Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0333
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0333, 633 aa
1>>>pF1KE0333 633 - 633 aa - 633 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3612+/-0.00154; mu= -4.4431+/- 0.091
mean_var=249.1365+/-50.552, 0's: 0 Z-trim(106.1): 24 B-trim: 86 in 1/50
Lambda= 0.081256
statistics sampled from 8791 (8800) to 8791 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.617), E-opt: 0.2 (0.27), width: 16
Scan time: 3.100
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS723.1 GBP6 gene_id:163351|Hs108|chr1 ( 633) 4113 496.2 5.6e-140
CCDS721.1 GBP4 gene_id:115361|Hs108|chr1 ( 640) 2873 350.8 3.3e-96
CCDS720.1 GBP7 gene_id:388646|Hs108|chr1 ( 638) 2859 349.2 1e-95
CCDS718.1 GBP1 gene_id:2633|Hs108|chr1 ( 592) 2080 257.8 3e-68
CCDS719.1 GBP2 gene_id:2634|Hs108|chr1 ( 591) 2073 257.0 5.2e-68
CCDS717.2 GBP3 gene_id:2635|Hs108|chr1 ( 595) 2037 252.8 9.8e-67
CCDS722.1 GBP5 gene_id:115362|Hs108|chr1 ( 586) 1937 241.1 3.3e-63
>>CCDS723.1 GBP6 gene_id:163351|Hs108|chr1 (633 aa)
initn: 4113 init1: 4113 opt: 4113 Z-score: 2626.5 bits: 496.2 E(32554): 5.6e-140
Smith-Waterman score: 4113; 99.1% identity (99.7% similar) in 633 aa overlap (1-633:1-633)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MESGPKMLAPVCQVENNNEQLLVNQQAIQILEKISQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNHLAG
:::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MESGPKMLAPVCLVENNNEQLLVNQQAIQILEKISQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNHLAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 QNHGFPLGSTVQSETKGIWMWCVPHPSKPNHTLVLLDTEGLGDVEKGDPKNDSWIFALAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 QNHGFPLGSTVQSETKGIWMWCVPHPSKPNHTLVLLDTEGLGDVEKGDPKNDSWIFALAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LLCSTFVYNSMSTINHQALEQLHYVTELTELIKAKSSPRPDGVEDSTEFVSFFPDFLWTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LLCSTFVYNSMSTINHQALEQLHYVTELTELIKAKSSPRPDGVEDSTEFVSFFPDFLWTV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 RDFTLELKLNGHPITEDEYLENALKLIQGNNPRVQTSNFPRECIRRFFPKRKCFVFDRPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 RDFTLELKLNGHPITEDEYLENALKLIQGNNPRVQTSNFPRECIRRFFPKRKCFVFDRPT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 NDKDLLANIEKVSEKQLDPKFQEQTNIFCSYIFTHARTKTLREGITVTGNRLGTLAVTYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 NDKDLLANIEKVSEKQLDPKFQEQTNIFCSYIFTHARTKTLREGITVTGNRLGTLAVTYV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 EAINSGAVPCLEDAVITLAQRENSAAVQRASDYYSQQMAQRVKFPTDTLQELLDVHAACE
::::::::::::.:::::::::::::::::.::::::::::::.::::::::::.:::::
CCDS72 EAINSGAVPCLENAVITLAQRENSAAVQRAADYYSQQMAQRVKLPTDTLQELLDMHAACE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 REAIAIFMEHSFKDENQEFQKKFMETTMNKKGDFLLQNEESSVQYCQAKLNELSKGLMES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 REAIAIFMEHSFKDENQEFQKKFMETTMNKKGDFLLQNEESSVQYCQAKLNELSKGLMES
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 ISAGSFSVPGGHKLYMETKERIEQDYWQVPRKGVKAKEVFQRFLESQMVIEESILQSDKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 ISAGSFSVPGGHKLYMETKERIEQDYWQVPRKGVKAKEVFQRFLESQMVIEESILQSDKA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 LTDREKAVAVDRAKKEAAEKEQELLKQKLQEQQQQMEAQVKSRKENIAQLKEKLQMEREH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS72 LTDREKAVAVDRAKKEAAEKEQELLKQKLQEQQQQMEAQDKSRKENIAQLKEKLQMEREH
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 LLREQIMMLEHTQKVQNDWLHEGFKKKYEEMNAEISQFKRMIDTTKNDDTPWIARTLDNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LLREQIMMLEHTQKVQNDWLHEGFKKKYEEMNAEISQFKRMIDTTKNDDTPWIARTLDNL
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KE0 ADELTAILSAPAKLIGHGVKGVSSLFKKHKLPF
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 ADELTAILSAPAKLIGHGVKGVSSLFKKHKLPF
610 620 630
>>CCDS721.1 GBP4 gene_id:115361|Hs108|chr1 (640 aa)
initn: 2943 init1: 2840 opt: 2873 Z-score: 1840.8 bits: 350.8 E(32554): 3.3e-96
Smith-Waterman score: 2873; 70.1% identity (89.4% similar) in 623 aa overlap (2-624:17-638)
10 20 30 40
pF1KE0 MESGPKMLAPVCQVENNNEQLLVNQQAIQILEKISQPVVVVAIVG
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CCDS72 MGERTLHAAVPTPGYPESESIMMAPICLVENQEEQLTVNSKALEILDKISQPVVVVAIVG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 LYRTGKSYLMNHLAGQNHGFPLGSTVQSETKGIWMWCVPHPSKPNHTLVLLDTEGLGDVE
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CCDS72 LYRTGKSYLMNRLAGKRNGFPLGSTVQSETKGIWMWCVPHLSKPNHTLVLLDTEGLGDVE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 KGDPKNDSWIFALAVLLCSTFVYNSMSTINHQALEQLHYVTELTELIKAKSSPRPDGVED
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CCDS72 KSNPKNDSWIFALAVLLSSSFVYNSVSTINHQALEQLHYVTELAELIRAKSCPRPDEAED
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 STEFVSFFPDFLWTVRDFTLELKLNGHPITEDEYLENALKLIQGNNPRVQTSNFPRECIR
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CCDS72 SSEFASFFPDFIWTVRDFTLELKLDGNPITEDEYLENALKLIPGKNPKIQNSNMPRECIR
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 RFFPKRKCFVFDRPTNDKDLLANIEKVSEKQLDPKFQEQTNIFCSYIFTHARTKTLREGI
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CCDS72 HFFRKRKCFVFDRPTNDKQYLNHMDEVPEENLERHFLMQSDNFCSYIFTHAKTKTLREGI
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 TVTGNRLGTLAVTYVEAINSGAVPCLEDAVITLAQRENSAAVQRASDYYSQQMAQRVKFP
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CCDS72 IVTGKRLGTLVVTYVDAINSGAVPCLENAVTALAQLENPAAVQRAADHYSQQMAQQLRLP
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 TDTLQELLDVHAACEREAIAIFMEHSFKDENQEFQKKFMETTMNKKGDFLLQNEESSVQY
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CCDS72 TDTLQELLDVHAACEREAIAVFMEHSFKDENHEFQKKLVDTIEKKKGDFVLQNEEASAKY
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 CQAKLNELSKGLMESISAGSFSVPGGHKLYMETKERIEQDYWQVPRKGVKAKEVFQRFLE
:::.:..::. : ::: : :::::::.::.: :...: :: ::::::::.::.: ::.
CCDS72 CQAELKRLSEHLTESILRGIFSVPGGHNLYLEEKKQVEWDYKLVPRKGVKANEVLQNFLQ
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 SQMVIEESILQSDKALTDREKAVAVDRAKKEAAEKEQELLKQKLQEQQQQMEAQVKSRKE
::.:.:::::::::::: :::.:..:: :::::::::::..: .::::.:::: .: .:
CCDS72 SQVVVEESILQSDKALTAGEKAIAAERAMKEAAEKEQELLREKQKEQQQMMEAQERSFQE
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KE0 NIAQLKEKLQMEREHLLREQIMMLEHTQKVQNDWLHEGFKKKYEEMNAEISQFKRMIDTT
.::...::. :::.::::. .:.: :::.. :.: :.:: :..: ::.:.:. :..:
CCDS72 YMAQMEKKLEEERENLLREHERLLKHKLKVQEEMLKEEFQKKSEQLNKEINQLKEKIEST
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630
pF1KE0 KNDDTPWIARTLDNLADELTAILSAPAKLIGHGVKGVSSLFKKHKLPF
::.. . . :: .. . . : . .::.: :.: ..:
CCDS72 KNEQLR-LLKILDMASNIMIVTLPGASKLLGVGTKYLGSRI
610 620 630 640
>>CCDS720.1 GBP7 gene_id:388646|Hs108|chr1 (638 aa)
initn: 2884 init1: 2851 opt: 2859 Z-score: 1831.9 bits: 349.2 E(32554): 1e-95
Smith-Waterman score: 2859; 69.0% identity (88.3% similar) in 632 aa overlap (1-632:1-632)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MESGPKMLAPVCQVENNNEQLLVNQQAIQILEKISQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNHLAG
: : .: .::: .::.. .:.::..:..:: :.:::::::::::::::::::::.:::
CCDS72 MASEIHMPGPVCLTENTKGHLVVNSEALEILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 QNHGFPLGSTVQSETKGIWMWCVPHPSKPNHTLVLLDTEGLGDVEKGDPKNDSWIFALAV
.:.::::: ::.:::::::::::::::::::::.:::::::::.::.:::.:::::::::
CCDS72 KNKGFPLGCTVKSETKGIWMWCVPHPSKPNHTLILLDTEGLGDMEKSDPKSDSWIFALAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LLCSTFVYNSMSTINHQALEQLHYVTELTELIKAKSSPRPDGVEDSTEFVSFFPDFLWTV
:: :.::::::.::::::::::::::::::::.::: :::: ::::.:::::::::.:::
CCDS72 LLSSSFVYNSMGTINHQALEQLHYVTELTELIRAKSCPRPDEVEDSSEFVSFFPDFIWTV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 RDFTLELKLNGHPITEDEYLENALKLIQGNNPRVQTSNFPRECIRRFFPKRKCFVFDRPT
:::::::::.:::::::::::::::::.:.::..:.:: ::: ::.::::.::::::::
CCDS72 RDFTLELKLDGHPITEDEYLENALKLISGKNPQIQNSNKPREWIRHFFPKQKCFVFDRPI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 NDKDLLANIEKVSEKQLDPKFQEQTNIFCSYIFTHARTKTLREGITVTGNRLGTLAVTYV
::: :: ..:.: : ::: .:: :.. :::::::::.:::::::: ::::::: :. ::.
CCDS72 NDKKLLLHVEEVREDQLDSNFQMQSENFCSYIFTHAKTKTLREGILVTGNRLGMLVETYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 EAINSGAVPCLEDAVITLAQRENSAAVQRASDYYSQQMAQRVKFPTDTLQELLDVHAACE
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CCDS72 DAINSGATPCLENAMAVLAQCENSAAVQRAANHYSQQMAQQVRFPTDTLQELLDVHAVCE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 REAIAIFMEHSFKDENQEFQKKFMETTMNKKGDFLLQNEESSVQYCQAKLNELSKGLMES
:::::.:::.::::..::::::...: .:: ::.:::::.:..::::.:..::. : ::
CCDS72 REAIAVFMEYSFKDKSQEFQKKLVDTMEKKKEDFVLQNEEASAKYCQAELKRLSELLTES
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 ISAGSFSVPGGHKLYMETKERIEQDYWQVPRKGVKAKEVFQRFLESQMVIEESILQSDKA
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CCDS72 ISRGTFFVPGGHNIYLEAKKKIEQDYTLVPRKGVKADEVLQSFLQSQVVIEESILQSDKA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 LTDREKAVAVDRAKKEAAEKEQELLKQKLQEQQQQMEAQVKSRKENIAQLKEKLQMEREH
:: :::.:. .:::::::::::::.:: .::::.:::: .: .:::::::.:.. :::.
CCDS72 LTAGEKAIAAKQAKKEAAEKEQELLRQKQKEQQQMMEAQERSFQENIAQLKKKMEREREN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 LLREQIMMLEHTQKVQNDWLHEGFKKKYEEMNAEISQFKRMIDTTKNDDTPWIARTLDNL
.:: :: : .:: .. : ::::. .: .: ::...:..:....:.. ... ::
CCDS72 YMRELRKMLSHKMKVLEELLTEGFKEIFESLNEEINRLKEQIEAAENEEPSVFSQILDVA
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KE0 ADELTAILSAPAKLIGHGVKGVSSLFKKHKLPF
.. . : : . :::. :.: .::: .. . :
CCDS72 GSIFIAALPGAAKLVDLGMKILSSLCNRLRNPGKKIIS
610 620 630
>>CCDS718.1 GBP1 gene_id:2633|Hs108|chr1 (592 aa)
initn: 2107 init1: 966 opt: 2080 Z-score: 1338.9 bits: 257.8 E(32554): 3e-68
Smith-Waterman score: 2080; 52.6% identity (81.3% similar) in 588 aa overlap (1-586:1-587)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MESGPKMLAPVCQVENNNEQLLVNQQAIQILEKISQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNHLAG
: : .: .:.: .::.: .:..: .:..:: :.::.::::::::::::::::::.:::
CCDS71 MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 QNHGFPLGSTVQSETKGIWMWCVPHPSKPNHTLVLLDTEGLGDVEKGDPKNDSWIFALAV
...:: :::::::.::::::::::::.::.: :::::::::::::::: .::::::::::
CCDS71 KKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVEKGDNQNDSWIFALAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE0 LLCSTFVYNSMSTINHQALEQLHYVTELTELIKAKSSP--RPDGVEDSTEFVSFFPDFLW
:: :::::::..:::.::..::.::::::. :..:::: . ::::..::::::::.:
CCDS71 LLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEVEDSADFVSFFPDFVW
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 TVRDFTLELKLNGHPITEDEYLENALKLIQGNNPRVQTSNFPRECIRRFFPKRKCFVFDR
:.:::.:.:. .:.:.: :::: .::: .:.. . .: :.:: :::.::::.:::::::
CCDS71 TLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLCIRKFFPKKKCFVFDR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 PTNDKDLLANIEKVSEKQLDPKFQEQTNIFCSYIFTHARTKTLREGITVTGNRLGTLAVT
:.. . : :..::.....:::.: .:. ::::::....:::: :: :.: :: .:..:
CCDS71 PVHRRKL-AQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSGGIQVNGPRLESLVLT
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 YVEAINSGAVPCLEDAVITLAQRENSAAVQRASDYYSQQMAQRVKFPTDTLQELLDVHAA
::.::.:: .::.:.::..::: :::::::.: .: :::.:.:..::.:::::::.:
CCDS71 YVNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQLPTETLQELLDLHRD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 CEREAIAIFMEHSFKDENQEFQKKFMETTMNKKGDFLLQNEESSVQYCQAKLNELSKGLM
::::: .:.. :::: .. :::.. .:. :: ::.:.: . :.: :. . . :
CCDS71 SEREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASSDRCSALLQVIFSPLE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 ESISAGSFSVPGGHKLYMETKERIEQDYWQVPRKGVKAKEVFQRFLESQMVIEESILQSD
: ..:: .: :::..:... . ... :.. ::::..:.:..: .:.:. . ..:::.:
CCDS71 EEVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTYLKSKESMTDAILQTD
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 KALTDREKAVAVDRAKKEAAEKEQELLKQKLQEQQQQMEAQVKSRKENIAQLKEKLQMER
..::..:: . :.:.: :.:. ..:.. ....:.:: . .: .:.. :: ::.. .:
CCDS71 QTLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLQEMQRKNEQMMEQKERSYQEHLKQLTEKMENDR
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE0 EHLLREQIMMLEHTQKVQNDWLHEGFKKKYEEMNAEISQFKRMIDTTKNDDTPWIARTLD
.::.:: : . :.. :.:::.:. . :. ::.... . :
CCDS71 VQLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRRRKACTIS
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630
pF1KE0 NLADELTAILSAPAKLIGHGVKGVSSLFKKHKLPF
>>CCDS719.1 GBP2 gene_id:2634|Hs108|chr1 (591 aa)
initn: 2100 init1: 1121 opt: 2073 Z-score: 1334.5 bits: 257.0 E(32554): 5.2e-68
Smith-Waterman score: 2073; 53.9% identity (82.3% similar) in 566 aa overlap (10-575:10-574)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MESGPKMLAPVCQVENNNEQLLVNQQAIQILEKISQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNHLAG
:. ..:.. ::.:: .:..:: :.:::::::::::::::::::::.:::
CCDS71 MAPEINLPGPMSLIDNTKGQLVVNPEALKILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 QNHGFPLGSTVQSETKGIWMWCVPHPSKPNHTLVLLDTEGLGDVEKGDPKNDSWIFALAV
...:: :::::.:.::::::::::::.::.:::::::::::::.:::: .:::::::::.
CCDS71 KKNGFSLGSTVKSHTKGIWMWCVPHPKKPEHTLVLLDTEGLGDIEKGDNENDSWIFALAI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LLCSTFVYNSMSTINHQALEQLHYVTELTELIKAKSSPRPDGVEDSTEFVSFFPDFLWTV
:: ::::::::.:::.::..:::::::::. :::.::: ..:.::..:::::: :.::.
CCDS71 LLSSTFVYNSMGTINQQAMDQLHYVTELTDRIKANSSPGNNSVDDSADFVSFFPAFVWTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 RDFTLELKLNGHPITEDEYLENALKLIQGNNPRVQTSNFPRECIRRFFPKRKCFVFDRPT
:::::::...:.::: :.::: .::: .:.. . .. : :: :::.::::::::::: :.
CCDS71 RDFTLELEVDGEPITADDYLELSLKLRKGTDKKSKSFNDPRLCIRKFFPKRKCFVFDWPA
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