Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB4957
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4957, 534 aa
1>>>pF1KB4957 534 - 534 aa - 534 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7813+/-0.00107; mu= 16.2587+/- 0.064
mean_var=78.6549+/-15.828, 0's: 0 Z-trim(103.4): 24 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.144614
statistics sampled from 7393 (7402) to 7393 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 3.190
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41537.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 ( 534) 3574 755.8 2.8e-218
CCDS7320.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 ( 534) 3514 743.3 1.7e-214
CCDS44432.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 ( 516) 2677 568.6 6e-162
CCDS4151.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5 ( 535) 2332 496.7 2.9e-140
CCDS34230.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5 ( 533) 2268 483.3 3e-136
CCDS8230.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11 ( 544) 987 216.1 8.7e-56
CCDS73347.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11 ( 604) 755 167.7 3.5e-41
>>CCDS41537.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 (534 aa)
initn: 3574 init1: 3574 opt: 3574 Z-score: 4032.2 bits: 755.8 E(32554): 2.8e-218
Smith-Waterman score: 3574; 100.0% identity (100.0% similar) in 534 aa overlap (1-534:1-534)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
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CCDS41 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
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CCDS41 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
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CCDS41 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
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CCDS41 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 RRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQVANY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 RRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQVANY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 GVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB4 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
490 500 510 520 530
>>CCDS7320.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 (534 aa)
initn: 3514 init1: 3514 opt: 3514 Z-score: 3964.5 bits: 743.3 E(32554): 1.7e-214
Smith-Waterman score: 3514; 98.1% identity (99.1% similar) in 534 aa overlap (1-534:1-534)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 RRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQVANY
:::. .: :: : :..::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SRATVHDPETGKLTTAQYRVSKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQVANY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 GVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB4 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
490 500 510 520 530
>>CCDS44432.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 (516 aa)
initn: 2677 init1: 2677 opt: 2677 Z-score: 3021.0 bits: 568.6 E(32554): 6e-162
Smith-Waterman score: 3337; 94.8% identity (95.7% similar) in 534 aa overlap (1-534:1-516)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEEDKLEQIKKWA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 EKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFISNLTIQRQY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELGKVAYTEADY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGVAVDYLPERQKYEMLCRGEGIKM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAEIEIVKDLAKPRL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 RRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQVANY
:::. .: :: : :..::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SRATVHDPETGKLTTAQYRVSKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLDVSTAEELQ----
370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 GVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 --------------KDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPEVGASVWPKKG
420 430 440 450 460
490 500 510 520 530
pF1KB4 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTLSELE
470 480 490 500 510
>>CCDS4151.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5 (535 aa)
initn: 2316 init1: 1303 opt: 2332 Z-score: 2631.7 bits: 496.7 E(32554): 2.9e-140
Smith-Waterman score: 2332; 62.2% identity (84.5% similar) in 537 aa overlap (1-534:10-535)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED
: :. :.: : .. ::::::.:::::..::.:: :::.:: .::
CCDS41 MKLWVSALLMAWF----GVL---SCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFI
:: .::.::.:.. ::: .. : ::...:::::.::.:::::.: ::.:::.: . :::
CCDS41 KLSKIKSWANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 SNLTIQRQYFPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELG
.::..:::.::.:::..::::::.:::::: :: :::.:.:::.:....:...::: .:
CCDS41 ANLSVQRQFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 KVAYTEADYYHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKL
. ::.:.::::: :::::.:.::: :: .: : .:::::::::.: ::: .:: ::..:
CCDS41 RSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB4 LELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGV---AVDYLPERQK
: ::: :.::.:::.::: .. .:.. :. ... . .:: .:. :::::::.
CCDS41 LSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEERE--KTLTNQTEAELATP--EGIYERPVDYLPERDV
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 YEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAE
:: ::::::.:.::::::.:::::: ::: :....:: :.:::::.:.:.:..:..:: :
CCDS41 YESLCRGEGVKLTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEE
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 IEIVKDLAKPRLRRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLD
:: .:..:::.: :::. .: :: : .. ::.:::.:: ..:::.:.: :.: .:::
CCDS41 IERIKEIAKPKLARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLT
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 VSTAEELQVANYGVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVF
:.::: ::::::::::::::::::.:.:: :.::.::::::.::.: ::::: :::::::
CCDS41 VKTAELLQVANYGVGGQYEPHFDFSRNDERDTFKHLGTGNRVATFLNYMSDVEAGGATVF
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 PEVGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPC
:..::..:::::::::::::. :::::: ::::::::::: :::::::.::::::: :::
CCDS41 PDLGAAIWPKKGTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPC
470 480 490 500 510 520
530
pF1KB4 TLSELE
.:..
CCDS41 GSTEVD
530
>>CCDS34230.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5 (533 aa)
initn: 2252 init1: 1027 opt: 2268 Z-score: 2559.6 bits: 483.3 E(32554): 3e-136
Smith-Waterman score: 2268; 60.9% identity (83.4% similar) in 537 aa overlap (1-534:10-533)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED
: :. :.: : .. ::::::.:::::..::.:: :::.:: .::
CCDS34 MKLWVSALLMAWF----GVL---SCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFI
:: .::.::.:.. ::: .. : ::...:::::.::.:::::.: ::.:::.: . :::
CCDS34 KLSKIKSWANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 SNLTIQRQYFPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELG
.::..:::.::.:::..::::::.:::::: :: :::.:.:::.:....:...::: .:
CCDS34 ANLSVQRQFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 KVAYTEADYYHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKL
. ::.:.::::: :::::.:.::: :: .: : .:::::::::.: ::: .:: ::..:
CCDS34 RSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB4 LELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGV---AVDYLPERQK
: ::: :.::.:::.::: .. .:.. :. ... . .:: .:. :::::::.
CCDS34 LSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEERE--KTLTNQTEAELATP--EGIYERPVDYLPERDV
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 YEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAE
:: ::::::.:.::::::.:::::: ::: :....:: :.:::::.:.:.:..:..:: :
CCDS34 YESLCRGEGVKLTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEE
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 IEIVKDLAKPRLRRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLD
:: .:..:::.: :::. .: :: : .. ::.:::.:: ..:::.:.: :.: .:::
CCDS34 IERIKEIAKPKLARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLT
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 VSTAEELQVANYGVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVF
:.::: ::::::::::::::::::.:. ...: :::.::.: ::::: :::::::
CCDS34 VKTAELLQVANYGVGGQYEPHFDFSRRPFDSGLKT--EGNRLATFLNYMSDVEAGGATVF
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 PEVGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPC
:..::..:::::::::::::. :::::: ::::::::::: :::::::.::::::: :::
CCDS34 PDLGAAIWPKKGTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPC
470 480 490 500 510 520
530
pF1KB4 TLSELE
.:..
CCDS34 GSTEVD
530
>>CCDS8230.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11 (544 aa)
initn: 786 init1: 375 opt: 987 Z-score: 1115.1 bits: 216.1 E(32554): 8.7e-56
Smith-Waterman score: 1119; 36.6% identity (65.6% similar) in 552 aa overlap (5-531:13-541)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MIWYILIIGILLPQSLAHPG-FFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED
.: .: :. : : :... ... . :. :. :. :...::
CCDS82 MGPGARLAALLAVLALGTGDPERAAARGDTFSALTSVARALAPERRLLGLLRRYLRGEEA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB4 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLV-----LKDM
.:... .. .:. : .: : :..:. :: :.:::...: .. . . .. .
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