Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4166
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4166, 618 aa
1>>>pF1KE4166 618 - 618 aa - 618 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0589+/-0.000928; mu= 22.0152+/- 0.057
mean_var=95.2360+/-19.679, 0's: 0 Z-trim(108.6): 114 B-trim: 760 in 2/52
Lambda= 0.131424
statistics sampled from 10299 (10434) to 10299 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.312), width: 16
Scan time: 1.740
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS10417.1 RHOT2 gene_id:89941|Hs109|chr16 ( 618) 4157 798.9 0
CCDS32612.1 RHOT1 gene_id:55288|Hs109|chr17 ( 618) 2526 489.7 5.1e-138
CCDS74031.1 RHOT1 gene_id:55288|Hs109|chr17 ( 597) 2424 470.3 3.3e-132
CCDS32611.1 RHOT1 gene_id:55288|Hs109|chr17 ( 659) 2423 470.2 4e-132
CCDS74030.1 RHOT1 gene_id:55288|Hs109|chr17 ( 650) 2413 468.3 1.5e-131
CCDS32610.1 RHOT1 gene_id:55288|Hs109|chr17 ( 691) 2413 468.3 1.5e-131
>>CCDS10417.1 RHOT2 gene_id:89941|Hs109|chr16 (618 aa)
initn: 4157 init1: 4157 opt: 4157 Z-score: 4262.9 bits: 798.9 E(33420): 0
Smith-Waterman score: 4157; 100.0% identity (100.0% similar) in 618 aa overlap (1-618:1-618)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRRDVRILLLGEAQVGKTSLILSLVGEEFPEEVPPRAEEITIPADVTPEKVPTHIVDYSE
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CCDS10 MRRDVRILLLGEAQVGKTSLILSLVGEEFPEEVPPRAEEITIPADVTPEKVPTHIVDYSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AEQTDEELREEIHKANVVCVVYDVSEEATIEKIRTKWIPLVNGGTTQGPRVPIILVGNKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AEQTDEELREEIHKANVVCVVYDVSEEATIEKIRTKWIPLVNGGTTQGPRVPIILVGNKS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 DLRSGSSMEAVLPIMSQFPEIETCVECSAKNLRNISELFYYAQKAVLHPTAPLYDPEAKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DLRSGSSMEAVLPIMSQFPEIETCVECSAKNLRNISELFYYAQKAVLHPTAPLYDPEAKQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LRPACAQALTRIFRLSDQDLDQALSDEELNAFQKSCFGHPLAPQALEDVKTVVCRNVAGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LRPACAQALTRIFRLSDQDLDQALSDEELNAFQKSCFGHPLAPQALEDVKTVVCRNVAGG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VREDRLTLDGFLFLNTLFIQRGRHETTWTILRRFGYSDALELTADYLSPLIHVPPGCSTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VREDRLTLDGFLFLNTLFIQRGRHETTWTILRRFGYSDALELTADYLSPLIHVPPGCSTE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 LNHLGYQFVQRVFEKHDQDRDGALSPVELQSLFSVFPAAPWGPELPRTVRTEAGRLPLHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LNHLGYQFVQRVFEKHDQDRDGALSPVELQSLFSVFPAAPWGPELPRTVRTEAGRLPLHG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YLCQWTLVTYLDVRSCLGHLGYLGYPTLCEQDQAHAITVTREKRLDQEKGQTQRSVLLCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YLCQWTLVTYLDVRSCLGHLGYLGYPTLCEQDQAHAITVTREKRLDQEKGQTQRSVLLCK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 VVGARGVGKSAFLQAFLGRGLGHQDTREQPPGYAIDTVQVNGQEKYLILCEVGTDGLLAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VVGARGVGKSAFLQAFLGRGLGHQDTREQPPGYAIDTVQVNGQEKYLILCEVGTDGLLAT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 SLDATCDVACLMFDGSDPKSFAHCASVYKHHYMDGQTPCLFVSSKADLPEGVAVSGPSPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SLDATCDVACLMFDGSDPKSFAHCASVYKHHYMDGQTPCLFVSSKADLPEGVAVSGPSPA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 EFCRKHRLPAPVPFSCAGPAEPSTTIFTQLATMAAFPHLVHAELHPSSFWLRGLLGVVGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EFCRKHRLPAPVPFSCAGPAEPSTTIFTQLATMAAFPHLVHAELHPSSFWLRGLLGVVGA
550 560 570 580 590 600
610
pF1KE4 AVAAVLSFSLYRVLVKSQ
::::::::::::::::::
CCDS10 AVAAVLSFSLYRVLVKSQ
610
>>CCDS32612.1 RHOT1 gene_id:55288|Hs109|chr17 (618 aa)
initn: 2336 init1: 1665 opt: 2526 Z-score: 2591.6 bits: 489.7 E(33420): 5.1e-138
Smith-Waterman score: 2526; 60.1% identity (83.0% similar) in 622 aa overlap (1-618:1-618)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRRDVRILLLGEAQVGKTSLILSLVGEEFPEEVPPRAEEITIPADVTPEKVPTHIVDYSE
:..::::::.:: .:::::::.:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS32 MKKDVRILLVGEPRVGKTSLIMSLVSEEFPEEVPPRAEEITIPADVTPERVPTHIVDYSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AEQTDEELREEIHKANVVCVVYDVSEEATIEKIRTKWIPLVNGGTTQGPRVPIILVGNKS
:::.::.:..:: .:::.:.:: :... .:.:. ..::::.: : . :.:.:::::::
CCDS32 AEQSDEQLHQEISQANVICIVYAVNNKHSIDKVTSRWIPLINERTDKDSRLPLILVGNKS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 DLRSGSSMEAVLPIMSQFPEIETCVECSAKNLRNISELFYYAQKAVLHPTAPLYDPEAKQ
:: ::::..::::.:. :::::::::::::.:::::::::::::::::.::: :: :.
CCDS32 DLVEYSSMETILPIMNQYTEIETCVECSAKNLKNISELFYYAQKAVLHPTGPLYCPEEKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LRPACAQALTRIFRLSDQDLDQALSDEELNAFQKSCFGHPLAPQALEDVKTVVCRNVAGG
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CCDS32 MKPACIKALTRIFKISDQDNDGTLNDAELNFFQRICFNTPLAPQALEDVKNVVRKHISDG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VREDRLTLDGFLFLNTLFIQRGRHETTWTILRRFGYSDALELTADYLSPLIHVPPGCSTE
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CCDS32 VADSGLTLKGFLFLHTLFIQRGRHETTWTVLRRFGYDDDLDLTPEYLFPLLKIPPDCTTE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE4 LNHLGYQFVQRVFEKHDQDRDGALSPVELQSLFSVFPAAPWGPELPRTVRT-EAGRLPLH
::: .: :.: .:.::: ::: :::: ::..::.::: ::::.. :: : : : . .
CCDS32 LNHHAYLFLQSTFDKHDLDRDCALSPDELKDLFKVFPYIPWGPDVNNTVCTNERGWITYQ
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 GYLCQWTLVTYLDVRSCLGHLGYLGYPTLCEQD-QAHAITVTREKRLDQEKGQTQRSVLL
:.: ::::.:::::. :: .:::::: : ::. :: :.::::.:..: .: ::::.:.
CCDS32 GFLSQWTLTTYLDVQRCLEYLGYLGYSILTEQESQASAVTVTRDKKIDLQKKQTQRNVFR
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 CKVVGARGVGKSAFLQAFLGRGLGHQDT-REQPPGY-AIDTVQVNGQEKYLILCEVGTDG
:.:.:... :::. :::.:::.: .: ::. .: ::.:: : ::::::.: ... .
CCDS32 CNVIGVKNCGKSGVLQALLGRNLMRQKKIREDHKSYYAINTVYVYGQEKYLLLHDISESE
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 LLATSLDATCDVACLMFDGSDPKSFAHCASVYKHHYMDGQTPCLFVSSKADLPEGVAVSG
.: : . :::.::..: :.:::: .:: ..:.:.::.. :::.:..:.:: : .
CCDS32 FL-TEAEIICDVVCLVYDVSNPKSFEYCARIFKQHFMDSRIPCLIVAAKSDLHEVKQEYS
490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 PSPAEFCRKHRLPAPVPFSCAGPAEPSTTIFTQLATMAAFPHLVHAELHPSSFWLRGLLG
::..:::::..: : :.: :: ::..:.::: .::...:.:. :.::::. .
CCDS32 ISPTDFCRKHKMPPPQAFTCNTADAPSKDIFVKLTTMAMYPHVTQADLKSSTFWLRASF-
540 550 560 570 580 590
600 610
pF1KE4 VVGAAVAAVLSFSLYRVLVKSQ
::.: :::.:..:..:.:..
CCDS32 --GATVFAVLGFAMYKALLKQR
600 610
>>CCDS74031.1 RHOT1 gene_id:55288|Hs109|chr17 (597 aa)
initn: 2234 init1: 1563 opt: 2424 Z-score: 2487.3 bits: 470.3 E(33420): 3.3e-132
Smith-Waterman score: 2424; 59.6% identity (82.5% similar) in 601 aa overlap (22-618:1-597)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRRDVRILLLGEAQVGKTSLILSLVGEEFPEEVPPRAEEITIPADVTPEKVPTHIVDYSE
.:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS74 MSLVSEEFPEEVPPRAEEITIPADVTPERVPTHIVDYSE
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AEQTDEELREEIHKANVVCVVYDVSEEATIEKIRTKWIPLVNGGTTQGPRVPIILVGNKS
:::.::.:..:: .:::.:.:: :... .:.:. ..::::.: : . :.:.:::::::
CCDS74 AEQSDEQLHQEISQANVICIVYAVNNKHSIDKVTSRWIPLINERTDKDSRLPLILVGNKS
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 DLRSGSSMEAVLPIMSQFPEIETCVECSAKNLRNISELFYYAQKAVLHPTAPLYDPEAKQ
:: ::::..::::.:. :::::::::::::.:::::::::::::::::.::: :: :.
CCDS74 DLVEYSSMETILPIMNQYTEIETCVECSAKNLKNISELFYYAQKAVLHPTGPLYCPEEKE
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LRPACAQALTRIFRLSDQDLDQALSDEELNAFQKSCFGHPLAPQALEDVKTVVCRNVAGG
..::: .::::::..:::: : .:.: ::: ::. ::. :::::::::::.:: .... :
CCDS74 MKPACIKALTRIFKISDQDNDGTLNDAELNFFQRICFNTPLAPQALEDVKNVVRKHISDG
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VREDRLTLDGFLFLNTLFIQRGRHETTWTILRRFGYSDALELTADYLSPLIHVPPGCSTE
: .. ::: :::::.::::::::::::::.::::::.: :.:: .:: ::...:: :.::
CCDS74 VADSGLTLKGFLFLHTLFIQRGRHETTWTVLRRFGYDDDLDLTPEYLFPLLKIPPDCTTE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350
pF1KE4 LNHLGYQFVQRVFEKHDQDRDGALSPVELQSLFSVFPAAPWGPELPRTVRT-EAGRLPLH
::: .: :.: .:.::: ::: :::: ::..::.::: ::::.. :: : : : . .
CCDS74 LNHHAYLFLQSTFDKHDLDRDCALSPDELKDLFKVFPYIPWGPDVNNTVCTNERGWITYQ
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 GYLCQWTLVTYLDVRSCLGHLGYLGYPTLCEQD-QAHAITVTREKRLDQEKGQTQRSVLL
:.: ::::.:::::. :: .:::::: : ::. :: :.::::.:..: .: ::::.:.
CCDS74 GFLSQWTLTTYLDVQRCLEYLGYLGYSILTEQESQASAVTVTRDKKIDLQKKQTQRNVFR
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 CKVVGARGVGKSAFLQAFLGRGLGHQDT-REQPPGY-AIDTVQVNGQEKYLILCEVGTDG
:.:.:... :::. :::.:::.: .: ::. .: ::.:: : ::::::.: ... .
CCDS74 CNVIGVKNCGKSGVLQALLGRNLMRQKKIREDHKSYYAINTVYVYGQEKYLLLHDISESE
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 LLATSLDATCDVACLMFDGSDPKSFAHCASVYKHHYMDGQTPCLFVSSKADLPEGVAVSG
.: : . :::.::..: :.:::: .:: ..:.:.::.. :::.:..:.:: : .
CCDS74 FL-TEAEIICDVVCLVYDVSNPKSFEYCARIFKQHFMDSRIPCLIVAAKSDLHEVKQEYS
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 PSPAEFCRKHRLPAPVPFSCAGPAEPSTTIFTQLATMAAFPHLVHAELHPSSFWLRGLLG
::..:::::..: : :.: :: ::..:.::: .::...:.:. :.::::. .:
CCDS74 ISPTDFCRKHKMPPPQAFTCNTADAPSKDIFVKLTTMAMYPHVTQADLKSSTFWLRASFG
520 530 540 550 560 570
600 610
pF1KE4 VVGAAVAAVLSFSLYRVLVKSQ
:.: :::.:..:..:.:..
CCDS74 ---ATVFAVLGFAMYKALLKQR
580 590
>>CCDS32611.1 RHOT1 gene_id:55288|Hs109|chr17 (659 aa)
initn: 2393 init1: 1665 opt: 2423 Z-score: 2485.7 bits: 470.2 E(33420): 4e-132
Smith-Waterman score: 2423; 61.3% identity (82.8% similar) in 582 aa overlap (1-578:1-581)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRRDVRILLLGEAQVGKTSLILSLVGEEFPEEVPPRAEEITIPADVTPEKVPTHIVDYSE
:..::::::.:: .:::::::.:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS32 MKKDVRILLVGEPRVGKTSLIMSLVSEEFPEEVPPRAEEITIPADVTPERVPTHIVDYSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AEQTDEELREEIHKANVVCVVYDVSEEATIEKIRTKWIPLVNGGTTQGPRVPIILVGNKS
:::.::.:..:: .:::.:.:: :... .:.:. ..::::.: : . :.:.:::::::
CCDS32 AEQSDEQLHQEISQANVICIVYAVNNKHSIDKVTSRWIPLINERTDKDSRLPLILVGNKS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 DLRSGSSMEAVLPIMSQFPEIETCVECSAKNLRNISELFYYAQKAVLHPTAPLYDPEAKQ
:: ::::..::::.:. :::::::::::::.:::::::::::::::::.::: :: :.
CCDS32 DLVEYSSMETILPIMNQYTEIETCVECSAKNLKNISELFYYAQKAVLHPTGPLYCPEEKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LRPACAQALTRIFRLSDQDLDQALSDEELNAFQKSCFGHPLAPQALEDVKTVVCRNVAGG
..::: .::::::..:::: : .:.: ::: ::. ::. :::::::::::.:: .... :
CCDS32 MKPACIKALTRIFKISDQDNDGTLNDAELNFFQRICFNTPLAPQALEDVKNVVRKHISDG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VREDRLTLDGFLFLNTLFIQRGRHETTWTILRRFGYSDALELTADYLSPLIHVPPGCSTE
: .. ::: :::::.::::::::::::::.::::::.: :.:: .:: ::...:: :.::
CCDS32 VADSGLTLKGFLFLHTLFIQRGRHETTWTVLRRFGYDDDLDLTPEYLFPLLKIPPDCTTE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE4 LNHLGYQFVQRVFEKHDQDRDGALSPVELQSLFSVFPAAPWGPELPRTVRT-EAGRLPLH
::: .: :.: .:.::: ::: :::: ::..::.::: ::::.. :: : : : . .
CCDS32 LNHHAYLFLQSTFDKHDLDRDCALSPDELKDLFKVFPYIPWGPDVNNTVCTNERGWITYQ
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 GYLCQWTLVTYLDVRSCLGHLGYLGYPTLCEQD-QAHAITVTREKRLDQEKGQTQRSVLL
:.: ::::.:::::. :: .:::::: : ::. :: :.::::.:..: .: ::::.:.
CCDS32 GFLSQWTLTTYLDVQRCLEYLGYLGYSILTEQESQASAVTVTRDKKIDLQKKQTQRNVFR
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 CKVVGARGVGKSAFLQAFLGRGLGHQDT-REQPPGY-AIDTVQVNGQEKYLILCEVGTDG
:.:.:... :::. :::.:::.: .: ::. .: ::.:: : ::::::.: ... .
CCDS32 CNVIGVKNCGKSGVLQALLGRNLMRQKKIREDHKSYYAINTVYVYGQEKYLLLHDISESE
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 LLATSLDATCDVACLMFDGSDPKSFAHCASVYKHHYMDGQTPCLFVSSKADLPEGVAVSG
.: : . :::.::..: :.:::: .:: ..:.:.::.. :::.:..:.:: : .
CCDS32 FL-TEAEIICDVVCLVYDVSNPKSFEYCARIFKQHFMDSRIPCLIVAAKSDLHEVKQEYS
490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 PSPAEFCRKHRLPAPVPFSCAGPAEPSTTIFTQLATMAAFPHLVHAELHPSSFWLRGLLG
::..:::::..: : :.: :: ::..:.::: .::
CCDS32 ISPTDFCRKHKMPPPQAFTCNTADAPSKDIFVKLTTMAMYPHARLRCMCTCNRCTFCICQ
540 550 560 570 580 590
600 610
pF1KE4 VVGAAVAAVLSFSLYRVLVKSQ
CCDS32 NFLNSDLLQSVKNKIFTAVLNRHVTQADLKSSTFWLRASFGATVFAVLGFAMYKALLKQR
600 610 620 630 640 650
>>CCDS74030.1 RHOT1 gene_id:55288|Hs109|chr17 (650 aa)
initn: 2441 init1: 1665 opt: 2413 Z-score: 2475.6 bits: 468.3 E(33420): 1.5e-131
Smith-Waterman score: 2452; 57.2% identity (78.9% similar) in 654 aa overlap (1-618:1-650)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRRDVRILLLGEAQVGKTSLILSLVGEEFPEEVPPRAEEITIPADVTPEKVPTHIVDYSE
:..::::::.:: .:::::::.:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS74 MKKDVRILLVGEPRVGKTSLIMSLVSEEFPEEVPPRAEEITIPADVTPERVPTHIVDYSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AEQTDEELREEIHKANVVCVVYDVSEEATIEKIRTKWIPLVNGGTTQGPRVPIILVGNKS
:::.::.:..:: .:::.:.:: :... .:.:. ..::::.: : . :.:.:::::::
CCDS74 AEQSDEQLHQEISQANVICIVYAVNNKHSIDKVTSRWIPLINERTDKDSRLPLILVGNKS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 DLRSGSSMEAVLPIMSQFPEIETCVECSAKNLRNISELFYYAQKAVLHPTAPLYDPEAKQ
:: ::::..::::.:. :::::::::::::.:::::::::::::::::.::: :: :.
CCDS74 DLVEYSSMETILPIMNQYTEIETCVECSAKNLKNISELFYYAQKAVLHPTGPLYCPEEKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LRPACAQALTRIFRLSDQDLDQALSDEELNAFQKSCFGHPLAPQALEDVKTVVCRNVAGG
..::: .::::::..:::: : .:.: ::: ::. ::. :::::::::::.:: .... :
CCDS74 MKPACIKALTRIFKISDQDNDGTLNDAELNFFQRICFNTPLAPQALEDVKNVVRKHISDG
190 200 210 220 230 240
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