Result of FASTA (omim) for
pFN21AB7725
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7725, 423 aa
1>>>pF1KB7725 423 - 423 aa - 423 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0696+/-0.000759; mu= 16.6566+/- 0.047
mean_var=365.9181+/-74.480, 0's: 0 Z-trim(112.3): 2015 B-trim: 108 in 1/53
Lambda= 0.067047
statistics sampled from 18856 (21193) to 18856 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.575), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16
Scan time: 7.440
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065984 (OMIM: 613864) zinc finger protein 317 i ( 595) 1366 147.6 8.2e-35
NP_001316584 (OMIM: 194528) zinc finger protein 25 ( 455) 1254 136.5 1.3e-31
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1257 137.5 1.5e-31
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1257 137.5 1.5e-31
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1257 137.5 1.5e-31
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1257 137.5 1.5e-31
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1257 137.5 1.5e-31
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1223 133.8 1.2e-30
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1223 133.8 1.2e-30
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1223 133.8 1.2e-30
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1223 133.8 1.2e-30
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1223 133.8 1.2e-30
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1223 133.8 1.3e-30
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1223 133.8 1.3e-30
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1223 133.8 1.3e-30
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1223 133.8 1.3e-30
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1223 133.8 1.3e-30
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1219 133.6 1.7e-30
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1219 133.6 1.7e-30
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1219 133.6 1.7e-30
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1219 133.6 1.8e-30
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1219 133.6 1.8e-30
XP_016882741 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30
NP_001275690 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1213 132.3 1.9e-30
NP_001275691 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1213 132.3 1.9e-30
XP_016882743 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30
NP_001275689 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1213 132.3 1.9e-30
XP_016882740 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30
XP_016882742 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30
XP_016882745 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30
XP_016882739 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30
XP_016882744 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30
NP_001265438 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1213 132.8 2.4e-30
NP_001278562 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1213 132.8 2.4e-30
NP_001265437 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 667) 1213 132.9 2.5e-30
NP_001275688 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 691) 1213 132.9 2.5e-30
NP_037388 (OMIM: 606740) zinc finger protein 180 i ( 692) 1213 132.9 2.5e-30
XP_011525582 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 734) 1213 132.9 2.5e-30
>>NP_065984 (OMIM: 613864) zinc finger protein 317 isofo (595 aa)
initn: 6074 init1: 1366 opt: 1366 Z-score: 746.0 bits: 147.6 E(85289): 8.2e-35
Smith-Waterman score: 1366; 50.8% identity (72.1% similar) in 384 aa overlap (36-419:57-440)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 LPPTAASQREGHTEGGELVNELLKSWLKGLVTFEDVAVEFTQEEWALLDPAQRTLYRDVM
:::.::::.::..:: ::: .:: ::.:::
NP_065 SKDHSCPQNLDLFVCSGLEPHTPSVGSQESVTFQDVAVDFTEKEWPLLDSSQRKLYKDVM
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LENCRNLASLGNQVDKPRLISQLEQEDKVMTEERGILSGTCPDVENPFKAKGLTPKLHVF
::: ::.::: :: :: :::.::::.. ::::: .:.: : :.: :.: .:
NP_065 LENYSNLTSLGYQVGKPSLISHLEQEEEPRTEERGAHQGACADWETPSKTKWSLLMEDIF
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 RKEQSRNMKMERNHLGATLNECNQCFKVFSTKSSLTRHRKIHTGERPYGCSECGKSYSSR
:: .. ::: :: .: . :.::. ::. :.:.::: . : ....:
NP_065 GKETPSGVTMERAGLGEKSTEYAHLFEVFGMDPHLTQPMGRHAGKRPYHRRDYGVAFKGR
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 SYLAVHKRIHNGEKPYECNDCGKTFSSRSYLTVHKRIHNGEKPYECSDCGKTFSNSSYLR
.:. : ...:.: .::..: :.:.. . :: :.:::.::::::::::::.:.. : ::
NP_065 PHLTQHMSMYDGRKMHECHQCQKAFTTSASLTRHRRIHTGEKPYECSDCGKAFNDPSALR
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 PHLRIHTGEKPYKCNQCFREFRTQSIFTRHKRVHTGEGHYVCNQCGKAFGTRSSLSSHYS
: : : :::. :.:: ::: : . : :::::: : :.:::::.: : .:
NP_065 SHARTHLKEKPFDCSQCGNAFRTLSALKIHMRVHTGERPYKCDQCGKAYGRSCHLIAHKR
270 280 290 300 310 320
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 IHTGEYPYECHDCGRTFRRRSNLTQHIRTHTGEKPYTCNECGKSFTNSFSLTIHRRIHNG
:::: ::::::::..:.. :.: .:.:.:::::::.:..:::.: . ....:.. :
NP_065 THTGERPYECHDCGKAFQHPSHLKEHVRNHTGEKPYACTQCGKAFRWKSNFNLHKKNHMV
330 340 350 360 370 380
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 EKSYECSDCGKSFNVLSSVKKHMRTHTGKKPYECNYCGKSFTSNSYLSVHTRMHNRQM
::.:::..:::::. : : .:::: : ::: :: :::.: ..: :..: :
NP_065 EKTYECKECGKSFGDLVSRRKHMRIHIVKKPVECRQCGKTFRNQSILKTHMNSHTGEKPY
390 400 410 420 430 440
NP_065 GCDLCGKAFSASSNLTAHRKIHTQERRYECAACGKVFGDYLSRRRHMSVHLVKKRVECRQ
450 460 470 480 490 500
>--
initn: 1054 init1: 548 opt: 548 Z-score: 318.4 bits: 68.4 E(85289): 5.4e-11
Smith-Waterman score: 548; 49.3% identity (75.7% similar) in 144 aa overlap (252-395:441-584)
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 IHNGEKPYECSDCGKTFSNSSYLRPHLRIHTGEKPYKCNQCFREFRTQSIFTRHKRVHTG
:::::: :. : . : ..: .: :...::
NP_065 IHIVKKPVECRQCGKTFRNQSILKTHMNSHTGEKPYGCDLCGKAFSASSNLTAHRKIHTQ
420 430 440 450 460 470
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 EGHYVCNQCGKAFGTRSSLSSHYSIHTGEYPYECHDCGRTFRRRSNLTQHIRTHTGEKPY
: .: : :::.:: : :.:.: . ::..::..:: .:.: :.:.:::::::
NP_065 ERRYECAACGKVFGDYLSRRRHMSVHLVKKRVECRQCGKAFRNQSTLKTHMRSHTGEKPY
480 490 500 510 520 530
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 TCNECGKSFTNSFSLTIHRRIHNGEKSYECSDCGKSFNVLSSVKKHMRTHTGKKPYECNY
:..:::.:. . .:..:::::.::: ::: :::.:. ::...:..:: :.:
NP_065 ECDHCGKAFSIGSNLNVHRRIHTGEKPYECLVCGKAFSDHSSLRSHVKTHRGEKLFVSSV
540 550 560 570 580 590
410 420
pF1KB7 CGKSFTSNSYLSVHTRMHNRQM
NP_065 WKRLQ
>>NP_001316584 (OMIM: 194528) zinc finger protein 25 iso (455 aa)
initn: 5138 init1: 1240 opt: 1254 Z-score: 688.3 bits: 136.5 E(85289): 1.3e-31
Smith-Waterman score: 1261; 45.7% identity (68.5% similar) in 416 aa overlap (32-419:4-419)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 AAVVLPPTAASQREGHTEGGELVNELLKSWLKGLVTFEDVAVEFTQEEWALLDPAQRTLY
..: ::..:: ::::.::: :: :::::::
NP_001 MNKFQGPVTLKDVIVEFTKEEWKLLTPAQRTLY
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KB7 RDVMLENCRNLASLGNQVDKPRLISQLEQ--EDKVMTEE---RGILS-GTCPDVENPFKA
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NP_001 KDVMLENYSHLVSVGYHVNKPNAVFKLKQGKEPWILEVEFPHRGFPDLWSIHDLEARYQE
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150
pF1KB7 KG--------LTP--KLHVFRK------------EQSRNMKMERNHLGATLNECNQCFKV
. :: : :. .: ..: . ...: . .:..: :
NP_001 SQAGNSRNGELTKHQKTHTTEKACECKECGKFFCQKSALIVHQHTHSKGKSYDCDKCGKS
100 110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 FSTKSSLTRHRKIHTGERPYGCSECGKSYSSRSYLAVHKRIHNGEKPYECNDCGKTFSSR
:: . .: ::.:::: .. : :.:: : . : :. : : : ::::::::.: :.: ..
NP_001 FSKNEDLIRHQKIHTRDKTYECKECKKIFYHLSSLSRHLRTHAGEKPYECNQCEKSFYQK
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 SYLTVHKRIHNGEKPYECSDCGKTFSNSSYLRPHLRIHTGEKPYKCNQCFREFRTQSIFT
.:: :.. :.::::.::..::: : ..:: : . :::::::.:..: . : .: .:
NP_001 PHLTEHQKTHTGEKPFECTECGKFFYVKAYLMVHQKTHTGEKPYECKECGKAFSQKSHLT
220 230 240 250 260 270
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pF1KB7 RHKRVHTGEGHYVCNQCGKAFGTRSSLSSHYSIHTGEYPYECHDCGRTFRRRSNLTQHIR
:.:.:::: : :..::: :. : :..: :::: ::::..: . : ..: :: : :
NP_001 VHQRMHTGEKPYKCKECGKFFSRNSHLKTHQRSHTGEKPYECKECRKCFYQKSALTVHQR
280 290 300 310 320 330
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pF1KB7 THTGEKPYTCNECGKSFTNSFSLTIHRRIHNGEKSYECSDCGKSFNVLSSVKKHMRTHTG
:::::::. ::.:::.: . .:: :.: :.::: :::..::::: : : .. :.:::::
NP_001 THTGEKPFECNKCGKTFYYKSDLTKHQRKHTGEKPYECTECGKSFAVNSVLRLHQRTHTG
340 350 360 370 380 390
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pF1KB7 KKPYECNYCGKSFTSNSYLSVHTRMHNRQM
.::: :. :::::...:.. .: : :
NP_001 EKPYACKECGKSFSQKSHFIIHQRKHTGEKPYECQECGETFIQKSQLTAHQKTHTKKRNA
400 410 420 430 440 450
>>XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger pro (1059 aa)
initn: 9414 init1: 1238 opt: 1257 Z-score: 687.2 bits: 137.5 E(85289): 1.5e-31
Smith-Waterman score: 1257; 56.6% identity (79.5% similar) in 288 aa overlap (133-419:729-1016)
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 SGTCPDVENPFKAKGLTPKLHVFRKEQSRNMKMERN-HLGATLNECNQCFKVFSTKSSLT
.. ..: : : : ::..: :.: :. :.
XP_005 SALKIHQRIHTGEKPYECNECEKTFAHNSALRAHQNIHTGEKLYECSECGKTFFQKTRLS
700 710 720 730 740 750
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 RHRKIHTGERPYGCSECGKSYSSRSYLAVHKRIHNGEKPYECNDCGKTFSSRSYLTVHKR
::.:::::.:: ::.:::..:..:::. :.:::.:::::::: ::::: .. : ::.:
XP_005 THRRIHTGEKPYECSKCGKTFSQKSYLSGHERIHTGEKPYECNVCGKTFVYKAALIVHQR
760 770 780 790 800 810
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 IHNGEKPYECSDCGKTFSNSSYLRPHLRIHTGEKPYKCNQCFREFRTQSIFTRHKRVHTG
::.:::::::..::::::. ..: : :::::::::.::.: . : .: . :.:.:::
XP_005 IHTGEKPYECNQCGKTFSQRTHLCAHQRIHTGEKPYECNECGKTFADNSALRAHHRIHTG
820 830 840 850 860 870
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 EGHYVCNQCGKAFGTRSSLSSHYSIHTGEYPYECHDCGRTFRRRSNLTQHIRTHTGEKPY
: : ::.:::.:. : : .: ..:: :::: .::.:: ..: .. : :.:::::::
XP_005 EKPYECNDCGKTFSKTSHLRAHLRTRSGEKPYECSECGKTFSEKSYVSAHQRVHTGEKPY
880 890 900 910 920 930
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 TCNECGKSFTNSFSLTIHRRIHNGEKSYECSDCGKSFNVLSSVKKHMRTHTGKKPYECNY
:: ::: :... .: .:.:::.:::::::.::::.:. : .. :.: :::.::::::
XP_005 ECNVCGKPFAHNSTLRVHQRIHTGEKSYECNDCGKTFSQKSHLSAHQRIHTGEKPYECNE
940 950 960 970 980 990
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pF1KB7 CGKSFTSNSYLSVHTRMHNRQM
:::.:..:: : :: :.:
XP_005 CGKAFAQNSTLRVHQRIHTGEKPYECDECGKTFVRKAALRVHHTRMHTREKTLACNGFGK
1000 1010 1020 1030 1040 1050
>--
initn: 962 init1: 962 opt: 1010 Z-score: 558.0 bits: 113.6 E(85289): 2.4e-24
Smith-Waterman score: 1072; 50.2% identity (70.6% similar) in 303 aa overlap (130-410:425-727)
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 GILSGTCPDVENPFKAKGLTPKLHVFRKEQSRNMKMERNHLGATLNECNQCFKVFSTKSS
:. .. ...: : :::.: :.: .:.
XP_005 RKAHLIQHQRPHSGEKTYQYEECAKSFCSSSHPIQHPGTYVGFKLYECNECGKAFCQNSN
400 410 420 430 440 450
160 170 180 190
pF1KB7 LTRHRKIHTGERPYGCSECGKSYSS----------------------RSYLAVHKRIHNG
:..: .::: :.: . ::.::.: :.: :.:: :
XP_005 LSKHLRIHTKEKPCDNNGCGRSYKSPLIGHQKTDAEMELCGGSEYGKTSHLKGHQRILMG
460 470 480 490 500 510
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 EKPYECNDCGKTFSSRSYLTVHKRIHNGEKPYECSDCGKTFSNSSYLRPHLRIHTGEKPY
:::::: .::::::. :.: .:.:::.::::::: .: ::::....: : :.:::::::
XP_005 EKPYECIECGKTFSKTSHLRAHQRIHTGEKPYECVECEKTFSHKTHLSVHQRVHTGEKPY
520 530 540 550 560 570
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 KCNQCFREFRTQSIFTRHKRVHTGEGHYVCNQCGKAFGTRSSLSSHYSIHTGEYPYECHD
.::.: . : .: . :.:.:::: : :..: :.:. :.: .:. ::::: ::::..
XP_005 ECNDCGKSFTYNSALRAHQRIHTGEKPYECSDCEKTFAHNSALRAHHRIHTGEKPYECNE
580 590 600 610 620 630
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pF1KB7 CGRTFRRRSNLTQHIRTHTGEKPYTCNECGKSFTNSFSLTIHRRIHNGEKSYECSDCGKS
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pF1KB7 RRRSNLTQHIRTHTGEKPYTCNECGKSFTNSFSLTIHRRIHNGEKSY---ECSDCGKSFN
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pF1KB7 LPPTAASQREGHTEGGELVNELLKSWLKGLVTFEDVAVEFTQEEWALLDPAQRTLYRDVM
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pF1KB7 --------------RVHTGEGHYVCNQCGKAFGTRSSLSSHYSIHTGEYPYECHDCGRTF
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pF1KB7 RRRSNLTQHIRTHTGEKPYTCNECGKSFTNSFSLTIHRRIHNGEKSY---ECSDCGKSFN
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pF1KB7 VLSSVKKHMRTHTGKKPYECNYCGKSFTSNSYLSVHTRMHNRQM
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pF1KB7 CGKSYSSRSYLAVHKRIHNGEKPYECNDCGKTFSSRSYLTVHKRIHNGEKPYECSDCGKT
::..... . : :.: :.:::::::..:::.:: :: .. :.: :.::::::::.:::.
NP_001 CGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKA
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pF1KB7 IHRRIHNGEKSYECSDCGKSFNVLSSVKKHMRTHTGKKPYECNYCGKSFTSNSYLSVHTR
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pF1KB7 MHNRQM
.:
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XP_016 KPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYE
520 530 540 550 560 570
320 330 340 350 360 370
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XP_016 CHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
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pF1KB7 GKSFNVLSSVKKHMRTHTGKKPYECNYCGKSFTSNSYLSVHTRMHNRQM
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]