FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7558, 271 aa 1>>>pF1KB7558 271 - 271 aa - 271 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4317+/-0.000878; mu= 5.7273+/- 0.053 mean_var=123.7329+/-24.695, 0's: 0 Z-trim(110.0): 53 B-trim: 5 in 1/50 Lambda= 0.115301 statistics sampled from 11246 (11295) to 11246 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.709), E-opt: 0.2 (0.347), width: 16 Scan time: 2.040 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8803.1 ATF1 gene_id:466|Hs108|chr12 ( 271) 1696 292.8 1.8e-79 CCDS2374.1 CREB1 gene_id:1385|Hs108|chr2 ( 327) 1030 182.0 4.6e-46 CCDS2375.1 CREB1 gene_id:1385|Hs108|chr2 ( 341) 1013 179.2 3.4e-45 CCDS7181.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 299) 883 157.5 9.9e-39 CCDS7180.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 300) 845 151.2 7.9e-37 CCDS7185.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 270) 839 150.2 1.4e-36 CCDS7186.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 245) 832 149.0 3e-36 CCDS58075.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 138) 513 95.8 1.7e-20 CCDS7187.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 120) 429 81.8 2.4e-16 CCDS7182.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 248) 434 82.8 2.6e-16 CCDS7188.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 112) 421 80.5 5.8e-16 CCDS53521.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 102) 420 80.3 6e-16 CCDS53518.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 108) 420 80.3 6.3e-16 CCDS31181.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 236) 425 81.3 6.9e-16 CCDS58076.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 125) 400 77.0 7.2e-15 CCDS58074.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 282) 400 77.2 1.4e-14 CCDS53517.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 121) 391 75.5 2e-14 CCDS53520.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 113) 383 74.2 4.7e-14 CCDS53519.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 109) 382 74.0 5.1e-14 CCDS7183.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 221) 387 75.0 5.2e-14 >>CCDS8803.1 ATF1 gene_id:466|Hs108|chr12 (271 aa) initn: 1696 init1: 1696 opt: 1696 Z-score: 1540.4 bits: 292.8 E(32554): 1.8e-79 Smith-Waterman score: 1696; 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CCDS71 AEEATRKRELRLMKNREAARECRRKKKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKALKDLYCH 240 250 260 270 280 290 270 pF1KB7 KSV : CCDS71 KVE >>CCDS7180.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 (300 aa) initn: 816 init1: 334 opt: 845 Z-score: 774.6 bits: 151.2 E(32554): 7.9e-37 Smith-Waterman score: 845; 53.7% identity (79.0% similar) in 281 aa overlap (1-270:22-298) 10 20 30 pF1KB7 MEDSHKSTTSETAPQPGSA-VQ---GAHISHIAQQVSSL .:..: .. . . . :: :: : . ::... CCDS71 MSKCARKKYIKTNPRQMTMETVESQHDGSITASLTESKSAHVQTQTGQNSIPALAQVAAI 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KB7 SESEESQDSSDSIGSSQKAHGILARRPSYRKILKDLSSEDTRG----RKGDGENSGVSAA .:..:: .: ... .:.: . ::.:::::::::..::: :. : .. .:. :. . CCDS71 AETDESAES-EGVIDSHKRREILSRRPSYRKILNELSS-DVPGVPKIEEERSEEEGTPPS 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 150 pF1KB7 VTSMSVPTPIYQTSSGQYIAIAPNGALQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQY ...:.::: :::::.::::::: .:..:...::.:::::::.:::::::. :.::.:: CCDS71 IATMAVPTSIYQTSTGQYIAIAQGGTIQISNPGSDGVQGLQALTMTNSGAPPPGATIVQY 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 pF1KB7 A-QTSDG-QQILVPSNQVVVQTASGDMQTYQIRTTPSATSLPQTVVMT-SPVTLTSQTTK : :..:: ::..::..:::::.:.::: :::::. :.: .::: :::. :: .: : CCDS71 AAQSADGTQQFFVPGSQVVVQAATGDMPTYQIRA-PTA-ALPQGVVMAASPGSLHSPQQL 180 190 200 210 220 230 210 220 230 240 250 260 pF1KB7 TDDPQLKREIRLMKNREAARECRRKKKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSN ... :::.:::::::::.::::.:::::::::.:::::: ::: :::::.::::. : CCDS71 AEEATRKRELRLMKNREAAKECRRRKKEYVKCLESRVAVLEVQNKKLIEELETLKDICSP 240 250 260 270 280 290 270 pF1KB7 KSV :. CCDS71 KTDY 300 >>CCDS7185.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 (270 aa) initn: 816 init1: 334 opt: 839 Z-score: 770.0 bits: 150.2 E(32554): 1.4e-36 Smith-Waterman score: 839; 57.2% identity (83.2% similar) in 250 aa overlap (28-270:23-268) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 MEDSHKSTTSETAPQPGSAVQGAHISHIAQQVSSLSESEESQDSSDSIGSSQKAHGILAR . ..:....:..:: .: ... .:.: . ::.: CCDS71 MWWHQHNLCFRRPIEEDYSSGDVEEKVAAIAETDESAES-EGVIDSHKRREILSR 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KB7 RPSYRKILKDLSSEDTRG----RKGDGENSGVSAAVTSMSVPTPIYQTSSGQYIAIAPNG ::::::::..::: :. : .. .:. :. ....:.::: :::::.::::::: .: CCDS71 RPSYRKILNELSS-DVPGVPKIEEERSEEEGTPPSIATMAVPTSIYQTSTGQYIAIAQGG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB7 ALQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYA-QTSDG-QQILVPSNQVVVQTASG ..:...::.:::::::.:::::::. :.::.::: :..:: ::..::..:::::.:.: CCDS71 TIQISNPGSDGVQGLQALTMTNSGAPPPGATIVQYAAQSADGTQQFFVPGSQVVVQAATG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB7 DMQTYQIRTTPSATSLPQTVVMT-SPVTLTSQTTKTDDPQLKREIRLMKNREAARECRRK :: :::::. :.: .::: :::. :: .: : ... :::.:::::::::.::::. CCDS71 DMPTYQIRA-PTA-ALPQGVVMAASPGSLHSPQQLAEEATRKRELRLMKNREAAKECRRR 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KB7 KKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKSV :::::::::.:::::: ::: :::::.::::. : :. CCDS71 KKEYVKCLESRVAVLEVQNKKLIEELETLKDICSPKTDY 240 250 260 270 >>CCDS7186.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 (245 aa) initn: 816 init1: 334 opt: 832 Z-score: 764.3 bits: 149.0 E(32554): 3e-36 Smith-Waterman score: 832; 58.1% identity (83.3% similar) in 246 aa overlap (32-270:2-243) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 EDSHKSTTSETAPQPGSAVQGAHISHIAQQVSSLSESEESQDSSDSIGSSQKAHGILARR :....:..:: .: ... .:.: . ::.:: CCDS71 MVAAIAETDESAES-EGVIDSHKRREILSRR 10 20 30 70 80 90 100 110 pF1KB7 PSYRKILKDLSSEDTRG----RKGDGENSGVSAAVTSMSVPTPIYQTSSGQYIAIAPNGA :::::::..::: :. : .. .:. :. ....:.::: :::::.::::::: .:. CCDS71 PSYRKILNELSS-DVPGVPKIEEERSEEEGTPPSIATMAVPTSIYQTSTGQYIAIAQGGT 40 50 60 70 80 120 130 140 150 160 170 pF1KB7 LQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYA-QTSDG-QQILVPSNQVVVQTASGD .:...::.:::::::.:::::::. :.::.::: :..:: ::..::..:::::.:.:: CCDS71 IQISNPGSDGVQGLQALTMTNSGAPPPGATIVQYAAQSADGTQQFFVPGSQVVVQAATGD 90 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 230 pF1KB7 MQTYQIRTTPSATSLPQTVVMT-SPVTLTSQTTKTDDPQLKREIRLMKNREAARECRRKK : :::::. :.: .::: :::. :: .: : ... :::.:::::::::.::::.: CCDS71 MPTYQIRA-PTA-ALPQGVVMAASPGSLHSPQQLAEEATRKRELRLMKNREAAKECRRRK 150 160 170 180 190 200 240 250 260 270 pF1KB7 KEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKSV ::::::::.:::::: ::: :::::.::::. : :. CCDS71 KEYVKCLESRVAVLEVQNKKLIEELETLKDICSPKTDY 210 220 230 240 >>CCDS58075.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 (138 aa) initn: 503 init1: 334 opt: 513 Z-score: 481.4 bits: 95.8 E(32554): 1.7e-20 Smith-Waterman score: 513; 64.5% identity (83.3% similar) in 138 aa overlap (136-270:1-136) 110 120 130 140 150 160 pF1KB7 SGQYIAIAPNGALQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYA-QTSDG-QQILVP :::::. :.::.::: :..:: ::..:: CCDS58 MTNSGAPPPGATIVQYAAQSADGTQQFFVP 10 20 30 170 180 190 200 210 220 pF1KB7 SNQVVVQTASGDMQTYQIRTTPSATSLPQTVVMT-SPVTLTSQTTKTDDPQLKREIRLMK ..:::::.:.::: :::::. :.: .::: :::. :: .: : ... :::.:::: CCDS58 GSQVVVQAATGDMPTYQIRA-PTA-ALPQGVVMAASPGSLHSPQQLAEEATRKRELRLMK 40 50 60 70 80 230 240 250 260 270 pF1KB7 NREAARECRRKKKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKSV :::::.::::.:::::::::.:::::: ::: :::::.::::. : :. CCDS58 NREAAKECRRRKKEYVKCLESRVAVLEVQNKKLIEELETLKDICSPKTDY 90 100 110 120 130 >>CCDS7187.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 (120 aa) initn: 417 init1: 340 opt: 429 Z-score: 406.8 bits: 81.8 E(32554): 2.4e-16 Smith-Waterman score: 429; 65.5% identity (81.9% similar) in 116 aa overlap (155-269:8-118) 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 TDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYAQTSDGQQILVPSNQVVVQTASGDMQTYQIRTT .: . :.::.... :.::: :::::. 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CCDS71 AETDESAES-EGVIDSHKRREILSRRPSYRKILNELSS-DVPGVPKIEEERSEEEGTPPS 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 150 pF1KB7 VTSMSVPTPIYQTSSGQYIAIAPNGALQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQY ...:.::: :::::.::: : .:: CCDS71 IATMAVPTSIYQTSTGQY-----NEETELA------------------------------ 120 130 140 160 170 180 190 200 210 pF1KB7 AQTSDGQQILVPSNQVVVQTASGDMQTYQIRTTPSATSLPQTVVMT-SPVTLTSQTTKTD ::.... :.::: :::::. :.: .::: :::. :: .: : .. 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