Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4192
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4192, 693 aa
1>>>pF1KE4192 693 - 693 aa - 693 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7523+/-0.000475; mu= 17.3834+/- 0.030
mean_var=68.4047+/-14.166, 0's: 0 Z-trim(108.0): 35 B-trim: 901 in 1/55
Lambda= 0.155071
statistics sampled from 16062 (16089) to 16062 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.529), E-opt: 0.2 (0.189), width: 16
Scan time: 11.260
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001137139 (OMIM: 615251) zinc finger BED domain ( 693) 4510 1018.8 0
NP_067034 (OMIM: 615251) zinc finger BED domain-co ( 693) 4510 1018.8 0
XP_011512590 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1129) 1457 335.8 5.3e-91
XP_011512587 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 1457 335.8 5.5e-91
XP_011512586 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 1457 335.8 5.5e-91
XP_011512589 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 1457 335.8 5.5e-91
XP_016865720 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 1457 335.8 5.5e-91
NP_001316545 (OMIM: 615254) SCAN domain-containing (1174) 1457 335.8 5.5e-91
XP_011512588 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 1457 335.8 5.5e-91
NP_443155 (OMIM: 615254) SCAN domain-containing pr (1325) 1457 335.9 6.1e-91
NP_009098 (OMIM: 613567) zinc finger MYM-type prot (1325) 1257 291.1 1.8e-77
NP_001290180 (OMIM: 615253) protein ZBED8 [Homo sa ( 594) 1203 278.9 3.8e-74
NP_071373 (OMIM: 615253) protein ZBED8 [Homo sapie ( 594) 1203 278.9 3.8e-74
NP_775808 (OMIM: 608899) general transcription fac ( 949) 557 134.5 1.9e-30
NP_001003795 (OMIM: 608900) general transcription ( 949) 545 131.8 1.2e-29
NP_055620 (OMIM: 607911) EPM2A-interacting protein ( 607) 434 106.9 2.4e-22
>>NP_001137139 (OMIM: 615251) zinc finger BED domain-con (693 aa)
initn: 4510 init1: 4510 opt: 4510 Z-score: 5449.5 bits: 1018.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4510; 100.0% identity (100.0% similar) in 693 aa overlap (1-693:1-693)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MIAPLLCILSYNFNTFAILNVYSKLTMFCTTNSLPMDLLLKQGSLKQEVESFCYQIVSES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MIAPLLCILSYNFNTFAILNVYSKLTMFCTTNSLPMDLLLKQGSLKQEVESFCYQIVSES
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 NDQKVGILQSEDKQLQPSVSKKSEGELSRVKFISNSNKITFSKKPKRRKYDESYLSFGFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NDQKVGILQSEDKQLQPSVSKKSEGELSRVKFISNSNKITFSKKPKRRKYDESYLSFGFT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YFGNRDAPHAQCVLCKKILSNSSLAPSKLRRHLETKHAAYKDKDISFFKQHLDSPENNKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YFGNRDAPHAQCVLCKKILSNSSLAPSKLRRHLETKHAAYKDKDISFFKQHLDSPENNKP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 PTPKIVNTDNESATEASYNVSYHIALSGEAHTIGELLIKPCAKDVVMRMFDEQYSKKIDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTPKIVNTDNESATEASYNVSYHIALSGEAHTIGELLIKPCAKDVVMRMFDEQYSKKIDA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VQLSNSTVARRIKDLAADIEEELVCRLKICDGFSLQLDESADVSGLAVLLVFVRYRFNKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VQLSNSTVARRIKDLAADIEEELVCRLKICDGFSLQLDESADVSGLAVLLVFVRYRFNKS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 IEEDLLLCESLQSNATGEEIFNCINSFMQKHEIEWEKCVDVCSDASRAVDGKIAEAVTLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IEEDLLLCESLQSNATGEEIFNCINSFMQKHEIEWEKCVDVCSDASRAVDGKIAEAVTLI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KYVAPESTSSHCLLYRHALAVKIMPTSLKNVLDQAVQIINYIKARPHQSRLLKILCEEMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KYVAPESTSSHCLLYRHALAVKIMPTSLKNVLDQAVQIINYIKARPHQSRLLKILCEEMG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 AQHTALLLNTEVRWLSRGKVLVRLFELRRELLVFMDSAFRLSDCLTNSSWLLRLAYLADI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AQHTALLLNTEVRWLSRGKVLVRLFELRRELLVFMDSAFRLSDCLTNSSWLLRLAYLADI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 FTKLNEVNLSMQGKNVTVFTVFDKMSSLLRKLEFWASSVEEENFDCFPTLSDFLTEINST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FTKLNEVNLSMQGKNVTVFTVFDKMSSLLRKLEFWASSVEEENFDCFPTLSDFLTEINST
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 VDKDICSAIVQHLRGLRATLLKYFPVTNDNNAWVRNPFTVTVKPASLVARDYESLIDLTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VDKDICSAIVQHLRGLRATLLKYFPVTNDNNAWVRNPFTVTVKPASLVARDYESLIDLTS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 DSQVKQNFSELSLNDFWSSLIQEYPSIARRAVRVLLPFATMHLCETGFSYYAATKTKYRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DSQVKQNFSELSLNDFWSSLIQEYPSIARRAVRVLLPFATMHLCETGFSYYAATKTKYRK
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KE4 RLDAAPHMRIRLSNITPNIKRICDKKTQKHCSH
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLDAAPHMRIRLSNITPNIKRICDKKTQKHCSH
670 680 690
>>NP_067034 (OMIM: 615251) zinc finger BED domain-contai (693 aa)
initn: 4510 init1: 4510 opt: 4510 Z-score: 5449.5 bits: 1018.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4510; 100.0% identity (100.0% similar) in 693 aa overlap (1-693:1-693)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MIAPLLCILSYNFNTFAILNVYSKLTMFCTTNSLPMDLLLKQGSLKQEVESFCYQIVSES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 MIAPLLCILSYNFNTFAILNVYSKLTMFCTTNSLPMDLLLKQGSLKQEVESFCYQIVSES
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 NDQKVGILQSEDKQLQPSVSKKSEGELSRVKFISNSNKITFSKKPKRRKYDESYLSFGFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 NDQKVGILQSEDKQLQPSVSKKSEGELSRVKFISNSNKITFSKKPKRRKYDESYLSFGFT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YFGNRDAPHAQCVLCKKILSNSSLAPSKLRRHLETKHAAYKDKDISFFKQHLDSPENNKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 YFGNRDAPHAQCVLCKKILSNSSLAPSKLRRHLETKHAAYKDKDISFFKQHLDSPENNKP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 PTPKIVNTDNESATEASYNVSYHIALSGEAHTIGELLIKPCAKDVVMRMFDEQYSKKIDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 PTPKIVNTDNESATEASYNVSYHIALSGEAHTIGELLIKPCAKDVVMRMFDEQYSKKIDA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VQLSNSTVARRIKDLAADIEEELVCRLKICDGFSLQLDESADVSGLAVLLVFVRYRFNKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 VQLSNSTVARRIKDLAADIEEELVCRLKICDGFSLQLDESADVSGLAVLLVFVRYRFNKS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 IEEDLLLCESLQSNATGEEIFNCINSFMQKHEIEWEKCVDVCSDASRAVDGKIAEAVTLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 IEEDLLLCESLQSNATGEEIFNCINSFMQKHEIEWEKCVDVCSDASRAVDGKIAEAVTLI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KYVAPESTSSHCLLYRHALAVKIMPTSLKNVLDQAVQIINYIKARPHQSRLLKILCEEMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 KYVAPESTSSHCLLYRHALAVKIMPTSLKNVLDQAVQIINYIKARPHQSRLLKILCEEMG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 AQHTALLLNTEVRWLSRGKVLVRLFELRRELLVFMDSAFRLSDCLTNSSWLLRLAYLADI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 AQHTALLLNTEVRWLSRGKVLVRLFELRRELLVFMDSAFRLSDCLTNSSWLLRLAYLADI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 FTKLNEVNLSMQGKNVTVFTVFDKMSSLLRKLEFWASSVEEENFDCFPTLSDFLTEINST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 FTKLNEVNLSMQGKNVTVFTVFDKMSSLLRKLEFWASSVEEENFDCFPTLSDFLTEINST
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 VDKDICSAIVQHLRGLRATLLKYFPVTNDNNAWVRNPFTVTVKPASLVARDYESLIDLTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 VDKDICSAIVQHLRGLRATLLKYFPVTNDNNAWVRNPFTVTVKPASLVARDYESLIDLTS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 DSQVKQNFSELSLNDFWSSLIQEYPSIARRAVRVLLPFATMHLCETGFSYYAATKTKYRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 DSQVKQNFSELSLNDFWSSLIQEYPSIARRAVRVLLPFATMHLCETGFSYYAATKTKYRK
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KE4 RLDAAPHMRIRLSNITPNIKRICDKKTQKHCSH
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 RLDAAPHMRIRLSNITPNIKRICDKKTQKHCSH
670 680 690
>>XP_011512590 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain-con (1129 aa)
initn: 1199 init1: 468 opt: 1457 Z-score: 1754.7 bits: 335.8 E(85289): 5.3e-91
Smith-Waterman score: 1457; 37.5% identity (69.6% similar) in 645 aa overlap (64-693:487-1129)
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 LPMDLLLKQGSLKQEVESFCYQIVSESNDQKVGILQSEDKQLQPSVSKK---SEGELSRV
::: .... .:. :.:. :: :
XP_011 MKRKHDEIQRSLPVKPSKMLKPSGTPFSPDKVGDWMAKQASLDFFVKKRHAFSEHSSSNK
460 470 480 490 500 510
100 110 120 130 140
pF1KE4 KFISNSNKITFSKKPK-----RRKYDESYLSFGFTYFGNRDAPHAQCVLCKKILSNSSLA
. ..: . .: . :::: ::. :::. . .. . ::..: .:.: ..
XP_011 RNVNNRSYPEEGKTKRVHASFTRKYDPSYIEFGFVAVIDGEVLKPQCIICGDVLANEAMK
520 530 540 550 560 570
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 PSKLRRHLETKHAAYKDKDISFFKQHLDSPENNKPPTPKIVNTDNESATEASYNVSYHIA
::::.::: .:: ... ::... .: ...: :. : :: .:::.:. .:
XP_011 PSKLKRHLYSKHKEISSQPKEFFERK-SSELKSQPKQVFNVSHINISALRASYKVALPVA
580 590 600 610 620 630
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 LSGEAHTIGELLIKPCAKDVVMRMFDEQYSKKIDAVQLSNSTVARRIKDLAADIEEELVC
: .::.: :.: : :.: ..:. :. .::. : :::.:.::::..:: :.:..:.
XP_011 KSKTPYTIAETLVKDCIKEVCLEMLGESAAKKVAQVPLSNDTIARRIQELANDMEDQLIE
640 650 660 670 680 690
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 RLKICDGFSLQLDESADVSGLAVLLVFVRYRFNKSIEEDLLLCESLQSNATGEEIFNCIN
..:. ::::::: :.... .:::.::.. . .:.:.... :: .:.:. :... ..
XP_011 QIKLAKYFSLQLDECRDIANMIILLVYVRFEHDDDIKEEFFFSASLPTNTTSSELYEAVK
700 710 720 730 740 750
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 SFM-QKHEIEWEKCVDVCSDASRAVDGKIAEAVTLIKYVAPESTSSHCLLYRHALAVKIM
... .: .:.. :: ::::.. .. :: .:.:: :: .::: ..::...:..::.: .
XP_011 NYIVNKCGLEFKFCVGVCSDGAASMTGKHSEVVTQIKELAPECKTTHCFIHRESLAMKKI
760 770 780 790 800 810
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 PTSLKNVLDQAVQIINYIKARPHQSRLLKILCEEMGAQHTALLLNTEVRWLSRGKVLVRL
. :..::.. :.:.::::. .:::...::..: :.: :::..:.::::::::: :.
XP_011 SAELNSVLNDIVKIVNYIKSNSLNSRLFSLLCDNMEADHKQLLLHAEIRWLSRGKVLSRM
820 830 840 850 860 870
450 460 470 480 490 500
pF1KE4 FELRRELLVFMDSAFRL-SDCLTNSSWLLRLAYLADIFTKLNEVNLSMQGKNVTVFTVFD
::.: :::::... . :. . . .: :::::.:::. .:..: ::::::.: :.. :
XP_011 FEIRNELLVFLQGKKPMWSQLFKDVNWTARLAYLSDIFSIFNDLNASMQGKNATYFSMAD
880 890 900 910 920 930
510 520 530 540 550 560
pF1KE4 KMSSLLRKLEFWASSVEEENFDCFPTLSDFLTEINSTVD-KDICSAIVQHLRGLRATLLK
:. . .::: : . . . .: : .:. ...:... .: . ..: .:: .: .
XP_011 KVEGQKQKLEAWKNRISTDCYDMFHNLTTIINEVGNDLDIAHLRKVISEHLTNLLECFEF
940 950 960 970 980 990
570 580 590 600 610
pF1KE4 YFPVTND---NNAWVRNPFTVTVKPASLVARDYESLIDLTSDSQVKQNFSEL-SLNDFWS
::: .: .: :..::: . .:.. ..:. :..: .: .: . :: .::
XP_011 YFPSKEDPRIGNLWIQNPFLSSKDNLNLTVTLQDKLLKLATDEGLKISFENTASLPSFWI
1000 1010 1020 1030 1040 1050
620 630 640 650 660 670
pF1KE4 SLIQEYPSIARRAVRVLLPFATMHLCETGFSYYAATKTKYRKRLDAAPHMRIRLSNITPN
. ..:: .:. :...:: : . .::::::: .. :::.:. :. .:. ::.: :
XP_011 KAKNDYPELAEIALKLLLLFPSTYLCETGFSTLSVIKTKHRNSLNIHYPLRVALSSIQPR
1060 1070 1080 1090 1100 1110
680 690
pF1KE4 IKRICDKKTQKHCSH
. .. .:: : : ::
XP_011 LDKLTSKK-QAHLSH
1120
>>XP_011512587 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain-con (1174 aa)
initn: 1199 init1: 468 opt: 1457 Z-score: 1754.5 bits: 335.8 E(85289): 5.5e-91
Smith-Waterman score: 1457; 37.5% identity (69.6% similar) in 645 aa overlap (64-693:532-1174)
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 LPMDLLLKQGSLKQEVESFCYQIVSESNDQKVGILQSEDKQLQPSVSKK---SEGELSRV
::: .... .:. :.:. :: :
XP_011 MKRKHDEIQRSLPVKPSKMLKPSGTPFSPDKVGDWMAKQASLDFFVKKRHAFSEHSSSNK
510 520 530 540 550 560
100 110 120 130 140
pF1KE4 KFISNSNKITFSKKPK-----RRKYDESYLSFGFTYFGNRDAPHAQCVLCKKILSNSSLA
. ..: . .: . :::: ::. :::. . .. . ::..: .:.: ..
XP_011 RNVNNRSYPEEGKTKRVHASFTRKYDPSYIEFGFVAVIDGEVLKPQCIICGDVLANEAMK
570 580 590 600 610 620
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 PSKLRRHLETKHAAYKDKDISFFKQHLDSPENNKPPTPKIVNTDNESATEASYNVSYHIA
::::.::: .:: ... ::... .: ...: :. : :: .:::.:. .:
XP_011 PSKLKRHLYSKHKEISSQPKEFFERK-SSELKSQPKQVFNVSHINISALRASYKVALPVA
630 640 650 660 670 680
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 LSGEAHTIGELLIKPCAKDVVMRMFDEQYSKKIDAVQLSNSTVARRIKDLAADIEEELVC
: .::.: :.: : :.: ..:. :. .::. : :::.:.::::..:: :.:..:.
XP_011 KSKTPYTIAETLVKDCIKEVCLEMLGESAAKKVAQVPLSNDTIARRIQELANDMEDQLIE
690 700 710 720 730 740
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 RLKICDGFSLQLDESADVSGLAVLLVFVRYRFNKSIEEDLLLCESLQSNATGEEIFNCIN
..:. ::::::: :.... .:::.::.. . .:.:.... :: .:.:. :... ..
XP_011 QIKLAKYFSLQLDECRDIANMIILLVYVRFEHDDDIKEEFFFSASLPTNTTSSELYEAVK
750 760 770 780 790 800
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 SFM-QKHEIEWEKCVDVCSDASRAVDGKIAEAVTLIKYVAPESTSSHCLLYRHALAVKIM
... .: .:.. :: ::::.. .. :: .:.:: :: .::: ..::...:..::.: .
XP_011 NYIVNKCGLEFKFCVGVCSDGAASMTGKHSEVVTQIKELAPECKTTHCFIHRESLAMKKI
810 820 830 840 850 860
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 PTSLKNVLDQAVQIINYIKARPHQSRLLKILCEEMGAQHTALLLNTEVRWLSRGKVLVRL
. :..::.. :.:.::::. .:::...::..: :.: :::..:.::::::::: :.
XP_011 SAELNSVLNDIVKIVNYIKSNSLNSRLFSLLCDNMEADHKQLLLHAEIRWLSRGKVLSRM
870 880 890 900 910 920
450 460 470 480 490 500
pF1KE4 FELRRELLVFMDSAFRL-SDCLTNSSWLLRLAYLADIFTKLNEVNLSMQGKNVTVFTVFD
::.: :::::... . :. . . .: :::::.:::. .:..: ::::::.: :.. :
XP_011 FEIRNELLVFLQGKKPMWSQLFKDVNWTARLAYLSDIFSIFNDLNASMQGKNATYFSMAD
930 940 950 960 970 980
510 520 530 540 550 560
pF1KE4 KMSSLLRKLEFWASSVEEENFDCFPTLSDFLTEINSTVD-KDICSAIVQHLRGLRATLLK
:. . .::: : . . . .: : .:. ...:... .: . ..: .:: .: .
XP_011 KVEGQKQKLEAWKNRISTDCYDMFHNLTTIINEVGNDLDIAHLRKVISEHLTNLLECFEF
990 1000 1010 1020 1030 1040
570 580 590 600 610
pF1KE4 YFPVTND---NNAWVRNPFTVTVKPASLVARDYESLIDLTSDSQVKQNFSEL-SLNDFWS
::: .: .: :..::: . .:.. ..:. :..: .: .: . :: .::
XP_011 YFPSKEDPRIGNLWIQNPFLSSKDNLNLTVTLQDKLLKLATDEGLKISFENTASLPSFWI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]