Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB4480
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4480, 359 aa
1>>>pF1KB4480 359 - 359 aa - 359 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3372+/-0.00107; mu= 15.3415+/- 0.064
mean_var=60.3787+/-12.082, 0's: 0 Z-trim(101.9): 54 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.165056
statistics sampled from 6669 (6723) to 6669 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.575), E-opt: 0.2 (0.207), width: 16
Scan time: 2.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4091.1 ST8SIA4 gene_id:7903|Hs108|chr5 ( 359) 2388 577.6 5.6e-165
CCDS81919.1 ST8SIA2 gene_id:8128|Hs108|chr15 ( 354) 1439 351.6 5.9e-97
CCDS10372.1 ST8SIA2 gene_id:8128|Hs108|chr15 ( 375) 1404 343.3 2e-94
CCDS47252.1 ST8SIA4 gene_id:7903|Hs108|chr5 ( 168) 1083 266.7 1e-71
CCDS32834.1 ST8SIA3 gene_id:51046|Hs108|chr18 ( 380) 765 191.1 1.3e-48
CCDS77183.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18 ( 345) 579 146.8 2.6e-35
CCDS11930.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18 ( 376) 578 146.6 3.3e-35
CCDS77184.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18 ( 412) 578 146.6 3.5e-35
CCDS8697.1 ST8SIA1 gene_id:6489|Hs108|chr12 ( 356) 557 141.6 9.9e-34
CCDS31158.1 ST8SIA6 gene_id:338596|Hs108|chr10 ( 398) 540 137.6 1.8e-32
CCDS8474.1 ST3GAL4 gene_id:6484|Hs108|chr11 ( 329) 251 68.7 8e-12
CCDS58194.1 ST3GAL4 gene_id:6484|Hs108|chr11 ( 332) 251 68.7 8e-12
CCDS58193.1 ST3GAL4 gene_id:6484|Hs108|chr11 ( 333) 251 68.7 8.1e-12
CCDS673.1 ST6GALNAC5 gene_id:81849|Hs108|chr1 ( 336) 238 65.6 6.9e-11
>>CCDS4091.1 ST8SIA4 gene_id:7903|Hs108|chr5 (359 aa)
initn: 2388 init1: 2388 opt: 2388 Z-score: 3075.4 bits: 577.6 E(32554): 5.6e-165
Smith-Waterman score: 2388; 100.0% identity (100.0% similar) in 359 aa overlap (1-359:1-359)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAG
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CCDS40 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRRTLNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRRTLNI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 SHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVVEFAAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVVEFAAD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 VGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLNDSVLWIPAFMVKGGEKHVEWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 VGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLNDSVLWIPAFMVKGGEKHVEWV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 NALILKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKRPSTGLLMYTLATRFCDEIHLYGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 NALILKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKRPSTGLLMYTLATRFCDEIHLYGF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB4 WPFPKDLNGKAVKYHYYDDLKYRYFSNASPHRMPLEFKTLNVLHNRGALKLTTGKCVKQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 WPFPKDLNGKAVKYHYYDDLKYRYFSNASPHRMPLEFKTLNVLHNRGALKLTTGKCVKQ
310 320 330 340 350
>>CCDS81919.1 ST8SIA2 gene_id:8128|Hs108|chr15 (354 aa)
initn: 1352 init1: 1352 opt: 1439 Z-score: 1854.1 bits: 351.6 E(32554): 5.9e-97
Smith-Waterman score: 1439; 58.3% identity (83.4% similar) in 355 aa overlap (6-356:6-350)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAG
. : . ...::..: .:.. ::. .... .: .:: .. ...
CCDS81 MQLQFRSWMLAALTLLVVFLIFADISEIEEEIGAEVVING---------SSSPAVVDRSN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB4 SSIFQHNVEG----WKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRR
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CCDS81 ESI-KHNIQPASSKWRHNQTLSLRIRKQILKFLDAEKDISVLKGTLKPGDIIHYIFDRDS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 TLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVVE
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CCDS81 TMNVSQNLYELLPRTSPLKNKHFGTCAIVGNSGVLLNSGCGQEIDAHSFVIRCNLAPVQE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 FAADVGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLNDSVLWIPAFMVKGGEKH
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CCDS81 YARDVGLKTDLVTMNPSVIQRAFEDLVNATWREKLLQRLHSLNGSILWIPAFMARGGKER
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 VEWVNALILKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKRPSTGLLMYTLATRFCDEIH
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CCDS81 VEWVNELILKHHVNVRTAYPSLRLLHAVRGYWLTNKVHIKRPTTGLLMYTLATRFCKQIY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 LYGFWPFPKDLNGKAVKYHYYDDLKYRYFSNASPHRMPLEFKTLNVLHNRGALKLTTGKC
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CCDS81 LYGFWPFPLDQNQNPVKYHYYDSLKYGYTSQASPHTMPLEFKALKSLHEQGALKLTVGQC
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 VKQ
CCDS81 DGAT
>>CCDS10372.1 ST8SIA2 gene_id:8128|Hs108|chr15 (375 aa)
initn: 1352 init1: 1352 opt: 1404 Z-score: 1808.7 bits: 343.3 E(32554): 2e-94
Smith-Waterman score: 1421; 57.9% identity (82.1% similar) in 368 aa overlap (6-356:6-371)
10 20 30 40
pF1KB4 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGEL-----SL-SRS-----LV
. : . ...::..: .:.. ::. .. : : . :: :.: ..
CCDS10 MQLQFRSWMLAALTLLVVFLIFADISEIEEEIGNSG-GRGTIRSAVNSLHSKSNRAEVVI
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 N--SSDKIIRKAGSSIFQHNVEG----WKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFK
: :: .. ... :: .::.. :. :..: :.:::.::.:::::.:.::.:...:
CCDS10 NGSSSPAVVDRSNESI-KHNIQPASSKWRHNQTLSLRIRKQILKFLDAEKDISVLKGTLK
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 PGDVIHYVLDRRRTLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSH
:::.:::..:: :.:.:..:. :::..::.::..: :::.:::::.::.: ::.:::.:
CCDS10 PGDIIHYIFDRDSTMNVSQNLYELLPRTSPLKNKHFGTCAIVGNSGVLLNSGCGQEIDAH
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 NFVIRCNLAPVVEFAADVGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLNDSVL
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CCDS10 SFVIRCNLAPVQEYARDVGLKTDLVTMNPSVIQRAFEDLVNATWREKLLQRLHSLNGSIL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 WIPAFMVKGGEKHVEWVNALILKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKRPSTGLL
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CCDS10 WIPAFMARGGKERVEWVNELILKHHVNVRTAYPSLRLLHAVRGYWLTNKVHIKRPTTGLL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 MYTLATRFCDEIHLYGFWPFPKDLNGKAVKYHYYDDLKYRYFSNASPHRMPLEFKTLNVL
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CCDS10 MYTLATRFCKQIYLYGFWPFPLDQNQNPVKYHYYDSLKYGYTSQASPHTMPLEFKALKSL
300 310 320 330 340 350
350
pF1KB4 HNRGALKLTTGKCVKQ
:..::::::.:.:
CCDS10 HEQGALKLTVGQCDGAT
360 370
>>CCDS47252.1 ST8SIA4 gene_id:7903|Hs108|chr5 (168 aa)
initn: 1083 init1: 1083 opt: 1083 Z-score: 1401.1 bits: 266.7 E(32554): 1e-71
Smith-Waterman score: 1083; 100.0% identity (100.0% similar) in 168 aa overlap (1-168:1-168)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MRSIRKRWTICTISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRRTLNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRRTLNI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 SHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVVEFAAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSHNFVIR
130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 VGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLNDSVLWIPAFMVKGGEKHVEWV
>>CCDS32834.1 ST8SIA3 gene_id:51046|Hs108|chr18 (380 aa)
initn: 677 init1: 392 opt: 765 Z-score: 986.3 bits: 191.1 E(32554): 1.3e-48
Smith-Waterman score: 765; 39.3% identity (73.5% similar) in 298 aa overlap (64-356:83-379)
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 TQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAGSSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAER
.:.. ::.: . :. :..::. .:. .
CCDS32 YMFHAGFRSQFALKFLDPSFVPITNSLTQELQEKPSKWKFNRTAFLHQRQEILQHVDVIK
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 DVSVVKSSFKPGDVIHY-VLDRRRTLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILL
. :..:.: . :...:: ... ...::....::::.:::. :.... ::::::::::
CCDS32 NFSLTKNSVRIGQLMHYDYSSHKYVFSISNNFRSLLPDVSPIMNKHYNICAVVGNSGILT
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 DSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVVEFAADVGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFV
:.::.:::. .::.:::.::. : ::: :... :.:::.... .... . .::..:
CCDS32 GSQCGQEIDKSDFVFRCNFAPTEAFQRDVGRKTNLTTFNPSILEKYYNNLLTIQDRNNFF
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 HRLSMLNDSVLWIPAFMVKGGEKHVEWVNALILKNK--LKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLT
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CCDS32 LSLKKLDGAILWIPAFFFHTSATVTRTLVDFFVEHRGQLKVQLAWPGNIMQHVNR-YWKN
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KB4 NKVPIKRPSTGLLMYTLATRFCDEIHLYGFWPFPKDLNGKA-VKYHYYDDLKYRYFSN-A
... :: :::.::::::. .:.:::::::::: : : . . ::::: .. ..
CCDS32 KHLSPKRLSTGILMYTLASAICEEIHLYGFWPFGFDPNTREDLPYHYYDKKGTKFTTKWQ
300 310 320 330 340 350
330 340 350
pF1KB4 SPHRMPLEFKTLNVLHNRGALKLTTGKCVKQ
:..: ::. : .:..: ::: ..:
CCDS32 ESHQLPAEFQLLYRMHGEGLTKLTLSHCA
360 370 380
>>CCDS77183.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18 (345 aa)
initn: 514 init1: 215 opt: 579 Z-score: 747.6 bits: 146.8 E(32554): 2.6e-35
Smith-Waterman score: 579; 32.0% identity (64.9% similar) in 322 aa overlap (42-356:29-342)
20 30 40 50 60
pF1KB4 TISLLLIFYKTKEIARTEEHQETQLIGDGELSLSRSLVNSSDKIIRKAGSSIFQH----N
..: .... . . : : : .:.. .
CCDS77 MRYADPSANRDLLGSRTLLFIFICAFALVTLLQQILYGRNYIKRVKQSELFDRWKSLQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 VEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKSSFKPGDVIHYVLDRRRTLNISHDLHSL
. : .: : . ...... : .: . ..... : ..: .: .:.... .
CCDS77 MCKWAMNISEANQFKSTLSRCCNAPAFLFTTQKNTPLGTKLKYEVDTSGIYHINQEIFRM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEIDSHNFVIRCNLAPVVE-FAADVGTKSD
.:. :. .:: ::::::.::: .:.::.::.: .::.:::: :. : .. :::.:.:
CCDS77 FPKDMPYYRSQFKKCAVVGNGGILKNSRCGREINSADFVFRCNLPPISEKYTMDVGVKTD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 FITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLNDSVLWIPAFM-VKGGEKHVEWVNALI-
.:.:::.. . : . :. :. : . :.. ... . .:::. ... . .. .:
CCDS77 VVTVNPSIITERF--HKLEKWRRPFYRVLQVYENASVLLPAFYNTRNTDVSIRVKYVLDD
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKRPSTGLLMYTLATRFCDEIHLYGFWPFP
... : .:. :... : :::. : :: ::::.. : : ..:.:.::.::: ::
CCDS77 FESPQAVYYFHPQY-LVNVSR-YWLSLGVRAKRISTGLILVTAALELCEEVHLFGFWAFP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB4 KDLNGKAVKYHYYDDLKYRYFSNASPHRMPLEFKTLNVLHNRGALKLTTGKCVKQ
. .: . .::::..: : . : :: :. .. ::.:: :.. :: :
CCDS77 MNPSGLYITHHYYDNVKPR----PGFHAMPSEIFNFLHLHSRGILRVHTGTCSCC
300 310 320 330 340
>>CCDS11930.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18 (376 aa)
initn: 541 init1: 215 opt: 578 Z-score: 745.7 bits: 146.6 E(32554): 3.3e-35
Smith-Waterman score: 578; 33.9% identity (66.1% similar) in 289 aa overlap (71-356:93-373)
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 ELSLSRSLVNSSDKIIRKAGSSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKS
: .: : . ...... : .: . ....
CCDS11 LRHEILEVKVLSMVKQSELFDRWKSLQMCKWAMNISEANQFKSTLSRCCNAPAFLFTTQK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 SFKPGDVIHYVLDRRRTLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEI
. : ..: .: .:.... ..:. :. .:: ::::::.::: .:.::.::
CCDS11 NTPLGTKLKYEVDTSGIYHINQEIFRMFPKDMPYYRSQFKKCAVVGNGGILKNSRCGREI
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KB4 DSHNFVIRCNLAPVVE-FAADVGTKSDFITMNPSVVQRAFGGFRNESDREKFVHRLSMLN
.: .::.:::: :. : .. :::.:.: .:.:::.. . : . :. :. : . :.. .
CCDS11 NSADFVFRCNLPPISEKYTMDVGVKTDVVTVNPSIITERF--HKLEKWRRPFYRVLQVYE
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 DSVLWIPAFM-VKGGEKHVEWVNALI-LKNKLKVRTAYPSLRLIHAVRGYWLTNKVPIKR
.. . .:::. ... . .. .: ... : .:. :... : :::. : ::
CCDS11 NASVLLPAFYNTRNTDVSIRVKYVLDDFESPQAVYYFHPQY-LVNVSR-YWLSLGVRAKR
250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 PSTGLLMYTLATRFCDEIHLYGFWPFPKDLNGKAVKYHYYDDLKYRYFSNASPHRMPLEF
::::.. : : ..:.:.::.::: :: . .: . .::::..: : . : :: :.
CCDS11 ISTGLILVTAALELCEEVHLFGFWAFPMNPSGLYITHHYYDNVKPR----PGFHAMPSEI
300 310 320 330 340 350
340 350
pF1KB4 KTLNVLHNRGALKLTTGKCVKQ
.. ::.:: :.. :: :
CCDS11 FNFLHLHSRGILRVHTGTCSCC
360 370
>>CCDS77184.1 ST8SIA5 gene_id:29906|Hs108|chr18 (412 aa)
initn: 541 init1: 215 opt: 578 Z-score: 745.0 bits: 146.6 E(32554): 3.5e-35
Smith-Waterman score: 578; 33.9% identity (66.1% similar) in 289 aa overlap (71-356:129-409)
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 ELSLSRSLVNSSDKIIRKAGSSIFQHNVEGWKINSSLVLEIRKNILRFLDAERDVSVVKS
: .: : . ...... : .: . ....
CCDS77 LRHEILEVKVLSMVKQSELFDRWKSLQMCKWAMNISEANQFKSTLSRCCNAPAFLFTTQK
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 SFKPGDVIHYVLDRRRTLNISHDLHSLLPEVSPMKNRRFKTCAVVGNSGILLDSECGKEI
. : ..: .: .:.... ..:. :. .:: ::::::.::: .:.::.::
CCDS77 NTPLGTKLKYEVDTSGIYHINQEIFRMFPKDMPYYRSQFKKCAVVGNGGILKNSRCGREI
160 170 180 190 200 210
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