Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5241
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5241, 478 aa
1>>>pF1KB5241 478 - 478 aa - 478 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1513+/-0.00114; mu= 13.8387+/- 0.068
mean_var=80.1276+/-16.534, 0's: 0 Z-trim(103.2): 46 B-trim: 293 in 1/49
Lambda= 0.143279
statistics sampled from 7265 (7296) to 7265 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.586), E-opt: 0.2 (0.224), width: 16
Scan time: 2.220
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31243.1 IFIT1 gene_id:3434|Hs108|chr10 ( 478) 3153 661.8 4.3e-190
CCDS59220.1 IFIT1 gene_id:3434|Hs108|chr10 ( 447) 2932 616.1 2.3e-176
CCDS31242.1 IFIT1B gene_id:439996|Hs108|chr10 ( 474) 2143 453.1 3e-127
CCDS7403.1 IFIT5 gene_id:24138|Hs108|chr10 ( 482) 1765 374.9 1e-103
CCDS41548.1 IFIT2 gene_id:3433|Hs108|chr10 ( 472) 1348 288.7 8.9e-78
CCDS31241.1 IFIT3 gene_id:3437|Hs108|chr10 ( 490) 740 163.1 6.3e-40
CCDS7402.1 IFIT3 gene_id:3437|Hs108|chr10 ( 490) 740 163.1 6.3e-40
>>CCDS31243.1 IFIT1 gene_id:3434|Hs108|chr10 (478 aa)
initn: 3153 init1: 3153 opt: 3153 Z-score: 3526.2 bits: 661.8 E(32554): 4.3e-190
Smith-Waterman score: 3153; 100.0% identity (100.0% similar) in 478 aa overlap (1-478:1-478)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSTNGDDHQVKDSLEQLRCHFTWELSIDDDEMPDLENRVLDQIEFLDTKYSVGIHNLLAY
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CCDS31 MSTNGDDHQVKDSLEQLRCHFTWELSIDDDEMPDLENRVLDQIEFLDTKYSVGIHNLLAY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VKHLKGQNEEALKSLKEAENLMQEEHDNQANVRSLVTWGNFAWMYYHMGRLAEAQTYLDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VKHLKGQNEEALKSLKEAENLMQEEHDNQANVRSLVTWGNFAWMYYHMGRLAEAQTYLDK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VENICKKLSNPFRYRMECPEIDCEEGWALLKCGGKNYERAKACFEKVLEVDPENPESSAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VENICKKLSNPFRYRMECPEIDCEEGWALLKCGGKNYERAKACFEKVLEVDPENPESSAG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 YAISAYRLDGFKLATKNHKPFSLLPLRQAVRLNPDNGYIKVLLALKLQDEGQEAEGEKYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YAISAYRLDGFKLATKNHKPFSLLPLRQAVRLNPDNGYIKVLLALKLQDEGQEAEGEKYI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 EEALANMSSQTYVFRYAAKFYRRKGSVDKALELLKKALQETPTSVLLHHQIGLCYKAQMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EEALANMSSQTYVFRYAAKFYRRKGSVDKALELLKKALQETPTSVLLHHQIGLCYKAQMI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QIKEATKGQPRGQNREKLDKMIRSAIFHFESAVEKKPTFEVAHLDLARMYIEAGNHRKAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QIKEATKGQPRGQNREKLDKMIRSAIFHFESAVEKKPTFEVAHLDLARMYIEAGNHRKAE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ENFQKLLCMKPVVEETMQDIHFHYGRFQEFQKKSDVNAIIHYLKAIKIEQASLTRDKSIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ENFQKLLCMKPVVEETMQDIHFHYGRFQEFQKKSDVNAIIHYLKAIKIEQASLTRDKSIN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB5 SLKKLVLRKLRRKALDLESLSLLGFVYKLEGNMNEALEYYERALRLAADFENSVRQGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SLKKLVLRKLRRKALDLESLSLLGFVYKLEGNMNEALEYYERALRLAADFENSVRQGP
430 440 450 460 470
>>CCDS59220.1 IFIT1 gene_id:3434|Hs108|chr10 (447 aa)
initn: 2932 init1: 2932 opt: 2932 Z-score: 3279.7 bits: 616.1 E(32554): 2.3e-176
Smith-Waterman score: 2932; 100.0% identity (100.0% similar) in 447 aa overlap (32-478:1-447)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 STNGDDHQVKDSLEQLRCHFTWELSIDDDEMPDLENRVLDQIEFLDTKYSVGIHNLLAYV
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MPDLENRVLDQIEFLDTKYSVGIHNLLAYV
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KHLKGQNEEALKSLKEAENLMQEEHDNQANVRSLVTWGNFAWMYYHMGRLAEAQTYLDKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 KHLKGQNEEALKSLKEAENLMQEEHDNQANVRSLVTWGNFAWMYYHMGRLAEAQTYLDKV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ENICKKLSNPFRYRMECPEIDCEEGWALLKCGGKNYERAKACFEKVLEVDPENPESSAGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 ENICKKLSNPFRYRMECPEIDCEEGWALLKCGGKNYERAKACFEKVLEVDPENPESSAGY
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AISAYRLDGFKLATKNHKPFSLLPLRQAVRLNPDNGYIKVLLALKLQDEGQEAEGEKYIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 AISAYRLDGFKLATKNHKPFSLLPLRQAVRLNPDNGYIKVLLALKLQDEGQEAEGEKYIE
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 EALANMSSQTYVFRYAAKFYRRKGSVDKALELLKKALQETPTSVLLHHQIGLCYKAQMIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 EALANMSSQTYVFRYAAKFYRRKGSVDKALELLKKALQETPTSVLLHHQIGLCYKAQMIQ
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IKEATKGQPRGQNREKLDKMIRSAIFHFESAVEKKPTFEVAHLDLARMYIEAGNHRKAEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 IKEATKGQPRGQNREKLDKMIRSAIFHFESAVEKKPTFEVAHLDLARMYIEAGNHRKAEE
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 NFQKLLCMKPVVEETMQDIHFHYGRFQEFQKKSDVNAIIHYLKAIKIEQASLTRDKSINS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 NFQKLLCMKPVVEETMQDIHFHYGRFQEFQKKSDVNAIIHYLKAIKIEQASLTRDKSINS
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470
pF1KB5 LKKLVLRKLRRKALDLESLSLLGFVYKLEGNMNEALEYYERALRLAADFENSVRQGP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LKKLVLRKLRRKALDLESLSLLGFVYKLEGNMNEALEYYERALRLAADFENSVRQGP
400 410 420 430 440
>>CCDS31242.1 IFIT1B gene_id:439996|Hs108|chr10 (474 aa)
initn: 2203 init1: 2143 opt: 2143 Z-score: 2397.9 bits: 453.1 E(32554): 3e-127
Smith-Waterman score: 2143; 67.9% identity (88.3% similar) in 470 aa overlap (1-470:1-470)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSTNGDDHQVKDSLEQLRCHFTWELSIDDDEMPDLENRVLDQIEFLDTKYSVGIHNLLAY
:: ..: . ..::: ::::::::.: :. :.::::::. ..:.::::::.:::::::::
CCDS31 MSEESDGKLIEDSLIQLRCHFTWKLLIEAPEIPDLENRIWEEIQFLDTKYNVGIHNLLAY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VKHLKGQNEEALKSLKEAENLMQEEHDNQANVRSLVTWGNFAWMYYHMGRLAEAQTYLDK
:::::::::::: :::.::.:.:.:: :::..:::::::::::.::::::::::::::::
CCDS31 VKHLKGQNEEALVSLKKAEDLIQKEHANQADIRSLVTWGNFAWVYYHMGRLAEAQTYLDK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VENICKKLSNPFRYRMECPEIDCEEGWALLKCGGKNYERAKACFEKVLEVDPENPESSAG
::: :::..:: ::::::::.:::::::: :::::::::::.::::.:: .::::: ..:
CCDS31 VENTCKKFANPSRYRMECPEVDCEEGWALAKCGGKNYERAKTCFEKALEGNPENPEFNTG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 YAISAYRLDGFKLATKNHKPFSLLPLRQAVRLNPDNGYIKVLLALKLQDEGQEAEGEKYI
:::..:::: :. :. .: ::: :..:::::::. ::.::::::::::::::::::::
CCDS31 YAITVYRLDKFNTASGRNKAFSLHVLKRAVRLNPDDVYIRVLLALKLQDEGQEAEGEKYI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 EEALANMSSQTYVFRYAAKFYRRKGSVDKALELLKKALQETPTSVLLHHQIGLCYKAQMI
::::...:::.:::.:::::::::::::::::::: ::. ::::..::::.::::.::::
CCDS31 EEALTSISSQAYVFQYAAKFYRRKGSVDKALELLKMALETTPTSAFLHHQMGLCYRAQMI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QIKEATKGQPRGQNREKLDKMIRSAIFHFESAVEKKPTFEVAHLDLARMYIEAGNHRKAE
::::::. :::::.:: .:.... :: .::... : :::.:..:::. : : :.:::::
CCDS31 QIKEATNWQPRGQDRETVDRLVQLAICKFEKTIMLKRTFEMAYVDLAETYAEIGHHRKAE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ENFQKLLCMKPVVEETMQDIHFHYGRFQEFQKKSDVNAIIHYLKAIKIEQASLTRDKSIN
:.::: : :: .. :.::.::::::: . ::. .:: ::::..:::. : .:.: .:
CCDS31 EHFQKGLRMKIFEDQLKQEIHYHYGRFQEHHGKSQDKAITHYLKGLKIEKMSHSREKLLN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB5 SLKKLVLRKLRRKALDLESLSLLGFVYKLEGNMNEALEYYERALRLAADFENSVRQGP
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CCDS31 ALEKLAKRCIHQNVRVVESVSLLGLIHKLKGEVSDALLCYERALRLAADLNPIF
430 440 450 460 470
>>CCDS7403.1 IFIT5 gene_id:24138|Hs108|chr10 (482 aa)
initn: 1800 init1: 1016 opt: 1765 Z-score: 1975.5 bits: 374.9 E(32554): 1e-103
Smith-Waterman score: 1765; 57.3% identity (82.1% similar) in 464 aa overlap (10-473:9-469)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSTNGDDHQVKDSLEQLRCHFTWELSIDDDEMPDLENRVLDQIEFLDTKYSVGIHNLLAY
.: : .:.:::::.: .: .. ..:. . .:.::: :: ....:::::
CCDS74 MSEIRKDTLKAILLELECHFTWNLLKEDIDLFEVEDTIGQQLEFLTTKSRLALYNLLAY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VKHLKGQNEEALKSLKEAENLMQEEHDNQANVRSLVTWGNFAWMYYHMGRLAEAQTYLDK
::::::::..::. :..::...:.::... .:::::::::.::.:::: .: ::: : :
CCDS74 VKHLKGQNKDALECLEQAEEIIQQEHSDKEEVRSLVTWGNYAWVYYHMDQLEEAQKYTGK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VENICKKLSNPFRYRMECPEIDCEEGWALLKCGGKNYERAKACFEKVLEVDPENPESSAG
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CCDS74 IGNVCKKLSSPSNYKLECPETDCEKGWALLKFGGKYYQKAKAAFEKALEVEPDNPEFNIG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 YAISAYRLDGFKLATKNHKPFSLLPLRQAVRLNPDNGYIKVLLALKLQDEGQEAEGEKYI
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CCDS74 YAITVYRLDD-SDREGSVKSFSLGPLRKAVTLNPDNSYIKVFLALKLQDVHAEAEGEKYI
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 EEALANMSSQTYVFRYAAKFYRRKGSVDKALELLKKALQETPTSVLLHHQIGLCYKAQMI
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CCDS74 EEILDQISSQPYVLRYAAKFYRRKNSWNKALELLKKALEVTPTSSFLHHQMGLCYRAQMI
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QIKEATKGQPRGQNREKLDKMIRSAIFHFESAVEKKPTFEVAHLDLARMYIEAGNHRKAE
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CCDS74 QIKKATHNRPKGKDKLKVDELISSAIFHFKAAMERDSMFAFAYTDLANMYAEGGQYSNAE
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ENFQKLLCMKPVVEETMQDIHFHYGRFQEFQKKSDVNAIIHYLKAIKIEQASLTRDKSIN
. :.: : .. .... ..::.::::::::..::. .:: :::.:.:... : : : .
CCDS74 DIFRKALRLENITDDHKHQIHYHYGRFQEFHRKSENTAIHHYLEALKVKDRSPLRTKLTS
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470
pF1KB5 SLKKLVLRKLRRKALDLESLSLLGFVYKLEGNMNEALEYYERALRLAADFENSVRQGP
.:::: ..: ..:::..::: :::::::::. .: ::::.: .. : ::.
CCDS74 ALKKLSTKRLCHNALDVQSLSALGFVYKLEGEKRQAAEYYEKAQKI--DPENAEFLTALC
420 430 440 450 460 470
CCDS74 ELRLSI
480
>>CCDS41548.1 IFIT2 gene_id:3433|Hs108|chr10 (472 aa)
initn: 941 init1: 512 opt: 1348 Z-score: 1509.8 bits: 288.7 E(32554): 8.9e-78
Smith-Waterman score: 1348; 46.5% identity (76.3% similar) in 469 aa overlap (1-464:1-457)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSTNGDDHQVKDSLEQLRCHFTWELSIDDDEMPDLENRVLDQIEFLDTKYSVGIHNLLAY
:: : . .....::.::.:::::.: .. . :.:..:. . :: . .... . :::::
CCDS41 MSEN-NKNSLESSLRQLKCHFTWNLMEGENSLDDFEDKVFYRTEFQNREFKATMCNLLAY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VKHLKGQNEEALKSLKEAENLMQEEHDNQANVRSLVTWGNFAWMYYHMGRLAEAQTYLDK
.:::::::: ::. :..::.:.:.:: .::..::::::::.::.:::::::...: :.::
CCDS41 LKHLKGQNEAALECLRKAEELIQQEHADQAEIRSLVTWGNYAWVYYHMGRLSDVQIYVDK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VENICKKLSNPFRYRMECPEIDCEEGWALLKCGGKNYERAKACFEKVLEVDPENPESSAG
:...:.:.:.: ::.: ::.::::::. :::::.. ::::.::::.:: :.::: ..:
CCDS41 VKHVCEKFSSP--YRIESPELDCEEGWTRLKCGGNQNERAKVCFEKALEKKPKNPEFTSG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 YAISAYRLDGFKLATKNHKPFSLLPLRQAVRLNPDNGYIKVLLALKLQ---DEGQE-AEG
::..::::.. ..: .. :::::.:::::: :.::::::::. .::.: .::
CCDS41 LAIASYRLDNWP-PSQN----AIDPLRQAIRLNPDNQYLKVLLALKLHKMREEGEEEGEG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 EKYIEEALANMSSQTYVFRYAAKFYRRKGSVDKALELLKKALQETPTSVLLHHQIGLCYK
:: .:::: . . : :.: :::::::: :::.:::::::. :... :: ::: ::.
CCDS41 EKLVEEALEKAPGVTDVLRSAAKFYRRKDEPDKAIELLKKALEYIPNNAYLHCQIGCCYR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 AQMIQIKEATKGQPRGQNREKLDKMIRSAIFHFESAVEKKPT-FEVAHLDLARMYIEAGN
:...:. . .. : ..:: ..: :. :...: : . . :.: . :: .. : .
CCDS41 AKVFQVMNLRENGMYG--KRKLLELIGHAVAHLKKADEANDNLFRVCSI-LASLHALADQ
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 HRKAEENFQKLLCMKPVVEETMQDIHFHYGRFQEFQKKSDVNAIIHYLKAIKIEQASLTR
.. :: ::: . : .. . : .:..:: :: .: : . .:: :.....::.: : .
CCDS41 YEDAEYYFQKEFS-KELTPVAKQLLHLRYGNFQLYQMKCEDKAIHHFIEGVKINQKSREK
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 DKSINSLKKLVLRKLRRKALDLESLSLLGFVYKLEGNMNEALEYYERALRLAADFENSVR
.: ..:.:.. .: ... : :.: .:.:. .:. .:..: : ::.:
CCDS41 EKMKDKLQKIAKMRLSKNGADSEALHVLAFLQELNEKMQQADEDSERGLESGSLIPSASS
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 QGP
CCDS41 WNGE
470
>>CCDS31241.1 IFIT3 gene_id:3437|Hs108|chr10 (490 aa)
initn: 1028 init1: 527 opt: 740 Z-score: 830.3 bits: 163.1 E(32554): 6.3e-40
Smith-Waterman score: 1225; 44.6% identity (73.0% similar) in 471 aa overlap (11-474:6-453)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSTNGDDHQVKDSLE----QLRCHFTWELSIDDDEMPDLENRVLDQIEFLDTKYSVGIHN
:.::: ::.:::::.: .:. :::.:: .:::::.:.... ..:
CCDS31 MSEVTKNSLEKILPQLKCHFTWNLFKEDSVSRDLEDRVCNQIEFLNTEFKATMYN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LLAYVKHLKGQNEEALKSLKEAENLMQEEHDNQANVRSLVTWGNFAWMYYHMGRLAEAQT
::::.::: :.:: ::. :..::.:.:.:: .::..::::::::.::.:::.:::..::
CCDS31 LLAYIKHLDGNNEAALECLRQAEELIQQEHADQAEIRSLVTWGNYAWVYYHLGRLSDAQI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 YLDKVENICKKLSNPFRYRMECPEIDCEEGWALLKCGGKNYERAKACFEKVLEVDPENPE
:.:::.. :::.::: : .: :.::::::. :::: .: ::::.::::.:: :.:::
CCDS31 YVDKVKQTCKKFSNP--YSIEYSELDCEEGWTQLKCG-RN-ERAKVCFEKALEEKPNNPE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 SSAGYAISAYRLDGFKLATKNH--KPFSLLPLRQAVRLNPDNGYIKVLLALKLQDEGQEA
:.: ::. :.:: :: : :: :.::..:.::: :.::::.:::: ..::
CCDS31 FSSGLAIAMYHLD-------NHPEKQFSTDVLKQAIELSPDNQYVKVLLGLKLQKMNKEA
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 EGEKYIEEALANMSSQTYVFRYAAKFYRRKGSVDKALELLKKALQETPTSVLLHHQIGLC
:::...:::: . :: :.: :::::::::..:::.::....:. ::.. :.:::: :
CCDS31 EGEQFVEEALEKSPCQTDVLRSAAKFYRRKGDLDKAIELFQRVLESTPNNGYLYHQIGCC
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 YKAQMIQIKEATKGQPRGQNREKLDKMIRSAIFHFESAVEKKPTFEVAHLDLARMYIEAG
:::.. :.... ... : :.: .. . . :. . ..:.:: . :. :::. ..:.
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