Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1151
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1151, 486 aa
1>>>pF1KE1151 486 - 486 aa - 486 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8819+/-0.000441; mu= 7.2122+/- 0.027
mean_var=225.2093+/-46.754, 0's: 0 Z-trim(118.9): 261 B-trim: 1545 in 1/55
Lambda= 0.085464
statistics sampled from 32124 (32415) to 32124 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.739), E-opt: 0.2 (0.38), width: 16
Scan time: 11.010
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 1349 179.5 1.8e-44
NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein liga ( 468) 1319 175.8 2.3e-43
XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 467) 1306 174.2 7.1e-43
NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 488) 1159 156.1 2.1e-37
NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein liga ( 477) 1084 146.8 1.3e-34
XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 1084 146.8 1.3e-34
XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 1084 146.8 1.3e-34
XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 1084 146.8 1.3e-34
NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 477) 1084 146.8 1.3e-34
XP_011542513 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 450) 1003 136.8 1.2e-31
NP_477514 (OMIM: 607564) tripartite motif-containi ( 488) 851 118.1 5.7e-26
NP_001003818 (OMIM: 607564) tripartite motif-conta ( 516) 851 118.1 5.9e-26
NP_067629 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 488) 771 108.2 5.3e-23
NP_001003827 (OMIM: 605684) tripartite motif-conta ( 488) 771 108.2 5.3e-23
NP_060543 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein liga ( 485) 759 106.8 1.5e-22
NP_001186502 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein l ( 494) 755 106.3 2.1e-22
NP_149023 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 493) 744 104.9 5.3e-22
XP_005253240 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 493) 744 104.9 5.3e-22
XP_016873951 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 300) 736 103.7 7.6e-22
NP_149084 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 326) 736 103.7 8e-22
XP_005253241 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 326) 736 103.7 8e-22
NP_149083 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 347) 736 103.8 8.3e-22
NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containi ( 452) 726 102.7 2.3e-21
NP_001291425 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein l ( 262) 721 101.8 2.5e-21
NP_006065 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein liga ( 498) 717 101.6 5.4e-21
XP_016873952 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 702 99.4 1.3e-20
XP_006718421 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 702 99.4 1.3e-20
XP_011518728 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 702 99.5 1.4e-20
XP_016873950 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 702 99.5 1.4e-20
XP_011518729 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 271) 673 95.9 1.5e-19
XP_016873949 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 314) 668 95.3 2.6e-19
NP_067076 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 665 95.2 4.7e-19
NP_569074 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 270) 656 93.8 6.6e-19
XP_011542587 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 391) 656 94.0 8.4e-19
NP_001128327 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 343) 630 90.7 7.1e-18
NP_001017922 (OMIM: 111620,111750,609017) erythroi ( 475) 622 89.9 1.8e-17
XP_011538872 (OMIM: 111620,111750,609017) PREDICTE ( 475) 622 89.9 1.8e-17
XP_006710376 (OMIM: 111620,111750,609017) PREDICTE ( 475) 622 89.9 1.8e-17
NP_061008 (OMIM: 111620,111750,609017) erythroid m ( 475) 622 89.9 1.8e-17
NP_835226 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein liga ( 487) 613 88.8 3.9e-17
NP_001268380 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein l ( 487) 613 88.8 3.9e-17
XP_011514091 (OMIM: 612548) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 486) 608 88.1 5.9e-17
NP_001268379 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein l ( 486) 608 88.1 5.9e-17
XP_011538873 (OMIM: 111620,111750,609017) PREDICTE ( 468) 606 87.9 6.8e-17
NP_006501 (OMIM: 602165) zinc finger protein RFP [ ( 513) 592 86.2 2.4e-16
XP_011512533 (OMIM: 613591) PREDICTED: butyrophili ( 313) 584 85.0 3.4e-16
NP_001184168 (OMIM: 613591) butyrophilin subfamily ( 313) 584 85.0 3.4e-16
XP_016865656 (OMIM: 613591) PREDICTED: butyrophili ( 407) 584 85.1 4.1e-16
XP_005248855 (OMIM: 613591) PREDICTED: butyrophili ( 407) 584 85.1 4.1e-16
NP_853509 (OMIM: 613591) butyrophilin subfamily 2 ( 407) 584 85.1 4.1e-16
>>NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein ligase T (475 aa)
initn: 1300 init1: 1026 opt: 1349 Z-score: 919.3 bits: 179.5 E(85289): 1.8e-44
Smith-Waterman score: 1349; 44.5% identity (71.2% similar) in 479 aa overlap (1-468:1-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAWAPPGERLREDARCPVCLDFLQEPVSVDCGHSFCLRCISEFCEKSDGAQGGVYACPQC
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NP_003 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQV------GKGGGSVCPVC
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE1 RGPFRPSGFRPNRQLAGLVESVRRLGLGAGPGAR--RCARHGEDLSRFCEEDEAALCWVC
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NP_003 RQRFLLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 DAGPEHRTHRTAPLQEAAGSYQVKLQMALELMRKELEDALTQEANVGKKTVIWKEKVEMQ
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NP_003 AQSRKHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 RQRFRLEFEKHRGFLAQEEQRQLRRLEAEERATLQRLRESKSRLVQQSKALKELADELQE
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NP_003 KSRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 RCQRPALGLLEGVRGVLSRSKAVTRLEAENIPMELKTACCIPGRRELLRKFQVDVKLDPA
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NP_003 RCHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 TAHPSLLLTADLRSVQDGEPWRDVPNNPERFDTWPCILGLQSFSSGRHYWEVLVGEGAEW
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NP_003 TANPWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 GLGVCQDTLPRKGETMPSPENGVWALWLLKGNEYMVLASPSVPLLQLESPRC-IGIFLDY
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NP_003 DLGVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPL-HLQVPPCQVGIFLDY
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE1 EAGEISFYNVTD-GSYIYTFNQL-FSGLLRPYF---FI---CDATPLILPPTTIAGSGNW
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NP_003 EAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQGST
420 430 440 450 460 470
470 480
pF1KE1 ASRDHLDPASDVRDDHL
NP_003 DY
>>NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein ligase T (468 aa)
initn: 1304 init1: 999 opt: 1319 Z-score: 899.4 bits: 175.8 E(85289): 2.3e-43
Smith-Waterman score: 1319; 45.5% identity (66.9% similar) in 475 aa overlap (1-468:1-463)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAWAPPGERLREDARCPVCLDFLQEPVSVDCGHSFCLRCISEFCEKSDGAQGGVYACPQC
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NP_660 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRR-CW---GQPEGPYACPEC
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE1 R--GPFRPSGFRPNRQLAGLVESVRRLGLGAGPGARRCARHGEDLSRFCEEDEAALCWVC
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NP_660 RELSPQR--NLRPNRPLAKMAEMARRLHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAAC
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120 130 140 150 160 170
pF1KE1 DAGPEHRTHRTAPLQEAAGSYQVKLQMALELMRKELEDALTQEANVGKKTVIWKEKVEMQ
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NP_660 ERSGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMVESQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 RQRFRLEFEKHRGFLAQEEQRQLRRLEAEERATLQRLRESKSRLVQQSKALKELADELQE
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NP_660 RQNVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 RCQRPALGLLEGVRGVLSRSKAVTRLEAENIPMELKTACCIPGRRELLRKFQVDVKLDPA
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NP_660 RCQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPD
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pF1KE1 TAHPSLLLTADLRSVQDGEPWRDVPNNPERFDTWPCILGLQSFSSGRHYWEVLVGEGAEW
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NP_660 TANPELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTSW
300 310 320 330 340 350
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pF1KE1 GLGVCQDTLPRKGETMPSPENGVWALWLLKGNEYMVLASPSVPLLQLESPRCIGIFLDYE
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NP_660 ALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFL-GSYYNSSERALAPLR--DPPRRVGIFLDYE
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420 430 440 450 460 470
pF1KE1 AGEISFYNVTDGSYIYTFNQL-FSGLLRPYFFICDATPLILPPTTI----AGSGNWASRD
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NP_660 AGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPT---PMTICRPKGGSGDTLAPQ
420 430 440 450 460
480
pF1KE1 HLDPASDVRDDHL
>>XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (467 aa)
initn: 1267 init1: 696 opt: 1306 Z-score: 890.7 bits: 174.2 E(85289): 7.1e-43
Smith-Waterman score: 1306; 45.5% identity (66.7% similar) in 475 aa overlap (1-468:1-462)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAWAPPGERLREDARCPVCLDFLQEPVSVDCGHSFCLRCISEFCEKSDGAQGGVYACPQC
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XP_016 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRR-CW---GQPEGPYACPEC
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE1 R--GPFRPSGFRPNRQLAGLVESVRRLGLGAGPGARRCARHGEDLSRFCEEDEAALCWVC
: .: : ..:::: :: ..: .::: . : : : :. :: .. :: .:
XP_016 RELSPQR--NLRPNRPLAKMAEMARRLHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAAC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 DAGPEHRTHRTAPLQEAAGSYQVKLQMALELMRKELEDALTQEANVGKKTVIWKEKVEMQ
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XP_016 ERSGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQM-VESQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 RQRFRLEFEKHRGFLAQEEQRQLRRLEAEERATLQRLRESKSRLVQQSKALKELADELQE
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XP_016 RQNVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 RCQRPALGLLEGVRGVLSRSKAVTRLEAENIPMELKTACCIPGRRELLRKFQVDVKLDPA
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XP_016 RCQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 TAHPSLLLTADLRSVQDGEPWRDVPNNPERFDTWPCILGLQSFSSGRHYWEVLVGEGAEW
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XP_016 TANPELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTSW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 GLGVCQDTLPRKGETMPSPENGVWALWLLKGNEYMVLASPSVPLLQLESPRCIGIFLDYE
.::::.... :: . : :: : : .: :. : .:: . :: .:::::::
XP_016 ALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFL-GSYYNSSERALAPLR--DPPRRVGIFLDYE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 AGEISFYNVTDGSYIYTFNQL-FSGLLRPYFFICDATPLILPPTTI----AGSGNWASRD
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XP_016 AGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPT---PMTICRPKGGSGDTLAPQ
420 430 440 450 460
480
pF1KE1 HLDPASDVRDDHL
>>NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein ligase T (488 aa)
initn: 1131 init1: 480 opt: 1159 Z-score: 792.5 bits: 156.1 E(85289): 2.1e-37
Smith-Waterman score: 1159; 40.4% identity (68.1% similar) in 470 aa overlap (8-461:21-485)
10 20 30 40
pF1KE1 MAWAPPGERLREDARCPVCLDFLQEPVSVDCGHSFCLRCISEFCEKS
: :. .: : :::..:.::: ..:::.:: ::... :
NP_742 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWE--
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 DGAQGGVYACPQCRGPFRPSGFRPNRQLAGLVESVRRLGLGAGPGARR---CARHGEDLS
: . . :: :: : ..::::::...:: ...: .. : : .: : ::
NP_742 DLERD--FPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQ-AVKRKIRDESLCPQHHEALS
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 RFCEEDEAALCWVCDAGPEHRTHRTAPLQEAAGSYQVKLQMALELMRKELEDALTQEANV
:: ::. :.: .: . ::.: ..::..:. :. ::: :: ....:.. ...
NP_742 LFCYEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 GKKTVIWKEKVEMQRQRFRLEFEKHRGFLAQEEQRQLRRLEAEERATLQRLRESKSRLVQ
:: :. :: .::.. :::. . : .:.: : ::: ::. ::::::. ..: .
NP_742 EKKPGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGD
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 QSKALKELADELQERCQRPALGLLEGVRGVLSRSKAVTRLEAENIPMEL-KTACCIPGR-
. . : .:: :.. .: . .. .:. :...: . . : .:. .. .:: :. .: .
NP_742 KRRDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQY
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KE1 ---RELLRKFQVDVKLDPATAHPSLLLTADLRSVQDGEP-WRDVPNNPERFDTWPCILGL
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NP_742 FALRKILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLAT
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pF1KE1 GNWASRDHLDPASDVRDDHL
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pF1KE1 ---LVGEGAEWGLGVCQDTLPRKGETMPSPENGVWALWLLKGNEYMVLASPSVPLLQLES
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pF1KE1 PRCIGIFLDYEAGEISFYNVTDGSYIYTFNQ-LFSGLLRPYFFICDATPLILPPTTIAGS
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NP_001 PSHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFF--CLGAPKSGQMVISTVT
420 430 440 450 460 470
470 480
pF1KE1 GNWASRDHLDPASDVRDDHL
NP_001 MWVKG
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