Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4087
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4087, 452 aa
1>>>pF1KE4087 452 - 452 aa - 452 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6027+/-0.00106; mu= 12.1707+/- 0.063
mean_var=134.8875+/-28.791, 0's: 0 Z-trim(107.9): 133 B-trim: 355 in 1/50
Lambda= 0.110430
statistics sampled from 9722 (9891) to 9722 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.304), width: 16
Scan time: 3.030
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 ( 452) 3193 520.5 1.3e-147
CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 ( 452) 3025 493.8 1.5e-139
CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 ( 452) 3018 492.6 3.3e-139
CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 ( 452) 2691 440.5 1.6e-123
CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 1598 266.4 4.2e-71
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 1321 222.3 8.1e-58
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 1318 221.8 1.1e-57
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 1248 210.6 2.6e-54
CCDS60929.1 TRIM77 gene_id:390231|Hs108|chr11 ( 450) 1232 208.1 1.5e-53
CCDS7947.2 TRIM48 gene_id:79097|Hs108|chr11 ( 224) 1027 175.2 6.1e-44
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 836 145.0 1.5e-34
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 799 139.1 9e-33
CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 767 134.0 3.1e-31
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 749 131.2 2.3e-30
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 706 124.3 2.7e-28
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 674 119.2 9.1e-27
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 648 115.1 1.6e-25
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 642 114.1 3e-25
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 560 101.1 2.6e-21
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 537 97.4 3.5e-20
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 524 95.3 1.4e-19
CCDS32437.1 TRIM72 gene_id:493829|Hs108|chr16 ( 477) 488 89.6 7.5e-18
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 478 88.0 2.3e-17
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 478 88.0 2.4e-17
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 478 88.2 3.4e-17
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 465 85.8 7.2e-17
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 465 85.8 7.6e-17
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 466 86.1 8.8e-17
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 452 83.7 3.2e-16
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 445 82.8 9.2e-16
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 437 81.5 2.2e-15
CCDS34654.1 TRIM50 gene_id:135892|Hs108|chr7 ( 487) 378 72.1 1.4e-12
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 371 70.9 2.8e-12
CCDS4678.1 TRIM26 gene_id:7726|Hs108|chr6 ( 539) 372 71.2 3e-12
CCDS5679.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 500) 368 70.5 4.4e-12
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 357 68.7 1.5e-11
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 354 68.2 1.8e-11
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 354 68.2 2e-11
>>CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 3193 init1: 3193 opt: 3193 Z-score: 2763.3 bits: 520.5 E(32554): 1.3e-147
Smith-Waterman score: 3193; 99.8% identity (100.0% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDSPFLVQCSECTKSTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDSPFLVQCSECTKSTG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSSSQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNEMCHKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 FLCEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YWKEKNQNEKIDGEDGLFLLGCVKNDIQRSLFTTSPLMLQYIPRPTSRVGLFLDCEAKTV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
CCDS55 YWKEKNQNEKIDGEDGLFLLGCVKNDIQRSLFTTSPLLLQYIPRPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 3025 init1: 3025 opt: 3025 Z-score: 2618.6 bits: 493.8 E(32554): 1.5e-139
Smith-Waterman score: 3025; 95.4% identity (97.8% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDSPFLVQCSECTKSTG
:::::::::: :::::.::::::::::::::::::::::::::.: :::::::::::::
CCDS53 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSSSQE
:::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS53 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
:: ::: ::: :::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNEMCHKP
::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::: :::::::::::::::::
CCDS53 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
:: :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YWKEKNQNEKIDGEDGLFLLGCVKNDIQRSLFTTSPLMLQYIPRPTSRVGLFLDCEAKTV
: :::::::::::..:::::::.::::: ::::::::::::::.::::::::::::::::
CCDS53 YRKEKNQNEKIDGKEGLFLLGCIKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 3018 init1: 3018 opt: 3018 Z-score: 2612.6 bits: 492.6 E(32554): 3.3e-139
Smith-Waterman score: 3018; 95.4% identity (97.6% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDSPFLVQCSECTKSTG
:::::::::: :::::.::::::::::::::::::::::::::.: :::::::::::::
CCDS82 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSSSQE
:::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS82 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
:: ::: ::: :::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNEMCHKP
::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::: :::::::::::::::::
CCDS82 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS82 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
:: :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YWKEKNQNEKIDGEDGLFLLGCVKNDIQRSLFTTSPLMLQYIPRPTSRVGLFLDCEAKTV
: :::::::::::. ::::::::::::: ::::::::::::::.::::::::::::::::
CCDS82 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 2738 init1: 2691 opt: 2691 Z-score: 2331.1 bits: 440.5 E(32554): 1.6e-123
Smith-Waterman score: 2691; 85.0% identity (91.8% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDSPFLVQCSECTKSTG
::::: ::::::: ::::.::::::::::::::::::::::::.: :.:.:: :: :.:
CCDS60 MNSGISQVFQRELTCPICLNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPILTQCFECLKTTQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSSSQE
: ::::::..::::: :::.:::::::::::::::::::::.:::::::::::::::: :
CCDS60 QRNLKTNIRLKKMASRARKASLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
:: ::::: : :::::.::::.::::::::.:::.::::::::: ::::::.::::::
CCDS60 HRYHRHCPAEWAAEEHREKLLKKMQSLWEKVCENQRNLNVETTRISHWKDYVNVRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNEMCHKP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: : :: .:::::
CCDS60 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGTYAELMKMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
::::::::::::::::::::::::::: :: :::::::::::::::: ::: :.:::: :
CCDS60 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNLELRAGPITGLRDRLNQFRVDITLPHNEANSHI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
: :::.:::::.:..:..:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 FRRGDLRSICIGCDRQNAPHITATPTSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YWKEKNQNEKIDGEDGLFLLGCVKNDIQRSLFTTSPLMLQYIPRPTSRVGLFLDCEAKTV
::: ::: .: ::.::: ::::::::: :::::::: :::.::::..:::::::::.::
CCDS60 YWKGTNQNGNIHGEEGLFSLGCVKNDIQCSLFTTSPLTLQYVPRPTNHVGLFLDCEARTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::: :.:::::::::::::::::.:.
CCDS60 SFVDVNQSSPIHTIPNCSFSPPLRPIFCCVHL
430 440 450
>>CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 (446 aa)
initn: 1599 init1: 1220 opt: 1598 Z-score: 1390.0 bits: 266.4 E(32554): 4.2e-71
Smith-Waterman score: 1598; 52.3% identity (77.6% similar) in 451 aa overlap (1-451:1-445)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDSPFLVQCSECTKSTG
:.: . ..::.:: : ::.::..::::: :::::::::. :.:... ..: : . .
CCDS20 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPANCPACREPSP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSSSQE
....:::: .:.....:::.::: :::::.:.:::::.::::::..:.::::::::.:::
CCDS20 KMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSLLCLLCSNSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
: :.: ::: :::::.::::..:. ::.: ::.::: : . :. : :: . ::
CCDS20 HGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRGNVVLRAQMIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNEMCHKP
::.:. :.:::..:: :.:. ..::..:. : .:: .. . :. ::.:: ::::::
CCDS20 NEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMYQELMEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
:::::: .:::. ::::::::::::.::::.::::::: :::.:::.:..: : .: .:
CCDS20 DVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQPVNPELTAGPITGLVYRLNRFRVEISFHFEVTNHNI
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::
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CCDS79 F
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]