FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1888, 416 aa 1>>>pF1KE1888 416 - 416 aa - 416 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2537+/-0.000873; mu= 14.1814+/- 0.053 mean_var=116.9660+/-22.841, 0's: 0 Z-trim(110.6): 17 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.118589 statistics sampled from 11688 (11698) to 11688 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.731), E-opt: 0.2 (0.359), width: 16 Scan time: 2.920 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 416) 2817 492.8 2.6e-139 CCDS55335.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 294) 1936 341.9 4.7e-94 CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9 ( 501) 879 161.3 1.9e-39 CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 568) 788 145.8 1e-34 CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 543) 725 135.0 1.7e-31 CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 ( 557) 722 134.5 2.5e-31 CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 485) 671 125.7 9.6e-29 CCDS11243.1 TRAF4 gene_id:9618|Hs108|chr17 ( 470) 374 74.9 1.9e-13 CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11 ( 522) 373 74.7 2.3e-13 >>CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 (416 aa) initn: 2817 init1: 2817 opt: 2817 Z-score: 2614.7 bits: 492.8 E(32554): 2.6e-139 Smith-Waterman score: 2817; 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CCDS70 NREHVIDAFRPDVTSSSFQRPVNDMNIASGCPLFCPVSKMEA-KNSYVRDDAIFIKAIVD 440 450 460 470 480 490 pF1KE1 TST . CCDS70 LTGL 500 >>CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (568 aa) initn: 747 init1: 425 opt: 788 Z-score: 736.8 bits: 145.8 E(32554): 1e-34 Smith-Waterman score: 816; 37.5% identity (67.2% similar) in 400 aa overlap (34-415:173-563) 10 20 30 40 50 pF1KE1 SSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENP----RNGEDQICPKCRG : :. : :. : .. :: :: CCDS99 FEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHCKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVV 150 160 170 180 190 200 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 EDLQSISPGSRLRTQEKAH-PEVAEAGIGCPFAGVGCSFKGSPQSVQEHEVTSQTSHLNL .. : . ::.. .:: : ..: : : :: :.:. :... ::..: ..:.:: CCDS99 SCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCVFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNL 210 220 230 240 250 260 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 LLGFMKQWKARL--GCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSESQEE- : :.:. : .: .. ..:.: : .:. . . ..:.. . ... . CCDS99 L----KEWSNSLEKKVSLLQNE-SVEKNKSIQSLHNQI-CSFEIEIERQKEMLRNNESKI 270 280 290 300 310 180 190 200 210 220 pF1KE1 LALQHFM--KEKLLAELEGKLRVFENI---VAVLNKEVEA--SHLALATSIHQS--QLDR : ::. . . . : ::. ..: :.. . ... ::. .... :. .: :. : CCDS99 LHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNRVTELESVDKSAGQVAR 320 330 340 350 360 370 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 ERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACG . : ::... . .: :. .: :. .. ....: ::..:...::: . :: .:.. : CCDS99 NTGL-LESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMG 380 390 400 410 420 430 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 RTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVT .:.::.: :::. .:::.: :.:::::: :: ::::::.:::::::::::::::..::: CCDS99 KTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRGEYDALLPWPFKQKVT 440 450 460 470 480 490 350 360 370 380 390 400 pF1KE1 FMLLDQ-NNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDT .::.:: ..:.: :::.:: .:.::..: .: :.:::::.: . :.. .:.:::: CCDS99 LMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQTVLEN--GTYIKDDT 500 510 520 530 540 550 410 pF1KE1 MFLKCIVETST .:.: ::.:: CCDS99 IFIKVIVDTSDLPDP 560 >>CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (543 aa) initn: 638 init1: 425 opt: 725 Z-score: 678.8 bits: 135.0 E(32554): 1.7e-31 Smith-Waterman score: 739; 34.6% identity (64.9% similar) in 410 aa overlap (27-415:141-538) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MASSSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEP--RALCCAGCLSENPRNGEDQIC :. . : : : : .. :. .. : CCDS99 LALQIYCRNESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKAC 120 130 140 150 160 170 60 70 80 90 100 pF1KE1 PKCRGEDLQSISPGSRLRTQEKAHPEVAEAGIGCPFAGVGCSFK------GSPQSVQEHE .. . : . :.. . . ..:: :: . :. :... :: CCDS99 KYREATCSHCKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHK---CSVQTLLRSEGTNQQIKAHE 180 190 200 210 220 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 VTSQTSHLNLLLGFMKQWKARL--GCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYR ..: ..:.::: :.:. : .: .. ..:.: : .:. . . ..:.. . CCDS99 ASSAVQHVNLL----KEWSNSLEKKVSLLQNE-SVEKNKSIQSLHNQI-CSFEIEIERQK 230 240 250 260 270 280 170 180 190 200 210 pF1KE1 APCSESQEE-LALQHFM--KEKLLAELEGKLRVFENI---VAVLNKEVEA--SHLALATS ... . : ::. . . . : ::. ..: :.. . ... ::. .... : CCDS99 EMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNRVTELES 290 300 310 320 330 340 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 IHQS--QLDRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNV . .: :. :. : ::... . .: :. .: :. .. ....: ::..:...::: . CCDS99 VDKSAGQVARNTGL-LESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIWKIRDY 350 360 370 380 390 400 280 290 300 310 320 330 pF1KE1 TRRCHESACGRTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDAL :: .:.. :.:.::.: :::. .:::.: :.:::::: :: ::::::.:::::::::: CCDS99 KRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRGEYDAL 410 420 430 440 450 460 340 350 360 370 380 390 pF1KE1 LPWPFRNKVTFMLLDQ-NNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQS :::::..:::.::.:: ..:.: :::.:: .:.::..: .: :.:::::.: . :.. CCDS99 LPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQTVLEN 470 480 490 500 510 520 400 410 pF1KE1 PKHAYVKDDTMFLKCIVETST .:.::::.:.: ::.:: CCDS99 G--TYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP 530 540 >>CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 (557 aa) initn: 677 init1: 579 opt: 722 Z-score: 675.9 bits: 134.5 E(32554): 2.5e-31 Smith-Waterman score: 722; 33.2% identity (63.3% similar) in 401 aa overlap (27-415:161-552) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MASSSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENPRNGEDQICPK :: :: : . : .: :...::. CCDS14 QCLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQFRKEKCLYCKKDVVVINLQNHEENLCPE 140 150 160 170 180 190 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 ----CRGEDLQSISPGSRLRTQEKAHPEVA-EAGIGCPFAGVGCSFKGSPQSVQEHEVTS : .. . : :.:. : : :: ::: ::. . ...:.:: .. CCDS14 YPVFCPNNCAKII-----LKTEVDEHLAVCPEAEQDCPFKHYGCAVTDKRRNLQQHEHSA 200 210 220 230 240 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 QTSHLNLLLGFMKQWKARLGCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSE :. :.: : . ... :.. .:::. : .: : . . : . .. CCDS14 LREHMRLVLEKNVQLEEQIS-DLHK---SLEQKESKIQQLAETIKKLEKEFKQFAQLFGK 250 260 270 280 290 300 180 190 200 210 220 pF1KE1 SQEELA-LQHFMKE-KLLAELEGKLRVFENIVAVLNKEVEASHLALATSIHQSQL----- . : .: : .. : ::.... . ..: ... . : :.. .... CCDS14 NGSFLPNIQVFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDLRPLMEAVDTVKQKITLLEN 310 320 330 340 350 360 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 DRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESA . .:. ::... . . . . :.: :. ..:.: . ..: ..::.:. . .:.. CCDS14 NDQRLAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTCYNGKLIWKVTDYKMKKREAV 370 380 390 400 410 420 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 CGRTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNK :.:::.:: .:::.. ::.:: : ::::::.:. .::::..:.::::.:.:: ::::.. CCDS14 DGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGRGSHLSLYFVVMRGEFDSLLQWPFRQR 430 440 450 460 470 480 350 360 370 380 390 400 pF1KE1 VTFMLLDQNNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDD ::.:::::..... ...:.:: .:.::.::..: :.::::: : : :.. :.::.::: CCDS14 VTLMLLDQSGKKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIASGCPRFVAHSVLENAKNAYIKDD 490 500 510 520 530 540 410 pF1KE1 TMFLKCIVETST :.::: :. . CCDS14 TLFLKVAVDLTDLEDL 550 >>CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (485 aa) initn: 638 init1: 425 opt: 671 Z-score: 629.5 bits: 125.7 E(32554): 9.6e-29 Smith-Waterman score: 687; 36.0% identity (63.4% similar) in 369 aa overlap (57-415:141-480) 30 40 50 60 70 80 pF1KE1 CQDPKEPRALCCAGCLSENPRNGEDQICPKCRGEDLQSISPGSR---LRTQEKAHPEVAE :. :.: . : . :: . . : : : CCDS55 LALQIYCRNESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKA- 120 130 140 150 160 90 100 110 120 130 140 pF1KE1 AGIGCPFAGVGCSFKGS--PQ-SVQEHEVTSQTSHLNLLLGFMKQWKARLGCGLESGPMA : . . :: : :. ..: . ... . : . ... . .: CCDS55 ----CKYREATCSHCKSQVPMIALQVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEIEIERQKEM 170 180 190 200 210 220 150 160 170 180 190 pF1KE1 LEQNLSD-LQLQAAVEVAGDL--EVDCYRAPCSESQEELALQHFMKEKLLAELEGKLRVF :..: : :.:: ... .. :.: : .. :: :: .. :.... . CCDS55 LRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEE---ADSMKSSV-ESLQNRVTEL 230 240 250 260 270 280 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 ENIVAVLNKEVEASHLALATSIHQSQLDRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSL :.. . :...: :.. .:::.:. .: :. .: :. .. . CCDS55 ESV------DKSAGQVARNTGLLESQLSRH------------DQMLSVHDIRLADMDLRF 290 300 310 320 260 270 280 290 300 310 pF1KE1 RLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACGRTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTG ...: ::..:...::: . :: .:.. :.:.::.: :::. .:::.: :.:::::: : CCDS55 QVLETASYNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMG 330 340 350 360 370 380 320 330 340 350 360 370 pF1KE1 KRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVTFMLLDQ-NNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQS : ::::::.:::::::::::::::..:::.::.:: ..:.: :::.:: .:.::..: . CCDS55 KGTHLSLFFVIMRGEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTG 390 400 410 420 430 440 380 390 400 410 pF1KE1 ETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDTMFLKCIVETST : :.:::::.: . :.. .:.::::.:.: ::.:: CCDS55 EMNIASGCPVFVAQTVLEN--GTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP 450 460 470 480 >>CCDS11243.1 TRAF4 gene_id:9618|Hs108|chr17 (470 aa) initn: 427 init1: 321 opt: 374 Z-score: 355.1 bits: 74.9 E(32554): 1.9e-13 Smith-Waterman score: 423; 37.1% identity (67.0% similar) in 194 aa overlap (231-413:273-463) 210 220 230 240 250 260 pF1KE1 VAVLNKEVEASHLALATSIHQSQLDRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLM :.. ... . .... : : .:.. :. . CCDS11 CNTALVLCPFKDSGCKHRCPKLAMARHVEESVKPHLAMMCALVSRQRQELQELRRELEEL 250 260 270 280 290 300 270 280 290 300 310 320 pF1KE1 EEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACGRTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRT .: ::...::: . :: .:. .. ::::::: :::::: . .:::.:.:. : CCDS11 SVGS-DGVLIWKIGSYGRRLQEAKAKPNLECFSPAFYTHKYGYKLQVSAFLNGNGSGEGT 310 320 330 340 350 360 330 340 350 360 370 pF1KE1 HLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVTFMLLDQNNR-----EHAIDAFRPDLSSASFQRPQ ::::.: .. : .: :: ::: .::: ::::.. .:. ..:.:: . .::.: CCDS11 HLSLYIRVLPGAFDNLLEWPFARRVTFSLLDQSDPGLAKPQHVTETFHPDPNWKNFQKPG 370 380 390 400 410 420 380 390 400 410 pF1KE1 S------ETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDTMFLKCIVETST . :.... : : : .:. . :. ::.::..:.. :: CCDS11 TWRGSLDESSLGFGYPKF--ISHQDIRKRNYVRDDAVFIRAAVELPRKILS 430 440 450 460 470 >>CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11 (522 aa) initn: 330 init1: 147 opt: 373 Z-score: 353.6 bits: 74.7 E(32554): 2.3e-13 Smith-Waterman score: 397; 25.0% identity (55.7% similar) in 456 aa overlap (17-414:65-501) 10 20 30 40 pF1KE1 MASSSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALC----CAGCL : . :: . . .. : : .:. 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CCDS79 PVRQNHEEIMDA-KPEL--LAFQRPTIPRNPKGFGYVTFMHLEALR--QRTFIKDDTLLV 450 460 470 480 490 410 pF1KE1 KCIVETST .: : : CCDS79 RCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV 500 510 520 416 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 21:31:56 2016 done: Sun Nov 6 21:31:56 2016 Total Scan time: 2.920 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]