FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1990, 567 aa 1>>>pF1KE1990 567 - 567 aa - 567 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9173+/-0.000699; mu= 12.8364+/- 0.043 mean_var=117.2068+/-23.215, 0's: 0 Z-trim(113.6): 51 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.118467 statistics sampled from 14186 (14237) to 14186 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.763), E-opt: 0.2 (0.437), width: 16 Scan time: 4.260 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS43405.1 RGS14 gene_id:10636|Hs108|chr5 ( 566) 3724 647.1 1.7e-185 CCDS3368.1 RGS12 gene_id:6002|Hs108|chr4 ( 799) 711 132.2 2.3e-30 CCDS3367.1 RGS12 gene_id:6002|Hs108|chr4 (1376) 704 131.2 8.2e-30 CCDS3366.1 RGS12 gene_id:6002|Hs108|chr4 (1447) 704 131.2 8.6e-30 CCDS41572.1 RGS10 gene_id:6001|Hs108|chr10 ( 167) 446 86.5 2.7e-17 CCDS31294.1 RGS10 gene_id:6001|Hs108|chr10 ( 181) 446 86.6 2.9e-17 CCDS10403.1 RGS11 gene_id:8786|Hs108|chr16 ( 446) 341 68.8 1.5e-11 CCDS66884.1 RGS11 gene_id:8786|Hs108|chr16 ( 456) 341 68.9 1.6e-11 CCDS42088.1 RGS11 gene_id:8786|Hs108|chr16 ( 467) 341 68.9 1.6e-11 CCDS6156.1 RGS20 gene_id:8601|Hs108|chr8 ( 241) 329 66.6 3.9e-11 CCDS69482.1 RGS20 gene_id:8601|Hs108|chr8 ( 273) 329 66.7 4.3e-11 CCDS13555.1 RGS19 gene_id:10287|Hs108|chr20 ( 217) 326 66.1 5.1e-11 CCDS6155.1 RGS20 gene_id:8601|Hs108|chr8 ( 388) 329 66.8 5.7e-11 >>CCDS43405.1 RGS14 gene_id:10636|Hs108|chr5 (566 aa) initn: 2342 init1: 2342 opt: 3724 Z-score: 3443.9 bits: 647.1 E(32554): 1.7e-185 Smith-Waterman score: 3724; 99.8% identity (99.8% similar) in 567 aa overlap (1-567:1-566) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MPGKPKHLGVPNGRMVLAVSDGELSSTTGPQGQGEGRGSSLSIHSLPSGPSSPFPTEEQP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 MPGKPKHLGVPNGRMVLAVSDGELSSTTGPQGQGEGRGSSLSIHSLPSGPSSPFPTEEQP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 VASWALSFERLLQDPLGLAYFTEFLKKEFSAENVTFWKACERFQQIPASDTQQLAQEARN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 VASWALSFERLLQDPLGLAYFTEFLKKEFSAENVTFWKACERFQQIPASDTQQLAQEARN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 IYQEFLSSQALSPVNIDRQAWLGEEVLAEPRPDMFRAQQLQIFNLMKFDSYARFVKSPLY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 IYQEFLSSQALSPVNIDRQAWLGEEVLAEPRPDMFRAQQLQIFNLMKFDSYARFVKSPLY 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 RECLLAEAEGRPLREPGSSRLGSPDATRKKPKLKPGKSLPLGVEELGQLPPVEGPGGRPL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 RECLLAEAEGRPLREPGSSRLGSPDATRKKPKLKPGKSLPLGVEELGQLPPVEGPGGRPL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 RKSFRRELGGTANAALRRESQGSLNSSASLDLGFLAFVSSKSESHRKSLGSTEGESESRP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 RKSFRRELGGTANAALRRESQGSLNSSASLDLGFLAFVSSKSESHRKSLGSTEGESESRP 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 GKYCCVYLPDGTASLALARPGLTIRDMLAGICEKRGLSLPDIKVYLVGNEQKALVLDQDC ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::: CCDS43 GKYCCVYLPDGTASLALARPGLTIRDMLAGICEKRGLSLPDIKVYLVGNEQ-ALVLDQDC 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 TVLADQEVRLENRITFELELTALERVVRISAKPTKRLQEALQPILEKHGLSPLEVVLHRP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 TVLADQEVRLENRITFELELTALERVVRISAKPTKRLQEALQPILEKHGLSPLEVVLHRP 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 GEKQPLDLGKLVSSVAAQRLVLDTLPGVKISKARDKSPCRSQGCPPRTQDKATHPPPASP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 GEKQPLDLGKLVSSVAAQRLVLDTLPGVKISKARDKSPCRSQGCPPRTQDKATHPPPASP 420 430 440 450 460 470 490 500 510 520 530 540 pF1KE1 SSLVKVPSSATGKRQTCDIEGLVELLNRVQSSGAHDQRGLLRKEDLVLPEFLQLPAQGPS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 SSLVKVPSSATGKRQTCDIEGLVELLNRVQSSGAHDQRGLLRKEDLVLPEFLQLPAQGPS 480 490 500 510 520 530 550 560 pF1KE1 SEETPPQTKSAAQPIGGSLNSTTDSAL ::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 SEETPPQTKSAAQPIGGSLNSTTDSAL 540 550 560 >>CCDS3368.1 RGS12 gene_id:6002|Hs108|chr4 (799 aa) initn: 1277 init1: 635 opt: 711 Z-score: 658.6 bits: 132.2 E(32554): 2.3e-30 Smith-Waterman score: 1254; 41.7% identity (65.0% similar) in 611 aa overlap (10-563:13-599) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MPGKPKHLGVPNGRMVLAVSDGELSSTTGPQGQGEGRGSSLSIH-SLPSGPSSPFPT : : .. .:::::: :: . . ..::: . :::: : CCDS33 MNLGKELSNETHVSNDQQSATVSDGEL---TGADLKDCVSNNSLSSNASLPSVQSCRR-L 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 EEQPVASWALSFERLLQDPLGLAYFTEFLKKEFSAENVTFWKACERFQQIPASDTQQLAQ .:. :::::.:::::::::.:. ::..::.:::: ::. ::.::: :...:: : ..:. 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CCDS33 QGSVSSAGSLDL---------SEACR-----TLAPEKDKATKHCCIHLPDGTSCVVAVKA 940 950 960 970 980 330 340 350 360 370 380 pF1KE1 GLTIRDMLAGICEKRGLSLPDIKVYLVGNEQKALVLDQDCTVLADQEVRLENRITFELEL :..:.:.:.:.::..:.. ..:::.. : ::: :: ..: ....:::.: :.:.: CCDS33 GFSIKDILSGLCERHGINGAAADLFLVGGD-KPLVLHQDSSILESRDLRLEKRTLFRLDL 990 1000 1010 1020 1030 390 400 410 420 430 440 pF1KE1 TALERVVRISAKPTKRLQEALQPILEKHGLSPLEVVLHRPGEKQPLDLGKLVSSVAAQRL . ..: : ..::::: . :.:.:.. ..::. .... :::.::::: .::. .::. CCDS33 VPINRSVGLKAKPTKPVTEVLRPVVARYGLDLSGLLVRLSGEKEPLDLGAPISSLDGQRV 1040 1050 1060 1070 1080 1090 450 460 470 pF1KE1 VL------------DTLPGVKI-------SKARDKSPC---RSQGCPPRTQDKATHPPPA :: : :: . :..:..: :. : . :. . : CCDS33 VLEEKDPSRGKASADKQKGVPVKQNTAVNSSSRNHSATGEERTLGKSNSIKIKGENGKNA 1100 1110 1120 1130 1140 1150 480 490 500 510 520 530 pF1KE1 SPSSLVKVPSSAT--GKRQTCDI-----EGLVELLNRVQSSGAHDQRGLLRKEDLVLPEF : : : . ::.. : : . ::....::. : :::::::::::::::: CCDS33 RDPRLSKREESIAKIGKKKYQKINLDEAEEFFELISKAQSNRADDQRGLLRKEDLVLPEF 1160 1170 1180 1190 1200 1210 540 550 560 pF1KE1 LQLPAQGPSSEETPPQTKSAAQPIGGSLNSTTDSAL :.:: :.: : : ..:. : : :.: CCDS33 LRLPPG--STELTLPTPAAVAK--GFSKRSATGNGRESASQPGEQWEPVQESSDSPSTSP 1220 1230 1240 1250 1260 1270 CCDS33 GSASSPPGPPGTTPPGQKSPSGPFCTPQSPVSLAQEGTAQIWKRQSQEVEAGGIQTVEDE 1280 1290 1300 1310 1320 1330 >>CCDS41572.1 RGS10 gene_id:6001|Hs108|chr10 (167 aa) initn: 411 init1: 227 opt: 446 Z-score: 423.9 bits: 86.5 E(32554): 2.7e-17 Smith-Waterman score: 446; 49.0% identity (71.5% similar) in 151 aa overlap (43-193:4-151) 20 30 40 50 60 70 pF1KE1 GRMVLAVSDGELSSTTGPQGQGEGRGSSLSIHSLPSGPSSPFPTEEQPVASWALSFERLL ::. .: :: . .:.:: :.: :: CCDS41 MEHIHD-SDGSSSSSHQSLKSTAKWAASLENLL 10 20 30 80 90 100 110 120 130 pF1KE1 QDPLGLAYFTEFLKKEFSAENVTFWKACERFQQIPASDTQQLAQEARNIYQEFLSSQALS .:: :. : :::::::: ::: :: ::: :... .: :. ..:..::. ::::.: : CCDS41 EDPEGVKRFREFLKKEFSEENVLFWLACEDFKKM--QDKTQMQEKAKEIYMTFLSSKASS 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KE1 PVNIDRQAWLGEEVLAEPRPDMFRAQQLQIFNLMKFDSYARFVKSPLYRECLLAEAEGRP ::.. :. :.:..: ::.: ::. : :::::::.:::.::.:: :. . .: : . 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CCDS66 SRTMEQTLEGLRQPHRYVLDDAQLHIYMLMKKDSYPRFLKSDMYKA-LLAEA-GIPLEM- 360 370 380 390 400 410 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 GSSRLGSPDATRKKPKLKPGKSLPLGVEELGQLPPVEGPGGRPLRKSFRRELGGTANAAL .: : . : . . :: :: . . :::: CCDS66 --KRRVFPFTWRPRHSSPSPALLPTPVEPTA----ACGPGGGDGVA 420 430 440 450 260 270 280 290 300 310 pF1KE1 RRESQGSLNSSASLDLGFLAFVSSKSESHRKSLGSTEGESESRPGKYCCVYLPDGTASLA >>CCDS42088.1 RGS11 gene_id:8786|Hs108|chr16 (467 aa) initn: 313 init1: 167 opt: 341 Z-score: 320.3 bits: 68.9 E(32554): 1.6e-11 Smith-Waterman score: 341; 38.2% identity (61.8% similar) in 191 aa overlap (48-237:285-462) 20 30 40 50 60 70 pF1KE1 AVSDGELSSTTGPQGQGEGRGSSLSIHSLPSGPSSPFPTEEQPVASWALSFERLLQDPLG ..:. ::. . : :..::..::.::.: CCDS42 CGQRGPHDPLVSGCLPSNPWISDNDAYWVMNAPTVAAPTKLR-VERWGFSFRELLEDPVG 260 270 280 290 300 310 80 90 100 110 120 130 pF1KE1 LAYFTEFLKKEFSAENVTFWKACERFQQIPASDTQQLAQEARNIYQEFLSSQALSPVNID :.: .:: ::::.::..::.:::... ... :.. .:..::. : :::: CCDS42 RAHFMDFLGKEFSGENLSFWEACEELRYGAQAQVPTLVDA---VYEQFLAPGAAHWVNID 320 330 340 350 360 370 140 150 160 170 180 190 pF1KE1 -RQAWLGEEVLAEPRPDMFRAQQLQIFNLMKFDSYARFVKSPLYRECLLAEAEGRPLREP : : : .:. .. ::.:. ::: ::: ::.:: .:. ::::: : ::. CCDS42 SRTMEQTLEGLRQPHRYVLDDAQLHIYMLMKKDSYPRFLKSDMYKA-LLAEA-GIPLEM- 380 390 400 410 420 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 GSSRLGSPDATRKKPKLKPGKSLPLGVEELGQLPPVEGPGGRPLRKSFRRELGGTANAAL .: : . : . . :: :: . . :::: CCDS42 --KRRVFPFTWRPRHSSPSPALLPTPVEPTA----ACGPGGGDGVA 430 440 450 460 260 270 280 290 300 310 pF1KE1 RRESQGSLNSSASLDLGFLAFVSSKSESHRKSLGSTEGESESRPGKYCCVYLPDGTASLA >>CCDS6156.1 RGS20 gene_id:8601|Hs108|chr8 (241 aa) initn: 266 init1: 165 opt: 329 Z-score: 313.4 bits: 66.6 E(32554): 3.9e-11 Smith-Waterman score: 329; 38.1% identity (66.7% similar) in 147 aa overlap (46-189:95-236) 20 30 40 50 60 70 pF1KE1 VLAVSDGELSSTTGPQGQGEGRGSSLSIHSLPSGPSSPFPTEEQPVASWALSFERLLQDP ::. :: :: :. : .:: ::..:. : CCDS61 WCCCCSCSCLTVRNQEDQRPTIASHELRADLPTWEESPAPTLEE-VNAWAQSFDKLMVTP 70 80 90 100 110 120 80 90 100 110 120 130 pF1KE1 LGLAYFTEFLKKEFSAENVTFWKACERFQQIPASDTQQLAQEARNIYQEFLSSQALSPVN : : :::. ::: ::. :: :::.... .. . . ..:: ::....: ::: . 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