FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4222, 773 aa 1>>>pF1KE4222 773 - 773 aa - 773 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1076+/-0.000908; mu= 19.1219+/- 0.055 mean_var=161.6062+/-34.600, 0's: 0 Z-trim(111.9): 97 B-trim: 4 in 1/51 Lambda= 0.100889 statistics sampled from 12606 (12713) to 12606 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.391), width: 16 Scan time: 4.030 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS5987.2 LONRF1 gene_id:91694|Hs108|chr8 ( 773) 5291 782.8 0 CCDS76014.1 LONRF3 gene_id:79836|Hs108|chrX ( 503) 1458 224.7 3e-58 CCDS14575.1 LONRF3 gene_id:79836|Hs108|chrX ( 718) 1393 215.4 2.6e-55 CCDS35374.1 LONRF3 gene_id:79836|Hs108|chrX ( 759) 1393 215.4 2.7e-55 CCDS2046.2 LONRF2 gene_id:164832|Hs108|chr2 ( 754) 1384 214.1 6.7e-55 >>CCDS5987.2 LONRF1 gene_id:91694|Hs108|chr8 (773 aa) initn: 5291 init1: 5291 opt: 5291 Z-score: 4172.4 bits: 782.8 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5291; 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CCDS76 ASSKTGKCQEKKRKHCQIESQ---EETGMPNKASKQDPPTDQGDKPALS---LPLASFDA 160 170 180 190 200 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 SDFECSLCMRLFFEPVTTPCGHSFCKNCLERCLDHAPYCPLCKESLKEYLADRRYCVTQL ::.::.::::::.:::::::::.:: .:::::::: :::::..:.. ::.:.: . . CCDS76 SDLECALCMRLFYEPVTTPCGHTFCLKCLERCLDHNAKCPLCKDGLSQCLASRKYSKNVI 210 220 230 240 250 260 540 550 560 570 580 590 pF1KE4 LEELIVKYLPDELSERKKIYDEETAELSHLTKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHVFEPRYRLM .::::.:.::.::.::.:.:.:: :::.:.::::::::::::::::::::.::: :::: CCDS76 MEELIAKFLPEELKERRKLYEEEMEELSNLNKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHIFEPCYRLM 270 280 290 300 310 320 600 610 620 630 640 650 pF1KE4 IRRSIQTGTKQFGMCVSDTQNSFADYGCMLQIRNVHFLPDGRSVVDTVGGKRFRVLKRGM ::: :.:::.:::::..: ..::.:::.:.::::.:. :::::::..: .:::::.... CCDS76 IRRCIETGTRQFGMCLGDPVKGFAEYGCILEIRNVQFFADGRSVVDSIGKRRFRVLHQSQ 330 340 350 360 370 380 660 670 680 690 700 710 pF1KE4 KDGYCTADIEYLEDVKVENEDEIKNLRELHDLVYSQACSWFQNLRDRFRSQILQHFGSMP .::: ::::::.:: ::..:: .: ::. ::.:: ::..:. ....::.::: :: CCDS76 RDGYNTADIEYIEDQKVQGED-CAELMGLHNCVYQQASLWFHSLKLSLKNRILNHFGPMP 390 400 410 420 430 440 720 730 740 750 760 770 pF1KE4 EREENLQAAPNGPAWCWWLLAVLPVDPRYQLSVLSMKSLKERLTKIQHILTYFSRDQSK :.. . : :::::::::.:::::.. : :: :.:.:::.::. :...:...::.:. CCDS76 EKDADPQMNPNGPAWCWWMLAVLPLESRAQLPFLAMRSLKDRLNGIRRVLAFISRNQN 450 460 470 480 490 500 >>CCDS14575.1 LONRF3 gene_id:79836|Hs108|chrX (718 aa) initn: 1557 init1: 1030 opt: 1393 Z-score: 1106.5 bits: 215.4 E(32554): 2.6e-55 Smith-Waterman score: 1569; 40.5% identity (62.8% similar) in 749 aa overlap (49-772:68-718) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 PAPQGRGRFWEVGGGSGHRLERAAAESERWELLLRRGELLALGGHLKGALEAFAAALRRG ..:: ... :: :... :::.. .: CCDS14 HPKVAAEGPAPLPTREPEQEQSPGTSTPESKVLLTQADALASRGRIREALEVYRQLSERQ 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 pF1KE4 APARPECLGALVDCLVFNYRLRHGLGWSAAP----------VAGADGGAGGL-------- . : : :: ::. .. .: . . :: ::. . ::.. CCDS14 QLV-AEQLEQLVRCLA--EKVPQGEALAPAPPDEGSTASGTVAAEETGAAAAAAATEVWD 100 110 120 130 140 150 130 140 150 160 170 pF1KE4 -LRCLGCRGFLSEPVTVPCGHSYCRRCLRRELRA--RCRLCRDRLPP---ATASATDAEG ..: :.::::.::.. :::..:. ::.: : :: :: .: ::. : :. CCDS14 GFKCRKCHGFLSDPVSLSCGHTFCKLCLERGRAADRRCALCGVKLSALMVATGRARGARR 160 170 180 190 200 210 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 TAPRPPPLAAAIAASDFRTSVVLNHLAEKWFPGQRERARAAGRLGELLHQGRYREA-LAA .. .::: .:..:::. : : ::: :: . :. :.. : :: : CCDS14 AGQQPPP--------PLRVNVVLSGLLGKLFPGP-ARASQLRHEGNRLYRERQVEAALLK 220 230 240 250 260 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 ACEALRAEPSDLIVKIYRAESYAGLQEFKAAIEDLNAVLFQLPDWPEVYFRKGKVLCDAG ::.. :.: .. :.. : :. . :..: :. . : : CCDS14 YNEAVKLAPNDHLLYSNRSQIYFTLESHENALHD-----------AEIACK----LRPMG 270 280 290 300 310 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 FLGDALQLFLQCLALDEDFAPAKLQVQKILCDLLLPENLKEGLKESSWSSLPCTKNRPFD : : :.: .: . .: : :. .: ::: .: CCDS14 F-KDNLELP-HCSSQEE--AAAR----------------GDG------SSL-------MD 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 FHSVMEESQSLNEPSPKQSEEIPEVTSEPVKGSLNRAQSAQSINSTEMPAREDCLKRVSS .: ..:. . . .. :: ..:: : .: :... . : :. : CCDS14 PAKVKGDGQQHHMKDQEEEEEKWDATS-P------KAASSKTGKCQE-KKRKHC------ 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 EPVLSVQEKGVLLKRKLSLLEQDVIVNEDGRNKLKKQGETPNEVCMFSLAYGDIPEELID . : .: : . : : .:: .. ::. : .:: : .: CCDS14 -QIESQEETG--MPNKAS--KQDPPTD---------QGDKPA----LSL-----PLASFD 390 400 410 420 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 VSDFECSLCMRLFFEPVTTPCGHSFCKNCLERCLDHAPYCPLCKESLKEYLADRRYCVTQ .::.::.::::::.:::::::::.:: .:::::::: :::::..:.. ::.:.: . CCDS14 ASDLECALCMRLFYEPVTTPCGHTFCLKCLERCLDHNAKCPLCKDGLSQCLASRKYSKNV 430 440 450 460 470 480 540 550 560 570 580 590 pF1KE4 LLEELIVKYLPDELSERKKIYDEETAELSHLTKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHVFEPRYRL ..::::.:.::.::.::.:.:.:: :::.:.::::::::::::::::::::.::: ::: CCDS14 IMEELIAKFLPEELKERRKLYEEEMEELSNLNKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHIFEPCYRL 490 500 510 520 530 540 600 610 620 630 640 650 pF1KE4 MIRRSIQTGTKQFGMCVSDTQNSFADYGCMLQIRNVHFLPDGRSVVDTVGGKRFRVLKRG :::: :.:::.:::::..: ..::.:::.:.::::.:. :::::::..: .:::::... CCDS14 MIRRCIETGTRQFGMCLGDPVKGFAEYGCILEIRNVQFFADGRSVVDSIGKRRFRVLHQS 550 560 570 580 590 600 660 670 680 690 700 710 pF1KE4 MKDGYCTADIEYLEDVKVENEDEIKNLRELHDLVYSQACSWFQNLRDRFRSQILQHFGSM ..::: ::::::.:: ::..:: . : ::. ::.:: ::..:. ....::.::: : CCDS14 QRDGYNTADIEYIEDQKVQGEDCAE-LMGLHNCVYQQASLWFHSLKLSLKNRILNHFGPM 610 620 630 640 650 720 730 740 750 760 770 pF1KE4 PEREENLQAAPNGPAWCWWLLAVLPVDPRYQLSVLSMKSLKERLTKIQHILTYFSRDQSK ::.. . : :::::::::.:::::.. : :: :.:.:::.::. :...:...::.:. CCDS14 PEKDADPQMNPNGPAWCWWMLAVLPLESRAQLPFLAMRSLKDRLNGIRRVLAFISRNQN 660 670 680 690 700 710 >>CCDS35374.1 LONRF3 gene_id:79836|Hs108|chrX (759 aa) initn: 1659 init1: 1030 opt: 1393 Z-score: 1106.2 bits: 215.4 E(32554): 2.7e-55 Smith-Waterman score: 1704; 41.3% identity (65.8% similar) in 751 aa overlap (49-772:68-759) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 PAPQGRGRFWEVGGGSGHRLERAAAESERWELLLRRGELLALGGHLKGALEAFAAALRRG ..:: ... :: :... :::.. .: CCDS35 HPKVAAEGPAPLPTREPEQEQSPGTSTPESKVLLTQADALASRGRIREALEVYRQLSERQ 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 pF1KE4 APARPECLGALVDCLVFNYRLRHGLGWSAAP----------VAGADGGAGGL-------- . : : :: ::. .. .: . . :: ::. . ::.. CCDS35 QLV-AEQLEQLVRCLA--EKVPQGEALAPAPPDEGSTASGTVAAEETGAAAAAAATEVWD 100 110 120 130 140 150 130 140 150 160 170 pF1KE4 -LRCLGCRGFLSEPVTVPCGHSYCRRCLRRELRA--RCRLCRDRLPP---ATASATDAEG ..: :.::::.::.. :::..:. ::.: : :: :: .: ::. : :. CCDS35 GFKCRKCHGFLSDPVSLSCGHTFCKLCLERGRAADRRCALCGVKLSALMVATGRARGARR 160 170 180 190 200 210 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 TAPRPPPLAAAIAASDFRTSVVLNHLAEKWFPGQRERARAAGRLGELLHQGRYREA-LAA .. .::: .:..:::. : : ::: :: . :. :.. : :: : CCDS35 AGQQPPP--------PLRVNVVLSGLLGKLFPGP-ARASQLRHEGNRLYRERQVEAALLK 220 230 240 250 260 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 ACEALRAEPSDLIVKIYRAESYAGLQEFKAAIEDLNAVLFQLPDWPEVYFRKGKVLCDAG ::.. :.: .. :.. : :. . :..: . . : ...:::...: : CCDS35 YNEAVKLAPNDHLLYSNRSQIYFTLESHENALHDAEIACKLRPMGFKAHFRKAQALATLG 270 280 290 300 310 320 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 FLGDALQLFLQCLALDEDFAPAKLQVQKILCDLLLPE--NLKEGLKESSWSSLPCTKNRP . .::. :: :..:: :. ..:. .: ::. . .:. ... ::: CCDS35 KVEEALREFLYCVSLDGKNKRARCEAQR--DNLELPHCSSQEEAAARGDGSSL------- 330 340 350 360 370 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 FDFHSVMEESQSLNEPSPKQSEEIPEVTSEPVKGSLNRAQSAQSINSTEMPAREDCLKRV .: .: ..:. . . .. :: ..:: : .: :... . : :. : CCDS35 MDPAKVKGDGQQHHMKDQEEEEEKWDATS-P------KAASSKTGKCQE-KKRKHC---- 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 SSEPVLSVQEKGVLLKRKLSLLEQDVIVNEDGRNKLKKQGETPNEVCMFSLAYGDIPEEL . : .: : . : : .:: .. ::. : .:: : CCDS35 ---QIESQEETG--MPNKAS--KQDPPTD---------QGDKPA----LSL-----PLAS 430 440 450 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 IDVSDFECSLCMRLFFEPVTTPCGHSFCKNCLERCLDHAPYCPLCKESLKEYLADRRYCV .:.::.::.::::::.:::::::::.:: .:::::::: :::::..:.. ::.:.: CCDS35 FDASDLECALCMRLFYEPVTTPCGHTFCLKCLERCLDHNAKCPLCKDGLSQCLASRKYSK 460 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KE4 TQLLEELIVKYLPDELSERKKIYDEETAELSHLTKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHVFEPRY . ..::::.:.::.::.::.:.:.:: :::.:.::::::::::::::::::::.::: : CCDS35 NVIMEELIAKFLPEELKERRKLYEEEMEELSNLNKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHIFEPCY 520 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 650 pF1KE4 RLMIRRSIQTGTKQFGMCVSDTQNSFADYGCMLQIRNVHFLPDGRSVVDTVGGKRFRVLK :::::: :.:::.:::::..: ..::.:::.:.::::.:. :::::::..: .:::::. 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