Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3953
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3953, 270 aa
1>>>pF1KE3953 270 - 270 aa - 270 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0121+/-0.00105; mu= 0.0016+/- 0.062
mean_var=263.8587+/-54.370, 0's: 0 Z-trim(112.4): 89 B-trim: 546 in 1/51
Lambda= 0.078957
statistics sampled from 13120 (13209) to 13120 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.743), E-opt: 0.2 (0.406), width: 16
Scan time: 2.320
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 1730 209.9 2.9e-54
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 1730 210.1 4.3e-54
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 1087 136.6 3.2e-32
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 1087 136.6 3.4e-32
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 1080 135.6 4.2e-32
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 1080 135.7 4.4e-32
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 1080 135.8 5.7e-32
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 1068 134.5 1.5e-31
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 736 96.6 3.4e-20
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 656 87.5 1.9e-17
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 583 79.2 6e-15
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 575 78.3 1.2e-14
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 545 74.9 1.2e-13
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 534 73.6 2.9e-13
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 532 73.4 3.5e-13
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 532 73.4 3.5e-13
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 532 73.4 3.6e-13
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 522 72.3 8e-13
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 508 70.5 1.8e-12
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 508 70.6 2.3e-12
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 499 69.6 4.6e-12
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 481 67.5 1.7e-11
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 481 67.6 1.9e-11
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 472 66.5 3.6e-11
CCDS4678.1 TRIM26 gene_id:7726|Hs108|chr6 ( 539) 466 65.9 6.8e-11
>>CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 (488 aa)
initn: 1724 init1: 1724 opt: 1730 Z-score: 1087.7 bits: 209.9 E(32554): 2.9e-54
Smith-Waterman score: 1730; 98.9% identity (99.2% similar) in 262 aa overlap (1-261:1-262)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 ISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDNGKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDNGKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKRLKKEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKRLKKEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTER
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 QRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEKKTLDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVECR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEKKTLDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVECR
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KE3 SQWSTMELLQDMSGIMKWC-VWVARSGACEL
:::::::::::::::::: .:
CCDS31 SQWSTMELLQDMSGIMKWSEIWRLKKPKMVSKKLKTVFHAPDLSRMLQMFRELTAVRCYW
250 260 270 280 290 300
>>CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 (842 aa)
initn: 1724 init1: 1724 opt: 1730 Z-score: 1084.7 bits: 210.1 E(32554): 4.3e-54
Smith-Waterman score: 1730; 98.9% identity (99.2% similar) in 262 aa overlap (1-261:355-616)
10 20 30
pF1KE3 MASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDC
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QSYWAIQGSLTRRERRASGVRTRRSQGSSAMASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDC
330 340 350 360 370 380
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 GHSLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCGISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GHSLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCGISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDN
390 400 410 420 430 440
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 GKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCERSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCERSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKR
450 460 470 480 490 500
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 LKKEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTERQRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LKKEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTERQRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEK
510 520 530 540 550 560
220 230 240 250 260
pF1KE3 KTLDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVECRSQWSTMELLQDMSGIMKWC-VWVARSGACE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .:
CCDS31 KTLDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVECRSQWSTMELLQDMSGIMKWSEIWRLKKPKMV
570 580 590 600 610 620
270
pF1KE3 L
CCDS31 SKKLKTVFHAPDLSRMLQMFRELTAVRCYWVDVTLNSVNLNLNLVLSEDQRQVISVPIWP
630 640 650 660 670 680
>--
initn: 1099 init1: 1056 opt: 1087 Z-score: 688.8 bits: 136.8 E(32554): 4.8e-32
Smith-Waterman score: 1087; 63.0% identity (81.9% similar) in 265 aa overlap (1-264:29-293)
10 20 30
pF1KE3 MASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDCGH
:.: .:....:::::::::::::::::.::::
CCDS31 MCGSERILQAGNILEIRVGQAGARRVATMTSPVLVDIREEVTCPICLELLTEPLSIDCGH
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 SLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCGISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDNGK
:.:.:::: ...:.: .. :. ::::: ::. .:. :.::::::.::.:: :.: .
CCDS31 SFCQACITPNGRESVIGQEGERSCPVCQTSYQPGNLRPNRHLANIVRRLREVVLGPGKQL
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 KRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCERSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKRLK
: :: ::::: :::.:: :::::::::::::::::: :.::: .: :::.: ::.::
CCDS31 KAVLCADHGEKLQLFCQEDGKVICWLCERSQEHRGHHTFLVEEVAQEYQEKFQESLKKLK
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 KEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTERQRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEKKT
.::.::::: : :::.::::: :.. :: ::::::.:::.::. :::::..::.::::
CCDS31 NEEQEAEKLTAFIREKKTSWKNQMEPERCRIQTEFNQLRNILDRVEQRELKKLEQEEKKG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 LDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVECRSQWSTMELLQDMSGIMKWC-VWVARSGACEL
: . :::..::.: : .::::::.: : : ::::::::.: . . :. :
CCDS31 LRIIEEAENDLVHQTQSLRELISDLERRCQGSTMELLQDVSDVTERSEFWTLRKPEALPT
250 260 270 280 290 300
CCDS31 KLRSMFRAPDLKRMLRVCRELTDVQSYWAIQGSLTRRERRASGVRTRRSQGSSAMASKIL
310 320 330 340 350 360
>>CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 (488 aa)
initn: 1099 init1: 1056 opt: 1087 Z-score: 691.9 bits: 136.6 E(32554): 3.2e-32
Smith-Waterman score: 1087; 63.0% identity (81.9% similar) in 265 aa overlap (1-264:1-265)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCG
:.: .:....:::::::::::::::::.:::::.:.:::: ...:.: .. :. :::::
CCDS31 MTSPVLVDIREEVTCPICLELLTEPLSIDCGHSFCQACITPNGRESVIGQEGERSCPVCQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 ISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDNGKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCE
::. .:. :.::::::.::.:: :.: . : :: ::::: :::.:: ::::::::
CCDS31 TSYQPGNLRPNRHLANIVRRLREVVLGPGKQLKAVLCADHGEKLQLFCQEDGKVICWLCE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKRLKKEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTER
:::::::::: :.::: .: :::.: ::.::.::.::::: : :::.::::: :.. ::
CCDS31 RSQEHRGHHTFLVEEVAQEYQEKFQESLKKLKNEEQEAEKLTAFIREKKTSWKNQMEPER
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 QRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEKKTLDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVECR
::::::.:::.::. :::::..::.:::: : . :::..::.: : .::::::.: :
CCDS31 CRIQTEFNQLRNILDRVEQRELKKLEQEEKKGLRIIEEAENDLVHQTQSLRELISDLERR
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KE3 SQWSTMELLQDMSGIMKWC-VWVARSGACEL
: ::::::::.: . . :. :
CCDS31 CQGSTMELLQDVSDVTERSEFWTLRKPEALPTKLRSMFRAPDLKRMLRVCRELTDVQSYW
250 260 270 280 290 300
>>CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 (516 aa)
initn: 1079 init1: 1056 opt: 1087 Z-score: 691.6 bits: 136.6 E(32554): 3.4e-32
Smith-Waterman score: 1087; 63.0% identity (81.9% similar) in 265 aa overlap (1-264:29-293)
10 20 30
pF1KE3 MASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDCGH
:.: .:....:::::::::::::::::.::::
CCDS31 MCGSERILQAGNILEIRVGQAGARRVATMTSPVLVDIREEVTCPICLELLTEPLSIDCGH
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 SLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCGISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDNGK
:.:.:::: ...:.: .. :. ::::: ::. .:. :.::::::.::.:: :.: .
CCDS31 SFCQACITPNGRESVIGQEGERSCPVCQTSYQPGNLRPNRHLANIVRRLREVVLGPGKQL
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 KRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCERSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKRLK
: :: ::::: :::.:: :::::::::::::::::: :.::: .: :::.: ::.::
CCDS31 KAVLCADHGEKLQLFCQEDGKVICWLCERSQEHRGHHTFLVEEVAQEYQEKFQESLKKLK
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 KEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTERQRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEKKT
.::.::::: : :::.::::: :.. :: ::::::.:::.::. :::::..::.::::
CCDS31 NEEQEAEKLTAFIREKKTSWKNQMEPERCRIQTEFNQLRNILDRVEQRELKKLEQEEKKG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 LDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVECRSQWSTMELLQDMSGIMKWC-VWVARSGACEL
: . :::..::.: : .::::::.: : : ::::::::.: . . :. :
CCDS31 LRIIEEAENDLVHQTQSLRELISDLERRCQGSTMELLQDVSDVTERSEFWTLRKPEALPT
250 260 270 280 290 300
CCDS31 KLRSMFRAPDLKRMLRVCRELTDVQSYWVDVTLNPHTANLNLVLAKNRRQVRFVGAKVSG
310 320 330 340 350 360
>>CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 (326 aa)
initn: 914 init1: 650 opt: 1080 Z-score: 689.8 bits: 135.6 E(32554): 4.2e-32
Smith-Waterman score: 1080; 62.6% identity (86.4% similar) in 257 aa overlap (1-257:1-255)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCG
::: ::.::.:::::::::::::.:::::::::.:.::.:...:... . : .::::::
CCDS31 MASGILVNVKEEVTCPICLELLTQPLSLDCGHSFCQACLTANHKKSMLDKG-ESSCPVCR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 ISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDNGKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCE
:::. :... :.:.:::::.:.::::::. :.: : : .:::::::::.:: ::::::::
CCDS31 ISYQPENIRPNRHVANIVEKLREVKLSPE-GQKVDHCARHGEKLLLFCQEDGKVICWLCE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKRLKKEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTER
:::::::::: ::::: .: : ::::.:. :.....:::.:::::::::.::: :.: ..
CCDS31 RSQEHRGHHTFLTEEVAREYQVKLQAALEMLRQKQQEAEELEADIREEKASWKTQIQYDK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 QRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEKKTLDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVECR
. ..:.:::.::. ::. ::: ::.::. : .....: :.::: : .::::::.: :
CCDS31 TNVLADFEQLRDILDWEESNELQNLEKEEEDILKSLTNSETEMVQQTQSLRELISDLEHR
180 190 200 210 220 230
250 260 270
pF1KE3 SQWSTMELLQDMSGIMKWCVWVARSGACEL
: :.::::: ..:..:
CCDS31 LQGSVMELLQGVDGVIKRTENVTLKKPETFPKNQRRVFRAPDLKGMLEVFRELTDVRRYW
240 250 260 270 280 290
>>CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 (347 aa)
initn: 914 init1: 650 opt: 1080 Z-score: 689.5 bits: 135.7 E(32554): 4.4e-32
Smith-Waterman score: 1080; 62.6% identity (86.4% similar) in 257 aa overlap (1-257:1-255)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCG
::: ::.::.:::::::::::::.:::::::::.:.::.:...:... . : .::::::
CCDS31 MASGILVNVKEEVTCPICLELLTQPLSLDCGHSFCQACLTANHKKSMLDKG-ESSCPVCR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 ISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDNGKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCE
:::. :... :.:.:::::.:.::::::. :.: : : .:::::::::.:: ::::::::
CCDS31 ISYQPENIRPNRHVANIVEKLREVKLSPE-GQKVDHCARHGEKLLLFCQEDGKVICWLCE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKRLKKEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTER
:::::::::: ::::: .: : ::::.:. :.....:::.:::::::::.::: :.: ..
CCDS31 RSQEHRGHHTFLTEEVAREYQVKLQAALEMLRQKQQEAEELEADIREEKASWKTQIQYDK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 QRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEKKTLDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVECR
. ..:.:::.::. ::. ::: ::.::. : .....: :.::: : .::::::.: :
CCDS31 TNVLADFEQLRDILDWEESNELQNLEKEEEDILKSLTNSETEMVQQTQSLRELISDLEHR
180 190 200 210 220 230
250 260 270
pF1KE3 SQWSTMELLQDMSGIMKWCVWVARSGACEL
: :.::::: ..:..:
CCDS31 LQGSVMELLQGVDGVIKRTENVTLKKPETFPKNQRRVFRAPDLKGMLEVFRELTDVRRYW
240 250 260 270 280 290
>>CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 (493 aa)
initn: 914 init1: 650 opt: 1080 Z-score: 687.5 bits: 135.8 E(32554): 5.7e-32
Smith-Waterman score: 1080; 62.6% identity (86.4% similar) in 257 aa overlap (1-257:1-255)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCG
::: ::.::.:::::::::::::.:::::::::.:.::.:...:... . : .::::::
CCDS31 MASGILVNVKEEVTCPICLELLTQPLSLDCGHSFCQACLTANHKKSMLDKG-ESSCPVCR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 ISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDNGKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCE
:::. :... :.:.:::::.:.::::::. :.: : : .:::::::::.:: ::::::::
CCDS31 ISYQPENIRPNRHVANIVEKLREVKLSPE-GQKVDHCARHGEKLLLFCQEDGKVICWLCE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
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CCDS31 RSQEHRGHHTFLTEEVAREYQVKLQAALEMLRQKQQEAEELEADIREEKASWKTQIQYDK
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CCDS31 TNVLADFEQLRDILDWEESNELQNLEKEEEDILKSLTNSETEMVQQTQSLRELISDLEHR
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: :.::::: ..:..:
CCDS31 LQGSVMELLQGVDGVIKRTENVTLKKPETFPKNQRRVFRAPDLKGMLEVFRELTDVRRYW
240 250 260 270 280 290
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. :..:.:::. .::
CCDS41 LRGSSVEMLQDVIDVMKRSESWTLKKPKSVSKKLKSVFRVPDLSGMLQVLKELTDVQYYW
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CCDS44 RQRFLLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVC
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CCDS44 AQSRKHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQ
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CCDS44 KSRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDR
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CCDS44 RCHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPD
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CCDS16 RGPFRPSGFRPNRQLAGLVESVRRLGLGAGPGARR--CARHGEDLSRFCEEDEAALCWVC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]