Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5045
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5045, 653 aa
1>>>pF1KB5045 653 - 653 aa - 653 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6495+/-0.000563; mu= -4.0219+/- 0.034
mean_var=265.5117+/-56.170, 0's: 0 Z-trim(112.2): 456 B-trim: 0 in 0/59
Lambda= 0.078710
statistics sampled from 20579 (21106) to 20579 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.59), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 9.120
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011514763 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 4352 509.1 2e-143
NP_071426 (OMIM: 610486) leucine-rich repeat-conta ( 653) 4352 509.1 2e-143
XP_016867994 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 4352 509.1 2e-143
XP_011518540 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873561 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518545 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518542 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518541 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873562 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873565 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873564 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873566 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518544 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873568 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873567 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
NP_001245348 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-co ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873559 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518546 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518543 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873560 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873563 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
NP_065980 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-conta ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_005271426 (OMIM: 608869,615112) PREDICTED: leuc ( 958) 617 85.1 1.3e-15
NP_001288123 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 505 72.2 6.2e-12
NP_001288128 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 505 72.2 6.2e-12
NP_001288129 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 505 72.2 6.2e-12
NP_001288118 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 505 72.2 6.2e-12
NP_001288115 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 505 72.2 6.2e-12
NP_001288120 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 505 72.2 6.2e-12
NP_001288124 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 505 72.2 6.2e-12
NP_001288121 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 505 72.2 6.2e-12
XP_016878171 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 505 72.2 6.2e-12
NP_001288126 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 505 72.2 6.2e-12
NP_001288116 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 505 72.2 6.2e-12
NP_001288127 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 505 72.2 6.2e-12
XP_011520420 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 505 72.2 6.2e-12
NP_116197 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and i ( 620) 505 72.2 6.2e-12
XP_016869794 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 468 68.0 1.1e-10
XP_016869793 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 468 68.0 1.1e-10
XP_011516021 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 468 68.0 1.1e-10
XP_016869795 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 468 68.0 1.1e-10
NP_689783 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat and i ( 606) 468 68.0 1.1e-10
NP_001245211 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat an ( 606) 468 68.0 1.1e-10
XP_016869792 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 468 68.0 1.1e-10
XP_016869796 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 468 68.0 1.1e-10
XP_011516026 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 468 68.0 1.1e-10
XP_011516030 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 468 68.0 1.1e-10
XP_016861623 (OMIM: 608868) PREDICTED: leucine-ric (1068) 460 67.3 3.3e-10
NP_056356 (OMIM: 608868) leucine-rich repeats and (1093) 460 67.3 3.3e-10
NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat an ( 593) 451 66.1 4.2e-10
>>XP_011514763 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-rich re (653 aa)
initn: 4352 init1: 4352 opt: 4352 Z-score: 2695.8 bits: 509.1 E(85289): 2e-143
Smith-Waterman score: 4352; 100.0% identity (100.0% similar) in 653 aa overlap (1-653:1-653)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KB5 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
610 620 630 640 650
>>NP_071426 (OMIM: 610486) leucine-rich repeat-containin (653 aa)
initn: 4352 init1: 4352 opt: 4352 Z-score: 2695.8 bits: 509.1 E(85289): 2e-143
Smith-Waterman score: 4352; 100.0% identity (100.0% similar) in 653 aa overlap (1-653:1-653)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KB5 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
610 620 630 640 650
>>XP_016867994 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-rich re (653 aa)
initn: 4352 init1: 4352 opt: 4352 Z-score: 2695.8 bits: 509.1 E(85289): 2e-143
Smith-Waterman score: 4352; 100.0% identity (100.0% similar) in 653 aa overlap (1-653:1-653)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KB5 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
610 620 630 640 650
>>XP_011518540 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-rich re (640 aa)
initn: 2312 init1: 1702 opt: 2295 Z-score: 1433.5 bits: 275.5 E(85289): 4.1e-73
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10 20 30 40 50
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pF1KB5 TQI
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XP_016 TQI
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653 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]