Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9928
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9928, 626 aa
1>>>pF1KB9928 626 - 626 aa - 626 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8373+/-0.00103; mu= 16.8927+/- 0.062
mean_var=80.2515+/-16.025, 0's: 0 Z-trim(104.5): 44 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.143169
statistics sampled from 7891 (7913) to 7891 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.613), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16
Scan time: 3.500
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14497.1 NXF2 gene_id:56001|Hs108|chrX ( 626) 4249 887.8 0
CCDS43979.1 NXF2B gene_id:728343|Hs108|chrX ( 626) 4249 887.8 0
CCDS8037.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 ( 619) 2410 508.0 1.5e-143
CCDS14491.2 NXF5 gene_id:55998|Hs108|chrX ( 365) 1809 383.7 2.3e-106
CCDS44629.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 ( 356) 1214 260.8 2.2e-69
CCDS14503.1 NXF3 gene_id:56000|Hs108|chrX ( 531) 1181 254.1 3.5e-67
>>CCDS14497.1 NXF2 gene_id:56001|Hs108|chrX (626 aa)
initn: 4249 init1: 4249 opt: 4249 Z-score: 4743.3 bits: 887.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4249; 100.0% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (1-626:1-626)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTFQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTFQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 NDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQDGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQDGY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALKDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALKDV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 PDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 LSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDEAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDEAC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 FSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQHD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 LSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDELF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDELF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 VRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNEWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNEWN
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB9 YTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
610 620
>>CCDS43979.1 NXF2B gene_id:728343|Hs108|chrX (626 aa)
initn: 4249 init1: 4249 opt: 4249 Z-score: 4743.3 bits: 887.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4249; 100.0% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (1-626:1-626)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTFQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTFQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 NDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQDGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQDGY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALKDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALKDV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 PDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 PDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 LSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDEAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDEAC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 FSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 FSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQHD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 LSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDELF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDELF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 VRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNEWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNEWN
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB9 YTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
610 620
>>CCDS8037.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 (619 aa)
initn: 2303 init1: 2303 opt: 2410 Z-score: 2690.5 bits: 508.0 E(32554): 1.5e-143
Smith-Waterman score: 2410; 59.3% identity (82.8% similar) in 609 aa overlap (16-622:9-617)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTF-QGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQ
.: :. .: : .::: . :: .. . . . .:: :. .
CCDS80 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMK-WHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQD
:.::.: : :.. ..:..::. : .:: ::..:.:..:. :.: :::: . ..::
CCDS80 EDDGDVAMSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 GYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALK
: ..::::.::::: :::::::.. :::.:: :::..::: .:: :::.:::.:::::
CCDS80 GTSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 DVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLR
:.::: : ::..: :..: :. :... :.::: :.:.::: :.:::. :::::::..::
CCDS80 AVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 FDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKV
::::....::..::::.::::::.:::.:.:::::::: ::.::.:: .:.:..:::..
CCDS80 SDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDG
: :::: :.:.: :: :.::::::::::.:: ::.:: :::.:.::::. :::::::::
CCDS80 KILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 RELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDE
.:: :. :... :. ::: .. :.:.:: :::.::::::.::::::::::: ::::
CCDS80 HELPPPIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDG
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 ACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQ
:: ::.::: :.. : ::: .::.::::.: :::: :. .::..:. ..: :. :::::
CCDS80 ACCSLSIPFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQ
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 HDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDE
::..:..::. :: .::::::::::::.:.:. :. ::::::::.:.:.:.:::::::
CCDS80 HDVNSFVVDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDE
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 LFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNE
::::.:: .: : ::..:. : ::: :.:: :::::.::::.::::.:::::::::::.
CCDS80 LFVRNASSEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNN
540 550 560 570 580 590
600 610 620
pF1KB9 WNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
:.:::..:::: :...:.:: ::
CCDS80 WDYTRSAQAFTHLKAKGEIPEVAFMK
600 610
>>CCDS14491.2 NXF5 gene_id:55998|Hs108|chrX (365 aa)
initn: 2063 init1: 1809 opt: 1809 Z-score: 2023.1 bits: 383.7 E(32554): 2.3e-106
Smith-Waterman score: 1996; 81.5% identity (85.9% similar) in 389 aa overlap (112-498:1-351)
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 SIRCERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQDGYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLM
: .:::: :.::::::::::::::::::
CCDS14 MRRNTQDENMRKWFKVTIPYGIKYDKAWLM
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 NSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALKDVSYKIYDDENQKICIFVNHSTA
:::::.:: ::::::::.::::::::: ::::::::::::::::::::::::::.: ::
CCDS14 NSIQSNCSVPFTPVDFHYIRNRACFFVQVASAASALKDVSYKIYDDENQKICIFVSHFTA
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 PYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAAT
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 LKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLK
::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LKITERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLK
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 LEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKEN
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 FTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDEACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYF
::::::::::::::::: :.:::::
CCDS14 FTGSETLKHLVLQFLQQ------------------------------------SNLCKYF
280 290
450 460 470 480 490
pF1KB9 EDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTK--RDIVDSLSALPKTQHDLSSILVDVWCQTERMLCFS
.::::.: ::::::. .::..:: :. ::::::::.::::..:::::.: :: ::
CCDS14 KDSRNIKILKDPYLQRKLLKHTKCPRN-VDSLSALPETQHDFTSILVDMWYQTVNT-CFL
300 310 320 330 340 350
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 VNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDELFVRDASPQETQSAFSIPVST
CCDS14 PRAGPESQSLRPL
360
>>CCDS44629.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 (356 aa)
initn: 1207 init1: 1099 opt: 1214 Z-score: 1359.1 bits: 260.8 E(32554): 2.2e-69
Smith-Waterman score: 1214; 54.5% identity (80.4% similar) in 336 aa overlap (16-349:9-344)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTF-QGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQ
.: :. .: : .::: . :: .. . . . .:: :. .
CCDS44 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMK-WHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQD
:.::.: : :.. ..:..::. : .:: ::..:.:..:. :.: :::: . ..::
CCDS44 EDDGDVAMSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 GYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALK
: ..::::.::::: :::::::.. :::.:: :::..::: .:: :::.:::.:::::
CCDS44 GTSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 DVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLR
:.::: : ::..: :..: :. :... :.::: :.:.::: :.:::. :::::::..::
CCDS44 AVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 FDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKV
::::....::..::::.::::::.:::.:.:::::::: ::.::.:: .:.:..:::..
CCDS44 SDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDG
: :::: :.:.: :: :.::::::::::.:: ::.:: :::.:. .. :
CCDS44 KILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYIRSVVACVSPPGDLHP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 RELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDE
CCDS44 LGG
>>CCDS14503.1 NXF3 gene_id:56000|Hs108|chrX (531 aa)
initn: 1852 init1: 1181 opt: 1181 Z-score: 1319.6 bits: 254.1 E(32554): 3.5e-67
Smith-Waterman score: 1800; 52.1% identity (73.1% similar) in 562 aa overlap (19-576:7-529)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGST---FQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSH
: : : : : . . .. :..:: . : . ::
CCDS14 MSLPSGHTTGHTDQVVQRRARCWDIYQRRFSSRSEPVNPGMHS--SSH
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 CQENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIR-CERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNT
:..::.. :. .: :. .:.:::.: .:. .....:. ... :..:::::.: :
CCDS14 -QQQDGDAAMHGAHMDSPVRYTPYTISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNM
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