FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3967, 404 aa 1>>>pF1KE3967 404 - 404 aa - 404 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5218+/-0.000383; mu= 17.1904+/- 0.024 mean_var=155.4005+/-32.179, 0's: 0 Z-trim(116.5): 435 B-trim: 123 in 2/55 Lambda= 0.102884 statistics sampled from 27096 (27698) to 27096 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.325), width: 16 Scan time: 6.900 The best scores are: opt bits E(85289) NP_056441 (OMIM: 610091) WD repeat and SOCS box-co ( 421) 1177 187.0 7.2e-47 NP_599027 (OMIM: 610091) WD repeat and SOCS box-co ( 275) 1007 161.5 2.2e-39 XP_016879922 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat a ( 383) 835 136.2 1.3e-31 XP_016879923 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat a ( 216) 786 128.6 1.5e-29 XP_005258020 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat a ( 216) 786 128.6 1.5e-29 XP_016879924 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat a ( 219) 657 109.4 8.6e-24 XP_016879925 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat a ( 219) 657 109.4 8.6e-24 XP_005272220 (OMIM: 609012) PREDICTED: WD repeat-c ( 334) 358 65.3 2.5e-10 NP_438172 (OMIM: 609012) WD repeat-containing prot ( 334) 358 65.3 2.5e-10 NP_060058 (OMIM: 609012) WD repeat-containing prot ( 334) 358 65.3 2.5e-10 NP_005877 (OMIM: 602703,616212) katanin p80 WD40 r ( 655) 304 57.7 9.5e-08 XP_016878353 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 655) 304 57.7 9.5e-08 XP_016878352 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 655) 304 57.7 9.5e-08 XP_006721186 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 658) 304 57.7 9.5e-08 XP_016878350 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 672) 304 57.7 9.6e-08 XP_005255829 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 672) 304 57.7 9.6e-08 XP_016878351 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 672) 304 57.7 9.6e-08 XP_006721185 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 675) 304 57.7 9.6e-08 XP_016878349 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 675) 304 57.7 9.6e-08 XP_006721184 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 675) 304 57.7 9.6e-08 XP_011521112 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 675) 304 57.7 9.6e-08 XP_011531864 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 300) 299 56.5 1e-07 XP_011531863 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 326) 299 56.5 1.1e-07 NP_001155052 (OMIM: 614783,614813) POC1 centriolar ( 359) 299 56.6 1.1e-07 XP_011531862 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 374) 299 56.6 1.2e-07 NP_008882 (OMIM: 601787) transcription initiation ( 800) 303 57.7 1.2e-07 NP_056241 (OMIM: 614783,614813) POC1 centriolar pr ( 407) 299 56.7 1.2e-07 XP_016861593 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 321) 297 56.2 1.3e-07 NP_001155053 (OMIM: 614783,614813) POC1 centriolar ( 369) 297 56.3 1.4e-07 XP_011531866 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 246) 290 55.0 2.3e-07 XP_011531867 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 246) 290 55.0 2.3e-07 XP_011531865 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 246) 290 55.0 2.3e-07 NP_004805 (OMIM: 607797) U5 small nuclear ribonucl ( 357) 283 54.2 5.8e-07 NP_387449 (OMIM: 605651) F-box/WD repeat-containin ( 508) 259 50.9 8.4e-06 XP_016864769 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 510) 259 50.9 8.4e-06 XP_016864770 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 510) 259 50.9 8.4e-06 XP_005265915 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 510) 259 50.9 8.4e-06 XP_005265914 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 515) 259 50.9 8.5e-06 NP_387448 (OMIM: 605651) F-box/WD repeat-containin ( 529) 259 50.9 8.6e-06 XP_005265913 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 531) 259 50.9 8.6e-06 XP_016864768 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 542) 259 50.9 8.7e-06 NP_036432 (OMIM: 605651) F-box/WD repeat-containin ( 542) 259 50.9 8.7e-06 XP_005265912 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 563) 259 51.0 8.9e-06 NP_001093207 (OMIM: 616850) WD repeat domain-conta ( 315) 252 49.6 1.3e-05 NP_115708 (OMIM: 616850) WD repeat domain-containi ( 315) 252 49.6 1.3e-05 NP_006089 (OMIM: 176981) receptor of activated pro ( 317) 249 49.1 1.8e-05 NP_001151 (OMIM: 602233) apoptotic protease-activa (1194) 252 50.4 2.8e-05 NP_863658 (OMIM: 602233) apoptotic protease-activa (1205) 252 50.4 2.8e-05 XP_016880191 (OMIM: 601545,607432) PREDICTED: plat ( 345) 245 48.6 2.8e-05 XP_016880190 (OMIM: 601545,607432) PREDICTED: plat ( 410) 245 48.7 3.1e-05 >>NP_056441 (OMIM: 610091) WD repeat and SOCS box-contai (421 aa) initn: 1417 init1: 714 opt: 1177 Z-score: 962.4 bits: 187.0 E(85289): 7.2e-47 Smith-Waterman score: 1356; 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NP_056 PPPTPIFAGGANDRWVRSVSFSHDGLHVASLADDKMVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLCCA 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 FFPHGGVIATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEFLT : :.:.:.::.:: : ::..:: . ::.:::: ..: . : .: ::::.:. :::. NP_056 FSTDGSVLAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEFLS 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 YRTF :: NP_056 YRI 420 >>NP_599027 (OMIM: 610091) WD repeat and SOCS box-contai (275 aa) initn: 1078 init1: 615 opt: 1007 Z-score: 827.9 bits: 161.5 E(85289): 2.2e-39 Smith-Waterman score: 1007; 53.4% identity (79.1% similar) in 268 aa overlap (136-402:7-274) 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 PSRKLWARHHPQVPDVSCLVLATGLNDGQIKIWEVQTGLLLLNLSGHQDVVRDLSFTPSG .. : . : ::::: : .:::::.:.:.: NP_599 MASFPPRVNEKEIGKLLLNLVDHTEVVRDLTFAPDG 10 20 30 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 SLILVSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEKSVFLWS ::::::::::::::.:::. :....:: :: .::: :..::: :::::... :.::::. NP_599 SLILVSASRDKTLRVWDLKDDGNMMKVLRGHQNWVYSCAFSPDSSMLCSVGASKAVFLWN 40 50 60 70 80 90 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 MRSYTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQVDPA : .::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. : . : :. NP_599 MDKYTMIRKLEGHHHDVVACDFSPDGALLATASYDTRVYIWDPHNGDILMEFGHLFPPPT 100 110 120 130 140 150 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 -MDDSDVHISSLRSVCFSPEGLYLATVADDRLLRIWALELKTPIAFAPMTNGLCCTFFPH . . .. .::: :: .::..:..:::...:.: .. :. ::..:::::.: NP_599 PIFAGGANDRWVRSVSFSHDGLHVASLADDKMVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLCCAFSTD 160 170 180 190 200 210 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 GGVIATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEFLTYRTF :.:.:.::.:: : ::..:: . ::.:::: ..: . : .: ::::.:. :::.:: NP_599 GSVLAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEFLSYRI 220 230 240 250 260 270 >>XP_016879922 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat and S (383 aa) initn: 1348 init1: 708 opt: 835 Z-score: 688.5 bits: 136.2 E(85289): 1.3e-31 Smith-Waterman score: 1210; 48.9% identity (69.4% similar) in 399 aa overlap (13-402:23-382) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MEAGEEPLLLAELKPGRPHQFDWKSSCETWSVAFSPDGSWFAWSQGHCIV : :. : :: : . :.:.:::.::::.::::::: : XP_016 MASFPPRVNEKEIVRLRTIGELLAPAAP--FDKKCGRENWTVAFAPDGSYFAWSQGHRTV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 KLIPWPLEEQ-FIPKGFEAKSRSS------KNETKG-RGSPKEKTLDCGQIVWGLAF-SP ::.:: : :. .: . . :: .: : ...:.:. .:::.:::.::: : XP_016 KLVPWSQCLQNFLLHGTKNVTNSSSLRLPRQNSDGGQKNKPREHIIDCGDIVWSLAFGSS 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 WPSPPSRKLWARHHPQVPDVSCLVLATGLNDGQIKIWEVQTGLLLLNLSGHQDVVRDLSF : :: . . : . :.::::::.:.::::.: :: ::::: : .:::::.: XP_016 VPEKQSRCVNIEWHRFRFGQDQLLLATGLNNGRIKIWDVYTGKLLLNLVDHTEVVRDLTF 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 TPSGSLILVSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEKSV .:.:::::::::::::::.:::. :....:: :: .::: :..::: :::::... :.: XP_016 APDGSLILVSASRDKTLRVWDLKDDGNMMKVLRGHQNWVYSCAFSPDSSMLCSVGASKAV 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 FLWSMRSYTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQ :::.: .::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. : XP_016 FLWNMDKYTMIRKLEGHHHDVVACDFSPDGALLATASYDTRVYIWDPHNGDIL------- 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 VDPAMDDSDVHISSLRSVCFSPEGLYLATVADDRLLRIWALELKTPIAFAPMTNGLCCTF :. :. ..:.: .. :. ::..:::::.: XP_016 ----ME-------------FG-------------MVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLCCAF 300 310 320 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 FPHGGVIATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEFLTY :.:.:.::.:: : ::..:: . ::.:::: ..: . : .: ::::.:. :::.: XP_016 STDGSVLAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEFLSY 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 RTF : XP_016 RI >>XP_016879923 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat and S (216 aa) initn: 793 init1: 405 opt: 786 Z-score: 651.7 bits: 128.6 E(85289): 1.5e-29 Smith-Waterman score: 786; 50.9% identity (78.0% similar) in 214 aa overlap (190-402:2-215) 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 SFTPSGSLILVSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEK ..:: :: .::: :..::: :::::... : XP_016 MMKVLRGHQNWVYSCAFSPDSSMLCSVGASK 10 20 30 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 SVFLWSMRSYTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHH .::::.: .::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. : . : XP_016 AVFLWNMDKYTMIRKLEGHHHDVVACDFSPDGALLATASYDTRVYIWDPHNGDILMEFGH 40 50 60 70 80 90 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 TQVDPA-MDDSDVHISSLRSVCFSPEGLYLATVADDRLLRIWALELKTPIAFAPMTNGLC :. . . .. .::: :: .::..:..:::...:.: .. :. ::..:::: XP_016 LFPPPTPIFAGGANDRWVRSVSFSHDGLHVASLADDKMVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLC 100 110 120 130 140 150 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 CTFFPHGGVIATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEF :.: :.:.:.::.:: : ::..:: . ::.:::: ..: . : .: ::::.:. :: XP_016 CAFSTDGSVLAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEF 160 170 180 190 200 210 400 pF1KE3 LTYRTF :.:: XP_016 LSYRI >>XP_005258020 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat and S (216 aa) initn: 793 init1: 405 opt: 786 Z-score: 651.7 bits: 128.6 E(85289): 1.5e-29 Smith-Waterman score: 786; 50.9% identity (78.0% similar) in 214 aa overlap (190-402:2-215) 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 SFTPSGSLILVSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEK ..:: :: .::: :..::: :::::... : XP_005 MMKVLRGHQNWVYSCAFSPDSSMLCSVGASK 10 20 30 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 SVFLWSMRSYTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHH .::::.: .::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. : . : XP_005 AVFLWNMDKYTMIRKLEGHHHDVVACDFSPDGALLATASYDTRVYIWDPHNGDILMEFGH 40 50 60 70 80 90 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 TQVDPA-MDDSDVHISSLRSVCFSPEGLYLATVADDRLLRIWALELKTPIAFAPMTNGLC :. . . .. .::: :: .::..:..:::...:.: .. :. ::..:::: XP_005 LFPPPTPIFAGGANDRWVRSVSFSHDGLHVASLADDKMVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLC 100 110 120 130 140 150 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 CTFFPHGGVIATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEF :.: :.:.:.::.:: : ::..:: . ::.:::: ..: . : .: ::::.:. :: XP_005 CAFSTDGSVLAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEF 160 170 180 190 200 210 400 pF1KE3 LTYRTF :.:: XP_005 LSYRI >>XP_016879924 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat and S (219 aa) initn: 766 init1: 405 opt: 657 Z-score: 548.1 bits: 109.4 E(85289): 8.6e-24 Smith-Waterman score: 657; 46.8% identity (73.2% similar) in 205 aa overlap (200-402:14-218) 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 VSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDC-SMLCSAAGEKSVFLWSMRS . : .: : . . : .::::.: . XP_016 MLNIILIKFSSFSIRCAILSSVCLNEAITFAFLLQVFLWNMDK 10 20 30 40 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 YTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQVDPA-MD ::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. : . : :. . 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XP_016 MLNIILIKFSSFSIRCAILSSVCLNEAITFAFLLQVFLWNMDK 10 20 30 40 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 YTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQVDPA-MD ::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. : . : :. . 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