FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE9626, 860 aa 1>>>pF1KE9626 860 - 860 aa - 860 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0633+/-0.000997; mu= 16.1919+/- 0.060 mean_var=64.5892+/-12.791, 0's: 0 Z-trim(103.7): 27 B-trim: 2 in 1/48 Lambda= 0.159586 statistics sampled from 7540 (7557) to 7540 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.586), E-opt: 0.2 (0.232), width: 16 Scan time: 3.980 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS399.1 AGO3 gene_id:192669|Hs108|chr1 ( 860) 5863 1359.1 0 CCDS398.1 AGO1 gene_id:26523|Hs108|chr1 ( 857) 4508 1047.2 0 CCDS81300.1 AGO1 gene_id:26523|Hs108|chr1 ( 782) 4488 1042.6 0 CCDS6380.1 AGO2 gene_id:27161|Hs108|chr8 ( 859) 4302 999.7 0 CCDS400.1 AGO3 gene_id:192669|Hs108|chr1 ( 626) 4252 988.2 0 CCDS397.1 AGO4 gene_id:192670|Hs108|chr1 ( 861) 3501 815.3 0 CCDS55279.1 AGO2 gene_id:27161|Hs108|chr8 ( 825) 3428 798.5 0 CCDS9268.1 PIWIL1 gene_id:9271|Hs108|chr12 ( 861) 450 112.9 2.5e-24 CCDS6029.1 PIWIL2 gene_id:55124|Hs108|chr8 ( 973) 421 106.2 2.9e-22 CCDS33623.1 PIWIL3 gene_id:440822|Hs108|chr22 ( 882) 412 104.1 1.1e-21 CCDS31656.1 PIWIL4 gene_id:143689|Hs108|chr11 ( 852) 383 97.5 1.1e-19 CCDS83261.1 PIWIL2 gene_id:55124|Hs108|chr8 ( 937) 346 88.9 4.4e-17 >>CCDS399.1 AGO3 gene_id:192669|Hs108|chr1 (860 aa) initn: 5863 init1: 5863 opt: 5863 Z-score: 7285.5 bits: 1359.1 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5863; 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80.0% identity (92.0% similar) in 859 aa overlap (6-860:10-859) 10 20 30 40 50 pF1KE9 MEIGSAGPAGAQPL----LMVPRRPGYGTMGKPIKLLANCFQVEIPKIDVYLYEVD : :: :. . : :: .:: :. ::: :: :...:::::.: ::.: CCDS63 MYSGAGPALAPPAPPPPIQGYAFKPPPRPDFGTSGRTIKLQANFFEMDIPKIDIYHYELD 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 IKPDKCPRRVNREVVDSMVQHFKVTIFGDRRPVYDGKRSLYTANPLPVATTGVDLDVTLP :::.:::::::::.:. ::::::. :::::.::.::...:::: :::.. :.:.:::: CCDS63 IKPEKCPRRVNREIVEHMVQHFKTQIFGDRKPVFDGRKNLYTAMPLPIGRDKVELEVTLP 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE9 GEGGKDRPFKVSIKFVSRVSWHLLHEVLTGRTLPEPLELDKPISTNPVHAVDVVLRHLPS ::: ::: ::::::.:: :: . ::..:.:: :.: ..:.:::.::::: CCDS63 GEG-KDRIFKVSIKWVSCVSLQALHDALSGRLPSVPFET--------IQALDVVMRHLPS 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE9 MKYTPVGRSFFSAPEGYDHPLGGGREVWFGFHQSVRPAMWKMMLNIDVSATAFYKAQPVI :.:::::::::.: :: ..::::::::::::::::::..::::::::::::::::::::: CCDS63 MRYTPVGRSFFTASEGCSNPLGGGREVWFGFHQSVRPSLWKMMLNIDVSATAFYKAQPVI 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE9 QFMCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASH .:.:::::...:.:: .:::::.::::::::::::::.:::: :.::::::::::::::: CCDS63 EFVCEVLDFKSIEEQQKPLTDSQRVKFTKEIKGLKVEITHCGQMKRKYRVCNVTRRPASH 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 QTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQR :::::: :.::::: ::::::.... : :.:::::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 QTFPLQQESGQTVECTVAQYFKDRHKLVLRYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQR 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE9 CIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLVRSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGR ::::::::::::::.::::::::::::::.:.:::...:::.:.:: . :.:::. :::: CCDS63 CIKKLTDNQTSTMIRATARSAPDRQEEISKLMRSASFNTDPYVREFGIMVKDEMTDVTGR 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE9 VLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFHTGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFT :: : . :::::...::: .::::::.::::::.:::.::::::: :::: : ::.:: CCDS63 VLQPPSILYGGRNKAIATPVQGVWDMRNKQFHTGIEIKVWAIACFAPQRQCTEVHLKSFT 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE9 DQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAE .::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::..:::::::::::: CCDS63 EQLRKISRDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYAGLQLVVVILPGKTPVYAE 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE9 VKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPV :::::::.:::::::::.::: .:.:::::::::::::::::.::::.:. :: :::::: CCDS63 VKRVGDTVLGMATQCVQMKNVQRTTPQTLSNLCLKINVKLGGVNNILLPQGRPPVFQQPV 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KE9 IFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLI :::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::. :::::::::.::::::: CCDS63 IFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPNRYCATVRVQQHRQEIIQDLAAMVRELLI 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KE9 QFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYELLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRH :::::::::::::::::::::::::.:::..::::::::::.::::::::::.::::::: CCDS63 QFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFQQVLHHELLAIREACIKLEKDYQPGITFIVVQKRH 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KE9 HTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHPYEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDD ::::::.:..::::.:::::::::::: :::: ::::::::::::::::::::::::::: CCDS63 HTRLFCTDKNERVGKSGNIPAGTTVDTKITHPTEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDD 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 pF1KE9 NCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVS : :..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: CCDS63 NRFSSDELQILTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHTS 780 790 800 810 820 830 840 850 860 pF1KE9 GQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA ::::::: ::::::::.::::::::::: CCDS63 GQSNGRDHQALAKAVQVHQDTLRTMYFA 840 850 >>CCDS400.1 AGO3 gene_id:192669|Hs108|chr1 (626 aa) initn: 4252 init1: 4252 opt: 4252 Z-score: 5283.4 bits: 988.2 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4252; 100.0% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (235-860:1-626) 210 220 230 240 250 260 pF1KE9 QSVRPAMWKMMLNIDVSATAFYKAQPVIQFMCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIK :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 MCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIK 10 20 30 270 280 290 300 310 320 pF1KE9 GLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 GLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYP 40 50 60 70 80 90 330 340 350 360 370 380 pF1KE9 HLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 HLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLV 100 110 120 130 140 150 390 400 410 420 430 440 pF1KE9 RSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 RSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFH 160 170 180 190 200 210 450 460 470 480 490 500 pF1KE9 TGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 TGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEP 220 230 240 250 260 270 510 520 530 540 550 560 pF1KE9 MFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 MFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNL 280 290 300 310 320 330 570 580 590 600 610 620 pF1KE9 CLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 CLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPS 340 350 360 370 380 390 630 640 650 660 670 680 pF1KE9 RYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 RYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYE 400 410 420 430 440 450 690 700 710 720 730 740 pF1KE9 LLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 LLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHP 460 470 480 490 500 510 750 760 770 780 790 800 pF1KE9 YEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 YEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPA 520 530 540 550 560 570 810 820 830 840 850 860 pF1KE9 YYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 YYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA 580 590 600 610 620 >>CCDS397.1 AGO4 gene_id:192670|Hs108|chr1 (861 aa) initn: 3525 init1: 1523 opt: 3501 Z-score: 4346.5 bits: 815.3 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4807; 81.3% identity (92.5% similar) in 866 aa overlap (7-860:5-861) 10 20 30 40 50 60 pF1KE9 MEIGSAGPAGAQPLLMVPRRPGYGTMGKPIKLLANCFQVEIPKIDVYLYEVDIKPDKCPR ::. :.. ::::: ::.::::.:::: :::.::::::: :.:::::.: :: CCDS39 MEALGPGPPASLFQPPRRPGLGTVGKPIRLLANHFQVQIPKIDVYHYDVDIKPEKRPR 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE9 RVNREVVDSMVQHFKVTIFGDRRPVYDGKRSLYTANPLPVATTGVDLDVTLPGEGGKDRP ::::::::.::.:::. :::::.: :::::..:::.:::.. ::..::::::: ::. 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CCDS92 TRNGED----------VRITITLTNE------LP-------PTSPTCLQFYNIIFRRLLK 190 200 210 220 180 190 200 210 220 230 pF1KE9 -MKYTPVGRSFFSAPEGYDHPLGGGREV-WFGFHQSVRPAMWKMMLNIDVSATAFYKAQP :. .::.... . : : . : : : :: :. ..:: ::: .. ... CCDS92 IMNLQQIGRNYYNPNDPIDIP--SHRLVIWPGFTTSILQYENSIMLCTDVSHKVL-RSET 230 240 250 260 270 240 250 260 270 280 290 pF1KE9 VIQFMCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPA :..:: . :. .:. . . . .::. :: : . . . . ::: .. CCDS92 VLDFMFNFY--HQTEEH------KFQEQVSKELIGLVVLTKYNN---KTYRVDDIDWDQN 280 290 300 310 320 300 310 320 330 340 pF1KE9 SHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHT----YLPLEVCN ..:: . .:. : . .:.:..:. .. . : : :.: ... :: . CCDS92 PKSTF--KKADGSEV--SFLEYYRKQYNQEITDLKQPVL-VSQPKRRRGPGGTLPGPA-- 330 340 350 360 370 380 350 360 370 380 390 pF1KE9 IVAGQRC-IKKLTD---NQTSTM--IKATARSAPD-RQEEISRLVR--SANYETDPFVQE .. . : . ::: :. ..: . . .: .:. ::.:..::. : ... ... CCDS92 MLIPELCYLTGLTDKMRNDFNVMKDLAVHTRLTPEQRQREVGRLIDYIHKNDNVQRELRD 390 400 410 420 430 440 400 410 420 430 440 450 pF1KE9 FQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVW--DMRGKQFHTGVEIKMWAIA . .. ... .::.: . .. ::.. .:. . : . :: . . . : . CCDS92 WGLSFDSNLLSFSGRILQTEKIHQGGKTFDY-NPQFADWSKETRGAPLISVKPLDNWLL- 450 460 470 480 490 460 470 480 490 500 510 pF1KE9 CFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSG . :.:. : ... ..: :.. :: .. . . : .: ..: :.. .. CCDS92 -IYTRRN--YEAANSLIQNLFKVTPAMGMQMRKAI----MIEVDDRTEAYLRVLQQKVTA 500 510 520 530 540 550 520 530 540 550 560 570 pF1KE9 -LQLIIVILPG-KTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIK--TSPQTLSNLCLKINVK :... .: . . : .:. : .::: .... : : ... :..: : CCDS92 DTQIVVCLLSSNRKDKYDAIKKYLCTDCPTPSQCVVARTLGKQQTVMAIATKIALQMNCK 560 570 580 590 600 610 580 590 600 610 620 630 pF1KE9 LGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVR .:: : .. . :...: : : .. :.. :::. :.:.. .:. . 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