Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2058
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2058, 698 aa
1>>>pF1KE2058 698 - 698 aa - 698 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7335+/-0.000951; mu= 17.2777+/- 0.057
mean_var=73.2084+/-14.489, 0's: 0 Z-trim(105.1): 25 B-trim: 3 in 1/50
Lambda= 0.149897
statistics sampled from 8227 (8240) to 8227 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.253), width: 16
Scan time: 2.800
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3080.1 TF gene_id:7018|Hs108|chr3 ( 698) 4873 1063.7 0
CCDS82763.1 LTF gene_id:4057|Hs108|chr3 ( 708) 1996 441.5 2e-123
CCDS56251.1 LTF gene_id:4057|Hs108|chr3 ( 666) 1862 412.5 1e-114
CCDS33747.1 LTF gene_id:4057|Hs108|chr3 ( 710) 1862 412.5 1.1e-114
CCDS3325.1 MELTF gene_id:4241|Hs108|chr3 ( 738) 605 140.7 7.4e-33
CCDS3326.1 MELTF gene_id:4241|Hs108|chr3 ( 302) 473 112.0 1.3e-24
>>CCDS3080.1 TF gene_id:7018|Hs108|chr3 (698 aa)
initn: 4873 init1: 4873 opt: 4873 Z-score: 5691.9 bits: 1063.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4873; 99.9% identity (100.0% similar) in 698 aa overlap (1-698:1-698)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRLAVGALLVCAVLGLCLAVPDKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVK
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CCDS30 MRLAVGALLVCAVLGLCLAVPDKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 KASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 KASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 KKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 KKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 ADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 QYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 FQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 VKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 CGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWN
:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 CGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAIAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 IPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 IPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 RCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLAR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 APNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 APNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKL
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KE2 HDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 HDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
670 680 690
>>CCDS82763.1 LTF gene_id:4057|Hs108|chr3 (708 aa)
initn: 2364 init1: 626 opt: 1996 Z-score: 2329.4 bits: 441.5 E(32554): 2e-123
Smith-Waterman score: 2893; 60.5% identity (80.8% similar) in 714 aa overlap (1-697:1-707)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRLAVGALLVCAVLGLCLAVPDKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVK
:.:. .:: ..:::::: ..:.:::::. ::::: ... .:..: :: :.:.:
CCDS82 MKLVFLVLLFLGALGLCLAGRRRSVQWCAVSQPEATKCFQWQRNMRKV---RGPPVSCIK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 KASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVV
. : ..::.::: :.:::::::.:..:.: ::: .:.::.:: ::....:.: :::::::
CCDS82 RDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE2 KKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLL--YCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCA
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CCDS82 KKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 PCADGTDFPQLCQLCPG-----CGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENL
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CCDS82 PGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 ANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHF
...:.::.::::: ::::::::..::::::.::::.:::::..:::: ::.:: ::::.:
CCDS82 SDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 GKDKSKEFQLFSSPHG-KDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPE
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CCDS82 GKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRK-SEEE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 APTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDG
. . . . : :::....: ::..:: : :.. : :: ::::::: ..::::::::::
CCDS82 VAARRAR-VVWCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIA--LKGEADAMSLDG
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE2 GFVYIAGKCGLVPVLAENYNK---SD---NCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGK
:.:: ::::::::::::::.. :: :: : : ::.:::::..: ..:::...:::
CCDS82 GYVYTAGKCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGK
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE2 KSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGS--GLNL
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CCDS82 KSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNLCALCIGDEQGENK
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KE2 CEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEK-GDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCL
: ::..: :::::::::::.:. ::::::: :: ::: :.: . :::.:. :. ::::
CCDS82 CVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNEAWAKDLKLADFALLCL
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KE2 DGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRS
:: :::: : .:::: :::::::.: :: ....: .:: :: : .:: .::::.:
CCDS82 DGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRMDKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQS
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690
pF1KE2 ETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
:::.::: :.: :::.:: ..::::::: .:: .. ::.::::: ::::: : :
CCDS82 ETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK
660 670 680 690 700
>>CCDS56251.1 LTF gene_id:4057|Hs108|chr3 (666 aa)
initn: 2515 init1: 626 opt: 1862 Z-score: 2173.2 bits: 412.5 E(32554): 1e-114
Smith-Waterman score: 2776; 61.8% identity (81.6% similar) in 662 aa overlap (53-697:6-665)
30 40 50 60 70 80
pF1KE2 KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLD
:: :.:.:. : ..::.::: :.:::::::
CCDS56 MRKVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLD
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KE2 AGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLG
.:..:.: ::: .:.::.:: ::....:.: ::::::::: ..::.:.:.: :::::::
CCDS56 GGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLR
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190
pF1KE2 RSAGWNIPIGLL--YCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPG-----
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CCDS56 RTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENK
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 CGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVD
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CCDS56 CAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVD
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KE2 EYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHG-KDLLF
..::::::.::::.:::::..:::: ::.:: ::::.:::::: .::::.:: : :::::
CCDS56 KFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLF
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KE2 KDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKC
:::: :: .::::.:. .::: : :::.:::. . :. . . . : :::....: ::
CCDS56 KDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRK-SEEEVAARRAR-VVWCAVGEQELRKC
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KE2 DEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNK-
..:: : :.. : :: ::::::: ...:::::::::::.:: ::::::::::::::..
CCDS56 NQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLDGGYVYTAGKCGLVPVLAENYKSQ
340 350 360 370 380 390
440 450 460 470 480
pF1KE2 --SD---NCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYN
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CCDS56 QSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFN
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 KINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGS--GLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEK
. . :.:::.::..::::: :.:: ::.:. : : : ::..: :::::::::::.:.
CCDS56 QTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNLCALCIGDEQGENKCVPNSNERYYGYTGAFRCLAEN
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 -GDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHA
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CCDS56 AGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNEAWAKDLKLADFALLCLDGKRKPVTEARSCHLAMAPNHA
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 VVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNT
::.: :: ....: .:: :: : .:: .::::.::::.::: :.: :::.:: ..:
CCDS56 VVSRMDKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQSETKNLLFNDNTECLARLHGKTT
580 590 600 610 620 630
670 680 690
pF1KE2 YEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
:::::: .:: .. ::.::::: ::::: : :
CCDS56 YEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK
640 650 660
>>CCDS33747.1 LTF gene_id:4057|Hs108|chr3 (710 aa)
initn: 2674 init1: 626 opt: 1862 Z-score: 2172.7 bits: 412.5 E(32554): 1.1e-114
Smith-Waterman score: 2908; 60.5% identity (81.0% similar) in 714 aa overlap (1-697:1-709)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRLAVGALLVCAVLGLCLAVPDKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVK
:.:. .:: ..:::::: ..:.:::::. ::::: ... .:..: :: :.:.:
CCDS33 MKLVFLVLLFLGALGLCLAGRRRSVQWCAVSQPEATKCFQWQRNMRKV---RGPPVSCIK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 KASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVV
. : ..::.::: :.:::::::.:..:.: ::: .:.::.:: ::....:.: :::::::
CCDS33 RDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE2 KKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLL--YCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCA
:: ..::.:.:.: ::::::: :.::::.::: : . . : .:.: ::: :::.::.
CCDS33 KKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 PCADGTDFPQLCQLCPG-----CGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENL
: :: .::.::.:: : :. :. . ::.::::::::.::::::::...::.::.:
CCDS33 PGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 ANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHF
...:.::.::::: ::::::::..::::::.::::.:::::..:::: ::.:: ::::.:
CCDS33 SDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 GKDKSKEFQLFSSPHG-KDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPE
::::: .::::.:: : ::::::::: :: .::::.:. .::: : :::.:::. . :
CCDS33 GKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRK-SEEE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 APTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDG
. . . . : :::....: ::..:: : :.. : :: ::::::: ...::::::::::
CCDS33 VAARRAR-VVWCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLDG
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE2 GFVYIAGKCGLVPVLAENYNK---SD---NCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGK
:.:: ::::::::::::::.. :: :: : : ::.:::::..: ..:::...:::
CCDS33 GYVYTAGKCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGK
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE2 KSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGS--GLNL
::::::: ::::::::::::.:. . :.:::.::..::::: :.:: ::.:. : :
CCDS33 KSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNLCALCIGDEQGENK
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KE2 CEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEK-GDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCL
: ::..: :::::::::::.:. ::::::: :: ::: :.: . :::.:. :. ::::
CCDS33 CVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNEAWAKDLKLADFALLCL
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KE2 DGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRS
:: :::: : .:::: :::::::.: :: ....: .:: :: : .:: .::::.:
CCDS33 DGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRMDKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQS
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690
pF1KE2 ETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
:::.::: :.: :::.:: ..::::::: .:: .. ::.::::: ::::: : :
CCDS33 ETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK
660 670 680 690 700 710
>>CCDS3325.1 MELTF gene_id:4241|Hs108|chr3 (738 aa)
initn: 934 init1: 277 opt: 605 Z-score: 703.4 bits: 140.7 E(32554): 7.4e-33
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...: .. :.: ::::::..:..:::.:.: : . : . :::...:.:::.
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.
CCDS33 QHCMERIQAEQVDAVTLSGEDIYTAGKTYGLVPAAGEHYAPEDSSNSYYVVAVVRRDSSH
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>--
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730
>>CCDS3326.1 MELTF gene_id:4241|Hs108|chr3 (302 aa)
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]