Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0575
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0575, 352 aa
1>>>pF1KE0575 352 - 352 aa - 352 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5672+/-0.000821; mu= 15.2105+/- 0.049
mean_var=82.0985+/-16.472, 0's: 0 Z-trim(108.7): 83 B-trim: 2 in 1/52
Lambda= 0.141549
statistics sampled from 10304 (10390) to 10304 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.319), width: 16
Scan time: 2.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS42621.1 KIR3DL1 gene_id:3811|Hs108|chr19 ( 444) 890 191.4 1.2e-48
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CCDS62792.1 LILRB2 gene_id:10288|Hs108|chr19 ( 510) 673 147.2 2.9e-35
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CCDS33105.1 LILRB3 gene_id:11025|Hs108|chr19 ( 631) 638 140.1 4.9e-33
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CCDS74453.1 LILRA2 gene_id:11027|Hs108|chr19 ( 454) 628 137.9 1.5e-32
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CCDS12885.1 LILRB5 gene_id:10990|Hs108|chr19 ( 590) 535 119.0 9.9e-27
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CCDS42620.1 KIR2DL4 gene_id:3805|Hs108|chr19 ( 273) 519 115.5 5.2e-26
CCDS42619.1 KIR2DL4 gene_id:3805|Hs108|chr19 ( 342) 519 115.6 6.2e-26
CCDS58677.1 KIR3DL2 gene_id:3812|Hs108|chr19 ( 438) 517 115.3 1e-25
CCDS12906.1 KIR3DL2 gene_id:3812|Hs108|chr19 ( 455) 517 115.3 1e-25
CCDS62791.1 LILRB2 gene_id:10288|Hs108|chr19 ( 482) 517 115.3 1.1e-25
CCDS12903.1 KIR3DL3 gene_id:115653|Hs108|chr19 ( 410) 495 110.8 2.1e-24
CCDS46184.1 GP6 gene_id:51206|Hs108|chr19 ( 339) 470 105.6 6.3e-23
CCDS42626.1 GP6 gene_id:51206|Hs108|chr19 ( 620) 470 105.8 1e-22
CCDS12888.1 LILRA5 gene_id:353514|Hs108|chr19 ( 299) 464 104.3 1.3e-22
CCDS58678.1 GP6 gene_id:51206|Hs108|chr19 ( 321) 449 101.3 1.2e-21
CCDS62802.1 LILRA1 gene_id:11024|Hs108|chr19 ( 289) 432 97.8 1.2e-20
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CCDS12907.1 FCAR gene_id:2204|Hs108|chr19 ( 287) 384 88.0 1.1e-17
CCDS42611.1 LILRB5 gene_id:10990|Hs108|chr19 ( 491) 367 84.7 1.8e-16
CCDS42618.1 LILRB4 gene_id:11006|Hs108|chr19 ( 447) 345 80.2 3.8e-15
CCDS12902.1 LILRB4 gene_id:11006|Hs108|chr19 ( 448) 345 80.2 3.8e-15
CCDS46182.1 NCR1 gene_id:9437|Hs108|chr19 ( 287) 341 79.2 4.7e-15
CCDS46181.1 NCR1 gene_id:9437|Hs108|chr19 ( 303) 341 79.2 4.9e-15
CCDS12911.1 NCR1 gene_id:9437|Hs108|chr19 ( 304) 341 79.2 5e-15
CCDS14629.1 IGSF1 gene_id:3547|Hs108|chrX (1336) 325 76.4 1.5e-13
CCDS55491.1 IGSF1 gene_id:3547|Hs108|chrX (1341) 325 76.4 1.5e-13
CCDS42622.1 FCAR gene_id:2204|Hs108|chr19 ( 265) 314 73.7 2e-13
CCDS55490.1 IGSF1 gene_id:3547|Hs108|chrX (1327) 320 75.4 3.1e-13
CCDS46173.1 TARM1 gene_id:441864|Hs108|chr19 ( 271) 311 73.1 3.2e-13
CCDS12909.1 FCAR gene_id:2204|Hs108|chr19 ( 275) 311 73.1 3.2e-13
>>CCDS42621.1 KIR3DL1 gene_id:3811|Hs108|chr19 (444 aa)
initn: 519 init1: 437 opt: 890 Z-score: 986.9 bits: 191.4 E(32554): 1.2e-48
Smith-Waterman score: 890; 46.3% identity (70.7% similar) in 307 aa overlap (1-305:1-303)
10 20 30 40 50 60
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CCDS42 MSLMVVSMACVGLFLVQRAGPHMGGQDKPFLSAWPSAVVPRGGHVTLRCHYRHRFNNFML
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE0 FQTTGTRSHELHTGL-SNNITISPVTPEHAGTYRCVGIYKHA-SKWSAESNSLKIIVTGL
.. . .: . ......:::: :::.: : : . :. . ::: :: . :.:::
CCDS42 YKEDRIHIPIFHGRIFQESFNMSPVTTAHAGNYTCRGSHPHSPTGWSAPSNPVVIMVTGN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 FTKPSISAHPSSLVHAGARVSLRCHSELAFDEFILYKEGHIQHSQQLDQGMEAGIHYVEA
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CCDS42 HRKPSLLAHPGPLVKSGERVILQCWSDIMFEHFFLHKEGISKDPSRLVGQIHDGVS--KA
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pF1KE0 VFSMGPVTPAHAGAYRCCGCFSHSRYEWSAPSDPLDIVITGKYKKPSLSTQVDPMMRLGE
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CCDS42 NFSIGPMMLALAGTYRCYGSVTHTPYQLSAPSDPLDIVVTGPYEKPSLSAQPGPKVQAGE
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pF1KE0 KLTLFCSSEISFDQYHLFRHGVAHGQWLSGGQRHREAFQANFSVGRATPVPGGTYRCYGS
..:: :::. :.:.::: :.: :: . : . .. ..:::.: .: :: ::::::.::
CCDS42 SVTLSCSSRSSYDMYHLSREGGAHERRLPAVRKVNRTFQADFPLGPATH--GGTYRCFGS
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pF1KE0 FNDSPYKPPVTRCNFTPQETLRVLLCHSQNPPLNLTHLALKDSPATCICSLDSQ
: :::.
CCDS42 FRHSPYEWSDPSDPLLVSVTGNPSSSWPSPTEPSSKSGNPRHLHILIGTSVVIILFILLL
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>>CCDS12900.1 LILRA2 gene_id:11027|Hs108|chr19 (466 aa)
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Smith-Waterman score: 679; 38.3% identity (66.2% similar) in 311 aa overlap (1-307:1-308)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAPKLITVLCLGFCLNQKICPHAGAQDKFSLSAWPSPVVPLGGRVTLSCHSHLRFVIWTI
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pF1KE0 FQTTGTRS---HELHTGLSNNITISPVTPEHAGTYRCVGIYKHASKWSAESNSLKIIVTG
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CCDS12 YRENKSASWVRRIQEPGKNGQFPIPSITWEHAGRYHC-QYYSHNHS-SEYSDPLELVVTG
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pF1KE0 LFTKPSISAHPSSLVHAGARVSLRCHSELAFDEFILYKEGHIQHSQQLDQGMEAGIHYVE
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CCDS12 AYSKPTLSALPSPVVTSGGNVTLQCVSQVAFDGFILCKEGEDEHPQRLNSHSHAR-GWSW
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CCDS12 AIFSVGPVSPSRRWSYRCYAYDSNSPYVWSLPSDLLELLVPGVSKKPSLSVQPGPMVAPG
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pF1KE0 EKLTLFCSSEISFDQYHLFRHGVAHGQWLSGGQRHREAFQANFSVGRATPVPGGTYRCYG
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CCDS12 ESLTLQCVSDVGYDRFVLYKEGERDFLQRPGWQPQAGLSQANFTLGPVSPSHGGQYRCYS
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300 310 320 330 340 350
pF1KE0 SFN-DSPYKPPVTRCNFTPQETLRVLLCHSQNPPLNLTHLALKDSPATCICSLDSQ
. : .: .. :
CCDS12 AHNLSSEWSAPSDPLDILITGQFYDRPSLSVQPVPTVAPGKNVTLLCQSRGQFHTFLLTK
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>>CCDS46179.1 LILRA2 gene_id:11027|Hs108|chr19 (483 aa)
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Smith-Waterman score: 679; 38.3% identity (66.2% similar) in 311 aa overlap (1-307:1-308)
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pF1KE0 MAPKLITVLCLGFCLNQKICPHAGAQDKFSLSAWPSPVVPLGGRVTLSCHSHLRFVIWTI
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CCDS46 MTPILTVLICLGLSLGPRTHVQAGHLPKPTLWAEPGSVIIQGSPVTLRCQGSLQAEEYHL
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pF1KE0 LFTKPSISAHPSSLVHAGARVSLRCHSELAFDEFILYKEGHIQHSQQLDQGMEAGIHYVE
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CCDS46 AIFSVGPVSPSRRWSYRCYAYDSNSPYVWSLPSDLLELLVPGVSKKPSLSVQPGPMVAPG
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pF1KE0 EKLTLFCSSEISFDQYHLFRHGVAHGQWLSGGQRHREAFQANFSVGRATPVPGGTYRCYG
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CCDS46 ESLTLQCVSDVGYDRFVLYKEGERDFLQRPGWQPQAGLSQANFTLGPVSPSHGGQYRCYS
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pF1KE0 SFN-DSPYKPPVTRCNFTPQETLRVLLCHSQNPPLNLTHLALKDSPATCICSLDSQ
. : .: .. :
CCDS46 AHNLSSEWSAPSDPLDILITGQFYDRPSLSVQPVPTVAPGKNVTLLCQSRGQFHTFLLTK
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>>CCDS62792.1 LILRB2 gene_id:10288|Hs108|chr19 (510 aa)
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pF1KE0 MAPKLITVLCLGFCLNQKICPHAGAQDKFSLSAWPSPVVPLGGRVTLSCHSHLRFVIWTI
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CCDS62 MTPIVTVLICLGLSLGPRTRVQTGTIPKPTLWAEPDSVITQGSPVTLSCQGSLEAQEYRL
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pF1KE0 GLFTKPSISAHPSSLVHAGARVSLRCHSELAFDEFILYKEGHIQHSQQLDQGMEAGIHYV
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pF1KE0 EAVFSMGPVTPAHAGAYRCCGCFSHSRYEWSAPSDPLDIVITGKYKKPSLSTQVDPMMRL
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CCDS62 RAIFSVGPVSPNRRWSHRCYGYDLNSPYVWSSPSDLLELLVPGVSKKPSLSVQPGPVMAP
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pF1KE0 GEKLTLFCSSEISFDQYHLFRHGVAHGQWLSGGQRHREAFQANFSVGRATPVPGGTYRCY
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CCDS62 GESLTLQCVSDVGYDRFVLYKEGERDLRQLPGRQPQAGLSQANFTLGPVSRSYGGQYRCY
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pF1KE0 GSFNDSPYKPPVTRCNFTPQETLRVLLCHSQNPPLNLTHLALKDSPATCICSLDSQ
:. : : ..:. .:.. : .:.
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>>CCDS42612.1 LILRB2 gene_id:10288|Hs108|chr19 (597 aa)
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Smith-Waterman score: 673; 36.7% identity (65.1% similar) in 327 aa overlap (1-323:1-317)
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pF1KE0 MAPKLITVLCLGFCLNQKICPHAGAQDKFSLSAWPSPVVPLGGRVTLSCHSHLRFVIWTI
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CCDS42 MTPIVTVLICLGLSLGPRTRVQTGTIPKPTLWAEPDSVITQGSPVTLSCQGSLEAQEYRL
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pF1KE0 FQTTGTRS--HELHTGLSNN--ITISPVTPEHAGTYRCVGIYKHASKWSAESNSLKIIVT
.. . : ... : .: . : .: ::.: : : : ..:: :. : ...:
CCDS42 YREKKSASWITRIRPELVKNGQFHIPSITWEHTGRYGCQ--YYSRARWSELSDPLVLVMT
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pF1KE0 GLFTKPSISAHPSSLVHAGARVSLRCHSELAFDEFILYKEGHIQHSQQLDQGMEAGIHYV
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CCDS42 GAYPKPTLSAQPSPVVTSGGRVTLQCESQVAFGGFILCKEGEDEHPQCLNSQPHAR-GSS
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.:.::.:::.: . ..:: : .: : ::.::: :.... : ::::::.: :.:
CCDS42 RAIFSVGPVSPNRRWSHRCYGYDLNSPYVWSSPSDLLELLVPGVSKKPSLSVQPGPVMAP
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CCDS42 GAHNLS------SECS-APSDPLDILITGQIRGTPFISVQPGPTVASGENVTLLCQSWRQ
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>>CCDS12886.1 LILRB2 gene_id:10288|Hs108|chr19 (598 aa)
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CCDS42 MTPILTVLICLGLSLGPRTHVQAGHLPKPTLWAEPGSVITQGSPVTLRCQGGQETQEYRL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]