FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3347, 1027 aa 1>>>pF1KE3347 1027 - 1027 aa - 1027 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2629+/-0.000398; mu= -6.0278+/- 0.025 mean_var=305.0254+/-62.940, 0's: 0 Z-trim(121.0): 95 B-trim: 283 in 1/57 Lambda= 0.073436 statistics sampled from 36895 (36994) to 36895 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.746), E-opt: 0.2 (0.434), width: 16 Scan time: 12.510 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004632 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform a [ (1027) 6799 734.7 6e-211 NP_001182555 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform (1068) 3950 432.9 4.5e-120 NP_001311226 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform ( 823) 2778 308.7 8.7e-83 NP_005928 (OMIM: 600328) protein AF-17 [Homo sapie (1093) 1540 177.6 3.3e-43 XP_006721974 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF- (1067) 1481 171.3 2.5e-41 XP_016880139 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF- ( 652) 1467 169.7 4.6e-41 XP_016880138 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF- ( 657) 1467 169.7 4.7e-41 XP_016880137 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF- ( 889) 711 89.7 7.7e-17 NP_001182557 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform ( 179) 609 78.5 3.7e-14 NP_001182559 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform ( 179) 609 78.5 3.7e-14 NP_001311225 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform ( 179) 609 78.5 3.7e-14 NP_001182556 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform ( 126) 594 76.8 8.3e-14 NP_001305978 (OMIM: 602410) peregrin isoform 3 [Ho (1119) 614 79.5 1.2e-13 XP_005265509 (OMIM: 602410) PREDICTED: peregrin is (1125) 614 79.5 1.2e-13 NP_001305979 (OMIM: 602410) peregrin isoform 4 [Ho (1213) 614 79.5 1.2e-13 NP_004625 (OMIM: 602410) peregrin isoform 2 [Homo (1214) 614 79.5 1.2e-13 XP_005265507 (OMIM: 602410) PREDICTED: peregrin is (1219) 614 79.5 1.2e-13 NP_001003694 (OMIM: 602410) peregrin isoform 1 [Ho (1220) 614 79.5 1.2e-13 XP_005265506 (OMIM: 602410) PREDICTED: peregrin is (1247) 614 79.5 1.3e-13 XP_011532403 (OMIM: 602410) PREDICTED: peregrin is (1248) 614 79.5 1.3e-13 XP_011532404 (OMIM: 602410) PREDICTED: peregrin is (1248) 614 79.5 1.3e-13 XP_016884210 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain ( 941) 584 76.3 9.1e-13 XP_016884209 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain ( 955) 584 76.3 9.2e-13 XP_016884208 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain ( 958) 584 76.3 9.2e-13 XP_016884207 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain (1023) 584 76.3 9.8e-13 NP_001291738 (OMIM: 604589) bromodomain-containing (1058) 584 76.3 1e-12 XP_016884203 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain (1187) 584 76.3 1.1e-12 XP_016884204 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain (1189) 584 76.3 1.1e-12 XP_016884206 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain (1189) 584 76.3 1.1e-12 XP_016884205 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain (1189) 584 76.3 1.1e-12 NP_001291737 (OMIM: 604589) bromodomain-containing (1189) 584 76.3 1.1e-12 XP_011512794 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain ( 832) 567 74.4 2.9e-12 XP_016866231 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1088) 567 74.5 3.6e-12 XP_011512793 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1131) 567 74.5 3.7e-12 XP_011512792 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1144) 567 74.5 3.7e-12 XP_011512791 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1205) 567 74.5 3.9e-12 NP_056510 (OMIM: 616856) bromodomain and PHD finge (1205) 567 74.5 3.9e-12 XP_005249068 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1205) 567 74.5 3.9e-12 XP_005249067 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1205) 567 74.5 3.9e-12 NP_001274370 (OMIM: 610514) protein Jade-1 isoform ( 509) 486 65.7 7.3e-10 NP_079176 (OMIM: 610514) protein Jade-1 isoform 2 ( 509) 486 65.7 7.3e-10 XP_016864115 (OMIM: 610514) PREDICTED: protein Jad ( 529) 486 65.7 7.6e-10 XP_016864116 (OMIM: 610514) PREDICTED: protein Jad ( 529) 486 65.7 7.6e-10 NP_001274366 (OMIM: 610514) protein Jade-1 isoform ( 830) 486 65.8 1.1e-09 XP_005263289 (OMIM: 610514) PREDICTED: protein Jad ( 842) 486 65.9 1.1e-09 NP_001274368 (OMIM: 610514) protein Jade-1 isoform ( 842) 486 65.9 1.1e-09 NP_001274369 (OMIM: 610514) protein Jade-1 isoform ( 842) 486 65.9 1.1e-09 NP_001274371 (OMIM: 610514) protein Jade-1 isoform ( 842) 486 65.9 1.1e-09 NP_955352 (OMIM: 610514) protein Jade-1 isoform 1 ( 842) 486 65.9 1.1e-09 NP_001274372 (OMIM: 610514) protein Jade-1 isoform ( 842) 486 65.9 1.1e-09 >>NP_004632 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform a [Homo (1027 aa) initn: 6799 init1: 6799 opt: 6799 Z-score: 3908.2 bits: 734.7 E(85289): 6e-211 Smith-Waterman score: 6799; 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NP_005 SQAESSHTEPDLEDCS--FRCRGTSPQESLSSMSPISSLPALFDQTASAPCGGGQLDPAA 640 650 660 670 680 690 730 740 750 760 770 780 pF1KE3 PVAASIEQLLERQWSEGQQFLLEQGTPSDILGMLKSLHQLQVENRRLEEQIKNLTAKKER : ....:::::.: ..: : :. .:. :::.:: :: ::.::.::: .::::::: NP_005 PGTTNMEQLLEKQ-GDG-----EAGV--NIVEMLKALHALQKENQRLQEQILSLTAKKER 700 710 720 730 740 790 800 810 820 830 840 pF1KE3 LQLLNAQLSVPFPTITAN-PSPSHQI---HTFSAQTAPTTDSLNSSKSPHIGNSFLPDNS ::.::.:::::::.. : :. . . . . : : ..:::..:::: .:. ::: NP_005 LQILNVQLSVPFPALPAALPAANGPVPGPYGLPPQ-AGSSDSLSTSKSPPGKSSLGLDNS 750 760 770 780 790 800 850 860 870 880 890 pF1KE3 LPVLNQDLTSSGQSTSSSSALS---TPPPAG---QSPAQQGSGVSGV------QQVNGVT : . ..: :: . :::.:: :::: :::: .. :. : ::. NP_005 LSTSSED-PHSGCPSRSSSSLSFHSTPPPLPLLQQSPATLPLALPGAPAPLPPQPQNGL- 810 820 830 840 850 860 900 910 920 930 940 pF1KE3 VGALASGMQPVTSTIPAVSAVGGIIGALPGNQ-LAINGIVGALNGVMQTPVTMSQNPTPL : : .. . :. . :..:.: :. : .::..:.:::. . ::. : NP_005 ------GRAPGAAGLGAMPMAEGLLGGLAGSGGLPLNGLLGGLNGAA------APNPASL 870 880 890 900 910 950 960 970 980 990 1000 pF1KE3 THTTVPPNATHPMPATLTNSASGLGLLSDQQRQILIHQ----QQFQQLLNSQQLTPVHRH ... : : .:. : :: :..:::..: .: ::.:::: : :::: :. NP_005 SQAGGAP--TLQLPGCL-NS------LTEQQRHLLQQQEQQLQQLQQLLASPQLTPEHQT 920 930 940 950 960 1010 1020 pF1KE3 PHFTQLPPTHFSPSMEIMQVRK NP_005 VVYQMIQQIQQKRELQRLQMAGGSQLPMASLLAGSSTPLLSAGTPGLLPTASAPPLLPAG 970 980 990 1000 1010 1020 >>XP_006721974 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF-17 i (1067 aa) initn: 1830 init1: 1322 opt: 1481 Z-score: 863.0 bits: 171.3 E(85289): 2.5e-41 Smith-Waterman score: 2236; 42.7% identity (64.8% similar) in 1055 aa overlap (18-1004:1-938) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MVSSDRPVSLEDEVSHSMKEMIGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHGCSVAVHQACYGIVQ ::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::::::::: XP_006 MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQ 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VPTGPWFCRKCESQERAARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVSTM ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: XP_006 VPTGPWFCRKCESQERAARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVLTM 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 EPIVLQSVPHDRYNKTCYICDEQGRESKAATGACMTCNKHGCRQAFHVTCAQFAGLLCEE :::::: :::::.:::::::.:::::::::.:::::::.:::::::::::::.::::::: XP_006 EPIVLQYVPHDRFNKTCYICEEQGRESKAASGACMTCNRHGCRQAFHVTCAQMAGLLCEE 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 pF1KE3 EGNGADNVQYCGYCKYHFSKLKKSKRGSNR--------------------SYDQSLSDSS : .:::.:::::::::::.: :...:. : .: : : XP_006 EVLEVDNVKYCGYCKYHFSKMKTSRHSSGGGGGGAGGGGGSMGGGGSGFISGRRSRSASP 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 SHSQDKH---HEK-EKKKYKEKDKHKQKHKKQPEPSPA-LVPSLTVTTEKTYTSTSNNSI : .:.:: ::. .::. :.:.. ::::::.:: :. :.: .. :..:. .:.:..: XP_006 STQQEKHPTHHERGQKKSRKDKERLKQKHKKRPESPPSILTPPVVPTADKVSSSASSSS- 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 SGSLKRLEDTTARFTNANFQEVSAHTSSGKDVSETRGSEGKGKKSSAHSSGQRGRKPGGG : .: ...::. . :.::::::.:: ...:.: ..: XP_006 -----------------------HHEASTQETSES-SRESKGKKSSSHSLSHKGKKLSSG 290 300 310 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 RNPGTTVSAASPFPQGSFSGTPGSVKSSSGSSVQSPQDFLSFTDSDLRNDSYSHSQQSSA . ::. . : .::. : ....:.. :. . . . : : XP_006 K-----VSSLQSSP--DFSAFP---------KLEQPEE-----DKYSKPTAPAPSAPPSP 320 330 340 350 400 410 420 430 440 pF1KE3 TK-DVHKGESGSQEGGVNSFSTLIGLPSTSAVTSQPKSFENSPGDLGNSSLPTAG----- . . :.. :. ..:. .. . .:.. ... .. :::: . . .: XP_006 SAPEPPKADLFEQKVVFSGFGPIMRFSTTTSSSGRARA--PSPGDYKSPHVTGSGASAGT 360 370 380 390 400 410 450 460 470 480 490 500 pF1KE3 YKR----AQTSGIEEET----VKEKKRKGNKQSKHGPGRPKGNKNQENVSHLSVSSASPT .:: . : .:: .::::.:..:.:.::::::::..:.:... . :.:. 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XP_016 -GPAAPSLPSAQLAGFTATAA---SP--FSGGSLVS-----SGLGGLSSRTFGPSGSLPS 500 510 520 530 540 560 570 580 590 600 610 pF1KE3 TTF-SELLNAIHNDRGDSSTLTKQELKFIGIYNSNDVAVSFPNVVSGSGSSTPVSSSHLP .. : ::.: :::.:: .: . . . :::.::: : XP_016 LSLESPLLGA-------------------GIYTSNKDPISHSGGMLRAVCSTPLSSSLLG 550 560 570 580 620 630 640 650 660 670 pF1KE3 QQSSGHLQQVGALSP--SAVSSAAPAVATTQANTLSGSSLSQAPSHMYGNRSNSSMAALI ... : .. . :: :.. :.. ...:::. .:.::..: .:..:. ... :. XP_016 PPGTSALPRL-SRSPFTSTLPSSSASISTTQVFSLAGSTFSLPSTHIFGT-PMGAVNPLL 590 600 610 620 630 680 690 700 710 720 730 pF1KE3 AQSENNQTDQDLGDNSRNLVGRGSSPRGSLSPRSPVSSLQIRYDQPGNSSLENLPPVAAS .:.:...:: : XP_016 SQAESSHTDPRKGIGRWI 640 650 >>XP_016880137 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF-17 i (889 aa) initn: 718 init1: 213 opt: 711 Z-score: 423.3 bits: 89.7 E(85289): 7.7e-17 Smith-Waterman score: 1053; 33.8% identity (60.3% similar) in 846 aa overlap (214-1004:13-760) 190 200 210 220 230 pF1KE3 GADNVQYCGYCKYHFSKLKKSKRGSNRSYDQSLSDSSSHSQDKH---HEK-EKKKYKEKD .: : : : .:.:: ::. .::. :.:. 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XP_016 GPFQPAVSSLQSSPDFSAFPKLEQPEEDKYSKPTAPAPSAPPSPSAPEPPKADLFEQKVV 140 150 160 170 180 190 420 430 440 450 460 pF1KE3 VNSFSTLIGLPSTSAVTSQPKSFENSPGDLGNSSLPTAG-----YKR----AQTSGIEEE ..:. .. . .:. .:. .. :::: . . .: .:: . : .: XP_016 FSGFGPIMRFSTTT--SSSGRARAPSPGDYKSPHVTGSGASAGTHKRMPALSATPVPADE 200 210 220 230 240 250 470 480 490 500 510 pF1KE3 T----VKEKKRKGNKQSKHGPGRPKGNKNQENVSHLSVSSASPTSSVASAAGSITSSSLQ : .::::.:..:.:.::::::::..:.:... . :.:. :. :: .... XP_016 TPETGLKEKKHKASKRSRHGPGRPKGSRNKEGTG----GPAAPSLPSAQLAGFTATAA-- 260 270 280 290 300 520 530 540 550 560 570 pF1KE3 KSPTLLRNGSLQSLSVGSSPVGSEISMQYRHDGACPTTTF-SELLNAIHNDRGDSSTLTK :: . .::: : : .:. : . .:. :. .. : ::.: XP_016 -SP--FSGGSLVS-----SGLGGLSSRTFGPSGSLPSLSLESPLLGA------------- 310 320 330 340 580 590 600 610 620 630 pF1KE3 QELKFIGIYNSNDVAVSFPNVVSGSGSSTPVSSSHLPQQSSGHLQQVGALSP--SAVSSA :::.:: .: . . . :::.::: : ... : .. . :: :.. :. 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XP_016 ---LTEQQRHLLQQQEQQLQQLQQLLASPQLTPEHQTVVYQMIQQIQQKRELQRLQMAGG 730 740 750 760 770 780 XP_016 SQLPMASLLAGSSTPLLSAGTPGLLPTASAPPLLPAGALVAPSLGNNTSLMAAAAAAAAV 790 800 810 820 830 840 >>NP_001182557 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform e [H (179 aa) initn: 594 init1: 594 opt: 609 Z-score: 375.2 bits: 78.5 E(85289): 3.7e-14 Smith-Waterman score: 609; 74.6% identity (80.3% similar) in 122 aa overlap (1-117:1-117) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MVSSDRPVSLEDEVSHSMKEMIGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHGCSVAVHQACYGIVQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MVSSDRPVSLEDEVSHSMKEMIGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHGCSVAVHQACYGIVQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 VPTGPWFCRKCESQERAARVR-CELCPHKDGALKRTDN--GGWA--HVVCALYIPEVQFA :::::::::::::::::::: :. : : ..: :. : .:: :. . 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