1KE3 HLGTSFKDPDPWTPAALIPEALREKLREDQEKRP--WDHEPVKPKPLTYWKDV-------
:: :. .:. : .: :.:... : . : .. . ... : .
CCDS46 GLGFSYTEPNYW---------IRYGGRQDENRVPSGVNVEGAEVHGFSMGKKLSPKIDRD
210 220 230 240 250
450 460 470 480 490 500
pF1KE3 ------LLLEGVTLTQDSRQLNGSERAVLDGLLTPAECGVLLQLAKDAAGAGARSGYRGR
:: :..:.. .:.::::..:..::..:. .: : ..:. .: .::::.
CCDS46 LREGGPLLYENITFVYNSEQLNGTQRVLLDNVLSEEQCRELHSVASGIMLVG--DGYRGK
260 270 280 290 300 310
510 520 530 540 550 560
pF1KE3 RSPHTPHERFEGLTVLKAAQLARAGTVGSQGAKLLLEVSERVRTLTQAYFSPERPLHLSF
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CCDS46 TSPHTPNEKFEGATVLKALKSGYEGRVPLKSARLFYDISEKARRIVESYFMLNSTLYFSY
320 330 340 350 360 370
570 580 590 600 610 620
pF1KE3 THLVCRSAIEGEQEQRMDLSHPVHADNCVLDPDTGECWREPPAYTYRDYSGLLYLNDDFQ
::.:::.:. :.:..: :::::.:::::.:::...:::.::::::.::::.:::.::::.
CCDS46 THMVCRTALSGQQDRRNDLSHPIHADNCLLDPEANECWKEPPAYTFRDYSALLYMNDDFE
380 390 400 410 420 430
630 640 650 660 670 680
pF1KE3 GGDLFFTEPNALTVTARVRPRCGRLVAFSSGVENPHGVWAVTRGRRCALALWHTWAPEHR
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CCDS46 GGEFIFTEMDAKTVTASIKPKCGRMISFSSGGENPHGVKAVTKGKRCAVALWFTLDPLYR
440 450 460 470 480 490
690 700 710 720 730
pF1KE3 EQEWIEAKELLQ-ESQEEEEEEEEEMPSKDPSPEPPSRRHQRVQDKTGRAPRVREEL
: : :.: :.. .::.. ..: .. ::
CCDS46 ELERIQADEVIAILDQEQQGKHELNINPKDEL
500 510 520
>>CCDS472.2 P3H1 gene_id:64175|Hs108|chr1 (736 aa)
initn: 1826 init1: 818 opt: 981 Z-score: 839.6 bits: 166.0 E(32554): 1.9e-40
Smith-Waterman score: 1931; 44.5% identity (69.8% similar) in 706 aa overlap (37-714:35-720)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 PLLLLLLLPPPGSPEPPGLTQLSPGAPPQAPDLLYADGLRAYAAGAWAPAVALLREALRS
::::.:.: ::: : : .: ...::::
CCDS47 ALKLLTTLLAVVAAASQAEVESEAGWGMVTPDLLFAEGTAAYARGDWPGVVLSMERALRS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 QAALGRVRLDCGASCAADPGAALPAVLLGAPEPDSGPGPTQGSWERQL-----LRAALRR
.::: .:: : ..:::: .: : .:: .:.:.:.: : . . :::
CCDS47 RAALRALRLRCRTQCAAD----FPWEL----DPDWSPSPAQASGAAALRDLSFFGGLLRR
70 80 90 100 110
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pF1KE3 ADCLTQCAARRLGPGGAARLRVGSALRDAFRRREPYNYLQRAYYQLKKLDLAAAAAHTFF
: :: .: ::: .: : . .. ::.: :::::: ::....::. :.:::::::
CCDS47 AACLRRC----LGPPAAHSL--SEEMELEFRKRSPYNYLQVAYFKINKLEKAVAAAHTFF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VANPMHLQMREDMAKYRRMSGVRPQSFRDLETPPHWAAYDTGLELLGRQEAGLALPRLEE
:.:: :..:.... :. ::::. .:.:::: :: . :..: .... :.:.::
CCDS47 VGNPEHMEMQQNLDYYQTMSGVKEADFKDLETQPHMQEFRLGVRLYSEEQPQEAVPHLEA
180 190 200 210 220 230
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pF1KE3 ALQGSLAQMESCRADCEGPEEQQGAEEEEDGAASQGGLYEAIAGHWIQVLQCRQRCVGET
::: .. .: ::: :::: . .: . : .: :..::. :.::::.:.: :: :
CCDS47 ALQEYFVAYEECRALCEGPYDYDGYNYLEYNA----DLFQAITDHYIQVLNCKQNCVTEL
240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 ATRPGRSFPVPDFLPNQLRRLHEAHAQVGNLSQAIENVLSVLLFYPEDEAAKRALNQYQA
:..:.: : ::::.. :. :. ..:: .::.: . . :::.:.::. .. : : :
CCDS47 ASHPSREKPFEDFLPSHYNYLQFAYYNIGNYTQAVECAKTYLLFFPNDEVMNQNLAYYAA
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 QLGEPRP-GLGPREDIQRFILRSLGEKRQLYYAMEHLGTSFKDPDPWTPAALIPEALREK
.::: . ..::::. ... ::: ::. :..:.. .: : ::: ::: .::. :.::
CCDS47 MLGEEHTRSIGPRESAKEYRQRSLLEKELLFFAYDVFGIPFVDPDSWTPEEVIPKRLQEK
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460
pF1KE3 LREDQEK-------------------RPWDHEPVKPKPLTYWKDVLLLEGVTLTQDSRQL
. ..: . .: . . :: :: ::..::..:. :
CCDS47 QKSERETAVRISQEIGNLMKEIETLVEEKTKESLDVSRLTREGGPLLYEGISLTMNSKLL
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KE3 NGSERAVLDGLLTPAECGVLLQLAKDAAGAGARSGYRGRRSPHTPHERFEGLTVLKAAQL
:::.:.:.::... :: : .:.. :: .: .::::. :::::.:.: :.::.:: .:
CCDS47 NGSQRVVMDGVISDHECQELQRLTNVAATSG--DGYRGQTSPHTPNEKFYGVTVFKALKL
470 480 490 500 510 520
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pF1KE3 ARAGTVGSQGAKLLLEVSERVRTLTQAYFSPERPLHLSFTHLVCRSAIEGEQEQRMDLSH
.. : : :.:.: .:.:.:: . ..:: . ::..:..:::::.::: : .: : ::
CCDS47 GQEGKVPLQSAHLYYNVTEKVRRIMESYFRLDTPLYFSYSHLVCRTAIEEVQAERKDDSH
530 540 550 560 570 580
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pF1KE3 PVHADNCVLDPDTGECWREPPAYTYRDYSGLLYLNDDFQGGDLFFTEPNALTVTARVRPR
:::.:::.:. .: : .::::::.::::..:::: ::.::...::: .: ::::.:.:.
CCDS47 PVHVDNCILNAETLVCVKEPPAYTFRDYSAILYLNGDFDGGNFYFTELDAKTVTAEVQPQ
590 600 610 620 630 640
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pF1KE3 CGRLVAFSSGVENPHGVWAVTRGRRCALALWHTWAPEHREQEWIEAKELLQE--SQEEEE
::: :.::::.:::::: :::::.:::.::: : :.: :.. ..: .:.. : :: .
CCDS47 CGRAVGFSSGTENPHGVKAVTRGQRCAIALWFTLDPRHSERDRVQADDLVKMLFSPEEMD
650 660 670 680 690 700
700 710 720 730
pF1KE3 -EEEEEMPSKDPSPEPPSRRHQRVQDKTGRAPRVREEL
.:. . ... :::
CCDS47 LSQEQPLDAQQGPPEPAQESLSGSESKPKDEL
710 720 730
>>CCDS53307.1 P3H1 gene_id:64175|Hs108|chr1 (697 aa)
initn: 1920 init1: 783 opt: 938 Z-score: 803.3 bits: 159.2 E(32554): 2e-38
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]