FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4120, 503 aa 1>>>pF1KE4120 503 - 503 aa - 503 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9801+/-0.00051; mu= 8.4057+/- 0.031 mean_var=526.9698+/-127.001, 0's: 0 Z-trim(118.1): 1114 B-trim: 1748 in 1/57 Lambda= 0.055870 statistics sampled from 28868 (30632) to 28868 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.705), E-opt: 0.2 (0.359), width: 16 Scan time: 9.500 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001092740 (OMIM: 611692) zinc finger and BTB do ( 500) 1254 116.7 1.6e-25 XP_011517001 (OMIM: 611692) PREDICTED: zinc finger ( 504) 1254 116.7 1.6e-25 XP_005252046 (OMIM: 611692) PREDICTED: zinc finger ( 514) 1254 116.7 1.7e-25 NP_001304919 (OMIM: 605878) zinc finger and BTB do ( 584) 429 50.3 1.8e-05 XP_005259628 (OMIM: 605878) PREDICTED: zinc finger ( 584) 429 50.3 1.8e-05 NP_056982 (OMIM: 605878) zinc finger and BTB domai ( 584) 429 50.3 1.8e-05 XP_005259627 (OMIM: 605878) PREDICTED: zinc finger ( 634) 429 50.3 1.9e-05 NP_005444 (OMIM: 611439) zinc finger and BTB domai ( 634) 413 49.1 4.7e-05 NP_001138810 (OMIM: 611439) zinc finger and BTB do ( 634) 413 49.1 4.7e-05 NP_653254 (OMIM: 615786) nucleus accumbens-associa ( 587) 374 45.8 0.0004 XP_011516523 (OMIM: 615786) PREDICTED: nucleus acc ( 587) 374 45.8 0.0004 NP_443108 (OMIM: 610672) nucleus accumbens-associa ( 527) 369 45.4 0.0005 XP_005259778 (OMIM: 610672) PREDICTED: nucleus acc ( 527) 369 45.4 0.0005 XP_016862354 (OMIM: 606042) PREDICTED: myoneurin i ( 468) 327 41.9 0.005 XP_016862355 (OMIM: 606042) PREDICTED: myoneurin i ( 468) 327 41.9 0.005 XP_005247681 (OMIM: 606042) PREDICTED: myoneurin i ( 496) 327 41.9 0.0051 XP_005247679 (OMIM: 606042) PREDICTED: myoneurin i ( 528) 327 42.0 0.0052 XP_005248008 (OMIM: 616238) PREDICTED: zinc finger ( 466) 326 41.8 0.0052 XP_005271715 (OMIM: 176797,612447) PREDICTED: zinc ( 485) 326 41.8 0.0053 NP_001172048 (OMIM: 606042) myoneurin isoform B [H ( 581) 327 42.1 0.0055 XP_005247678 (OMIM: 606042) PREDICTED: myoneurin i ( 582) 327 42.1 0.0055 NP_061127 (OMIM: 606042) myoneurin isoform A [Homo ( 610) 327 42.1 0.0056 XP_011511289 (OMIM: 606042) PREDICTED: myoneurin i ( 610) 327 42.1 0.0056 NP_001172047 (OMIM: 606042) myoneurin isoform A [H ( 610) 327 42.1 0.0056 XP_016862353 (OMIM: 606042) PREDICTED: myoneurin i ( 610) 327 42.1 0.0056 XP_005257223 (OMIM: 613907) PREDICTED: zinc finger ( 426) 317 41.0 0.0083 NP_055712 (OMIM: 613907) zinc finger protein 652 [ ( 606) 317 41.3 0.0097 NP_001138837 (OMIM: 613907) zinc finger protein 65 ( 606) 317 41.3 0.0097 >>NP_001092740 (OMIM: 611692) zinc finger and BTB domain (500 aa) initn: 1225 init1: 648 opt: 1254 Z-score: 579.0 bits: 116.7 E(85289): 1.6e-25 Smith-Waterman score: 1292; 45.6% identity (69.7% similar) in 498 aa overlap (1-485:1-483) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MEKGGNIQLEIPDFSNSVLSHLNQLRMQGRLCDIVVNVQGQAFRAHKVVLAASSPYFRDH :.... ::...:..:..:::.::.::.::.::::.:..::: :::::.:::::::::::: NP_001 MDSSSFIQFDVPEYSSTVLSQLNELRLQGKLCDIIVHIQGQPFRAHKAVLAASSPYFRDH 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 MSLNEMSTVSISVIKNPTVFEQLLSFCYTGRICLQLADIISYLTAASFLQMQHIIDKCTQ .:. :: .::::::::.:::::::::::::. ::: :..:.:::::::::: .:::::: NP_001 SALSTMSGLSISVIKNPNVFEQLLSFCYTGRMSLQLKDVVSFLTAASFLQMQCVIDKCTQ 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 ILEGIHFKINVAEVEAELSQTRTKHQERPPESHRVTPNLNRSLSPRHNTPKGNRRG-QVS :::.:: ::.:..:. . : :. :::. . . . .: . .: .: : . 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