FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3684, 489 aa 1>>>pF1KE3684 489 - 489 aa - 489 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3924+/-0.00095; mu= -2.6504+/- 0.058 mean_var=319.9639+/-63.342, 0's: 0 Z-trim(115.7): 14 B-trim: 10 in 1/53 Lambda= 0.071701 statistics sampled from 16273 (16286) to 16273 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.793), E-opt: 0.2 (0.5), width: 16 Scan time: 4.030 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS75436.1 TULP1 gene_id:7287|Hs108|chr6 ( 489) 3257 350.2 2.9e-96 CCDS4807.1 TULP1 gene_id:7287|Hs108|chr6 ( 542) 2844 307.5 2.3e-83 CCDS7787.1 TUB gene_id:7275|Hs108|chr11 ( 506) 1359 153.9 3.8e-37 CCDS7786.1 TUB gene_id:7275|Hs108|chr11 ( 561) 1359 153.9 4.1e-37 CCDS8519.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 ( 442) 1228 140.3 4.1e-33 CCDS53737.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 ( 501) 1193 136.7 5.5e-32 CCDS12739.1 TULP2 gene_id:7288|Hs108|chr19 ( 520) 1035 120.4 4.7e-27 >>CCDS75436.1 TULP1 gene_id:7287|Hs108|chr6 (489 aa) initn: 3257 init1: 3257 opt: 3257 Z-score: 1841.7 bits: 350.2 E(32554): 2.9e-96 Smith-Waterman score: 3257; 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CCDS77 ERPSGQDLRATMQRKGISSSMSFDEDEEDEEENSSSSSQLNSNTRPSSATSRKSVREAAS 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 pF1KE3 APSP-----PV--EVDEPREFVLRPAPQGRTVRCRLTRDKKGMDRGMYPSYFLHLDTE-- :::: :: ::.. .::.::::::: :..::.:::::::::::::.:::::: : CCDS77 APSPTAPEQPVDVEVQDLEEFALRPAPQGITIKCRITRDKKGMDRGMYPTYFLHLDREDG 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 KKVFLLAGRKRKRSKTANYLISIDPTNLSRGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRG ::::::::::::.:::.:::::.:::.:::::...::::::::.:..:::.::: :::.. CCDS77 KKVFLLAGRKRKKSKTSNYLISVDPTDLSRGGDSYIGKLRSNLMGTKFTVYDNGVNPQKA 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 YSTNVAS--LRQELAAVIYETNVLGFRGPRRMTVIIPGMSAENERVPIRPRNASDGLLVR :... : :::::::: ::::::::.:::.:.::.:::. .::: ::::: . ::.: CCDS77 SSSTLESGTLRQELAAVCYETNVLGFKGPRKMSVIVPGMNMVHERVSIRPRNEHETLLAR 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 450 pF1KE3 WQNKTLESLIELHNKPPVWNDDSGSYTLNFQGRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRV ::::. ::.:::.:: ::::::. ::.:::.:::::::::::::.:..::::::.::::: CCDS77 WQNKNTESIIELQNKTPVWNDDTQSYVLNFHGRVTQASVKNFQIIHGNDPDYIVMQFGRV 420 430 440 450 460 470 460 470 480 pF1KE3 AEDAFTLDYRYPLCALQAFAIALSSFDGKLACE :::.::.:: :::::::::::::::::.::::: CCDS77 AEDVFTMDYNYPLCALQAFAIALSSFDSKLACE 480 490 500 >>CCDS7786.1 TUB gene_id:7275|Hs108|chr11 (561 aa) initn: 1473 init1: 780 opt: 1359 Z-score: 779.9 bits: 153.9 E(32554): 4.1e-37 Smith-Waterman score: 1431; 48.1% identity (69.6% similar) in 516 aa overlap (4-489:52-561) 10 20 pF1KE3 MPLRDETLREVWASDSGHE------EESLSPEA : : :. : :.: .:. . . CCDS77 FPGGTPWPMGSQHSKQHRKPGPLKRGHRRDRRTTRRKYWKE--GREIARVLDDEGRNLRQ 30 40 50 60 70 30 40 50 60 70 80 pF1KE3 PRRPKQRPAPAQRLRKKRTEAPESPCPTGSKPRKPGEEEEEEEDEEDEE------EEAEE . .:: :. .::: : . ..::. .. ::. : . . CCDS77 QKLDRQRALLEQKQKKKRQEPLMVQANADGRPRSRRARQSEEQAPLVESYLSSSGSTSYQ 80 90 100 110 120 130 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 KKEKILLPPKKPLREKSSADLKERRAKAQGPRGDLGSPDPPPKPLRVRNKEAPAGEGTKM .: : . . .: . .:.:: . : :. : . .. .::. . CCDS77 VQEADSLASVQLGATRPTAPASAKRTKAAATAGGQGGAARKEKKGKHKGTSGPAA----L 140 150 160 170 180 190 150 160 170 180 190 pF1KE3 RKTKKKGSGEADKDPSGSPASARKSPAAMFLVGE---GSPDKKALKKKGTPKGA---RKE . :....: .. :. :. . . :: :. . ....:: .. . : CCDS77 AEDKSEAQGPVQILTVGQSDHAQDAGETAAGGGERPSGQDLRATMQRKGISSSMSFDEDE 200 210 220 230 240 250 200 210 220 230 240 pF1KE3 EEEEEEAATVIK-NSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSP--P-----VEVDEPREFVLRPAP :.:::.... . ::: . .. . :. . :::: : :::.. .::.::::: CCDS77 EDEEENSSSSSQLNSNTRPSSATSRKSVREAASAPSPTAPEQPVDVEVQDLEEFALRPAP 260 270 280 290 300 310 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 QGRTVRCRLTRDKKGMDRGMYPSYFLHLDTE--KKVFLLAGRKRKRSKTANYLISIDPTN :: :..::.:::::::::::::.:::::: : ::::::::::::.:::.:::::.:::. CCDS77 QGITIKCRITRDKKGMDRGMYPTYFLHLDREDGKKVFLLAGRKRKKSKTSNYLISVDPTD 320 330 340 350 360 370 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 LSRGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRGYSTNVAS--LRQELAAVIYETNVLGFR :::::...::::::::.:..:::.::: :::.. :... : :::::::: ::::::::. CCDS77 LSRGGDSYIGKLRSNLMGTKFTVYDNGVNPQKASSSTLESGTLRQELAAVCYETNVLGFK 380 390 400 410 420 430 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 GPRRMTVIIPGMSAENERVPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVWNDDSGSYT :::.:.::.:::. .::: ::::: . ::.:::::. ::.:::.:: ::::::. ::. CCDS77 GPRKMSVIVPGMNMVHERVSIRPRNEHETLLARWQNKNTESIIELQNKTPVWNDDTQSYV 440 450 460 470 480 490 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 LNFQGRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAFAIALSSFD :::.:::::::::::::.:..::::::.::::::::.::.:: ::::::::::::::::: CCDS77 LNFHGRVTQASVKNFQIIHGNDPDYIVMQFGRVAEDVFTMDYNYPLCALQAFAIALSSFD 500 510 520 530 540 550 pF1KE3 GKLACE .::::: CCDS77 SKLACE 560 >>CCDS8519.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 (442 aa) initn: 1237 init1: 754 opt: 1228 Z-score: 708.0 bits: 140.3 E(32554): 4.1e-33 Smith-Waterman score: 1228; 56.6% identity (82.7% similar) in 318 aa overlap (180-489:125-442) 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 GEADKDPSGSPASARKSPAAMFLVGEGSPDKKALKKKGTPKGARKEEEEE--EEAATVIK .. :.:. ... .:: . ..: . . CCDS85 PDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVDTASKPGLQERLQKHDISESVNFDEETDGISQSACLER 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 -NSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSPPV--EVDEPREFVLRPAPQGRTVRCRLTRDKKGMD :: .. .. : . . :. . ..:. ..:: ::::: :::::. :::.::: CCDS85 PNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADNLLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMD 160 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 320 pF1KE3 RGMYPSYFLHLDTE--KKVFLLAGRKRKRSKTANYLISIDPTNLSRGGENFIGKLRSNLL ::..:.:...:. : .:.::::.::::.::::::::::::..::: ::...:::::::. CCDS85 RGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARKRKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLM 220 230 240 250 260 270 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 GNRFTVFDNGQNPQRGYS-TNVASLRQELAAVIYETNVLGFRGPRRMTVIIPGMSAENER :..:::.: : :..: . ...: ::::::. ::::::::.:::.:.::::::. .... CCDS85 GTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTRQELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQ 280 290 300 310 320 330 390 400 410 420 430 440 pF1KE3 VPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVWNDDSGSYTLNFQGRVTQASVKNFQIV .: .:.: :.:: ::::.:.:.:.::::: ::::.:. ::.:::.:::::::::::::: CCDS85 IPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVELHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIV 340 350 360 370 380 390 450 460 470 480 pF1KE3 HADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAFAIALSSFDGKLACE : .::::::.::::::.:.::::: :::::.:::.:.:::::.::::: CCDS85 HKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNYPLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE 400 410 420 430 440 >>CCDS53737.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 (501 aa) initn: 1202 init1: 719 opt: 1193 Z-score: 687.7 bits: 136.7 E(32554): 5.5e-32 Smith-Waterman score: 1193; 56.1% identity (82.4% similar) in 312 aa overlap (180-483:125-436) 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 GEADKDPSGSPASARKSPAAMFLVGEGSPDKKALKKKGTPKGARKEEEEE--EEAATVIK .. :.:. ... .:: . ..: . . 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