FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3912, 416 aa 1>>>pF1KE3912 416 - 416 aa - 416 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3125+/-0.000343; mu= 14.5836+/- 0.021 mean_var=125.9158+/-25.994, 0's: 0 Z-trim(118.1): 39 B-trim: 518 in 1/56 Lambda= 0.114297 statistics sampled from 30744 (30791) to 30744 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.727), E-opt: 0.2 (0.361), width: 16 Scan time: 8.930 The best scores are: opt bits E(85289) NP_054879 (OMIM: 608426) probable E3 ubiquitin-pro ( 416) 2927 493.7 3.6e-139 NP_001258636 (OMIM: 608426) probable E3 ubiquitin- ( 373) 2563 433.6 3.9e-121 XP_011514299 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 418) 1038 182.2 2.1e-45 XP_011514300 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 418) 1038 182.2 2.1e-45 XP_011514298 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 439) 1038 182.2 2.2e-45 NP_038474 (OMIM: 607754) E3 ubiquitin-protein liga ( 482) 1038 182.2 2.4e-45 NP_005655 (OMIM: 176270,603856,615346) probable E3 ( 507) 900 159.5 1.7e-38 NP_001278592 (OMIM: 607754) E3 ubiquitin-protein l ( 265) 609 111.3 3e-24 NP_001138597 (OMIM: 607754) E3 ubiquitin-protein l ( 329) 609 111.3 3.5e-24 >>NP_054879 (OMIM: 608426) probable E3 ubiquitin-protein (416 aa) initn: 2927 init1: 2927 opt: 2927 Z-score: 2619.5 bits: 493.7 E(85289): 3.6e-139 Smith-Waterman score: 2927; 99.8% identity (100.0% similar) in 416 aa overlap (1-416:1-416) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 AAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAER :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 AAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAER 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTQPSMVSNPGSCSDPQPSPEMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 KTQPSMVSNPGSCSDPQPSPEMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECR 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 FGDACVYLHGEVCEICRLQVLHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSI ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::: NP_054 FGDACVYLHGEVCEICRLQVLHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQASQDKVCSI 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 CMEVILEKASASERRFGILSNCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 CMEVILEKASASERRFGILSNCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIP 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 SVYWVEDQNKKNELIEAFKQGMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 SVYWVEDQNKKNELIEAFKQGMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKP 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 RKQLSSQGTVRFFNSVRLWDFIENRESRHVPNNEDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 RKQLSSQGTVRFFNSVRLWDFIENRESRHVPNNEDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP 370 380 390 400 410 >>NP_001258636 (OMIM: 608426) probable E3 ubiquitin-prot (373 aa) initn: 2563 init1: 2563 opt: 2563 Z-score: 2295.7 bits: 433.6 E(85289): 3.9e-121 Smith-Waterman score: 2563; 99.7% identity (100.0% similar) in 366 aa overlap (51-416:8-373) 30 40 50 60 70 80 pF1KE3 QCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSAAAGGAVGTMAHSVPSPAFHS :::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MSTKQITCRYDHTRPSAAAGGAVGTMAHSVPSPAFHS 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 PHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAERKTQPSMVSNPGSCSDPQPSP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAERKTQPSMVSNPGSCSDPQPSP 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 EMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECRFGDACVYLHGEVCEICRLQV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECRFGDACVYLHGEVCEICRLQV 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 LHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSICMEVILEKASASERRFGILS ::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQASQDKVCSICMEVILEKASASERRFGILS 160 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 320 pF1KE3 NCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIPSVYWVEDQNKKNELIEAFKQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 NCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIPSVYWVEDQNKKNELIEAFKQ 220 230 240 250 260 270 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 GMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKPRKQLSSQGTVRFFNSVRLWD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKPRKQLSSQGTVRFFNSVRLWD 280 290 300 310 320 330 390 400 410 pF1KE3 FIENRESRHVPNNEDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP :::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 FIENRESRHVPNNEDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP 340 350 360 370 >>XP_011514299 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (418 aa) initn: 1222 init1: 975 opt: 1038 Z-score: 936.0 bits: 182.2 E(85289): 2.1e-45 Smith-Waterman score: 1266; 45.9% identity (72.7% similar) in 399 aa overlap (12-408:1-387) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSA :::::.::..: .::::..: :..:::.:.::: :: ::::.:..: XP_011 MHGVCKEGDNCRYSHDLSDSPYSVVCKYFQRGYCIYGDRCRYEHSKPLK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 AAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAER :..: . : : : : ... .:. :. : .:.. .. .: . XP_011 QEE-ATATELTTKSSLAASSSL--SSIVGPLVEMNTGEAESRNSNFATVG----AGSEDW 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTQPSMVSNPGSCSDPQPSPEMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECR . .: . :. :: : :.. . .. . ... ...:::::::.:::: XP_011 VNAIEFVPGQPYCGRTAPSCTEAP---LQGSVTKEESEKEQTAVETKKQLCPYAAVGECR 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 FGDACVYLHGEVCEICRLQVLHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSI .:. ::::::. :..: ::::::.: ::. : : :. . :..:: .:: : ..: ::.: XP_011 YGENCVYLHGDSCDMCGLQVLHPMDAAQRSQHIKSCIEAHEKDMELSFAVQRSKDMVCGI 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 CMEVILEKASASERRFGILSNCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIP ::::. :::. :::::::::::::::::.:::.:: :::::. :::::::::. :.:::: XP_011 CMEVVYEKANPSERRFGILSNCNHTYCLKCIRKWRSAKQFESKIIKSCPECRITSNFVIP 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 SVYWVEDQNKKNELIEAFKQGMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKP : ::::....:..:: .:..:..:::.::..:.:.::::..:.:.::::::: ::.. XP_011 SEYWVEEKEEKQKLILKYKEAMSNKACRYFDEGRGSCPFGGNCFYKHAYPDGRREEPQRQ 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 pF1KE3 RKQLSSQGTVRFFNSVRLWDFIENRESRHVPNN--EDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP . ::. .. : ..:..::.::. . .: :.: :::.... : XP_011 KVGTSSRYRAQRRN--HFWELIEERENSNPFDNDEEEVVTFELGEMLLMLLAAGGDDELT 340 350 360 370 380 390 XP_011 DSEDEWDLFHDELEDFYDLDL 400 410 >>XP_011514300 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (418 aa) initn: 1222 init1: 975 opt: 1038 Z-score: 936.0 bits: 182.2 E(85289): 2.1e-45 Smith-Waterman score: 1266; 45.9% identity (72.7% similar) in 399 aa overlap (12-408:1-387) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSA :::::.::..: .::::..: :..:::.:.::: :: ::::.:..: XP_011 MHGVCKEGDNCRYSHDLSDSPYSVVCKYFQRGYCIYGDRCRYEHSKPLK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 AAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAER :..: . : : : : ... .:. :. : .:.. .. .: . XP_011 QEE-ATATELTTKSSLAASSSL--SSIVGPLVEMNTGEAESRNSNFATVG----AGSEDW 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KTQPSMVSNPGSCSDPQPSPEMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECR . .: . :. :: : :.. . .. . ... ...:::::::.:::: XP_011 VNAIEFVPGQPYCGRTAPSCTEAP---LQGSVTKEESEKEQTAVETKKQLCPYAAVGECR 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 FGDACVYLHGEVCEICRLQVLHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSI .:. ::::::. :..: ::::::.: ::. : : :. . :..:: .:: : ..: ::.: XP_011 YGENCVYLHGDSCDMCGLQVLHPMDAAQRSQHIKSCIEAHEKDMELSFAVQRSKDMVCGI 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 CMEVILEKASASERRFGILSNCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIP ::::. :::. :::::::::::::::::.:::.:: :::::. :::::::::. :.:::: XP_011 CMEVVYEKANPSERRFGILSNCNHTYCLKCIRKWRSAKQFESKIIKSCPECRITSNFVIP 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 SVYWVEDQNKKNELIEAFKQGMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKP : ::::....:..:: .:..:..:::.::..:.:.::::..:.:.::::::: ::.. XP_011 SEYWVEEKEEKQKLILKYKEAMSNKACRYFDEGRGSCPFGGNCFYKHAYPDGRREEPQRQ 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 pF1KE3 RKQLSSQGTVRFFNSVRLWDFIENRESRHVPNN--EDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP . ::. .. : ..:..::.::. . .: :.: :::.... : XP_011 KVGTSSRYRAQRRN--HFWELIEERENSNPFDNDEEEVVTFELGEMLLMLLAAGGDDELT 340 350 360 370 380 390 XP_011 DSEDEWDLFHDELEDFYDLDL 400 410 >>XP_011514298 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (439 aa) initn: 1016 init1: 975 opt: 1038 Z-score: 935.8 bits: 182.2 E(85289): 2.2e-45 Smith-Waterman score: 1060; 44.2% identity (71.1% similar) in 360 aa overlap (51-408:61-408) 30 40 50 60 70 80 pF1KE3 QCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSAAAGGAVGTMAHSVPSPAFHS :::.:..: :..: . : : : XP_011 IPTVTAPSLGAGGGGGGSDGSGGGWTKQVTCRYEHSKPLKQEE-ATATELTTKSSLAASS 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 PHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAERKTQPSMVSNPGSCSDPQPSP : ... .:. :. : .:.. .. .: . . .: . :. :: XP_011 SL--SSIVGPLVEMNTGEAESRNSNFATVG----AGSEDWVNAIEFVPGQPYCGRTAPSC 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 EMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECRFGDACVYLHGEVCEICRLQV : :.. . .. . ... ...:::::::.::::.:. ::::::. :..: ::: XP_011 TEAP---LQGSVTKEESEKEQTAVETKKQLCPYAAVGECRYGENCVYLHGDSCDMCGLQV 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 LHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSICMEVILEKASASERRFGILS :::.: ::. : : :. . :..:: .:: : ..: ::.:::::. :::. ::::::::: XP_011 LHPMDAAQRSQHIKSCIEAHEKDMELSFAVQRSKDMVCGICMEVVYEKANPSERRFGILS 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 pF1KE3 NCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIPSVYWVEDQNKKNELIEAFKQ ::::::::.:::.:: :::::. :::::::::. :.::::: ::::....:..:: .:. XP_011 NCNHTYCLKCIRKWRSAKQFESKIIKSCPECRITSNFVIPSEYWVEEKEEKQKLILKYKE 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 GMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKPRKQLSSQGTVRFFNSVRLWD .:..:::.::..:.:.::::..:.:.::::::: ::.. . ::. .. : ..:. XP_011 AMSNKACRYFDEGRGSCPFGGNCFYKHAYPDGRREEPQRQKVGTSSRYRAQRRN--HFWE 330 340 350 360 370 390 400 410 pF1KE3 FIENRESRHVPNN--EDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP .::.::. . .: :.: :::.... : XP_011 LIEERENSNPFDNDEEEVVTFELGEMLLMLLAAGGDDELTDSEDEWDLFHDELEDFYDLD 380 390 400 410 420 430 >>NP_038474 (OMIM: 607754) E3 ubiquitin-protein ligase m (482 aa) initn: 1285 init1: 975 opt: 1038 Z-score: 935.2 bits: 182.2 E(85289): 2.4e-45 Smith-Waterman score: 1329; 46.8% identity (73.3% similar) in 408 aa overlap (3-408:56-451) 10 20 30 pF1KE3 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSK :::.::::::::::.::..: .::::..: NP_038 ASPTPIPTVTAPSLGAGGGGGGSDGSGGGWTKQVTCRYFMHGVCKEGDNCRYSHDLSDSP 30 40 50 60 70 80 40 50 60 70 80 90 pF1KE3 PSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSAAAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASIV :..:::.:.::: :: ::::.:..: :..: . : : : : ... .: NP_038 YSVVCKYFQRGYCIYGDRCRYEHSKPLKQEE-ATATELTTKSSLAASSSL--SSIVGPLV 90 100 110 120 130 140 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 KTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAERKTQPSMVSNPGSCSDPQPSPEMKPHSYLDAIR . :. : .:.. .. .: . . .: . :. :: : :.. NP_038 EMNTGEAESRNSNFATVG----AGSEDWVNAIEFVPGQPYCGRTAPSCTEAP---LQGSV 150 160 170 180 190 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 SGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECRFGDACVYLHGEVCEICRLQVLHPFDPEQRKAH . .. . ... ...:::::::.::::.:. ::::::. :..: ::::::.: ::. : NP_038 TKEESEKEQTAVETKKQLCPYAAVGECRYGENCVYLHGDSCDMCGLQVLHPMDAAQRSQH 200 210 220 230 240 250 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 EKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSICMEVILEKASASERRFGILSNCNHTYCLSCIR : :. . :..:: .:: : ..: ::.:::::. :::. :::::::::::::::::.::: NP_038 IKSCIEAHEKDMELSFAVQRSKDMVCGICMEVVYEKANPSERRFGILSNCNHTYCLKCIR 260 270 280 290 300 310 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 QWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIPSVYWVEDQNKKNELIEAFKQGMGKKACKYFEQ .:: :::::. :::::::::. :.::::: ::::....:..:: .:..:..:::.::.. NP_038 KWRSAKQFESKIIKSCPECRITSNFVIPSEYWVEEKEEKQKLILKYKEAMSNKACRYFDE 320 330 340 350 360 370 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 GKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKPRKQLSSQGTVRFFNSVRLWDFIENRESRHVPN :.:.::::..:.:.::::::: ::.. . ::. .. : ..:..::.::. . . NP_038 GRGSCPFGGNCFYKHAYPDGRREEPQRQKVGTSSRYRAQRRN--HFWELIEERENSNPFD 380 390 400 410 420 430 400 410 pF1KE3 N--EDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP : :.: :::.... : NP_038 NDEEEVVTFELGEMLLMLLAAGGDDELTDSEDEWDLFHDELEDFYDLDL 440 450 460 470 480 >>NP_005655 (OMIM: 176270,603856,615346) probable E3 ubi (507 aa) initn: 1057 init1: 864 opt: 900 Z-score: 812.0 bits: 159.5 E(85289): 1.7e-38 Smith-Waterman score: 1005; 41.9% identity (67.2% similar) in 360 aa overlap (3-360:96-433) 10 20 30 pF1KE3 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSK :::: :::..:: :.:: .: .::::.. : NP_005 HLRRGGLRPAPASGGGAWPSPLPSRSSGIWTKQIICRYYIHGQCKEGENCRYSHDLSGRK 70 80 90 100 110 120 40 50 60 70 80 90 pF1KE3 PSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSAAAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASI- .: . : . :.:.:::. .: :: : . ::. . :. NP_005 MAT-----EGGV-----------SPPGASAGGGPSTAAHIEPPTQEVAEAPPAASSLSLP 130 140 150 160 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 VKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAERKTQPSMVS-NPGSCSDPQPSPEMKPHSYLDA : .. : : : . ::. .: : .. . . :: :: : .: NP_005 VIGSAAERGFFEAERDNA-DRGAAGGAGVESWADAIEFVPG-----QPYRGRWVASAPEA 170 180 190 200 210 220 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 IRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECRFGDACVYLHGEVCEICRLQVLHPFDPEQRK .. . . . . .. ..: ::. : : :..:.::::..:..: ::.:::.: ::. 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