Result of FASTA (omim) for
pFN21AA0726
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0726, 956 aa
1>>>pF1KA0726 956 - 956 aa - 956 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8783+/-0.000368; mu= 18.0210+/- 0.023
mean_var=77.3382+/-15.108, 0's: 0 Z-trim(114.0): 206 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.145840
statistics sampled from 23383 (23627) to 23383 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.64), E-opt: 0.2 (0.277), width: 16
Scan time: 10.350
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055533 (OMIM: 611324) calsyntenin-3 precursor [ ( 956) 6503 1378.5 0
XP_006719226 (OMIM: 611324) PREDICTED: calsyntenin ( 968) 6372 1350.9 0
NP_055759 (OMIM: 611321) calsyntenin-1 isoform 2 p ( 971) 3216 686.9 1.4e-196
NP_001009566 (OMIM: 611321) calsyntenin-1 isoform ( 981) 2983 637.8 7.8e-182
NP_001289812 (OMIM: 611321) calsyntenin-1 isoform ( 962) 1743 376.9 2.7e-103
NP_071414 (OMIM: 611323) calsyntenin-2 precursor [ ( 955) 1717 371.5 1.2e-101
XP_016862511 (OMIM: 611323) PREDICTED: calsyntenin ( 930) 1714 370.8 1.8e-101
NP_001207419 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 4 ( 459) 188 49.6 4.4e-05
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 190 50.1 5.3e-05
XP_011521106 (OMIM: 601364) PREDICTED: cadherin-13 ( 612) 188 49.7 5.6e-05
XP_011538642 (OMIM: 609502,613660) PREDICTED: cadh ( 656) 188 49.7 5.9e-05
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 190 50.2 5.9e-05
NP_001207418 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 3 ( 674) 188 49.7 6e-05
NP_001248 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 1 pre ( 713) 188 49.7 6.3e-05
NP_001165442 (OMIM: 609502,613660) cadherin-relate ( 745) 188 49.7 6.6e-05
NP_001207417 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 2 ( 760) 188 49.7 6.7e-05
XP_011538640 (OMIM: 609502,613660) PREDICTED: cadh ( 803) 188 49.7 7e-05
NP_149091 (OMIM: 609502,613660) cadherin-related f ( 859) 188 49.7 7.4e-05
XP_011538639 (OMIM: 609502,613660) PREDICTED: cadh ( 917) 188 49.8 7.9e-05
XP_016872676 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (3502) 191 50.7 0.00016
XP_016872675 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (3502) 191 50.7 0.00016
XP_016872674 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (3540) 191 50.7 0.00016
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 182 48.5 0.00017
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 182 48.5 0.00019
XP_016872673 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4395) 191 50.7 0.00019
XP_016872672 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4557) 191 50.7 0.0002
NP_001008781 (OMIM: 612483) protocadherin Fat 3 pr (4557) 191 50.7 0.0002
XP_016872671 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4580) 191 50.7 0.0002
XP_016872670 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4589) 191 50.7 0.0002
XP_016872669 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4592) 191 50.7 0.0002
XP_016872668 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4612) 191 50.7 0.0002
XP_016872667 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4612) 191 50.7 0.0002
XP_011530348 (OMIM: 612486) PREDICTED: protocadher (2594) 183 48.9 0.0004
XP_011535902 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349) 186 49.7 0.0004
XP_006714824 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349) 186 49.7 0.0004
XP_011535905 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349) 186 49.7 0.0004
XP_016864714 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349) 186 49.7 0.0004
NP_001438 (OMIM: 604269) protocadherin Fat 2 precu (4349) 186 49.7 0.0004
XP_016864713 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349) 186 49.7 0.0004
XP_011530351 (OMIM: 612486) PREDICTED: protocadher (1706) 180 48.2 0.00043
NP_060109 (OMIM: 612486) protocadherin-23 isoform (2916) 183 48.9 0.00044
NP_005236 (OMIM: 600976) protocadherin Fat 1 precu (4588) 185 49.5 0.00049
XP_006714202 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4588) 185 49.5 0.00049
XP_005262891 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4600) 185 49.5 0.00049
XP_005262892 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4600) 185 49.5 0.00049
NP_001304157 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 2 ( 754) 174 46.8 0.00051
XP_016864409 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 174 46.8 0.00054
XP_011512229 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 174 46.8 0.00054
NP_001304156 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 174 46.8 0.00054
NP_004052 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 pre ( 794) 174 46.8 0.00054
>>NP_055533 (OMIM: 611324) calsyntenin-3 precursor [Homo (956 aa)
initn: 6503 init1: 6503 opt: 6503 Z-score: 7388.3 bits: 1378.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6503; 100.0% identity (100.0% similar) in 956 aa overlap (1-956:1-956)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MTLLLLPLLLASLLASCSCNKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLFALDKDAPLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MTLLLLPLLLASLLASCSCNKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLFALDKDAPLR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 YAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQAYDCGEGPDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQAYDCGEGPDG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 ANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDRILRVEAIDGDCSPQYSQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDRILRVEAIDGDCSPQYSQI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 CYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAADDAEVEIQVKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 CYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAADDAEVEIQVKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 TCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSHVAKGCDRDNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSHVAKGCDRDNY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 SERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQAVQVPLGGPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQAVQVPLGGPS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 GLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTVQNEDGFSHYSLTVHGCRIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTVQNEDGFSHYSLTVHGCRIA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 FLYWPLLESARPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPTVTLYTDGISFDPALIHDNGLIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FLYWPLLESARPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPTVTLYTDGISFDPALIHDNGLIH
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 PPRREPALMIGACWTEEKNKEKEKGDNSTDTTQGDPLSIHHYFHGYLAGFSVRSGRLESR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PPRREPALMIGACWTEEKNKEKEKGDNSTDTTQGDPLSIHHYFHGYLAGFSVRSGRLESR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 EVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLTLEGDDVETFNHALQHVAYMNTLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLTLEGDDVETFNHALQHVAYMNTLR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 FATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQPDAPQILLSGTAHFARPAVDFEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQPDAPQILLSGTAHFARPAVDFEG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 TNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMSDEIVHNLDGCEISLVGDDLDPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMSDEIVHNLDGCEISLVGDDLDPE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 RESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEEILRQARYRLRHGAALYTRKFRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEEILRQARYRLRHGAALYTRKFRL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 SCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLHSMNRVAHPSHVLSSQQFLHRGHQPPPEMAGHSLASSHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLHSMNRVAHPSHVLSSQQFLHRGHQPPPEMAGHSLASSHR
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 NSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVSGAGGPPGASSDPKDPDLFWDDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVSGAGGPPGASSDPKDPDLFWDDS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KA0 ALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVADSPSSDERRIIETPPHRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVADSPSSDERRIIETPPHRY
910 920 930 940 950
>>XP_006719226 (OMIM: 611324) PREDICTED: calsyntenin-3 i (968 aa)
initn: 6372 init1: 6372 opt: 6372 Z-score: 7239.2 bits: 1350.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6372; 100.0% identity (100.0% similar) in 935 aa overlap (22-956:34-968)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MTLLLLPLLLASLLASCSCNKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLF
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GCELSGSTRVVVGVEALLTGASSPLPGVGPANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 ALDKDAPLRYAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ALDKDAPLRYAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 YDCGEGPDGANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDRILRVEAIDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 YDCGEGPDGANTKKSHKATVHVRVNDVNEFAPVFVERLYRAAVTEGKLYDRILRVEAIDG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 DCSPQYSQICYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAADD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DCSPQYSQICYYEILTPNTPFLIDNDGNIENTEKLQYSGERLYKFTVTAYDCGKKRAADD
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 AEVEIQVKPTCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AEVEIQVKPTCKPSWQGWNKRIEYAPGAGSLALFPGIRLETCDEPLWNIQATIELQTSHV
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 AKGCDRDNYSERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AKGCDRDNYSERALRKLCGAATGEVDLLPMPGPNANWTAGLSVHYSQDSSLIYWFNGTQA
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 VQVPLGGPSGLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTVQNEDGFSHYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VQVPLGGPSGLGSGPQDSLSDHFTLSFWMKHGVTPNKGKKEEETIVCNTVQNEDGFSHYS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 LTVHGCRIAFLYWPLLESARPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPTVTLYTDGISFDPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LTVHGCRIAFLYWPLLESARPVKFLWKLEQVCDDEWHHYALNLEFPTVTLYTDGISFDPA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 LIHDNGLIHPPRREPALMIGACWTEEKNKEKEKGDNSTDTTQGDPLSIHHYFHGYLAGFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LIHDNGLIHPPRREPALMIGACWTEEKNKEKEKGDNSTDTTQGDPLSIHHYFHGYLAGFS
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 VRSGRLESREVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLTLEGDDVETFNHALQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VRSGRLESREVIECLYACREGLDYRDFESLGKGMKVHVNPSQSLLTLEGDDVETFNHALQ
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 HVAYMNTLRFATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQPDAPQILLSGTAHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 HVAYMNTLRFATPGVRPLRLTTAVKCFSEESCVSIPEVEGYVVVLQPDAPQILLSGTAHF
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 ARPAVDFEGTNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMSDEIVHNLDGCEIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ARPAVDFEGTNGVPLFPDLQITCSISHQVEAKKDESWQGTVTDTRMSDEIVHNLDGCEIS
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KA0 LVGDDLDPERESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEEILRQARYRLRHGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LVGDDLDPERESLLLDTTSLQQRGLELTNTSAYLTIAGVESITVYEEILRQARYRLRHGA
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KA0 ALYTRKFRLSCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLHSMNRVAHPSHVLSSQQFLHRGHQPPPEMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ALYTRKFRLSCSEMNGRYSSNEFIVEVNVLHSMNRVAHPSHVLSSQQFLHRGHQPPPEMA
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KA0 GHSLASSHRNSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVSGAGGPPGASSDPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GHSLASSHRNSMIPSAATLIIVVCVGFLVLMVVLGLVRIHSLHRRVSGAGGPPGASSDPK
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930 940 950
pF1KA0 DPDLFWDDSALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVADSPSSDERRIIET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DPDLFWDDSALTIIVNPMESYQNRQSCVTGAVGGQQEDEDSSDSEVADSPSSDERRIIET
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 PPHRY
:::::
XP_006 PPHRY
>>NP_055759 (OMIM: 611321) calsyntenin-1 isoform 2 precu (971 aa)
initn: 3447 init1: 1679 opt: 3216 Z-score: 3650.5 bits: 686.9 E(85289): 1.4e-196
Smith-Waterman score: 3448; 52.4% identity (80.8% similar) in 944 aa overlap (8-945:15-939)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MTLLLLPLLLASLLASCSC--NKANKHKPWIEAEYQGIVMENDNTVLLNPPLF
::::.:: . . ..::::::.: :.::: ::::::::.:::.
NP_055 MLRRPAPALAPAARLLLAGLLCGGGVWAARVNKHKPWLEPTYHGIVTENDNTVLLDPPLI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 ALDKDAPLRYAGEICGFRLHGSGVPFEAVILDKATGEGLIRAKEPVDCEAQKEHTFTIQA
:::::::::.:::::::..::..:::.::..::.::::.::.:: .::: ::...:::::
NP_055 ALDKDAPLRFAGEICGFKIHGQNVPFDAVVVDKSTGEGVIRSKEKLDCELQKDYSFTIQA
70 80 90 100 110 120
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...:: : :.. :.:.::...::::: .:. . :.:::.::. ..: . ::
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..: :. .. ::: . : .:::: .: . : : .. ..::: :
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:....: :..::..:: :: ::.:::: ..::::.:.: : :::::.:..::::. ..:
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]