FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE9647, 1467 aa 1>>>pF1KE9647 1467 - 1467 aa - 1467 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1372+/-0.00102; mu= 6.1704+/- 0.062 mean_var=201.3964+/-40.912, 0's: 0 Z-trim(111.8): 75 B-trim: 120 in 1/50 Lambda= 0.090375 statistics sampled from 12618 (12691) to 12618 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.718), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16 Scan time: 4.710 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS33765.2 RAD54L2 gene_id:23132|Hs108|chr3 (1467) 9838 1296.5 0 CCDS14435.1 ATRX gene_id:546|Hs108|chrX (2454) 616 94.2 5.2e-18 CCDS14434.1 ATRX gene_id:546|Hs108|chrX (2492) 616 94.2 5.3e-18 >>CCDS33765.2 RAD54L2 gene_id:23132|Hs108|chr3 (1467 aa) initn: 9838 init1: 9838 opt: 9838 Z-score: 6938.4 bits: 1296.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 9838; 100.0% identity (100.0% similar) in 1467 aa overlap (1-1467:1-1467) 10 20 30 40 50 60 pF1KE9 MSDESASGSDPDLDPDVELEDAEEEEEEEEVAVEECDRDDEEDLLDDPSLEGMCGTEHAQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 MSDESASGSDPDLDPDVELEDAEEEEEEEEVAVEECDRDDEEDLLDDPSLEGMCGTEHAQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE9 LGEDGQQPPRCTSTTSSQSEPSEQLRRHQGKNLASEDPKKKRAQKPSHMRRNIRKLLRED :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 LGEDGQQPPRCTSTTSSQSEPSEQLRRHQGKNLASEDPKKKRAQKPSHMRRNIRKLLRED 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE9 QLEPVTKAAQQEELERRKRLEQQRKDYAAPIPTVPLEFLPEEIALRASDGPQLPPRVLAQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 QLEPVTKAAQQEELERRKRLEQQRKDYAAPIPTVPLEFLPEEIALRASDGPQLPPRVLAQ 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE9 EVICLDSSSGSEDEKSSRDEVIELSSGEEDTLHIVDSSESVSEDDEEEEKGGTHVNDVLN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 EVICLDSSSGSEDEKSSRDEVIELSSGEEDTLHIVDSSESVSEDDEEEEKGGTHVNDVLN 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 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CCDS14 AKNQVNSESDSDSEES--KKPRYRHRL-LRHKLTVSDGE------SGEEKKTKPKEH-KE 1280 1290 1300 1310 1320 90 100 110 120 130 140 pF1KE9 HQGKN---LASEDPKKKRAQKPSHMRRNIRKLLREDQLEPVTKAAQQEELERRKRLEQQR .:.: ..::: . . :. : . ... . ::. .: :..:.. :::. .: .:. CCDS14 VKGRNRRKVSSEDSEDSDFQE-SGVSEEVSE--SEDEQRPRTRSAKKAELEENQRSYKQK 1330 1340 1350 1360 1370 1380 150 160 170 180 190 pF1KE9 KDY-----AAPIPTVPLEFLPEEIALRASDGPQLPPRVLAQEVICLDSSSGSEDEKSSRD : . :: . . . . .: ::.: .. .:. : CCDS14 KKRRRIKVQEDSSSENKSNSEEEEEEKEEEEEEEEEEEEEEEDENDDSKSPGKGRKKIR- 1390 1400 1410 1420 1430 1440 200 210 220 230 240 250 pF1KE9 EVIELSSGEEDTLHIVDSSESVSEDDEEEEKGGTHVNDVLNQRDA-------LGRVLVNL .... .. . .: . . : . :.:. .. .:.. .:: ..... 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CCDS14 TGTPLQNNLIEYHCMVNFIKENLLGSIKEFRNRFINPIQNGQCADSTMVDVRVMKKRAHI 1710 1720 1730 1740 1750 1760 560 570 580 590 600 pF1KE9 LHSLLEGFVQRRGHTVLKIHLPAKEENVILVRLSKIQRDLYTQFMDRFRDCGSS-----G :. .: : :::. .:.: :: :.: :. ::...:: :: ..:.. :.. : CCDS14 LYEMLAGCVQRKDYTALTKFLPPKHEYVLAVRMTSIQCKLYQYYLDHLTGVGNNSEGGRG 1770 1780 1790 1800 1810 1820 610 620 630 640 650 pF1KE9 WLGLNPLKAFCVCCKIWNHPDVLY-EALQKES------------LANEQDLDVEELGSAG : . .. : . .::.:: : . ..::. .:...: :.: CCDS14 KAGAKLFQDFQMLSRIWTHPWCLQLDYISKENKGYFDEDSMDEFIASDSDETSMSLSSDD 1830 1840 1850 1860 1870 1880 660 670 680 690 700 pF1KE9 TSARCPPQGTKGKGEDSTLASSMGEAT------NSKFLQGVGFNPFQERGNNIVTY---- . . .: ::: ..:. .:. . . ::. .: : . .: ::: . CCDS14 YTKK-KKKGKKGKKDSSSSGSGSDNDVEVIKVWNSRS-RGGGEGNVDETGNNPSVSLKLE 1890 1900 1910 1920 1930 1940 710 720 730 740 pF1KE9 ---------------EWAKDLLTNYQTGVLENSPKMVLLFHLIEESVKLGDKILVFSQSL .: ::..:. .. :::.: ::::::.... . ..:::.::::::: CCDS14 ESKATSSSNPSSPAPDWYKDFVTDADAEVLEHSGKMVLLFEILRMAEEIGDKVLVFSQSL 1950 1960 1970 1980 1990 2000 750 760 770 780 790 800 pF1KE9 STLALIEEFL--GKREVPC----PPGTEGQGAQKWVRNISYFRLDGSTPAFERERLINQF .: :::.:: ..:: : .:.: ::.:::.:.:::::: : :.. ..: CCDS14 ISLDLIEDFLELASREKTEDKDKPLIYKGEG--KWLRNIDYYRLDGSTTAQSRKKWAEEF 2010 2020 2030 2040 2050 2060 810 820 830 840 850 860 pF1KE9 NDPSNLTTWLFLLSTRAGCLGVNLIGANRVVVFDASWNPCHDAQAVCRVYRYGQKKPCYI :: .:. ::..::.:: ::.::..::::..::::::: .: :.. ::::.:: :: :. CCDS14 NDETNVRGRLFIISTKAGSLGINLVAANRVIIFDASWNPSYDIQSIFRVYRFGQTKPVYV 2070 2080 2090 2100 2110 2120 870 880 890 900 910 pF1KE9 YRLVADYTLEKKIYDRQISKQGMSDRVVDDLNPMLNFTRKEVENLLHF---VEKEPAPQV ::..:. :.: ::::::..::..: ::::. . .:: .:. .: : . .: . CCDS14 YRFLAQGTMEDKIYDRQVTKQSLSFRVVDQQQVERHFTMNELTELYTFEPDLLDDPNSEK 2130 2140 2150 2160 2170 2180 920 930 940 950 960 970 pF1KE9 SLNVKGI---KESVL-QLACLKYPHLITKEPFEHESLLLNRKDHKLTKAEKKAAKKSYEE . . :...: .: .. :.. . ::.::: ......::. :.::: :: CCDS14 KKKRDTPMLPKDTILAELLQIHKEHIVGYH--EHDSLLDHKEEEELTEEERKAAWAEYEA 2190 2200 2210 2220 2230 2240 980 990 1000 1010 1020 pF1KE9 DKR-TSVPYTRPSYAQYYPASDQSLTS-IP-------AFSQRNWQPTL-KGDEKPVASVR .:. .. .. :. .. :.: .: : :: :.:... . . .: :: : .. CCDS14 EKKGLTMRFNIPTGTNLPPVSFNSQTPYIPFNLGALSAMSNQQLEDLINQGREKVVEATN 2250 2260 2270 2280 2290 2300 1030 1040 1050 1060 1070 1080 pF1KE9 PVQSTPIPMMPRHVPLGGSVSSASSTNPSMNFPINYLQRAGVLVQKVVTTTDIVIPGLNS : : . ..: CCDS14 SV--TAVRIQPLEDIISAVWKENMNLSEAQVQALALSRQASQELDVKRREAIYNDVLTKQ 2310 2320 2330 2340 2350 2360 >>CCDS14434.1 ATRX gene_id:546|Hs108|chrX (2492 aa) initn: 1619 init1: 582 opt: 616 Z-score: 436.7 bits: 94.2 E(32554): 5.3e-18 Smith-Waterman score: 1713; 33.2% identity (60.0% similar) in 1121 aa overlap (2-1035:1286-2349) 10 20 30 pF1KE9 MSDESASGSD-PDLDPDVELEDAEEEEEEEE :::..:..: :. .. ::. .:: CCDS14 VTVDDDDDDNDPENRIAKKMLLEEIKANLSSDEDGSSDDEPEEGKKRTGKQNEENPGDEE 1260 1270 1280 1290 1300 1310 40 50 60 70 80 pF1KE9 VAVE---ECDRDDEEDLLDDPSLEGMCGTEHAQLGEDGQQPPRCTSTTSSQSEPSEQLRR . . : : :.::. : . .: ::. : ....:.:. .. CCDS14 AKNQVNSESDSDSEES--KKPRYRHRL-LRHKLTVSDGE------SGEEKKTKPKEH-KE 1320 1330 1340 1350 1360 90 100 110 120 130 140 pF1KE9 HQGKN---LASEDPKKKRAQKPSHMRRNIRKLLREDQLEPVTKAAQQEELERRKRLEQQR .:.: ..::: . . :. : . ... . ::. .: :..:.. :::. .: .:. CCDS14 VKGRNRRKVSSEDSEDSDFQE-SGVSEEVSE--SEDEQRPRTRSAKKAELEENQRSYKQK 1370 1380 1390 1400 1410 1420 150 160 170 180 190 pF1KE9 KDY-----AAPIPTVPLEFLPEEIALRASDGPQLPPRVLAQEVICLDSSSGSEDEKSSRD : . :: . . . . .: ::.: .. .:. : CCDS14 KKRRRIKVQEDSSSENKSNSEEEEEEKEEEEEEEEEEEEEEEDENDDSKSPGKGRKKIR- 1430 1440 1450 1460 1470 1480 200 210 220 230 240 250 pF1KE9 EVIELSSGEEDTLHIVDSSESVSEDDEEEEKGGTHVNDVLNQRDA-------LGRVLVNL .... .. . .: . . : . :.:. .. .:.. .:: ..... CCDS14 KILKDDKLRTETQNALKEEEERRKRIAEREREREKLREVIEIEDASPTKCPITTKLVLDE 1490 1500 1510 1520 1530 1540 260 270 280 290 300 310 pF1KE9 NHPPEEENVFLAPQLARAVKPHQIGGIRFLYDNLVESLERFKTSSGFGCILAHSMGLGKT .. .: : . ... .::::. :..:..: ::... : : : :::::: :::::: CCDS14 DEETKEPLVQVHRNMVIKLKPHQVDGVQFMWDCCCESVKKTKKSPGSGCILAHCMGLGKT 1550 1560 1570 1580 1590 1600 320 330 340 350 360 370 pF1KE9 LQVISFID--VLFRHTPAKTVLAIVPVNTLQNWLAEFNMWLPPPEALPADNKPEEVQPRF :::.::. .: . .:.:.. :.:: ::. ::. : :.: :.: CCDS14 LQVVSFLHTVLLCDKLDFSTALVVCPLNTALNWMNEFEKW---QEGLKDDEK-------- 1610 1620 1630 1640 1650 380 390 400 410 420 430 pF1KE9 FKVHILNDEHKTMASRAKVMADWVSEGGVLLMGYEMYRLLTLKKSFATGRPKKTKKRSHP ..: : .. . :. .. : .:::...:::::: ..: :: :..: CCDS14 LEVSELATVKRPQE-RSYMLQRWQEDGGVMIIGYEMYR------NLAQGRNVKSRK---- 1660 1670 1680 1690 440 450 460 470 480 490 pF1KE9 VIIDLDEEDRQQEFRREFEKALCRPGPDVVICDEGHRIKNCQASTSQALKNIRSRRRVVL ... :.::: :::: :.::::: .:: ...:.:...::::::..: CCDS14 -------------LKEIFNKALVDPGPDFVVCDEGHILKNEASAVSKAMNSIRSRRRIIL 1700 1710 1720 1730 1740 500 510 520 530 540 550 pF1KE9 TGYPLQNNLIEYWCMVDFVRPDFLGTRQEFSNMFERPILNGQCIDSTPQDVRLMRYRSHV :: ::::::::: :::.:.. ..::. .:: : : :: :::: ::: :::.:. :.:. 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