Result of FASTA (ccds) for
pFN21AA1777
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1777, 948 aa
1>>>pF1KA1777 948 - 948 aa - 948 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9884+/-0.0011; mu= 12.8171+/- 0.066
mean_var=119.1511+/-23.293, 0's: 0 Z-trim(105.9): 123 B-trim: 2 in 1/53
Lambda= 0.117497
statistics sampled from 8569 (8706) to 8569 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.621), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16
Scan time: 2.480
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS83279.1 UNC5D gene_id:137970|Hs108|chr8 ( 948) 6514 1116.4 0
CCDS6093.2 UNC5D gene_id:137970|Hs108|chr8 ( 953) 6333 1085.7 0
CCDS58083.1 UNC5B gene_id:219699|Hs108|chr10 ( 934) 3305 572.5 1.4e-162
CCDS7309.1 UNC5B gene_id:219699|Hs108|chr10 ( 945) 2479 432.4 1.9e-120
CCDS3643.1 UNC5C gene_id:8633|Hs108|chr4 ( 931) 1673 295.8 2.6e-79
CCDS34299.1 UNC5A gene_id:90249|Hs108|chr5 ( 842) 1124 202.7 2.5e-51
CCDS4847.1 UNC5CL gene_id:222643|Hs108|chr6 ( 518) 397 79.4 2.1e-14
CCDS30956.1 HMCN1 gene_id:83872|Hs108|chr1 (5635) 407 81.7 4.5e-14
CCDS4968.1 ADGRB3 gene_id:577|Hs108|chr6 (1522) 355 72.5 6.9e-12
CCDS54611.1 ROBO1 gene_id:6091|Hs108|chr3 (1651) 343 70.5 3e-11
CCDS54610.1 ROBO1 gene_id:6091|Hs108|chr3 (1551) 341 70.2 3.7e-11
CCDS46872.2 ROBO1 gene_id:6091|Hs108|chr3 (1606) 341 70.2 3.8e-11
CCDS32194.1 THBS1 gene_id:7057|Hs108|chr15 (1170) 337 69.4 4.6e-11
CCDS34574.1 THBS2 gene_id:7058|Hs108|chr6 (1172) 336 69.2 5.2e-11
CCDS43109.1 ROBO2 gene_id:6092|Hs108|chr3 (1378) 337 69.4 5.3e-11
CCDS54609.1 ROBO2 gene_id:6092|Hs108|chr3 (1394) 337 69.4 5.4e-11
>>CCDS83279.1 UNC5D gene_id:137970|Hs108|chr8 (948 aa)
initn: 6514 init1: 6514 opt: 6514 Z-score: 5972.2 bits: 1116.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6514; 100.0% identity (100.0% similar) in 948 aa overlap (1-948:1-948)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MILVLVKALSDVCAGTSGFLLDFSSQTSPGTDNGEALPESIPSAPGTLPHFIEEPDDAYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MILVLVKALSDVCAGTSGFLLDFSSQTSPGTDNGEALPESIPSAPGTLPHFIEEPDDAYI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 IKSNPIALRCKARPAMQIFFKCNGEWVHQNEHVSEETLDESSGLKVREVFINVTRQQVED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 IKSNPIALRCKARPAMQIFFKCNGEWVHQNEHVSEETLDESSGLKVREVFINVTRQQVED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 FHGPEDYWCQCVAWSHLGTSKSRKASVRIAYLRKNFEQDPQGREVPIEGMIVLHCRPPEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 FHGPEDYWCQCVAWSHLGTSKSRKASVRIAYLRKNFEQDPQGREVPIEGMIVLHCRPPEG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 VPAAEVEWLKNEEPIDSEQDENIDTRADHNLIIRQARLSDSGNYTCMAANIVAKRRSLSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VPAAEVEWLKNEEPIDSEQDENIDTRADHNLIIRQARLSDSGNYTCMAANIVAKRRSLSA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 TVVVYVNGGWSSWTEWSACNVRCGRGWQKRSRTCTNPAPLNGGAFCEGMSVQKITCTSLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 TVVVYVNGGWSSWTEWSACNVRCGRGWQKRSRTCTNPAPLNGGAFCEGMSVQKITCTSLC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 PVDGSWEVWSEWSVCSPECEHLRIRECTAPPPRNGGKFCEGLSQESENCTDGLCILDKKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PVDGSWEVWSEWSVCSPECEHLRIRECTAPPPRNGGKFCEGLSQESENCTDGLCILDKKP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 LHEIKPQSIENASDIALYSGLGAAVVAVAVLVIGVTLYRRSQSDYGVDVIDSSALTGGFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LHEIKPQSIENASDIALYSGLGAAVVAVAVLVIGVTLYRRSQSDYGVDVIDSSALTGGFQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 TFNFKTVRQGNSLLLNSAMQPDLTVSRTYSGPICLQDPLDKELMTESSLFNPLSDIKVKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 TFNFKTVRQGNSLLLNSAMQPDLTVSRTYSGPICLQDPLDKELMTESSLFNPLSDIKVKV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 QSSFMVSLGVSERAEYHGKNHSRTFPHGNNHSFSTMHPRNKMPYIQNLSSLPTRTELRTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 QSSFMVSLGVSERAEYHGKNHSRTFPHGNNHSFSTMHPRNKMPYIQNLSSLPTRTELRTT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 GVFGHLGGRLVMPNTGVSLLIPHGAIPEENSWEIYMSINQGEPSLQSDGSEVLLSPEVTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 GVFGHLGGRLVMPNTGVSLLIPHGAIPEENSWEIYMSINQGEPSLQSDGSEVLLSPEVTC
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 GPPDMIVTTPFALTIPHCADVSSEHWNIHLKKRTQQGKWEEVMSVEDESTSCYCLLDPFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 GPPDMIVTTPFALTIPHCADVSSEHWNIHLKKRTQQGKWEEVMSVEDESTSCYCLLDPFA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 CHVLLDSFGTYALTGEPITDCAVKQLKVAVFGCMSCNSLDYNLRVYCVDNTPCAFQEVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 CHVLLDSFGTYALTGEPITDCAVKQLKVAVFGCMSCNSLDYNLRVYCVDNTPCAFQEVVS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 DERHQGGQLLEEPKLLHFKGNTFSLQISVLDIPPFLWRIKPFTACQEVPFSRVWCSNRQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 DERHQGGQLLEEPKLLHFKGNTFSLQISVLDIPPFLWRIKPFTACQEVPFSRVWCSNRQP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 LHCAFSLERYTPTTTQLSCKICIRQLKGHEQILQVQTSILESERETITFFAQEDSTFPAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LHCAFSLERYTPTTTQLSCKICIRQLKGHEQILQVQTSILESERETITFFAQEDSTFPAQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 TGPKAFKIPYSIRQRICATFDTPNAKGKDWQMLAQKNSINRNLSYFATQSSPSAVILNLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 TGPKAFKIPYSIRQRICATFDTPNAKGKDWQMLAQKNSINRNLSYFATQSSPSAVILNLW
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940
pF1KA1 EARHQHDGDLDSLACALEEIGRTHTKLSNISESQLDEADFNYSRQNGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 EARHQHDGDLDSLACALEEIGRTHTKLSNISESQLDEADFNYSRQNGL
910 920 930 940
>>CCDS6093.2 UNC5D gene_id:137970|Hs108|chr8 (953 aa)
initn: 6333 init1: 6333 opt: 6333 Z-score: 5806.4 bits: 1085.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6333; 100.0% identity (100.0% similar) in 919 aa overlap (30-948:35-953)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MILVLVKALSDVCAGTSGFLLDFSSQTSPGTDNGEALPESIPSAPGTLPHFIEEPDDAY
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 AATAGGGGGARRWLPWLGLCFWAAGTAAARGTDNGEALPESIPSAPGTLPHFIEEPDDAY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 IIKSNPIALRCKARPAMQIFFKCNGEWVHQNEHVSEETLDESSGLKVREVFINVTRQQVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 IIKSNPIALRCKARPAMQIFFKCNGEWVHQNEHVSEETLDESSGLKVREVFINVTRQQVE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 DFHGPEDYWCQCVAWSHLGTSKSRKASVRIAYLRKNFEQDPQGREVPIEGMIVLHCRPPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 DFHGPEDYWCQCVAWSHLGTSKSRKASVRIAYLRKNFEQDPQGREVPIEGMIVLHCRPPE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 GVPAAEVEWLKNEEPIDSEQDENIDTRADHNLIIRQARLSDSGNYTCMAANIVAKRRSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 GVPAAEVEWLKNEEPIDSEQDENIDTRADHNLIIRQARLSDSGNYTCMAANIVAKRRSLS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 ATVVVYVNGGWSSWTEWSACNVRCGRGWQKRSRTCTNPAPLNGGAFCEGMSVQKITCTSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 ATVVVYVNGGWSSWTEWSACNVRCGRGWQKRSRTCTNPAPLNGGAFCEGMSVQKITCTSL
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 CPVDGSWEVWSEWSVCSPECEHLRIRECTAPPPRNGGKFCEGLSQESENCTDGLCILDKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 CPVDGSWEVWSEWSVCSPECEHLRIRECTAPPPRNGGKFCEGLSQESENCTDGLCILDKK
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 PLHEIKPQSIENASDIALYSGLGAAVVAVAVLVIGVTLYRRSQSDYGVDVIDSSALTGGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 PLHEIKPQSIENASDIALYSGLGAAVVAVAVLVIGVTLYRRSQSDYGVDVIDSSALTGGF
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 QTFNFKTVRQGNSLLLNSAMQPDLTVSRTYSGPICLQDPLDKELMTESSLFNPLSDIKVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 QTFNFKTVRQGNSLLLNSAMQPDLTVSRTYSGPICLQDPLDKELMTESSLFNPLSDIKVK
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 VQSSFMVSLGVSERAEYHGKNHSRTFPHGNNHSFSTMHPRNKMPYIQNLSSLPTRTELRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 VQSSFMVSLGVSERAEYHGKNHSRTFPHGNNHSFSTMHPRNKMPYIQNLSSLPTRTELRT
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 TGVFGHLGGRLVMPNTGVSLLIPHGAIPEENSWEIYMSINQGEPSLQSDGSEVLLSPEVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 TGVFGHLGGRLVMPNTGVSLLIPHGAIPEENSWEIYMSINQGEPSLQSDGSEVLLSPEVT
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 CGPPDMIVTTPFALTIPHCADVSSEHWNIHLKKRTQQGKWEEVMSVEDESTSCYCLLDPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 CGPPDMIVTTPFALTIPHCADVSSEHWNIHLKKRTQQGKWEEVMSVEDESTSCYCLLDPF
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 ACHVLLDSFGTYALTGEPITDCAVKQLKVAVFGCMSCNSLDYNLRVYCVDNTPCAFQEVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 ACHVLLDSFGTYALTGEPITDCAVKQLKVAVFGCMSCNSLDYNLRVYCVDNTPCAFQEVV
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 SDERHQGGQLLEEPKLLHFKGNTFSLQISVLDIPPFLWRIKPFTACQEVPFSRVWCSNRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 SDERHQGGQLLEEPKLLHFKGNTFSLQISVLDIPPFLWRIKPFTACQEVPFSRVWCSNRQ
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 PLHCAFSLERYTPTTTQLSCKICIRQLKGHEQILQVQTSILESERETITFFAQEDSTFPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 PLHCAFSLERYTPTTTQLSCKICIRQLKGHEQILQVQTSILESERETITFFAQEDSTFPA
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 QTGPKAFKIPYSIRQRICATFDTPNAKGKDWQMLAQKNSINRNLSYFATQSSPSAVILNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 QTGPKAFKIPYSIRQRICATFDTPNAKGKDWQMLAQKNSINRNLSYFATQSSPSAVILNL
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930 940
pF1KA1 WEARHQHDGDLDSLACALEEIGRTHTKLSNISESQLDEADFNYSRQNGL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 WEARHQHDGDLDSLACALEEIGRTHTKLSNISESQLDEADFNYSRQNGL
910 920 930 940 950
>>CCDS58083.1 UNC5B gene_id:219699|Hs108|chr10 (934 aa)
initn: 2830 init1: 1644 opt: 3305 Z-score: 3032.5 bits: 572.5 E(32554): 1.4e-162
Smith-Waterman score: 3419; 54.4% identity (78.8% similar) in 910 aa overlap (27-923:24-922)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MILVLVKALSDVCAGTSGFLLDFSSQTSPGTDNG-EALPESIPSAPGT-LPHFIEEPDDA
.. :::.: :.::.:.::::. ::.:..::.::
CCDS58 MGARSGARGALLLALLLCWDPRLSQAGTDSGSEVLPDSFPSAPAEPLPYFLQEPQDA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 YIIKSNPIALRCKARPAMQIFFKCNGEWVHQNEHVSEETLDESSGLKVREVFINVTRQQV
::.:..:. :::.: :: ::.:::::::: ::.::..: :::..::.:::: :.:.::::
CCDS58 YIVKNKPVELRCRAFPATQIYFKCNGEWVSQNDHVTQEGLDEATGLRVREVQIEVSRQQV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 EDFHGPEDYWCQCVAWSHLGTSKSRKASVRIAYLRKNFEQDPQGREVPIEGMIVLHCRPP
:.. : ::::::::::: ::.:::.: ::::::::::.:.: :.:::.. ..:.::::
CCDS58 EELFGLEDYWCQCVAWSSAGTTKSRRAYVRIAYLRKNFDQEPLGKEVPLDHEVLLQCRPP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 EGVPAAEVEWLKNEEPIDSEQDENIDTRADHNLIIRQARLSDSGNYTCMAANIVAKRRSL
::::.:::::::::. :: :: :. :::::::::::::..::::.: ::::::::
CCDS58 EGVPVAEVEWLKNEDVIDPTQDTNFLLTIDHNLIIRQARLSDTANYTCVAKNIVAKRRST
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SATVVVYVNGGWSSWTEWSACNVRCGRGWQKRSRTCTNPAPLNGGAFCEGMSVQKITCTS
.:::.::::::::::.::: :. :::::::::.:::::::::::::::::.. :: .::.
CCDS58 TATVIVYVNGGWSSWAEWSPCSNRCGRGWQKRTRTCTNPAPLNGGAFCEGQAFQKTACTT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 LCPVDGSWEVWSEWSVCSPECEHLRIRECTAPPPRNGGKFCEGLSQESENCTDGLCILDK
.:::::.: ::.::.:: :: : : ::: ::::.:::. : : .:.:::::::.
CCDS58 ICPVDGAWTEWSKWSACSTECAHWRSRECMAPPPQNGGRDCSGTLLDSKNCTDGLCM---
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 KPLHEIKPQSIENASDIALYSGLGAAV-VAVAVLV-IGVTLYRRSQSDYGVDVIDSSA-L
: .: ..: :::.:: .:. :.::.:. .::..:::. :. .:. :::: :
CCDS58 --------QMLEASGDAALYAGLVVAIFVVVAILMAVGVVVYRRNCRDFDTDITDSSAAL
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 TGGFQTFNFKTVRQGNSLLLNSAMQPDLTVSR-TYSGPI-CLQDPLDKELMTESSLFNPL
::::. ::::.: .: ::. .. ::::.: : ::. ::: :: ::.: :..::
CCDS58 TGGFHPVNFKTARPSNPQLLHPSVPPDLTASAGIYRGPVYALQDSTDKIPMTNSPLLDPL
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 SDIKVKVQSSFMVSLG--VSERAEYHGKNHSRTFPHGNNHSFSTMHPRNKMPYIQNLSSL
..:::: :: .. : ... :. : :.: .. .: :. :.: .:
CCDS58 PSLKVKVYSSSTTGSGPGLADGADLLGVLPPGTYPSDFARDTHFLHLRSASLGSQQLLGL
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 PTRTELRTTGVFGHLGGRLVMPNTGVSLLIPHGAIPEENSWEIYMSINQGEPSLQ-SDGS
: ..:.:: ::::: .:.::::::.:.::::. . .:.:. ::..: .: :.:.
CCDS58 PRDPGSSVSGTFGCLGGRLSIPGTGVSLLVPNGAIPQGKFYEMYLLINKAESTLPLSEGT
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640
pF1KA1 EVLLSPEVTCGPPDMIVTTPFALTIPHCADVSSEHWNIHLKKRTQQGKWEEVMSVEDES-
...::: ::::: ... : ::.::::.::.. : ..:: ...::.::::.....:.
CCDS58 QTVLSPSVTCGPTGLLLCRPVILTMPHCAEVSARDWIFQLKTQAHQGHWEEVVTLDEETL
590 600 610 620 630 640
650 660 670 680 690 700
pF1KA1 -TSCYCLLDPFACHVLLDSFGTYALTGEPITDCAVKQLKVAVFGCMSCNSLDYNLRVYCV
: ::: :.: :::.:::..:::..::: . :::.:..:::. :.::.:.:::::.
CCDS58 NTPCYCQLEPRACHILLDQLGTYVFTGESYSRSAVKRLQLAVFAPALCTSLEYSLRVYCL
650 660 670 680 690 700
710 720 730 740 750 760
pF1KA1 DNTPCAFQEVVSDERHQGGQLLEEPKLLHFKGNTFSLQISVLDIPPFLWRIKPFTACQEV
..:: :..::. :: :: :.:::: : :: . .:..:. :.: :: : .. ::.
CCDS58 EDTPVALKEVLELERTLGGYLVEEPKPLMFKDSYHNLRLSLHDLPHAHWRSKLLAKYQEI
710 720 730 740 750 760
770 780 790 800 810 820
pF1KA1 PFSRVWCSNRQPLHCAFSLERYTPTTTQLSCKICIRQLKGHEQILQVQTSILESERETI-
:: ..: .... :::.:.:::.. ..:.:.::::.::..:. ::.:..:.. :. ..
CCDS58 PFYHIWSGSQKALHCTFTLERHSLASTELTCKICVRQVEGEGQIFQLHTTLAETPAGSLD
770 780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KA1 TFFAQEDSTFPAQTGPKAFKIPYSIRQRICATFDTPNAKGKDWQMLAQKNSINRNLSYFA
:. . :: .: :: ::::: ::::.:: ..:.::..:.::.::::: :..: :.:::
CCDS58 TLCSAPGSTVTTQLGPYAFKIPLSIRQKICNSLDAPNSRGNDWRMLAQKLSMDRYLNYFA
830 840 850 860 870 880
890 900 910 920 930 940
pF1KA1 TQSSPSAVILNLWEARHQHDGDLDSLACALEEIGRTHTKLSNISESQLDEADFNYSRQNG
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pF1KA1 L
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10 20 30 40 50
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.:::.::::::::::.::: :. :::::::::.:::::::::::::::::.. :: .::.
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.:::::.: ::.::.:: :: : : ::: ::::.:::. : : .:.:::::::. .:
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..:::: :: .. : ... :. : :.: .. .: :. :.: .:
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...::: ::::: ... : ::.::::.::.. : ..:: ...::.::::.....:.
CCDS73 QTVLSPSVTCGPTGLLLCRPVILTMPHCAEVSARDWIFQLKTQAHQGHWEEVVTLDEETL
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pF1KA1 -TSCYCLLDPFACHVLLDSFGTYALTGEPITDCAVKQLKVAVFGCMSCNSLDYNLRVYCV
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CCDS73 NTPCYCQLEPRACHILLDQLGTYVFTGESYSRSAVKRLQLAVFAPALCTSLEYSLRVYCL
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pF1KA1 DNTPCAFQEVVSDERHQGGQLLEEPKLLHFKGNTFSLQISVLDIPPFLWRIKPFTACQEV
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CCDS73 EDTPVALKEVLELERTLGGYLVEEPKPLMFKDSYHNLRLSLHDLPHAHWRSKLLAKYQEI
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pF1KA1 PFSRVWCSNRQPLHCAFSLERYTPTTTQLSCKICIRQLKGHEQILQVQTSILESERETI-
:: ..: .... :::.:.:::.. ..:.:.::::.::..:. ::.:..:.. :. ..
CCDS73 PFYHIWSGSQKALHCTFTLERHSLASTELTCKICVRQVEGEGQIFQLHTTLAETPAGSLD
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pF1KA1 TFFAQEDSTFPAQTGPKAFKIPYSIRQRICATFDTPNAKGKDWQMLAQKNSINRNLSYFA
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CCDS73 TLCSAPGSTVTTQLGPYAFKIPLSIRQKICNSLDAPNSRGNDWRMLAQKLSMDRYLNYFA
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CCDS73 TKASPTGVILDLWEALQQDDGDLNSLASALEEMGKSEMLVAVATDGDC
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pF1KA1 L
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10 20 30 40
pF1KA1 MILVLVKALSDVCAGTSGFLLDFSSQTSPGTDNG--EALPESIPSAPGT-
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CCDS36 MRKGLRATAARCGLGLGYLLQMLVLPALALLSASGTGSAAQDDDFFHELPETFPSDPPEP
10 20 30 40 50 60
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CCDS36 LPHFLIEPEEAYIVKNKPVNLYCKASPATQIYFKCNSEWVHQKDHIVDERVDETSGLIVR
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110 120 130 140 150 160
pF1KA1 EVFINVTRQQVEDFHGPEDYWCQCVAWSHLGTSKSRKASVRIAYLRKNFEQDPQGREVPI
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CCDS36 EVSIEISRQQVEELFGPEDYWCQCVAWSSAGTTKSRKAYVRIAYLRKTFEQEPLGKEVSL
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170 180 190 200 210 220
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CCDS36 EQEVLLQCRPPEGIPVAEVEWLKNEDIIDPVEDRNFYITIDHNLIIKQARLSDTANYTCV
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CCDS36 AKNIVAKRKSTTATVIVYVNGGWSTWTEWSVCNSRCGRGYQKRTRTCTNPAPLNGGAFCE
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CCDS36 GQSVQKIACTTLCPVDGRWTPWSKWSTCGTECTHWRRRECTAPAPKNGGKDCDGLVLQSK
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
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::.: ...:: ..:.:: .. . .. .:. :. :. . : . .:.
CCDS36 PMTNSPILDPLPNLKIKVYNTSGAVTPQDDLSEFT----SKLSPQ---MTQSLL--ENEA
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CCDS36 LSLKN-QSLARQTDPSCTAFGSFNSLGGHLIVPNSGVSLLIPAGAIPQGRVYEMYVTVHR
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pF1KA1 GE---PSLQSDGSEVLLSPEVTCGPPDMIVTTPFALTIPHCADVSSEHWNIHLKKRTQQG
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CCDS36 KETMRPPM--DDSQTLLTPVVSCGPPGALLTRPVVLTMHHCADPNTEDWKILLKNQAAQG
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pF1KA1 KWEEVMSVEDE--STSCYCLLDPFACHVLLDSFGTYALTGEPITDCAVKQLKVAVFGCMS
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CCDS36 QWEDVVVVGEENFTTPCYIQLDAEACHILTENLSTYALVGHSTTKAAAKRLKLAIFGPLC
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pF1KA1 CNSLDYNLRVYCVDNTPCAFQEVVSDERHQGGQLLEEPKLLHFKGNTFSLQISVLDIPPF
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CCDS36 CSSLEYSIRVYCLDDTQDALKEILHLERQMGGQLLEEPKALHFKGSTHNLRLSIHDIAHS
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pF1KA1 LWRIKPFTACQEVPFSRVWCSNRQPLHCAFSLERYTPTTTQLSCKICIRQLKGHEQILQV
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CCDS36 LWKSKLLAKYQEIPFYHVWSGSQRNLHCTFTLERFSLNTVELVCKLCVRQVEGEGQIFQL
760 770 780 790 800 810
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pF1KA1 QTSILESERETITFFAQEDSTFPAQTGPKAFKIPYSIRQRICATFDTPNAKGKDWQMLAQ
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CCDS36 NCTVSEEPTGIDLPLLDPANTITTVTGPSAFSIPLPIRQKLCSSLDAPQTRGHDWRMLAH
820 830 840 850 860 870
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pF1KA1 KNSINRNLSYFATQSSPSAVILNLWEARHQHDGDLDSLACALEEIGRTHTKLSNISESQL
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CCDS36 KLNLDRYLNYFATKSSPTGVILDLWEAQNFPDGNLSMLAAVLEEMGRHETVVSLAAEGQY
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940
pF1KA1 DEADFNYSRQNGL
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pF1KA1 MILVLVKALSDVCAGTSGFLLDFSSQTSPGTDNGEALPESIPSA-PGTLPHFIEEPDDAY
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CCDS34 MAVRPGLWPALLGIVLAAWLRGSGAQQSATVANPVPGANPDLLPHFLVEPEDVY
10 20 30 40 50
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pF1KA1 IIKSNPIALRCKARPAMQIFFKCNGEWVHQNEHVSEETLDESSGLKVREVFINVTRQQVE
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CCDS34 IVKNKPVLLVCKAVPATQIFFKCNGEWVRQVDHVIERSTDGSSGLPTMEVRINVSRQQVE
60 70 80 90 100 110
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pF1KA1 DFHGPEDYWCQCVAWSHLGTSKSRKASVRIAYLRKNFEQDPQGREVPIEGMIVLHCRPPE
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CCDS34 KVFGLEEYWCQCVAWSSSGTTKSQKAYIRIAYLRKNFEQEPLAKEVSLEQGIVLPCRPPE
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pF1KA1 GVPAAEVEWLKNEEPIDSEQDENIDTRADHNLIIRQARLSDSGNYTCMAANIVAKRRSLS
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CCDS34 GIPPAEVEWLRNEDLVDPSLDPNVYITREHSLVVRQARLADTANYTCVAKNIVARRRSAS
180 190 200 210 220 230
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pF1KA1 ATVVVYVNGGWSSWTEWSACNVRCGRGWQKRSRTCTNPAPLNGGAFCEGMSVQKITCTSL
:.:.:::.:.:: :..::::..
CCDS34 AAVIVYVDGSWSPWSKWSACGL--------------------------------------
240 250
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pF1KA1 CPVDGSWEVWSEWSVCSPECEHLRIRECTAPPPRNGGKFCEGLSQESENCTDGLCILDKK
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CCDS34 ------------------DCTHWRSRECSDPAPRNGGEECQGTDLDTRNCTSDLCV----
260 270 280 290
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pF1KA1 PLHEIKPQSIENASDIALYSGLGA-AVVAVAVLVIGVTLYRRSQSDYGVDVIDSSALTGG
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CCDS34 -------HTASGPEDVALYVGLIAVAVCLVLLLLVLILVYCRKKEGLDSDVADSSILTSG
300 310 320 330 340
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pF1KA1 FQTFNFKTVRQGNSLLLNSAMQPDL-TVSRTYSGPIC-LQD-PLDKELMTESSLFNPLSD
:: ..: . : :: ..:::: :.. ::.: .: :: : : .:.. :..::.
CCDS34 FQPVSIKPSKADNPHLL--TIQPDLSTTTTTYQGSLCPRQDGPSPKFQLTNGHLLSPLGG
350 360 370 380 390 400
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pF1KA1 IKVKVQSSFMVSLGVSERAEYHGKNHSRTFPHGNNHSFSTMHPRNKMPYIQNLSSLPTRT
. : .:: : .. . : . .. . . ::: :
CCDS34 GR-------------------HTLHHSS--PTSEAEEFVS-----RLSTQNYFRSLPRGT
410 420 430
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pF1KA1 ELRTTGVFGHLGGRLVMPNTGVSLLIPHGAIPEENSWEIYMSINQGEP-SLQSDGSEVLL
: :.:. :::::..::::.::::: :::. . .:::..... : : : ..::
CCDS34 SNMTYGTFNFLGGRLMIPNTGISLLIPPDAIPRGKIYEIYLTLHKPEDVRLPLAGCQTLL
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pF1KA1 SPEVTCGPPDMIVTTPFALTIPHCADVSSEHWNIHLKKRTQQGKWEEVMSVEDESTSC--
:: :.:::: ...: : :.. ::.. : . :...:::.. .:.::.:. . .:. :
CCDS34 SPIVSCGPPGVLLTRPVILAMDHCGEPSPDSWSLRLKKQSCEGSWEDVLHLGEEAPSHLY
500 510 520 530 540 550
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pF1KA1 YCLLDPFACHVLLDSFGTYALTGEPITDCAVKQLKVAVFGCMSCNSLDYNLRVYCVDNTP
:: :. ::.:. ...: .::.:: .. :.:.::. .:. ..:.::.::.::::. .:
CCDS34 YCQLEASACYVFTEQLGRFALVGEALSVAAAKRLKLLLFAPVACTSLEYNIRVYCLHDTH
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pF1KA1 CAFQEVVSDERHQGGQLLEEPKLLHFKGNTFSLQISVLDIPPFLWRIKPFTACQEVPFSR
:..:::. :.. ::::..::..:::: . .:..:. :.: ::. : ... ::.:: .
CCDS34 DALKEVVQLEKQLGGQLIQEPRVLHFKDSYHNLRLSIHDVPSSLWKSKLLVSYQEIPFYH
620 630 640 650 660 670
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pF1KA1 VWCSNRQPLHCAFSLERYTPTTTQLSCKICIRQLKGHEQILQVQTSILESERETITFFAQ
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CCDS34 IWNGTQRYLHCTFTLERVSPSTSDLACKLWVWQVEGDGQSFSINFNITKDTRFAELLALE
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pF1KA1 EDSTFPAQTGPKAFKIPYSIRQRICATFDTPNAKGKDWQMLAQKNSINRNLSYFATQSSP
.. :: .::.:::::. :::.: ...: : .: ::. :::: .. .::.::.. ::
CCDS34 SEAGVPALVGPSAFKIPFLIRQKIISSLDPPCRRGADWRTLAQKLHLDSHLSFFASKPSP
740 750 760 770 780 790
900 910 920 930 940
pF1KA1 SAVILNLWEARHQHDGDLDSLACALEEIGRTHTKLSNISESQLDEADFNYSRQNGL
.:.::::::::: .:.:..:: :. .:. . : ..::..
CCDS34 TAMILNLWEARHFPNGNLSQLAAAVAGLGQPDAGLFTVSEAEC
800 810 820 830 840
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initn: 278 init1: 103 opt: 397 Z-score: 372.2 bits: 79.4 E(32554): 2.1e-14
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520 530 540 550 560 570
pF1KA1 TMHPRNKMPYIQNLSSLPTRTELRTTGVFGHLGGRLVMPNTGVSLLIPHGAIP----EEN
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CCDS48 YQELHTPTQGQTMVRQLMHKLLVFSAREVDHRGGCLMLQDTGISLLIPPGAVAVGRQERV
80 90 100 110 120 130
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pF1KA1 SWEIYMSINQGEPSL-QSDGSEVLLSPEVTCGPPDMIVTTPFALTIPHCADVSSEHWNIH
: . ..... ::: :..: :.:: :.::: : .::. :::. :. .
CCDS48 SLILVWDLSDA-PSLSQAQG---LVSPVVACGPHGASFLKPCTLTFKHCAEQPSHARTYS
140 150 160 170 180 190
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pF1KA1 LKKRTQQGK-WEEVMSVEDESTSCYCLLDPFACHVLLDSFGTYALTGE-PITDCAVKQLK
. ..: :. . ... : :.. :. :. :. . : :. : : :.
CCDS48 SNTTLLDAKVWRPLGRPGAHASR-----DE--CRIHLSHFSLYTCVLEAPVGREARKWLQ
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>--
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]