FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1232, 365 aa 1>>>pF1KE1232 365 - 365 aa - 365 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3645+/-0.00101; mu= 7.8908+/- 0.059 mean_var=270.9048+/-60.749, 0's: 0 Z-trim(111.7): 774 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.077923 statistics sampled from 11650 (12592) to 11650 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.734), E-opt: 0.2 (0.387), width: 16 Scan time: 1.930 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS45019.1 GTF3A gene_id:2971|Hs108|chr13 ( 365) 2580 303.5 1.9e-82 CCDS44202.1 ZNF697 gene_id:90874|Hs108|chr1 ( 545) 507 70.7 3.4e-12 CCDS59418.1 ZNF615 gene_id:284370|Hs108|chr19 ( 742) 470 66.7 7.2e-11 CCDS46102.1 ZNF226 gene_id:7769|Hs108|chr19 ( 803) 470 66.8 7.5e-11 CCDS14279.1 ZNF41 gene_id:7592|Hs108|chrX ( 779) 469 66.6 8e-11 CCDS75077.1 ZNF595 gene_id:152687|Hs108|chr4 ( 465) 465 65.9 8.1e-11 CCDS75076.1 ZNF595 gene_id:152687|Hs108|chr4 ( 616) 465 66.1 9.6e-11 CCDS75075.1 ZNF595 gene_id:152687|Hs108|chr4 ( 648) 465 66.1 9.9e-11 >>CCDS45019.1 GTF3A gene_id:2971|Hs108|chr13 (365 aa) initn: 2580 init1: 2580 opt: 2580 Z-score: 1593.7 bits: 303.5 E(32554): 1.9e-82 Smith-Waterman score: 2580; 100.0% identity (100.0% similar) in 365 aa overlap (1-365:1-365) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MDPPAVVAESVSSLTIADAFIAAGESSAPTPPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 MDPPAVVAESVSSLTIADAFIAAGESSAPTPPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAH 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 LCKHTGERPFVCDYEGCGKAFIRDYHLSRHILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 LCKHTGERPFVCDYEGCGKAFIRDYHLSRHILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKH 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 FERKHENQQKQYICSFEDCKKTFKKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 FERKHENQQKQYICSFEDCKKTFKKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLK 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 RHAKAHEGYVCQKGCSFVAKTWTELLKHVRETHKEEILCEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 RHAKAHEGYVCQKGCSFVAKTWTELLKHVRETHKEEILCEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHA 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 PERDVCRCPREGCGRTYTTVFNLQSHILSFHEESRPFVCEHAGCGKTFAMKQSLTRHAVV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 PERDVCRCPREGCGRTYTTVFNLQSHILSFHEESRPFVCEHAGCGKTFAMKQSLTRHAVV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 HDPDKKKMKLKVKKSREKRSLASHLSGYIPPKRKQGQGLSLCQNGESPNCVEDKMLSTVA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 HDPDKKKMKLKVKKSREKRSLASHLSGYIPPKRKQGQGLSLCQNGESPNCVEDKMLSTVA 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 VLTLG ::::: CCDS45 VLTLG >>CCDS44202.1 ZNF697 gene_id:90874|Hs108|chr1 (545 aa) initn: 184 init1: 142 opt: 507 Z-score: 332.5 bits: 70.7 E(32554): 3.4e-12 Smith-Waterman score: 507; 30.3% identity (57.0% similar) in 337 aa overlap (1-324:222-539) 10 20 30 pF1KE1 MDPPAVVAESVSSLTIADAFIAAGESSAPT ..: ....: . . . . .:.: ...: CCDS44 PDCGESFSPGAAFLQHQRIHRLAEAAAAASLEPFGLAGECDAMVGMMGVGVAGGFGAGPP 200 210 220 230 240 250 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 PPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAHLCKHTGERPFVCDYEGCGKAFIRDYHLSRH :: . : :. .:. ..:. : :: :::::: .: :::.: : .: CCDS44 LARPPREKPFRCG--ECGKGFSRNTYLTNHLRLHTGERPNLC--ADCGKSFSWRADLLKH 260 270 280 290 300 100 110 120 130 140 pF1KE1 ILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKHFERKHENQQ-------KQYICSFEDCKKTF ::::::. : : . :. .:.: .: .: : . . . :. .: : : CCDS44 RRLHTGEKPYPCPE--CGEAFSLSSHLLSH-RRAHAAASGAGAAALRPFACG--ECGKGF 310 320 330 340 350 360 150 160 170 180 190 200 pF1KE1 KKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLKRHAKAHEG---YVCQKGCSFVAK ....: :: ::.: : . :::.:. : : .: ..: : :.:.. :. . . 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CCDS75 -EECGKAFTRSTTLNEHKKIHTGEKPYKC--EECGKAFIWSASLNEHKNIHTGEKPYKCK 280 290 300 310 320 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 KGCSFVAKTWTELLKHVRETHKEEIL--CEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHAPERDVCRCPR . :. . . . :. : : :.:. : :: : :.: :. :..: : :. :. .: . CCDS75 E-CGKAFNQSSGLIIH-RSIHSEQKLYKCEECGKAFTRSTALNEHKKIHSGEKPY-KCKE 330 340 350 360 370 380 260 270 280 290 300 310 pF1KE1 EGCGRTYTTVFNLQSHILSFHEESRPFVCEHAGCGKTFAMKQSLTRHAVVHDPDKKKMKL ::..:. .: .: .: .::.::. :::.: ..:::.: ..: .: CCDS75 --CGKAYNLSSTLTKHK-RIHTGEKPFTCEE--CGKAFNWSSSLTKHKIIHTGEKSYKCE 390 400 410 420 430 440 320 330 340 350 360 pF1KE1 KVKKSREKRSLASHLSGYIPPKRKQGQGLSLCQNGESPNCVEDKMLSTVAVLTLG CCDS75 ECGKAFNRPSTLTVHKRIHTGKEHS 450 460 >>CCDS75076.1 ZNF595 gene_id:152687|Hs108|chr4 (616 aa) initn: 911 init1: 132 opt: 465 Z-score: 306.4 bits: 66.1 E(32554): 9.6e-11 Smith-Waterman score: 563; 37.4% identity (61.9% similar) in 265 aa overlap (46-305:340-586) 20 30 40 50 60 70 pF1KE1 IADAFIAAGESSAPTPPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAHLCKHTGERPFVCDYE .:. .. . .:. : ::::.:..: : CCDS75 CEKCGKAFNQSSSLIIHRSIHSEQKLYKCEECGKAFTWSSSLNKHKRIHTGEKPYTC--E 310 320 330 340 350 360 80 90 100 110 120 130 pF1KE1 GCGKAFIRDYHLSRHILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKHFERKHENQQKQYICS ::::: :. ::..: ::::::..: : . :: .:.: : .: : . :: : : CCDS75 ECGKAFYRSSHLAKHKRIHTGEKPYTCEE--CGKAFNQSSTLILH-KRIH-SGQKPYKC- 370 380 390 400 410 420 140 150 160 170 180 190 pF1KE1 FEDCKKTFKKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLKRHAKAHEG---YVCQ :.: :.: . :. :. ::.: .:: : ::: : ..:..: . : : : :. CCDS75 -EECGKAFTRSTTLNEHKKIHTGEKPYKC--EECGKAFIWSASLNEHKNIHTGEKPYKCK 430 440 450 460 470 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 KGCSFVAKTWTELLKHVRETHKEEIL--CEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHAPERDVCRCPR . :. . . . :. : : :.:. : :: : :.: :. :..: : :. :. .: . 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