FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4191, 688 aa 1>>>pF1KE4191 688 - 688 aa - 688 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8125+/-0.000932; mu= -0.8041+/- 0.056 mean_var=229.5996+/-46.444, 0's: 0 Z-trim(114.1): 41 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.084643 statistics sampled from 14608 (14640) to 14608 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.768), E-opt: 0.2 (0.45), width: 16 Scan time: 4.670 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS35242.1 TBC1D25 gene_id:4943|Hs108|chrX ( 688) 4666 582.9 5.3e-166 CCDS54294.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 ( 615) 648 92.2 2.4e-18 CCDS12785.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 ( 648) 648 92.2 2.5e-18 CCDS53814.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 674) 602 86.6 1.3e-16 CCDS55849.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 682) 602 86.6 1.3e-16 CCDS31858.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 691) 602 86.6 1.3e-16 CCDS62351.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 405) 522 76.7 7.3e-14 CCDS62352.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 278) 518 76.1 7.5e-14 CCDS11766.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 767) 522 76.9 1.2e-13 CCDS62353.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 392) 472 70.6 4.9e-12 >>CCDS35242.1 TBC1D25 gene_id:4943|Hs108|chrX (688 aa) initn: 4666 init1: 4666 opt: 4666 Z-score: 3093.8 bits: 582.9 E(32554): 5.3e-166 Smith-Waterman score: 4666; 99.7% identity (100.0% similar) in 688 aa overlap (1-688:1-688) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MATASGASDLSGSGAPPPGVGAQAAAAAEEEEREVVRVRVKKCESFLPPEFRSFAVDPQI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 MATASGASDLSGSGAPPPGVGAQAAAAAEEEEREVVRVRVKKCESFLPPEFRSFAVDPQI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 TSLDVLQHILIRAFDLSGKKNFGISYLGRDRLGQEVYLSLLSDWDLSTAFATASKPYLQL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 TSLDVLQHILIRAFDLSGKKNFGISYLGRDRLGQEVYLSLLSDWDLSTAFATASKPYLQL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 RVDIRPSEDSPLLEDWDIISPKDVIGSDVLLAEKRSSLTTAALPFTQSILTQVGRTLSKV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 RVDIRPSEDSPLLEDWDIISPKDVIGSDVLLAEKRSSLTTAALPFTQSILTQVGRTLSKV 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 QQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIYHGGVEPSLRKVVWRY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 QQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIYHGGVEPSLRKVVWRY 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 LLNVYPDGLTGRERMDYMKRKSREYEQLKSEWAQRASPEDLEFIRSTVLKDVLRTDRAHP ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::: CCDS35 LLNVYPDGLTGRERMDYMKRKSREYEQLKSEWAQRANPEDLEFIRSTVLKDVLRTDRAHP 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 YYAGPEDGPHLRALHDLLTTYAVTHPQVSYCQGMSDLASPILAVMDHEGHAFVCFCGIMK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 YYAGPEDGPHLRALHDLLTTYAVTHPQVSYCQGMSDLASPILAVMDHEGHAFVCFCGIMK 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 RLAANFHPDGRAMATKFAHLKLLLRHADPDFYQYLQEAGADDLFFCYRWLLLELKREFAF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 RLAANFHPDGRAMATKFAHLKLLLRHADPDFYQYLQEAGADDLFFCYRWLLLELKREFAF 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 DDALRMLEVTWSSLPPDPPEHEVELVGPPSQVADTGFGGHRGWPVRQRHMLRPAGGGGST ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: CCDS35 DDALRMLEVTWSSLPPDPPEHEVELVGPPSQVADAGFGGHRGWPVRQRHMLRPAGGGGST 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE4 FEDAVDHLATASQGPGGGGRLLRQASLDGLQQLRDNMGSRRDPLVQLPHPAALISSKSLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 FEDAVDHLATASQGPGGGGRLLRQASLDGLQQLRDNMGSRRDPLVQLPHPAALISSKSLS 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE4 EPLLNSPDPLLSSFSHPDSPSSSSPPSTQEASPTGDMAVGSPLMQEVGSPKDPGKSLPPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 EPLLNSPDPLLSSFSHPDSPSSSSPPSTQEASPTGDMAVGSPLMQEVGSPKDPGKSLPPV 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KE4 PPMGLPPPQEFGRGNPFMLFLCLAILLEHRDHIMRNGLDYNELAMHFDRLVRKHHLGRVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 PPMGLPPPQEFGRGNPFMLFLCLAILLEHRDHIMRNGLDYNELAMHFDRLVRKHHLGRVL 610 620 630 640 650 660 670 680 pF1KE4 RRARALFADYLQSEVWDSEEGAEATAAS :::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 RRARALFADYLQSEVWDSEEGAEATAAS 670 680 >>CCDS54294.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 (615 aa) initn: 718 init1: 384 opt: 648 Z-score: 442.8 bits: 92.2 E(32554): 2.4e-18 Smith-Waterman score: 656; 33.2% identity (60.7% similar) in 389 aa overlap (197-576:246-599) 170 180 190 200 210 220 pF1KE4 QSILTQVGRTLSKVQQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIYH ::... :. ... ::.:.. ::. ::. 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CCDS12 ------ERDTLMLSGFGSN---EILKHI----------NELTMKLSVEDVLTRAEALHRQ 540 550 560 570 530 540 550 560 570 pF1KE4 RDPLVQLPHPAA-LISSKSLSEPLLNSPDPLLSSFSHPDSPSSS--SPPSTQEASPTGDM .::: . ... .:: .::.: : . : ::. . .:: . ...: : CCDS12 LTACPELPHNVQEILGLAPPAEP--HSPSPTASPL--PLSPTRAPPTPPPSTDTAPQPDS 580 590 600 610 620 630 580 590 600 610 620 630 pF1KE4 AVGSPLMQEVGSPKDPGKSLPPVPPMGLPPPQEFGRGNPFMLFLCLAILLEHRDHIMRNG CCDS12 SLEILPEEEDEGADS 640 >>CCDS53814.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 (674 aa) initn: 638 init1: 377 opt: 602 Z-score: 411.9 bits: 86.6 E(32554): 1.3e-16 Smith-Waterman score: 602; 38.8% identity (67.3% similar) in 245 aa overlap (196-435:297-540) 170 180 190 200 210 220 pF1KE4 TQSILTQVGRTLSKVQQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIY . :.: :. .. ::.. .... :. 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