FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6156, 637 aa 1>>>pF1KB6156 637 - 637 aa - 637 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.3380+/-0.000677; mu= -6.4755+/- 0.042 mean_var=581.2375+/-118.685, 0's: 0 Z-trim(118.1): 214 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.053198 statistics sampled from 30442 (30657) to 30442 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.359), width: 16 Scan time: 12.720 The best scores are: opt bits E(85289) NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,60096 ( 644) 4177 336.4 1.9e-91 NP_000414 (OMIM: 146800,600194) keratin, type II c ( 639) 2571 213.1 2.4e-54 NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 2258 189.1 4.1e-47 NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II c ( 628) 2252 188.6 5.6e-47 NP_778253 (OMIM: 611158) keratin, type II cytoskel ( 578) 2188 183.7 1.6e-45 NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,14804 ( 590) 2157 181.3 8.4e-45 NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 2092 176.3 2.6e-43 NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 2091 176.2 2.7e-43 NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 2085 175.8 3.8e-43 NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520) 1913 162.5 3.4e-39 NP_787028 (OMIM: 611160) keratin, type II cytoskel ( 535) 1901 161.6 6.5e-39 NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 1886 160.5 1.5e-38 NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 1811 154.7 7.7e-37 NP_778238 (OMIM: 608247) keratin, type II cytoskel ( 540) 1789 153.0 2.5e-36 NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529) 1750 150.0 2e-35 NP_001139697 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 511) 1712 147.1 1.5e-34 NP_542785 (OMIM: 608246) keratin, type II cytoskel ( 511) 1712 147.1 1.5e-34 XP_016874238 (OMIM: 608245,615896) PREDICTED: kera ( 441) 1696 145.8 3.1e-34 XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 1609 139.3 3.9e-32 NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 1609 139.3 3.9e-32 XP_016874325 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 419) 1599 138.3 5.3e-32 XP_016874323 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 442) 1598 138.3 5.8e-32 NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 1566 135.8 3.3e-31 NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 1566 135.8 3.3e-31 NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 1566 135.9 3.5e-31 NP_775487 (OMIM: 611159) keratin, type II cytoskel ( 520) 1559 135.4 5.1e-31 NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 1506 131.2 8e-30 XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 1413 124.1 1.1e-27 XP_016874324 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 439) 1397 122.8 2.5e-27 XP_016874322 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 1384 121.8 5.1e-27 XP_011536590 (OMIM: 611158) PREDICTED: keratin, ty ( 345) 1378 121.2 6e-27 NP_002272 (OMIM: 158000,602153) keratin, type II c ( 505) 1373 121.1 9.9e-27 NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 1359 120.0 2.1e-26 NP_002273 (OMIM: 158000,602765) keratin, type II c ( 493) 1344 118.8 4.6e-26 NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II c ( 507) 1327 117.5 1.1e-25 NP_001307127 (OMIM: 158000,601928) keratin, type I ( 486) 1320 117.0 1.6e-25 XP_016874785 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 486) 1320 117.0 1.6e-25 XP_005268923 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 563) 1320 117.1 1.8e-25 NP_001287743 (OMIM: 611159) keratin, type II cytos ( 410) 1231 110.0 1.7e-23 NP_001139698 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 469) 1159 104.6 8.3e-22 XP_011536591 (OMIM: 611158) PREDICTED: keratin, ty ( 322) 1109 100.5 9.5e-21 NP_000412 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) kera ( 584) 1111 101.0 1.2e-20 XP_005257400 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) P ( 624) 1111 101.1 1.3e-20 NP_000217 (OMIM: 144200,607606) keratin, type I cy ( 623) 1076 98.4 8.2e-20 NP_872313 (OMIM: 611161) keratin, type II cytoskel ( 452) 1005 92.8 2.9e-18 NP_001074961 (OMIM: 611161) keratin, type II cytos ( 422) 994 91.9 5.1e-18 XP_016874783 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 292) 952 88.4 3.8e-17 XP_016874326 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 271) 940 87.5 6.9e-17 XP_011536559 (OMIM: 608247) PREDICTED: keratin, ty ( 508) 938 87.7 1.1e-16 XP_011536312 (OMIM: 611159) PREDICTED: keratin, ty ( 488) 854 81.2 9.5e-15 >>NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,600962,60 (644 aa) initn: 4078 init1: 3848 opt: 4177 Z-score: 1762.8 bits: 336.4 E(85289): 1.9e-91 Smith-Waterman score: 4177; 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NP_000 MSCQISCKSRGRGGGGGGFRGFSSGSAVVSGGSRRSTSSFSC--------LSRHGGGGGG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 FGAGGGFGSRSLVNLGGSKSISISVARGGGRGSGFGGGYGG--GGFGGGG-FGGG-GFGG :: ::::::::::.:::.:::::::: ::: : : .::.:: ::::::. :::: ::.: NP_000 FG-GGGFGSRSLVGLGGTKSISISVA-GGGGGFGAAGGFGGRGGGFGGGSSFGGGSGFSG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 GGIGGGGFGGFGSGGGGFGG-GGFGGGGYGGGYGPVCPPGGIQEVTINQSLLQPLNVEID ::.::::::: : :: ::: :: :: : ::.:: ::::.::..::::::::::..: NP_000 GGFGGGGFGG-GRFGG-FGGPGGVGGLGGPGGFGPGGYPGGIHEVSVNQSLLQPLNVKVD 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 PEIQKVKSREREQIKSLNNQFASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQVDTSTRTHNLEPY ::::.::..::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::....:: :::: NP_000 PEIQNVKAQEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQMNVGTRPINLEPI 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 FESFINNLRRRVDQLKSDQSRLDSELKNMQDMVEDYRNKYEDEINKRTNAENEFVTIKKD :...:..:.: .: : .... .:::.::::.::::..:::::::::: :::.:::.::: NP_000 FQGYIDSLKRYLDGLTAERTSQNSELNNMQDLVEDYKKKYEDEINKRTAAENDFVTLKKD 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 VDGAYMTKVDLQAKLDNLQQEIDFLTALYQAELSQMQTQISETNVILSMDNNRSLDLDSI ::.::: ::.::.:.: :.:::.:: .::.::.::.. ....:::::::::.:.:::::: NP_000 VDNAYMIKVELQSKVDLLNQEIEFLKVLYDAEISQIHQSVTDTNVILSMDNSRNLDLDSI 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 IAEVKAQYEDIAQKSKAEAESLYQSKYEELQITAGRHGDSVRNSKIEISELNRVIQRLRS :::::::::.:::.:: :::.::.:::::::.:.::::::... ::::::::::::::.. 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NP_000 GGGYSSGSSSYGSGGRQSGSRGGSGGG-GSI-SGGG-YGSGGGSGGR--YGSG---GGSK 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 pF1KB6 GGS-GGGGGGSSGGR-GSGGGSSGGSIGGRGSSSGGVKSSGGSSSVKFVSTTYSGVTR ::: .::: ::.::. .::::: ::: .: : .::: ::::::: NP_000 GGSISGGGYGSGGGKHSSGGGSRGGSSSGGGYGSGG----GGSSSVKGSSGEAFGSSVTF 590 600 610 620 630 NP_000 SFR >>NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskeletal (638 aa) initn: 2274 init1: 1991 opt: 2258 Z-score: 966.9 bits: 189.1 E(85289): 4.1e-47 Smith-Waterman score: 2327; 61.3% identity (80.1% similar) in 653 aa overlap (1-633:1-631) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MSRQFSSRSGYRSGGGFSSGSAGIINYQRRTTSSSTRRSGGGGGRFSSCGGGGGSFGAGG :.:: ..: . ::: : ..... . : : . ::::.:: ..:: .:. : NP_056 MNRQVCKKSFSGRSQGFS-GRSAVVSGSSRM--SCVARSGGAGG--GACGFRSGA----G 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KB6 GFGSRSLVNLGGSKSISISVARGGGRGSGFGGGYGGGGFGGG---GFGG---GGFGGG-G .:::::: :::..:::::::: :..:..::::: .. ::.:: :::: :::::: : NP_056 SFGSRSLYNLGSNKSISISVAAGSSRAGGFGGGRSSCGFAGGYGGGFGGSYGGGFGGGRG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KB6 IGGG--GFGGFGSGGGGFGGGG-FGG-GGYGG--GYGPVCPPGGIQEVTINQSLLQPLNV .:.: : :::: :.::::: : ::: :..:: :.:: ::::::: .:::::::::: NP_056 VGSGFGGAGGFG-GAGGFGGPGVFGGPGSFGGPGGFGPGGFPGGIQEVIVNQSLLQPLNV 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KB6 EIDPEIQKVKSREREQIKSLNNQFASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQVDTSTRTHNL ::::.: .::..::::::.:::.:::::::::::::::.::.:::::::: :.. .: NP_056 EIDPQIGQVKAQEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWELLQQQTTGSGPSSL 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KB6 EPYFESFINNLRRRVDQLKSDQSRLDSELKNMQDMVEDYRNKYEDEINKRTNAENEFVTI :: :::.:. : ...:.: .... :..:::.:::.:::...:::::::::: :::::: . NP_056 EPCFESYISFLCKQLDSLLGERGNLEGELKSMQDLVEDFKKKYEDEINKRTAAENEFVGL 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KB6 KKDVDGAYMTKVDLQAKLDNLQQEIDFLTALYQAELSQMQTQISETNVILSMDNNRSLDL :::::.:.:.::.::::.:.: .:..:: .::. ::::::.. :.:.:.::::::: ::: NP_056 KKDVDAAFMNKVELQAKVDSLTDEVSFLRTLYEMELSQMQSHASDTSVVLSMDNNRCLDL 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KB6 DSIIAEVKAQYEDIAQKSKAEAESLYQSKYEELQITAGRHGDSVRNSKIEISELNRVIQR ::::::.::::.:::.::.:::.:::.: ::: :::::::..::.: :: ::::.::: NP_056 GSIIAEVRAQYEEIAQRSKSEAEALYQTKLGELQTTAGRHGDDLRNTKSEIMELNRMIQR 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KB6 LRSEIDNVKKQISNLQQSISDAEQRGENALKDAKNKLNDLEDALQQAKEDLARLLRDYQE ::.::.::::: .::: .:..:::::: :::::. ::.::. :::.::.::::::::::: NP_056 LRAEIENVKKQNANLQTAIAEAEQRGEMALKDANAKLQDLQTALQKAKDDLARLLRDYQE 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB6 LMNTKLALDLEIATYRTLLEGEESRMSGECAPNVSVSVSTSHTTISG--GGSRG--GGGG :::.:::::.:::::: :::::: :::::: : .:: .. :. :: :.::: :: . NP_056 LMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRMSGECQSAVCISVVSNVTSTSGSSGSSRGVFGGVS 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KB6 GYGSGGSSYGSGGGSYGSGGGGGGGRGSYGSGGGSYGSGGGGGGHGSYGSGSSSGGYRGG : :::: . ::...: .:: : .:: :: : :: : :: :: :. ::: :.:: : NP_056 GSGSGGYKGGSSSSS-SSGYGVSGGSGS-GYGGVSSGSTGGRGSSGSYQSSSS------G 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 pF1KB6 SGGGGGGSSGGRGSGGGSSGGSI---GGRGSSSGGVKSSGGSSSVKFVSTTYSGVTR : ::.:: . :: :::.::: :: : .::: :::.:..: .:: : NP_056 SRLGGAGSISVSHSGMGSSSGSIQTSGGSGYKSGG----GGSTSIRFSQTTSSSQHSSTK 590 600 610 620 630 >>NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II cytos (628 aa) initn: 1596 init1: 1596 opt: 2252 Z-score: 964.5 bits: 188.6 E(85289): 5.6e-47 Smith-Waterman score: 2363; 63.0% identity (79.6% similar) in 652 aa overlap (1-619:1-623) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MSRQFSSRSGYRSGG--GFSSGSAGIINYQRRTTSSSTRRSGGGGGRFSSCGGGGGSFGA :::: :. :: :: ::: : ..... . : : . .:::.:: :. : :: NP_476 MSRQASKTSG---GGSQGFS-GRSAVVSGSSRM--SCVAHSGGAGG-----GAYGFRSGA 10 20 30 40 60 70 80 90 100 pF1KB6 GGGFGSRSLVNLGGSKSISISVARGGGRGSGFGGG---------YGGG---GFGGG---G :: :::::: ::::.:::::::: ::.:..::::: :::: :.::: : NP_476 GG-FGSRSLYNLGGNKSISISVAAGGSRAGGFGGGRSSCAFAGGYGGGFGSGYGGGFGGG 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 pF1KB6 FGGG-GFGGGGIGGGGFGGFGS--GGGGFGG-GGFGG-GGYGG--------GYGPVCPPG :::: :.::: :.::::: :. :.::::: ::::: ::.:: :.:: :: NP_476 FGGGRGMGGGFGGAGGFGGAGGFGGAGGFGGPGGFGGSGGFGGPGSLGSPGGFGPGGFPG 110 120 130 140 150 160 160 170 180 190 200 210 pF1KB6 GIQEVTINQSLLQPLNVEIDPEIQKVKSREREQIKSLNNQFASFIDKVRFLEQQNQVLQT :::::::::::::::::::::.: .::..::::::.:::.:::::::::::::::.::.: NP_476 GIQEVTINQSLLQPLNVEIDPQIGQVKAQEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLET 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 pF1KB6 KWELLQQVDTST--RTHNLEPYFESFINNLRRRVDQLKSDQSRLDSELKNMQDMVEDYRN ::.:::: ::. :.:::: ::. :: :: .:.. ....:::::::::.:.:::... NP_476 KWNLLQQQGTSSISGTNNLEPLFENHINYLRSYLDNILGERGRLDSELKNMEDLVEDFKK 230 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 pF1KB6 KYEDEINKRTNAENEFVTIKKDVDGAYMTKVDLQAKLDNLQQEIDFLTALYQAELSQMQT :::::::::: :::::::.:::::.:::.::.::::.: : .::::: .::.:::::::. NP_476 KYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDSAYMNKVELQAKVDALIDEIDFLRTLYDAELSQMQS 290 300 310 320 330 340 330 340 350 360 370 380 pF1KB6 QISETNVILSMDNNRSLDLDSIIAEVKAQYEDIAQKSKAEAESLYQSKYEELQITAGRHG .::.:.:.::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::.: ::: :::::: NP_476 HISDTSVVLSMDNNRSLDLDSIIAEVRAQYEDIAQRSKAEAEALYQTKLGELQTTAGRHG 350 360 370 380 390 400 390 400 410 420 430 440 pF1KB6 DSVRNSKIEISELNRVIQRLRSEIDNVKKQISNLQQSISDAEQRGENALKDAKNKLNDLE :..::.: :: ::::.:::::.::..:::: .::: .:..:::.:: :::::. ::..:. NP_476 DDLRNTKSEIIELNRMIQRLRAEIEGVKKQNANLQTAIAEAEQHGEMALKDANAKLQELQ 410 420 430 440 450 460 450 460 470 480 490 500 pF1KB6 DALQQAKEDLARLLRDYQELMNTKLALDLEIATYRTLLEGEESRMSGECAPNVSVSVSTS ::::::.::::::::::::::.:::::.:::::: :::::: :::::: ::.:: .: NP_476 AALQQAKDDLARLLRDYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEEYRMSGECPSAVSISVVSS 470 480 490 500 510 520 510 520 530 540 550 560 pF1KB6 HTTISGGGSRGGGGGGYGSGGSSYGSGGGSYGSGGGGGGGRGSYGSGGGSYGSGGGGGGH :: ..: :: ::::: :: . : ::: ...:::.:.: .: ::::: NP_476 STT---SASAGGYGGGYG-GGMGGGLGGG-FSAGGGSGSG----------FGRGGGGGIG 530 540 550 560 570 570 580 590 600 610 620 pF1KB6 GSYGSGSSSGGYRGGSGGGG-GGSSGGRGSGGGSSGGSIGGRGSSSGGVKSSGGSSSVKF :..:.::: :. :::: :. .:. : ..:: ::... :: . : . .:: NP_476 GGFGGGSS--GFSGGSGFGSISGARYGVSGGGFSSASNRGGSIKFSQSSQSSQRYSR 580 590 600 610 620 630 pF1KB6 VSTTYSGVTR >>NP_778253 (OMIM: 611158) keratin, type II cytoskeletal (578 aa) initn: 1955 init1: 1955 opt: 2188 Z-score: 938.3 bits: 183.7 E(85289): 1.6e-45 Smith-Waterman score: 2280; 62.7% identity (83.3% similar) in 593 aa overlap (1-584:1-560) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MSRQFSSRSGYRSGGGFSSGSAGIINYQRRTTSSSTRRSGGGGGRFSS-------CGGGG ::.::::.:. ::: : .: ..::. ::::. .: ::::: NP_778 MSHQFSSQSA------FSSMS------RRVYSTSSSAGSGGGSPAVGSVCYARGRCGGGG 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 GSFGAGG-GFGSRSLVNLGGSKSISISVARGGGRGSGFGGGYGGGGFGGGGFGGGGFGGG .: : ::::::: :::::.::::.. : ::: : : :::: :: ::: : NP_778 --YGIHGRGFGSRSLYNLGGSRSISINLM--GRSTSGFCQGGGVGGFG----GGRGFGVG 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 GIGGGGFGGFGSGGGGFGGGGFGGGGYG-GGYGPVCPPGGIQEVTINQSLLQPLNVEIDP . :.::::: :::::.::: ...: ::.:: ::::::::::::::::.::..:.:: NP_778 STGAGGFGG-----GGFGGAGFGTSNFGLGGFGPYCPPGGIQEVTINQSLLEPLHLEVDP 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 EIQKVKSREREQIKSLNNQFASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQVDTSTRTHNLEPYF :::..:..::::: :::.::::::::::::::::::::::::::::.::: :.:::: . NP_778 EIQRIKTQEREQIMVLNNKFASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQVNTSTGTNNLEPLL 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 ESFINNLRRRVDQLKSDQSRLDSELKNMQDMVEDYRNKYEDEINKRTNAENEFVTIKKDV :..:..:::.:: :...: : ..:...:::.::::..::::::::::..::.::..:::: NP_778 ENYIGDLRRQVDLLSAEQMRQNAEVRSMQDVVEDYKSKYEDEINKRTGSENDFVVLKKDV 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 DGAYMTKVDLQAKLDNLQQEIDFLTALYQAELSQMQTQISETNVILSMDNNRSLDLDSII :.::..::::....:.: :..:: :. .::::.::.::.::::::::::::::::::: NP_778 DAAYVSKVDLESRVDTLTGEVNFLKYLFLTELSQVQTHISDTNVILSMDNNRSLDLDSII 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 AEVKAQYEDIAQKSKAEAESLYQSKYEELQITAGRHGDSVRNSKIEISELNRVIQRLRSE :..::: :::.:: :::.:::.::.:::::::::::...:::.::.::::..:::..: NP_778 DAVRTQYELIAQRSKDEAEALYQTKYQELQITAGRHGDDLKNSKMEIAELNRTVQRLQAE 340 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 470 pF1KB6 IDNVKKQISNLQQSISDAEQRGENALKDAKNKLNDLEDALQQAKEDLARLLRDYQELMNT :.:::::: ..:. :::::.:::.::.:: .::.:::.::::.::.::::::::: .... NP_778 ISNVKKQIEQMQSLISDAEERGEQALQDAWQKLQDLEEALQQSKEELARLLRDYQAMLGV 400 410 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 pF1KB6 KLALDLEIATYRTLLEGEESRMSGECAPNVSVSVSTSHTTISGGGSRGGGGGGYGSGGSS ::.::.:::::: :::::::::::: .::.::..:.....::. ::::.::::: . NP_778 KLSLDVEIATYRQLLEGEESRMSGELQSHVSISVQNSQVSVNGGA---GGGGSYGSGGYG 460 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KB6 YGSGGGSYGSGGGGGGGRGSYGSGGGSYGSGGGGGGHGSYGSGSSSGGYRGGSGGGGGGS ::::: ::.: . :: :. : .::.:::: :::: ::::... :: ::.: NP_778 GGSGGG-YGGGRSYRGG-GARGRSGGGYGSGCGGGG-GSYGGSGRSG--RGSSRVQIIQT 520 530 540 550 560 600 610 620 630 pF1KB6 SGGRGSGGGSSGGSIGGRGSSSGGVKSSGGSSSVKFVSTTYSGVTR NP_778 STNTSHRRILE 570 >>NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,148040,17 (590 aa) initn: 1998 init1: 1998 opt: 2157 Z-score: 925.4 bits: 181.3 E(85289): 8.4e-45 Smith-Waterman score: 2312; 62.3% identity (80.8% similar) in 636 aa overlap (1-633:1-583) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MSRQFSSRSGYRSGGG--FSSGSAGIINYQRRTTSSSTRRSGGGGGRFSSCGGGGGSFGA :::: :: : .::::. ::..:: . .: . .: .: .::::: :. . .: . :. NP_000 MSRQ-SSVS-FRSGGSRSFSTASAITPSVSRTSFTSVSRSGGGGGGGFGRVSLAG-ACGV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 GGGFGSRSLVNLGGSKSISISVARGGGRGSGFGGGYGGG-GFGGGGFGGGGFGGGGIGGG :: .::::: :::::: ::::.. ::. . ::.: ::: :::::. :.::: :: .:: NP_000 GG-YGSRSLYNLGGSKRISISTS-GGSFRNRFGAGAGGGYGFGGGA--GSGFGFGGGAGG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 GFGGFGSGGGGFGGGGFGGGGYGGGYGPVCPPGGIQEVTINQSLLQPLNVEIDPEIQKVK ::: .: ::.::::: ::: :. ::::::::::::.::::: :::..::: ::.:. NP_000 GFG-LG-GGAGFGGG-FGGPGF-----PVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPSIQRVR 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 SREREQIKSLNNQFASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQVDTSTRTHNLEPYFESFINN ..::::::.:::.:::::::::::::::.::.::: :::. :.: .:::: ::..::: NP_000 TEEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLDTKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINN 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 LRRRVDQLKSDQSRLDSELKNMQDMVEDYRNKYEDEINKRTNAENEFVTIKKDVDGAYMT :::..:.. ....::::::.::::.:::..:::::::::::.:::::: .:::::.:::. NP_000 LRRQLDSIVGERGRLDSELRNMQDLVEDFKNKYEDEINKRTTAENEFVMLKKDVDAAYMN 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 KVDLQAKLDNLQQEIDFLTALYQAELSQMQTQISETNVILSMDNNRSLDLDSIIAEVKAQ ::.:.::.: :..::.:. ...::::::::..:.:.:.:::::::.::::::::::::: NP_000 KVELEAKVDALMDEINFMKMFFDAELSQMQTHVSDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQ 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 YEDIAQKSKAEAESLYQSKYEELQITAGRHGDSVRNSKIEISELNRVIQRLRSEIDNVKK ::.::..:..:::: ::.:::::: :::::::..::.: ::::.::.:::::.::::::: NP_000 YEEIANRSRTEAESWYQTKYEELQQTAGRHGDDLRNTKHEISEMNRMIQRLRAEIDNVKK 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KB6 QISNLQQSISDAEQRGENALKDAKNKLNDLEDALQQAKEDLARLLRDYQELMNTKLALDL : .:::..:.::::::: :::::.::: .::.:::.::.:.:::::.::::::::::::. NP_000 QCANLQNAIADAEQRGELALKDARNKLAELEEALQKAKQDMARLLREYQELMNTKLALDV 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KB6 EIATYRTLLEGEESRMSGECAPNVSVSVSTSHTTISGGGSRGGGGGGYGSGGSSYGSGGG :::::: :::::: :.::: . :..:: :: ..:.: NP_000 EIATYRKLLEGEECRLSGEGVGPVNISVVTS--SVSSG---------------------- 470 480 490 500 540 550 560 570 580 590 pF1KB6 SYGSGGGGGGGRGSYGSGGGSYGSGGGGGGHGSYGSGSSSGGYRGGSGGGGGGSSGGRGS ::::.: ::: : :. ::. :.: .::. ::: :.:: :: : ::: : : :: NP_000 -YGSGSGYGGGLG--GGLGGGLGGGLAGGSSGSYYSSSS-----GGVGLGGGLSVG--GS 510 520 530 540 550 600 610 620 630 pF1KB6 GGGSSGGSIGGRGSSSGGVKSSGGSSSVKFVSTTYSGVTR : ..:.: : : .::: :.:::::::::: : NP_000 GFSASSGRGLGVGFGSGG----GSSSSVKFVSTTSSSRKSFKS 560 570 580 590 >>NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II cytos (564 aa) initn: 1946 init1: 1946 opt: 2092 Z-score: 898.6 bits: 176.3 E(85289): 2.6e-43 Smith-Waterman score: 2200; 64.0% identity (82.4% similar) in 581 aa overlap (2-577:3-557) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MSRQFSSRSGYRSGGGFSSGSAGIINYQRRTTSS-STRRSGGGGGRFSSCGGGGGSFGA : . . :: : :::..:: . . .: :: :. :: :.:: ..:::.: NP_005 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSISVSRSRGSGGLGGACGGAG----- 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 GGGFGSRSLVNLGGSKSISISVARGGGRGSGFGGGYGGGGFGGGGFGGGGFGGGGIGGGG :::::: .::::: ::: ::: . ...::::. . :. ::::.: .: :.:::. NP_005 ---FGSRSLYGLGGSKRISI----GGG-SCAISGGYGSRAGGSYGFGGAG-SGFGFGGGA 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 FGGFGSGGGGFGGGGFGGGGYGGGYGPVCPPGGIQEVTINQSLLQPLNVEIDPEIQKVKS ::: :::. .::::: :. ::::::::::::.::::: :::..::: ::.:.. 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NP_005 ---FGSRSLYGLGGSKRISI----GGG-SCAISGGYGSRAGGSYGFGGAG-SGFGFGGGA 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 FGGFGSGGGGFGGGGFGGGGYGGGYGPVCPPGGIQEVTINQSLLQPLNVEIDPEIQKVKS ::: :::. .::::: :. ::::::::::::.::::: :::..::: ::.:.. NP_005 GIGFGLGGGAGLAGGFGGPGF-----PVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRA 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 REREQIKSLNNQFASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQVDTSTRTHNLEPYFESFINNL .::::::.:::.:::::::::::::::.::.::: :::. :.: .:::: ::..:::: NP_005 EEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNL 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 RRRVDQLKSDQSRLDSELKNMQDMVEDYRNKYEDEINKRTNAENEFVTIKKDVDGAYMTK ::..:.. ....::::::..:::.:::..::::::::::: :::::::.:::::.:::.: NP_005 RRQLDSIVGERGRLDSELRGMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNK 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 VDLQAKLDNLQQEIDFLTALYQAELSQMQTQISETNVILSMDNNRSLDLDSIIAEVKAQY :.:::: :.: .::.:: :::.::::::::.::.:.:.:::::::.:::::::::::::: NP_005 VELQAKADTLTDEINFLRALYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQY 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 EDIAQKSKAEAESLYQSKYEELQITAGRHGDSVRNSKIEISELNRVIQRLRSEIDNVKKQ :.:::.:.::::: ::.::::::.:::::::..::.: ::.:.::.:::::::::.:::: NP_005 EEIAQRSRAEAESWYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQ 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KB6 ISNLQQSISDAEQRGENALKDAKNKLNDLEDALQQAKEDLARLLRDYQELMNTKLALDLE .::: .:.::::::: :::::::::. ::::::.::.::::::..::::::.:::::.: NP_005 CANLQAAIADAEQRGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVE 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KB6 IATYRTLLEGEESRMSGECAPNVSVSVSTSHTTISGGGSRGGGGGGYG-SGGSSYGSGGG ::::: :::::: :..:: . .:..:: : :. :: :. .: :.: : .::::: NP_005 IATYRKLLEGEECRLNGEGVGQVNISVVQS-TVSSGYGGASGVGSGLGLGGGSSY----- 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KB6 SYGSGGGGGGGRGSYGSG---GGSYGSGGGGGGHGSYGSGSSSGGYRGGSGGGGGGSSGG ::::: : ::: .: .:: ::. .: :::.. .: . ::: NP_005 SYGSGLGVGGGFSS-SSGRAIGGGLSSVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH 520 530 540 550 560 600 610 620 630 pF1KB6 RGSGGGSSGGSIGGRGSSSGGVKSSGGSSSVKFVSTTYSGVTR >>NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II cytos (564 aa) initn: 1939 init1: 1939 opt: 2085 Z-score: 895.7 bits: 175.8 E(85289): 3.8e-43 Smith-Waterman score: 2193; 63.9% identity (82.3% similar) in 581 aa overlap (2-577:3-557) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MSRQFSSRSGYRSGGGFSSGSAGIINYQRRTTSS-STRRSGGGGGRFSSCGGGGGSFGA : . . :: : :::..:: . . .: :: :. :: :.:: ..:::.: NP_775 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSISVSRSRGSGGLGGACGGAG----- 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 GGGFGSRSLVNLGGSKSISISVARGGGRGSGFGGGYGGGGFGGGGFGGGGFGGGGIGGGG :::::: .::::: ::: ::: . ...::::. . :. ::::.: .: :.:::. NP_775 ---FGSRSLYGLGGSKRISI----GGG-SCAISGGYGSRAGGSYGFGGAG-SGFGFGGGA 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 FGGFGSGGGGFGGGGFGGGGYGGGYGPVCPPGGIQEVTINQSLLQPLNVEIDPEIQKVKS ::: :::. .::::: :. ::::::::::::.::::: :::..::: ::.:.. NP_775 GIGFGLGGGAGLAGGFGGPGF-----PVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPAIQRVRA 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 REREQIKSLNNQFASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQVDTSTRTHNLEPYFESFINNL .::::::.:::.:::::::::::::::.::.::: :::. :.: .:::: ::..:::: NP_775 EEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLDTKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNL 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 RRRVDQLKSDQSRLDSELKNMQDMVEDYRNKYEDEINKRTNAENEFVTIKKDVDGAYMTK ::..:.. ....::::::.::::.::: .::::::::::: :::::::.:::::.:::.: NP_775 RRQLDSIVGERGRLDSELRNMQDLVEDLKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNK 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 VDLQAKLDNLQQEIDFLTALYQAELSQMQTQISETNVILSMDNNRSLDLDSIIAEVKAQY :.:::: :.: .::.:: :::.::::::::.::.:.:.:::::::.:::::::::::::: NP_775 VELQAKADTLTDEINFLRALYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQY 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 EDIAQKSKAEAESLYQSKYEELQITAGRHGDSVRNSKIEISELNRVIQRLRSEIDNVKKQ :.:::.:.::::: ::.::::::.:::::::..::.: ::.:.::.:::::::::.:::: NP_775 EEIAQRSRAEAESWYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQ 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KB6 ISNLQQSISDAEQRGENALKDAKNKLNDLEDALQQAKEDLARLLRDYQELMNTKLALDLE ..:: .:.::::::: :::::::::. ::::::.::.::::::..::::::.:::::.: NP_775 CASLQAAIADAEQRGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVE 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KB6 IATYRTLLEGEESRMSGECAPNVSVSVSTSHTTISGGGSRGGGGGGYG-SGGSSYGSGGG ::::: :::::: :..:: . .:.::: : : :: :. .: :.: : .::::: NP_775 IATYRKLLEGEECRLNGEGVGQVNVSVVQS-TISSGYGGASGVGSGLGLGGGSSY----- 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KB6 SYGSGGGGGGGRGSYGSG---GGSYGSGGGGGGHGSYGSGSSSGGYRGGSGGGGGGSSGG ::::: : ::: .: .:: ::. .: :::.. .: . ::: NP_775 SYGSGLGIGGGFSS-SSGRAIGGGLSSVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH 520 530 540 550 560 600 610 620 630 pF1KB6 RGSGGGSSGGSIGGRGSSSGGVKSSGGSSSVKFVSTTYSGVTR >>NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II cytos (520 aa) initn: 1940 init1: 1771 opt: 1913 Z-score: 824.7 bits: 162.5 E(85289): 3.4e-39 Smith-Waterman score: 2003; 60.9% identity (81.2% similar) in 558 aa overlap (1-558:2-507) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MSRQFSSRSGYRSGGGFSSGSAGIINYQRRTTSSSTRRSGGGGGRFSSCGGGGGSFGAG ..:: :.: : ::: ::: :.. .: . ::. :::.: : :: NP_002 MIARQQCVRGGPR---GFSCGSA-IVGGGKRGAFSSVSMSGGAG-RCSS----------- 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 GGFGSRSLVNLGGSKSISISVARGGGRGSGFGGGYGGGGFGGGGFGGGGFGGGGIGGGGF :::::::: :: :.::::.::: :. .:. :: :.:::: :::::: :::. : NP_002 GGFGSRSLYNLRGNKSISMSVA-GSRQGACFG---GAGGFGTGGFGGG-FGGS------F 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 GGFGSGGGGFGGGGFGGGGYGGGYGPVCPPGGIQEVTINQSLLQPLNVEIDPEIQKVKSR . :.:: :: :::: ::::::::::::: ::.::::::::::... 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NP_002 ATYRKLLEGEEYRMSGECQSAVSISV------VSGSTSTGGISGGLGSG-SGFGLSSG-F 440 450 460 470 480 540 550 560 570 580 590 pF1KB6 GSGGGGGGGRGSYGSGGGSYGSGGGGGGHGSYGSGSSSGGYRGGSGGGGGGSSGGRGSGG :::.:.: : :. ::..: NP_002 GSGSGSGFGFGGSVSGSSSSKIISTTTLNKRR 490 500 510 520 637 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 20:35:05 2016 done: Sun Nov 6 20:35:07 2016 Total Scan time: 12.720 Total Display time: 0.150 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]