Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1865
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1865, 386 aa
1>>>pF1KE1865 386 - 386 aa - 386 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0330+/-0.000412; mu= 18.6609+/- 0.025
mean_var=68.0860+/-13.883, 0's: 0 Z-trim(110.7): 50 B-trim: 33 in 1/52
Lambda= 0.155434
statistics sampled from 19020 (19055) to 19020 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.598), E-opt: 0.2 (0.223), width: 16
Scan time: 7.050
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005256012 (OMIM: 217800,605294) PREDICTED: carb ( 395) 1337 309.1 1.2e-83
XP_011521387 (OMIM: 217800,605294) PREDICTED: carb ( 395) 1337 309.1 1.2e-83
NP_067628 (OMIM: 217800,605294) carbohydrate sulfo ( 395) 1337 309.1 1.2e-83
NP_078809 (OMIM: 604817) carbohydrate sulfotransfe ( 411) 1334 308.4 1.9e-83
NP_003645 (OMIM: 603797) carbohydrate sulfotransfe ( 411) 745 176.4 1.1e-43
XP_016873948 (OMIM: 603797) PREDICTED: carbohydrat ( 432) 745 176.4 1.1e-43
XP_006718419 (OMIM: 603797) PREDICTED: carbohydrat ( 432) 745 176.4 1.1e-43
NP_004264 (OMIM: 143095,245600,603799) carbohydrat ( 479) 684 162.7 1.6e-39
XP_006718138 (OMIM: 143095,245600,603799) PREDICTE ( 479) 684 162.7 1.6e-39
XP_011538671 (OMIM: 143095,245600,603799) PREDICTE ( 479) 684 162.7 1.6e-39
NP_004258 (OMIM: 603798) carbohydrate sulfotransfe ( 530) 318 80.7 9e-15
NP_063939 (OMIM: 300375) carbohydrate sulfotransfe ( 486) 317 80.4 9.8e-15
>>XP_005256012 (OMIM: 217800,605294) PREDICTED: carbohyd (395 aa)
initn: 1336 init1: 645 opt: 1337 Z-score: 1622.9 bits: 309.1 E(85289): 1.2e-83
Smith-Waterman score: 1337; 56.8% identity (77.5% similar) in 373 aa overlap (14-376:6-375)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MLLPKKMKLLLFLVSQMAILAL-----FFHMYSHNISSLSMKAQPE-RMHVLVLSSWRSG
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XP_005 MWLPRVSSTAVTALLLAQTFLLLFLVSRPGPSSPAGGEARVHVLVLSSWRSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
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60 70 80 90 100 110
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120 130 140 150 160 170
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pF1KE1 VLKEVRFFNLQSLYPLLKDPSLNLHIVHLVRDPRAVFRSRERTKGDLMIDSRIVMGQHEQ
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XP_005 VLKEVRFFNLQVLYPLLSDPALNLRIVHLVRDPRAVLRSREQTAKALARDNGIVLGTNGT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KLKKEDQPYYVMQVICQSQLEIYK--TIQSLPKALQERYLLVRYEDLARAPVAQTSRMYE
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XP_005 WVEA-DPGLRVVREVCRSHVRIAEAATLKP-PPFLRGRYRLVRFEDLAREPLAEIRALYA
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 FVGLEFLPHLQTWVHNITRGKGMGDH--AFHTNARDALNVSQAWRWSLPYEKVSRLQKAC
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XP_005 FTGLSLTPQLEAWIHNITHGSGPGARREAFKTSSRNALNVSQAWRHALPFAKIRRVQELC
290 300 310 320 330 340
360 370 380
pF1KE1 GDAMNLLGYRHVRSEQEQRNLLLDLLSTWTVPEQIH
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XP_005 AGALQLLGYRPVYSEDEQRNLALDLVLPRGLNGFTWASSTASHPRN
350 360 370 380 390
>>XP_011521387 (OMIM: 217800,605294) PREDICTED: carbohyd (395 aa)
initn: 1336 init1: 645 opt: 1337 Z-score: 1622.9 bits: 309.1 E(85289): 1.2e-83
Smith-Waterman score: 1337; 56.8% identity (77.5% similar) in 373 aa overlap (14-376:6-375)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MLLPKKMKLLLFLVSQMAILAL-----FFHMYSHNISSLSMKAQPE-RMHVLVLSSWRSG
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XP_011 MWLPRVSSTAVTALLLAQTFLLLFLVSRPGPSSPAGGEARVHVLVLSSWRSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SSFVGQLFGQHPDVFYLMEPAWHVWMTFKQSTAWMLHMAVRDLIRAVFLCDMSVFDAYME
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XP_011 SSFVGQLFNQHPDVFYLMEPAWHVWTTLSQGSAATLHMAVRDLVRSVFLCDMDVFDAYL-
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 PGPRRQSSLFQWENSRALCSAPACDIIPQDEIIPRAHCRLLCSQQPFEVVEKACRSYSHV
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XP_011 PWRRNLSDLFQWAVSRALCSPPACSAFPRGAISSEAVCKPLCARQSFTLAREACRSYSHV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 VLKEVRFFNLQSLYPLLKDPSLNLHIVHLVRDPRAVFRSRERTKGDLMIDSRIVMGQHEQ
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XP_011 VLKEVRFFNLQVLYPLLSDPALNLRIVHLVRDPRAVLRSREQTAKALARDNGIVLGTNGT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KLKKEDQPYYVMQVICQSQLEIYK--TIQSLPKALQERYLLVRYEDLARAPVAQTSRMYE
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XP_011 WVEA-DPGLRVVREVCRSHVRIAEAATLKP-PPFLRGRYRLVRFEDLAREPLAEIRALYA
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 FVGLEFLPHLQTWVHNITRGKGMGDH--AFHTNARDALNVSQAWRWSLPYEKVSRLQKAC
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XP_011 FTGLSLTPQLEAWIHNITHGSGPGARREAFKTSSRNALNVSQAWRHALPFAKIRRVQELC
290 300 310 320 330 340
360 370 380
pF1KE1 GDAMNLLGYRHVRSEQEQRNLLLDLLSTWTVPEQIH
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XP_011 AGALQLLGYRPVYSEDEQRNLALDLVLPRGLNGFTWASSTASHPRN
350 360 370 380 390
>>NP_067628 (OMIM: 217800,605294) carbohydrate sulfotran (395 aa)
initn: 1336 init1: 645 opt: 1337 Z-score: 1622.9 bits: 309.1 E(85289): 1.2e-83
Smith-Waterman score: 1337; 56.8% identity (77.5% similar) in 373 aa overlap (14-376:6-375)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MLLPKKMKLLLFLVSQMAILAL-----FFHMYSHNISSLSMKAQPE-RMHVLVLSSWRSG
::. :. :: :. .. . . : : : :.:::::::::::
NP_067 MWLPRVSSTAVTALLLAQTFLLLFLVSRPGPSSPAGGEARVHVLVLSSWRSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SSFVGQLFGQHPDVFYLMEPAWHVWMTFKQSTAWMLHMAVRDLIRAVFLCDMSVFDAYME
::::::::.:::::::::::::::: :..:..: ::::::::.:.::::::.:::::.
NP_067 SSFVGQLFNQHPDVFYLMEPAWHVWTTLSQGSAATLHMAVRDLVRSVFLCDMDVFDAYL-
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 PGPRRQSSLFQWENSRALCSAPACDIIPQDEIIPRAHCRLLCSQQPFEVVEKACRSYSHV
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NP_067 PWRRNLSDLFQWAVSRALCSPPACSAFPRGAISSEAVCKPLCARQSFTLAREACRSYSHV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 VLKEVRFFNLQSLYPLLKDPSLNLHIVHLVRDPRAVFRSRERTKGDLMIDSRIVMGQHEQ
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NP_067 VLKEVRFFNLQVLYPLLSDPALNLRIVHLVRDPRAVLRSREQTAKALARDNGIVLGTNGT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KLKKEDQPYYVMQVICQSQLEIYK--TIQSLPKALQERYLLVRYEDLARAPVAQTSRMYE
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NP_067 WVEA-DPGLRVVREVCRSHVRIAEAATLKP-PPFLRGRYRLVRFEDLAREPLAEIRALYA
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 FVGLEFLPHLQTWVHNITRGKGMGDH--AFHTNARDALNVSQAWRWSLPYEKVSRLQKAC
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NP_067 FTGLSLTPQLEAWIHNITHGSGPGARREAFKTSSRNALNVSQAWRHALPFAKIRRVQELC
290 300 310 320 330 340
360 370 380
pF1KE1 GDAMNLLGYRHVRSEQEQRNLLLDLLSTWTVPEQIH
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NP_067 AGALQLLGYRPVYSEDEQRNLALDLVLPRGLNGFTWASSTASHPRN
350 360 370 380 390
>>NP_078809 (OMIM: 604817) carbohydrate sulfotransferase (411 aa)
initn: 1284 init1: 622 opt: 1334 Z-score: 1619.0 bits: 308.4 E(85289): 1.9e-83
Smith-Waterman score: 1334; 54.1% identity (77.2% similar) in 381 aa overlap (1-376:22-397)
10 20 30
pF1KE1 MLLPK--KMKLLLFLVSQMAILALFFHMYSHNISSLSMK
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NP_078 MGMRARVPKVAHSTRRPPAARMWLPRFSSKTVTVLLLAQTTCLLLF--IISRPGPS-SPA
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 AQPERMHVLVLSSWRSGSSFVGQLFGQHPDVFYLMEPAWHVWMTFKQSTAWMLHMAVRDL
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NP_078 GGEDRVHVLVLSSWRSGSSFLGQLFSQHPDVFYLMEPAWHVWTTLSQGSAATLHMAVRDL
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pF1KE1 IRAVFLCDMSVFDAYMEPGPRRQSSLFQWENSRALCSAPACDIIPQDEIIPRAHCRLLCS
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NP_078 MRSIFLCDMDVFDAYM-PQSRNLSAFFNWATSRALCSPPACSAFPRGTISKQDVCKTLCT
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 QQPFEVVEKACRSYSHVVLKEVRFFNLQSLYPLLKDPSLNLHIVHLVRDPRAVFRSRERT
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NP_078 RQPFSLAREACRSYSHVVLKEVRFFNLQVLYPLLSDPALNLRIVHLVRDPRAVLRSREAA
180 190 200 210 220 230
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pF1KE1 KGDLMIDSRIVMGQHEQKLKKEDQPYYVMQVICQSQLEIYKTIQSLPKA-LQERYLLVRY
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NP_078 GPILARDNGIVLGTN-GKWVEADPHLRLIREVCRSHVRIAEAATLKPPPFLRGRYRLVRF
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pF1KE1 EDLARAPVAQTSRMYEFVGLEFLPHLQTWVHNITRGKGMGD--HAFHTNARDALNVSQAW
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NP_078 EDLAREPLAEIRALYAFTGLTLTPQLEAWIHNITHGSGIGKPIEAFHTSSRNARNVSQAW
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pF1KE1 RWSLPYEKVSRLQKACGDAMNLLGYRHVRSEQEQRNLLLDLLSTWTVPEQIH
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NP_078 RHALPFTKILRVQEVCAGALQLLGYRPVYSADQQRDLTLDLVLPRGPDHFSWASPD
360 370 380 390 400 410
>>NP_003645 (OMIM: 603797) carbohydrate sulfotransferase (411 aa)
initn: 708 init1: 241 opt: 745 Z-score: 905.2 bits: 176.4 E(85289): 1.1e-43
Smith-Waterman score: 745; 36.7% identity (64.8% similar) in 341 aa overlap (42-370:60-396)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 FLVSQMAILALFFHMYSHNISSLSMKAQPERMHVLVLSSWRSGSSFVGQLFGQHPDVFYL
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pF1KE1 MEPAWHVWMT----FKQSTA----WMLHMAVRDLIRAVFLCDMSVFDAYMEPGPRRQSS-
.:: .:: : : :. . .. : :::.:... ::. .. :..: : ...
NP_003 FEPLYHVQNTLIPRFTQGKSPADRRVMLGASRDLLRSLYDCDLYFLENYIKPPPVNHTTD
90 100 110 120 130 140
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pF1KE1 -LFQWENSRALCSAPACDII-PQDEIIPRAHCRLLCSQQPFEVVEKACRSYSHVVLKEVR
.:. ::.::: :.:: : : .. .. : :. . :. .::: :::..: ::
NP_003 RIFRRGASRVLCSRPVCDPPGPADLVLEEGDCVRKCGLLNLTVAAEACRERSHVAIKTVR
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190 200 210 220 230 240
pF1KE1 FFNLQSLYPLLKDPSLNLHIVHLVRDPRAVFRSRERTKGDLMIDSRIVMGQHEQKLKKED
....: :..:: :::....::::::... :: .: : . :. .: . : .
NP_003 VPEVNDLRALVEDPRLNLKVIQLVRDPRGILASRSETFRDTYRLWRLWYGTGR---KPYN
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 QPYYVMQVICQSQLEIYKTIQSLPKALQERYLLVRYEDLARAPVAQTSRMYEFVGLEFLP
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NP_003 LDVTQLTTVCEDFSNSVSTGLMRPPWLKGKYMLVRYEDLARNPMKKTEEIYGFLGIPLDS
270 280 290 300 310 320
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pF1KE1 HLQTWVHNITRGKG-MGDHAFHTNARDALNVSQAWRWSLPYEKVSRLQKACGDAMNLLGY
:. :..: ::: .: : . : .:.. ... ::. : :. :. :.:: ... :::
NP_003 HVARWIQNNTRGDPTLGKHKYGT-VRNSAATAEKWRFRLSYDIVAFAQNACQQVLAQLGY
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360 370 380
pF1KE1 RHVRSEQEQRNLLLDLLSTWTVPEQIH
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NP_003 KIAASEEELKNPSVSLVEERDFRPFS
390 400 410
>>XP_016873948 (OMIM: 603797) PREDICTED: carbohydrate su (432 aa)
initn: 687 init1: 241 opt: 745 Z-score: 904.9 bits: 176.4 E(85289): 1.1e-43
Smith-Waterman score: 745; 36.7% identity (64.8% similar) in 341 aa overlap (42-370:60-396)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 FLVSQMAILALFFHMYSHNISSLSMKAQPERMHVLVLSSWRSGSSFVGQLFGQHPDVFYL
. :.:.:.. :::::::::::.:: :::::
XP_016 SFHTCPGLAEAGLAERLCEESPTFAYNLSRKTHILILATTRSGSSFVGQLFNQHLDVFYL
30 40 50 60 70 80
80 90 100 110 120
pF1KE1 MEPAWHVWMT----FKQSTA----WMLHMAVRDLIRAVFLCDMSVFDAYMEPGPRRQSS-
.:: .:: : : :. . .. : :::.:... ::. .. :..: : ...
XP_016 FEPLYHVQNTLIPRFTQGKSPADRRVMLGASRDLLRSLYDCDLYFLENYIKPPPVNHTTD
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 -LFQWENSRALCSAPACDII-PQDEIIPRAHCRLLCSQQPFEVVEKACRSYSHVVLKEVR
.:. ::.::: :.:: : : .. .. : :. . :. .::: :::..: ::
XP_016 RIFRRGASRVLCSRPVCDPPGPADLVLEEGDCVRKCGLLNLTVAAEACRERSHVAIKTVR
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 FFNLQSLYPLLKDPSLNLHIVHLVRDPRAVFRSRERTKGDLMIDSRIVMGQHEQKLKKED
....: :..:: :::....::::::... :: .: : . :. .: . : .
XP_016 VPEVNDLRALVEDPRLNLKVIQLVRDPRGILASRSETFRDTYRLWRLWYGTGR---KPYN
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 QPYYVMQVICQSQLEIYKTIQSLPKALQERYLLVRYEDLARAPVAQTSRMYEFVGLEFLP
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XP_016 LDVTQLTTVCEDFSNSVSTGLMRPPWLKGKYMLVRYEDLARNPMKKTEEIYGFLGIPLDS
270 280 290 300 310 320
310 320 330 340 350
pF1KE1 HLQTWVHNITRGKG-MGDHAFHTNARDALNVSQAWRWSLPYEKVSRLQKACGDAMNLLGY
:. :..: ::: .: : . : .:.. ... ::. : :. :. :.:: ... :::
XP_016 HVARWIQNNTRGDPTLGKHKYGT-VRNSAATAEKWRFRLSYDIVAFAQNACQQVLAQLGY
330 340 350 360 370 380
360 370 380
pF1KE1 RHVRSEQEQRNLLLDLLSTWTVPEQIH
. . ::.: .:
XP_016 KIAASEEELKNPSSVVMLSVCLSLVAAPGPVMTDESYELLIDLGVHL
390 400 410 420 430
>>XP_006718419 (OMIM: 603797) PREDICTED: carbohydrate su (432 aa)
initn: 687 init1: 241 opt: 745 Z-score: 904.9 bits: 176.4 E(85289): 1.1e-43
Smith-Waterman score: 745; 36.7% identity (64.8% similar) in 341 aa overlap (42-370:60-396)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 FLVSQMAILALFFHMYSHNISSLSMKAQPERMHVLVLSSWRSGSSFVGQLFGQHPDVFYL
. :.:.:.. :::::::::::.:: :::::
XP_006 SFHTCPGLAEAGLAERLCEESPTFAYNLSRKTHILILATTRSGSSFVGQLFNQHLDVFYL
30 40 50 60 70 80
80 90 100 110 120
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]