Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3222
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3222, 504 aa
1>>>pF1KE3222 504 - 504 aa - 504 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2512+/-0.000357; mu= 18.5915+/- 0.022
mean_var=71.3542+/-14.234, 0's: 0 Z-trim(113.8): 12 B-trim: 191 in 1/53
Lambda= 0.151832
statistics sampled from 23249 (23256) to 23249 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.273), width: 16
Scan time: 8.100
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_073564 (OMIM: 611151) tRNA (uracil-5-)-methyltr ( 625) 1063 242.3 3e-63
NP_892029 (OMIM: 611151) tRNA (uracil-5-)-methyltr ( 625) 1063 242.3 3e-63
NP_001244923 (OMIM: 611151) tRNA (uracil-5-)-methy ( 562) 938 214.9 4.8e-55
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XP_011528443 (OMIM: 611151) PREDICTED: tRNA (uraci ( 317) 371 90.6 7.4e-18
XP_011528444 (OMIM: 611151) PREDICTED: tRNA (uraci ( 317) 371 90.6 7.4e-18
>>NP_073564 (OMIM: 611151) tRNA (uracil-5-)-methyltransf (625 aa)
initn: 573 init1: 371 opt: 1063 Z-score: 1256.5 bits: 242.3 E(85289): 3e-63
Smith-Waterman score: 1065; 37.3% identity (63.3% similar) in 520 aa overlap (1-504:77-588)
10 20 30
pF1KE3 MAGLKRRVPLHSLRYFISMVGLFSKPGLLP
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... :: : ... . ::. ::. . .:. :. .: .
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110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130
pF1KE3 E---RLADVVTPLWRLSYEEQLKVKFAAQKKILQRLESYIQMLNGVSVTTAVP---KSER
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NP_073 PPVTRVADVVTPLWTVPYAEQLERKQLECEQVLQKLAKEIGSTNRALLPWLLEQRHKHNK
170 180 190 200 210 220
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 LSCLLHPIIPSPVINGYRNKSTFSVNRGPDGNPKTVGFYLGTWRDGNVVCVQSNHLKNIP
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NP_073 EATKQVVKAFQEFIRSTPYSAYDPETYTGHWKQLTVRTSRRHQAMAIAYFHPQKLSPEEL
290 300 310 320 330 340
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pF1KE3 HVQKEIVKEFFIRGPGAACGLTSLYFQESTMTRCSHQQS-PYQLLFGEPYIFEELLSLKI
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380 390 400 410 420 430
pF1KE3 LEQAVEDARWTAAFNGITNSEFHTGQAEKILPGLLKSKEDGQSIVAVVNPARAGLHYKVI
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440 450 460 470 480 490
pF1KE3 QAIRNFRAIHTLVFVSCKLHGESTRNVIELCCPPDPAKKLLGEPFVLQQAVPVDLFPHTP
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530 540 550 560 570
500
pF1KE3 HCELVLLFTR
:::...:: :
NP_073 HCEMLILFERVEHPNGTGVLGPHSPPAQPTPGPPDNTLQETGTFPSS
580 590 600 610 620
>>NP_892029 (OMIM: 611151) tRNA (uracil-5-)-methyltransf (625 aa)
initn: 573 init1: 371 opt: 1063 Z-score: 1256.5 bits: 242.3 E(85289): 3e-63
Smith-Waterman score: 1065; 37.3% identity (63.3% similar) in 520 aa overlap (1-504:77-588)
10 20 30
pF1KE3 MAGLKRRVPLHSLRYFISMVGLFSKPGLLP
. .. :.. . ..: :.. :: .:
NP_892 AGAATGPGPQPGLYSYIRDDLFTSEIFKLELQNVPRHASFSDVRRFLGRFGL--QPHKTK
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pF1KE3 WYARNPPGWSQLFLGTVCKGDFTRVIATKCQKGQKSQ---KKPSHLGPL------DGSWQ
... :: : ... . ::. ::. . .:. :. .: .
NP_892 LFGQ-PPCAFVTFRSAAERDKALRVLHGALWKGRPLSVRLARPKA-DPMARRRRQEGESE
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90 100 110 120 130
pF1KE3 E---RLADVVTPLWRLSYEEQLKVKFAAQKKILQRLESYIQMLNGVSVTTAVP---KSER
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NP_892 PPVTRVADVVTPLWTVPYAEQLERKQLECEQVLQKLAKEIGSTNRALLPWLLEQRHKHNK
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140 150 160 170 180 190
pF1KE3 LSCLLHPIIPSPVINGYRNKSTFSVNRGPDGNPKTVGFYLGTWRDGNVVCVQSNHLKNIP
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NP_892 ACCPLEGVRPSPQQTEYRNKCEFLVGVGVDGEDNTVGCRLGKYKGGTCAVAAPFDTVHIP
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pF1KE3 EKHSQVAQYYEVFLRQSPLEPCLVFHEGGYWRELTVRTNSQGHTMAIITFHPQKLSQEEL
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NP_892 EATKQVVKAFQEFIRSTPYSAYDPETYTGHWKQLTVRTSRRHQAMAIAYFHPQKLSPEEL
290 300 310 320 330 340
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pF1KE3 HVQKEIVKEFFIRGPGAACGLTSLYFQESTMTRCSHQQS-PYQLLFGEPYIFEELLSLKI
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320 330 340 350 360 370
pF1KE3 RISPDAFFQINTAGAEMLYRTVGELTGVNSDTILLDICCGTGVIGLSLAQHTSRVLGIEL
:::: ::::.:: .::.:: .. . . ... ...::.:::::.:::.::....::.:.::
NP_892 RISPHAFFQVNTPAAEVLYTVIQDWAQLDAGSMVLDVCCGTGTIGLALARKVKRVIGVEL
410 420 430 440 450 460
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 LEQAVEDARWTAAFNGITNSEFHTGQAEKILPGLLKSKEDGQSIVAVVNPARAGLHYKVI
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NP_892 CPEAVEDARVNAQDNELSNVEFHCGRAEDLVPTLV-SRLASQHLVAILDPPRAGLHSKVI
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440 450 460 470 480 490
pF1KE3 QAIRNFRAIHTLVFVSCKLHGESTRNVIELCCPPDPAKKLLGEPFVLQQAVPVDLFPHTP
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NP_892 LAIRRAKNLRRLLYVSCNPRA-AMGNFVDLCRAP--SNRVKGIPFRPVKAVAVDLFPQTP
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500
pF1KE3 HCELVLLFTR
:::...:: :
NP_892 HCEMLILFERVEHPNGTGVLGPHSPPAQPTPGPPDNTLQETGTFPSS
580 590 600 610 620
>>NP_001244923 (OMIM: 611151) tRNA (uracil-5-)-methyltra (562 aa)
initn: 462 init1: 371 opt: 938 Z-score: 1109.2 bits: 214.9 E(85289): 4.8e-55
Smith-Waterman score: 940; 36.2% identity (61.7% similar) in 486 aa overlap (1-470:77-557)
10 20 30
pF1KE3 MAGLKRRVPLHSLRYFISMVGLFSKPGLLP
. .. :.. . ..: :.. :: .:
NP_001 AGAATGPGPQPGLYSYIRDDLFTSEIFKLELQNVPRHASFSDVRRFLGRFGL--QPHKTK
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pF1KE3 WYARNPPGWSQLFLGTVCKGDFTRVIATKCQKGQKSQ---KKPSHLGPL------DGSWQ
... :: : ... . ::. ::. . .:. :. .: .
NP_001 LFGQ-PPCAFVTFRSAAERDKALRVLHGALWKGRPLSVRLARPKA-DPMARRRRQEGESE
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130
pF1KE3 E---RLADVVTPLWRLSYEEQLKVKFAAQKKILQRLESYIQMLNGVSVTTAVP---KSER
:.:::::::: . : :::. : ...::.: . : : . . . : ..
NP_001 PPVTRVADVVTPLWTVPYAEQLERKQLECEQVLQKLAKEIGSTNRALLPWLLEQRHKHNK
170 180 190 200 210 220
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 LSCLLHPIIPSPVINGYRNKSTFSVNRGPDGNPKTVGFYLGTWRDGNVVCVQSNHLKNIP
: :. . ::: . :::: : :. : ::. .::: :: .. :. . . .::
NP_001 ACCPLEGVRPSPQQTEYRNKCEFLVGVGVDGEDNTVGCRLGKYKGGTCAVAAPFDTVHIP
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200 210 220 230 240 250
pF1KE3 EKHSQVAQYYEVFLRQSPLEPCLVFHEGGYWRELTVRTNSQGHTMAIITFHPQKLSQEEL
: .::.. .. :.:..: :.:..:::::. . ..::: ::::::: :::
NP_001 EATKQVVKAFQEFIRSTPYSAYDPETYTGHWKQLTVRTSRRHQAMAIAYFHPQKLSPEEL
290 300 310 320 330 340
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 HVQKEIVKEFFIRGPGAACGLTSLYFQESTMTRCSHQQS-PYQLLFGEPYIFEELLSLKI
: . . : ::: : :.: ::: : . . :.. : . . :. : :.::.: .
NP_001 AELKTSLAQHFTAGPGRASGVTCLYFVEEGQRKTPSQEGLPLEHVAGDRCIHEDLLGLTF
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320 330 340 350 360 370
pF1KE3 RISPDAFFQINTAGAEMLYRTVGELTGVNSDTILLDICCGTGVIGLSLAQHTSRVLGIEL
:::: ::::.:: .::.:: .. . . ... ...::.:::::.:::.::....::.:.::
NP_001 RISPHAFFQVNTPAAEVLYTVIQDWAQLDAGSMVLDVCCGTGTIGLALARKVKRVIGVEL
410 420 430 440 450 460
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 LEQAVEDARWTAAFNGITNSEFHTGQAEKILPGLLKSKEDGQSIVAVVNPARAGLHYKVI
.:::::: .: : ..: ::: :.:: ..: :. :. .: .::...: ::::: :::
NP_001 CPEAVEDARVNAQDNELSNVEFHCGRAEDLVPTLV-SRLASQHLVAILDPPRAGLHSKVI
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pF1KE3 QAIRNFRAIHTLVFVSCKLHGESTRNVIELCCPPDPAKKLLGEPFVLQQAVPVDLFPHTP
::: . .. :..:::. .. : ::.:
NP_001 LAIRRAKNLRRLLYVSCNPRAAMGNFVDAPLFPPQPLQSPI
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pF1KE3 HCELVLLFTR
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10 20 30
pF1KE3 MAGLKRRVPLHSLRYFISMVGLFSKPGLLP
. .. :.. . ..: :.. :: .:
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pF1KE3 WYARNPPGWSQLFLGTVCKGDFTRVIATKCQKGQKSQ---KKPSHLGPL------DGSWQ
... :: : ... . ::. ::. . .:. :. .: .
NP_001 LFGQ-PPCAFVTFRSAAERDKALRVLHGALWKGRPLSVRLARPKA-DPMARRRRQEGESE
110 120 130 140 150 160
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pF1KE3 E---RLADVVTPLWRLSYEEQLKVKFAAQKKILQRLESYIQMLNGVSVTTAVP---KSER
:.:::::::: . : :::. : ...::.: . : : . . . : ..
NP_001 PPVTRVADVVTPLWTVPYAEQLERKQLECEQVLQKLAKEIGSTNRALLPWLLEQRHKHNK
170 180 190 200 210 220
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 LSCLLHPIIPSPVINGYRNKSTFSVNRGPDGNPKTVGFYLGTWRDGNVVCVQSNHLKNIP
: :. . ::: . :::: : :. : ::. .::: :: .. :. . . .::
NP_001 ACCPLEGVRPSPQQTEYRNKCEFLVGVGVDGEDNTVGCRLGKYKGGTCAVAAPFDTVHIP
230 240 250 260 270 280
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pF1KE3 EKHSQVAQYYEVFLRQSPLEPCLVFHEGGYWRELTVRTNSQGHTMAIITFHPQKLSQEEL
: .::.. .. :.:..: :.:..:::::. . ..::: ::::::: :::
NP_001 EATKQVVKAFQEFIRSTPYSAYDPETYTGHWKQLTVRTSRRHQAMAIAYFHPQKLSPEEL
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pF1KE3 HVQKEIVKEFFIRGPGAACGLTSLYFQESTMTRCSHQQS-PYQLLFGEPYIFEELLSLKI
: . . : ::: : :.: ::: : . . :.. : . . :. : :.::.: .
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pF1KE3 RISPDAFFQINTAGAEMLYRTVGELTGVNSDTILLDICCGTGVIGLSLA-----------
:::: ::::.:: .::.:: .. . . ... ...::.:::::.:::.::
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pF1KE3 -------QHTSRVLGIELLEQAVEDARWTAAFNGITNSEFHTGQAEKILPGLLKSKEDGQ
:...::.:.:: .:::::: .: : ..: ::: :.:: ..: :. :. .:
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pF1KE3 SIVAVVNPARAGLHYKVIQAIRNFRAIHTLVFVSCKLHGESTRNVIELCCPPDPAKKLLG
.::...: ::::: ::: ::: . .. :..:::. .. . : ..:: : .... :
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pF1KE3 EPFVLQQAVPVDLFPHTPHCELVLLFTR
:: .:: :::::.:::::...:: :
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>>XP_011528441 (OMIM: 611151) PREDICTED: tRNA (uracil-5- (643 aa)
initn: 1001 init1: 362 opt: 669 Z-score: 789.9 bits: 156.0 E(85289): 2.9e-37
Smith-Waterman score: 1025; 36.2% identity (61.2% similar) in 538 aa overlap (1-504:77-606)
10 20 30
pF1KE3 MAGLKRRVPLHSLRYFISMVGLFSKPGLLP
. .. :.. . ..: :.. :: .:
XP_011 AGAATGPGPQPGLYSYIRDDLFTSEIFKLELQNVPRHASFSDVRRFLGRFGL--QPHKTK
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40 50 60 70 80
pF1KE3 WYARNPPGWSQLFLGTVCKGDFTRVIATKCQKGQKSQ---KKPSHLGPL------DGSWQ
... :: : ... . ::. ::. . .:. :. .: .
XP_011 LFGQ-PPCAFVTFRSAAERDKALRVLHGALWKGRPLSVRLARPKA-DPMARRRRQEGESE
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130
pF1KE3 E---RLADVVTPLWRLSYEEQLKVKFAAQKKILQRLESYIQMLNGVSVTTAVP---KSER
:.:::::::: . : :::. : ...::.: . : : . . . : ..
XP_011 PPVTRVADVVTPLWTVPYAEQLERKQLECEQVLQKLAKEIGSTNRALLPWLLEQRHKHNK
170 180 190 200 210 220
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 LSCLLHPIIPSPVINGYRNKSTFSVNRGPDGNPKTVGFYLGTWRDGNVVCVQSNHLKNIP
: :. . ::: . :::: : :. : ::. .::: :: .. :. . . .::
XP_011 ACCPLEGVRPSPQQTEYRNKCEFLVGVGVDGEDNTVGCRLGKYKGGTCAVAAPFDTVHIP
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pF1KE3 EKHSQVAQYYEVFLRQSPLEPCLVFHEGGYWRELTVRTNSQGHTMAIITFHPQKLSQEEL
: .::.. .. :.:..: :.:..:::::. . ..::: ::::::: :::
XP_011 EATKQVVKAFQEFIRSTPYSAYDPETYTGHWKQLTVRTSRRHQAMAIAYFHPQKLSPEEL
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pF1KE3 HVQKEIVKEFFIRGPGAACGLTSLYFQESTMTRCSHQQS-PYQLLFGEPYIFEELLSLKI
: . . : ::: : :.: ::: : . . :.. : . . :. : :.::.: .
XP_011 AELKTSLAQHFTAGPGRASGVTCLYFVEEGQRKTPSQEGLPLEHVAGDRCIHEDLLGLTF
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:::: ::::.:: .::.:: .. . . ... ...::.:::::.:::.::
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pF1KE3 -------QHTSRVLGIELLEQAVEDARWTAAFNGITNSEFHTGQAEKILPGLLKSKEDGQ
:...::.:.:: .:::::: .: : ..: ::: :.:: ..: :. :. .:
XP_011 RHHAFLFQKVKRVIGVELCPEAVEDARVNAQDNELSNVEFHCGRAEDLVPTLV-SRLASQ
470 480 490 500 510 520
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pF1KE3 SIVAVVNPARAGLHYKVIQAIRNFRAIHTLVFVSCKLHGESTRNVIELCCPPDPAKKLLG
.::...: ::::: ::: ::: . .. :..:::. .. . : ..:: : .... :
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XP_011 PGRASGVTCLYFVEEGQRKTPSQEGLPLEHVAGDRCIHEDLLGLTFRISPHAFFQVNTPA
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pF1KE3 AEMLYRTVGELTGVNSDTILLDICCGTGVIGLSLA------------------QHTSRVL
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504 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]