Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1240
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1240, 427 aa
1>>>pF1KE1240 427 - 427 aa - 427 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6594+/-0.00114; mu= 15.0720+/- 0.068
mean_var=65.5009+/-13.134, 0's: 0 Z-trim(102.6): 27 B-trim: 210 in 1/47
Lambda= 0.158471
statistics sampled from 7019 (7032) to 7019 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.578), E-opt: 0.2 (0.216), width: 16
Scan time: 2.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8339.1 ACAT1 gene_id:38|Hs108|chr11 ( 427) 2715 630.0 1.4e-180
CCDS5268.1 ACAT2 gene_id:39|Hs108|chr6 ( 397) 1031 244.9 1e-64
CCDS11939.1 ACAA2 gene_id:10449|Hs108|chr18 ( 397) 876 209.5 4.7e-54
CCDS2673.1 ACAA1 gene_id:30|Hs108|chr3 ( 424) 663 160.8 2.3e-39
CCDS62872.1 HADHB gene_id:3032|Hs108|chr2 ( 452) 258 68.2 1.8e-11
CCDS1722.1 HADHB gene_id:3032|Hs108|chr2 ( 474) 257 68.0 2.2e-11
>>CCDS8339.1 ACAT1 gene_id:38|Hs108|chr11 (427 aa)
initn: 2715 init1: 2715 opt: 2715 Z-score: 3355.6 bits: 630.0 E(32554): 1.4e-180
Smith-Waterman score: 2715; 100.0% identity (100.0% similar) in 427 aa overlap (1-427:1-427)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAVLAALLRSGARSRSPLLRRLVQEIRYVERSYVSKPTLKEVVIVSATRTPIGSFLGSLS
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CCDS83 MAVLAALLRSGARSRSPLLRRLVQEIRYVERSYVSKPTLKEVVIVSATRTPIGSFLGSLS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LLPATKLGSIAIQGAIEKAGIPKEEVKEAYMGNVLQGGEGQAPTRQAVLGAGLPISTPCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LLPATKLGSIAIQGAIEKAGIPKEEVKEAYMGNVLQGGEGQAPTRQAVLGAGLPISTPCT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TINKVCASGMKAIMMASQSLMCGHQDVMVAGGMESMSNVPYVMNRGSTPYGGVKLEDLIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 TINKVCASGMKAIMMASQSLMCGHQDVMVAGGMESMSNVPYVMNRGSTPYGGVKLEDLIV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 KDGLTDVYNKIHMGSCAENTAKKLNIARNEQDAYAINSYTRSKAAWEAGKFGNEVIPVTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 KDGLTDVYNKIHMGSCAENTAKKLNIARNEQDAYAINSYTRSKAAWEAGKFGNEVIPVTV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TVKGQPDVVVKEDEEYKRVDFSKVPKLKTVFQKENGTVTAANASTLNDGAAALVLMTADA
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CCDS83 TVKGQPDVVVKEDEEYKRVDFSKVPKLKTVFQKENGTVTAANASTLNDGAAALVLMTADA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 AKRLNVTPLARIVAFADAAVEPIDFPIAPVYAASMVLKDVGLKKEDIAMWEVNEAFSLVV
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CCDS83 AKRLNVTPLARIVAFADAAVEPIDFPIAPVYAASMVLKDVGLKKEDIAMWEVNEAFSLVV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 LANIKMLEIDPQKVNINGGAVSLGHPIGMSGARIVGHLTHALKQGEYGLASICNGGGGAS
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CCDS83 LANIKMLEIDPQKVNINGGAVSLGHPIGMSGARIVGHLTHALKQGEYGLASICNGGGGAS
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 AMLIQKL
:::::::
CCDS83 AMLIQKL
>>CCDS5268.1 ACAT2 gene_id:39|Hs108|chr6 (397 aa)
initn: 994 init1: 395 opt: 1031 Z-score: 1275.4 bits: 244.9 E(32554): 1e-64
Smith-Waterman score: 1031; 43.8% identity (74.4% similar) in 390 aa overlap (42-426:8-396)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 ARSRSPLLRRLVQEIRYVERSYVSKPTLKEVVIVSATRTPIGSFLGSLSLLPATKLGSIA
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CCDS52 MNAGSDPVVIVSAARTIIGSFNGALAAVPVQDLGSTV
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KE1 IQGAIEKAGIPKEEVKEAYMGNVLQGGEGQAPTRQAVLGAGLPISTPCTTINKVCASGMK
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CCDS52 IKEVLKRATVAPEDVSEVIFGHVLAAGCGQNPVRQASVGAGIPYSVPAWSCQMICGSGLK
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KE1 AIMMASQSLMCGHQDVMVAGGMESMSNVPYVMN-RGSTPYGGVKLEDLIVKDGLTDVYNK
:. .: ::. : ....::::::.::..:.. : .. : . : : :. :::::....
CCDS52 AVCLAVQSIGIGDSSIVVAGGMENMSKAPHLAYLRTGVKIGEMPLTDSILCDGLTDAFHN
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KE1 IHMGSCAENTAKKLNIARNEQDAYAINSYTRSKAAWEAGKFGNEVIPVTVTVKGQPDVVV
::: :::.::: ...:..:: :. : .:.. : .::.: .:..:: :... . . :
CCDS52 CHMGITAENVAKKWQVSREDQDKVAVLSQNRTENAQKAGHFDKEIVPVLVSTR-KGLIEV
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300
pF1KE1 KEDEEYKR-VDFSKVPKLKTVFQKEN-GTVTAANASTLNDGAAALVLMTADAAKRLNVTP
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CCDS52 KTDEFPRHGSNIEAMSKLKPYFLTDGTGTVTPANASGINDGAAAVVLMKKSEADKRGLTP
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 LARIVAFADAAVEPIDFPIAPVYAASMVLKDVGLKKEDIAMWEVNEAFSLVVLANIKMLE
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CCDS52 LARIVSWSQVGVEPSIMGIGPIPAIKQAVTKAGWSLEDVDIFEINEAFAAVSAAIVKELG
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 IDPQKVNINGGAVSLGHPIGMSGARIVGHLTHAL-KQGE-YGLASICNGGGGASAMLIQK
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CCDS52 LNPEKVNIEGGAIALGHPLGASGCRILVTLLHTLERMGRSRGVAALCIGGGMGIAMCVQR
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 L
CCDS52 E
>>CCDS11939.1 ACAA2 gene_id:10449|Hs108|chr18 (397 aa)
initn: 657 init1: 401 opt: 876 Z-score: 1083.9 bits: 209.5 E(32554): 4.7e-54
Smith-Waterman score: 876; 41.6% identity (70.1% similar) in 394 aa overlap (39-425:4-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 RSGARSRSPLLRRLVQEIRYVERSYVSKPTLKEVVIVSATRTPIGSFLGSLSLLPATKLG
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CCDS11 MALLRGVFVVAAKRTPFGAYGGLLKDFTATDLS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 SIAIQGAIEKAGIPKEEVKEAYMGNVLQGGEGQAP-TRQAVLGAGLPISTPCTTINKVCA
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CCDS11 EFAAKAALSAGKVSPETVDSVIMGNVLQSSSDAIYLARHVGLRVGIPKETPALTINRLCG
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SGMKAIMMASQSLMCGHQDVMVAGGMESMSNVPY-VMN-RGSTPYGG-VKLEDLIVKDGL
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CCDS11 SGFQSIVNGCQEICVKEAEVVLCGGTESMSQAPYCVRNVRFGTKLGSDIKLEDSLWVS-L
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 TDVYNKIHMGSCAENTAKKLNIARNEQDAYAINSYTRSKAAWEAGKFGNEVIPVTV-TVK
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CCDS11 TDQHVQLPMAMTAENLAVKHKISREECDKYALQSQQRWKAANDAGYFNDEMAPIEVKTKK
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 GQPDVVVKEDEEYKRVDFSKVPKLKTVFQKENGTVTAANASTLNDGAAALVLMTADAAKR
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CCDS11 GKQTMQVDEHAR-PQTTLEQLQKLPPVFKKD-GTVTAGNASGVADGAGAVIIASEDAVKK
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 LNVTPLARIVAFADAAVEPIDFPIAPVYAASMVLKDVGLKKEDIAMWEVNEAFSLVVLAN
: :::::::.. .. .: . :.:: : : .:: .::. .:. . ::::::. ::
CCDS11 HNFTPLARIVGYFVSGCDPSIMGIGPVPAISGALKKAGLSLKDMDLVEVNEAFAPQYLAV
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 IKMLEIDPQKVNINGGAVSLGHPIGMSGARIVGHLTHALKQ--GEYGLASICNGGGGASA
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CCDS11 ERSLDLDISKTNVNGGAIALGHPLGGSGSRITAHLVHELRRRGGKYAVGSACIGGGQGIA
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 MLIQKL
..::
CCDS11 VIIQSTA
>>CCDS2673.1 ACAA1 gene_id:30|Hs108|chr3 (424 aa)
initn: 594 init1: 309 opt: 663 Z-score: 820.2 bits: 160.8 E(32554): 2.3e-39
Smith-Waterman score: 663; 33.6% identity (64.9% similar) in 402 aa overlap (32-423:28-419)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 AVLAALLRSGARSRSPLLRRLVQEIRYVERSYVSKPTLKEVVIVSATRTPIG-SFLGSLS
: . . . .::.: . :: : . :...
CCDS26 MQRLQVVLGHLRGPADSGWMPQAAPCLSGAPQASAADVVVVHGRRTAICRAGRGGFK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LLPATKLGSIAIQGAIEKAGIPKEEVKEAYMGNVLQGGEGQAPTRQAVLGAGLPISTPCT
.: : .. .... ... :.. . .::::: : : .: : . . .: ..: .
CCDS26 DTTPDELLSAVMTAVLKDVNLRPEQLGDICVGNVLQPGAGAIMARIAQFLSDIPETVPLS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TINKVCASGMKAIMMASQSLMCGHQDVMVAGGMESMSNVPYVMNRGSTPYGGVKLEDLIV
:.:. :.::..:. . .. : :. .: :.:::: . .::. : : :.
CCDS26 TVNRQCSSGLQAVASIAGGIRNGSYDIGMACGVESMS----LADRGN-P--GNITSRLME
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 KDGLTDVYNKIHMGSCAENTAKKLNIARNEQDAYAINSYTRSKAAWEAGKFGNEVIPVTV
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CCDS26 KEKARDCL--IPMGITSENVAERFGISREKQDTFALASQQKAARAQSKGCFQAEIVPVTT
180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KE1 TV---KG-QPDVVVKEDEEYK-RVDFSKVPKLKTVFQKENGTVTAANASTLNDGAAALVL
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CCDS26 TVHDDKGTKRSITVTQDEGIRPSTTMEGLAKLKPAFKKD-GSTTAGNSSQVSDGAAAILL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 MTADAAKRLNVTPLARIVAFADAAVEPIDFPIAPVYAASMVLKDVGLKKEDIAMWEVNEA
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CCDS26 ARRSKAEELGLPILGVLRSYAVVGVPPDIMGIGPAYAIPVALQKAGLTVSDVDIFEINEA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 FSLVVLANIKMLEIDPQKVNINGGAVSLGHPIGMSGARIVGHLTHALKQ-GE--YGLASI
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CCDS26 FASQAAYCVEKLRLPPEKVNPLGGAVALGHPLGCTGARQVITLLNELKRRGKRAYGVVSM
350 360 370 380 390 400
420
pF1KE1 CNGGG-GASAMLIQKL
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CCDS26 CIGTGMGAAAVFEYPGN
410 420
>>CCDS62872.1 HADHB gene_id:3032|Hs108|chr2 (452 aa)
initn: 643 init1: 253 opt: 258 Z-score: 319.4 bits: 68.2 E(32554): 1.8e-11
Smith-Waterman score: 650; 31.9% identity (60.7% similar) in 448 aa overlap (18-425:8-448)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAVLAALLRSGARSRSPLLRRLVQEIRYVERSYVSKPTLKEVVIVSATRTP-IGSFLGSL
:: . .. .. ..::....::.:...::: . : .
CCDS62 MTLVSGWLLYGWIIAVQTKTKKTLAKPNIRNVVVVDGVRTPFLLSGTSYK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SLLPATKLGSIAIQGAIEKAGIPKEEVKEAYMGNVLQGGEGQAPTRQAVLGAGLPISTPC
.:.: :. :. : ......::: : .:.:.: . . .:.:.::::. .::
CCDS62 DLMPHD-LARAALTGLLHRTSVPKEVVDYIIFGTVIQEVKTSNVAREAALGAGFSDKTPA
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 TTINKVCASGMKAIMMASQSLMCGHQDVMVAGGMESMSNVPYVMNR---------GSTPY
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CCDS62 HTVTMACISANQAMTTGVGLIASGQCDVIVAGGVELMSDVPIRHSRKMRKLMLDLNKAKS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE1 GGVKLEDLIVK----------DGLTDVYNKIHMGSCAENTAKKLNIARNEQDAYAINSYT
: .: .:: : .... .. :: :. : . ..: ::: ::. :..
CCDS62 MGQRL-SLISKFRFNFLAPELPAVSEFSTSETMGHSADRLAAAFAVSRLEQDEYALRSHS
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 RSKAAWEAGKFGNEVIPVTVTVKGQPDVVVKEDEEYKRVDFSKVPKLKTVFQKENGTVTA
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CCDS62 LAKKAQDEGLL-SDVVPFKVPGK---DTVTK-DNGIRPSSLEQMAKLKPAFIKPYGTVTA
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KE1 ANASTLNDGAAALVLMTADAAKRLNVTPLARIVAFADAAVEPID-FPIAPVYAASMVLKD
::.: :.:::.:...:. . : .. : : . : .. .: : . ..:.::. ::.
CCDS62 ANSSFLTDGASAMLIMAEEKALAMGYKPKAYLRDFMYVSQDPKDQLLLGPTYATPKVLEK
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380
pF1KE1 VGLKKEDIAMWEVNEAFSLVVLANIKMLEID---------------P--QKVNINGGAVS
.:: .:: .: .:::: .:::.: .. : : .: : ::..:
CCDS62 AGLTMNDIDAFEFHEAFSGQILANFKAMDSDWFAENYMGRKTKVGLPPLEKFNNWGGSLS
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420
pF1KE1 LGHPIGMSGARIVGHLTHALKQ--GEYGLASICNGGGGASAMLIQKL
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CCDS62 LGHPFGATGCRLVMAAANRLRKEGGQYGLVAACAAGGQGHAMIVEAYPK
410 420 430 440 450
>>CCDS1722.1 HADHB gene_id:3032|Hs108|chr2 (474 aa)
initn: 640 init1: 250 opt: 257 Z-score: 317.8 bits: 68.0 E(32554): 2.2e-11
Smith-Waterman score: 649; 31.9% identity (60.9% similar) in 445 aa overlap (21-425:33-470)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAVLAALLRSGARSRSPLLRRLVQEIRYVERSYVSKPTLKEVVIVSATRT
: . .. .. ..::....::.:...::
CCDS17 ILTYPFKNLPTASKWALRFSIRPLSCSSQLRAAPAVQTKTKKTLAKPNIRNVVVVDGVRT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE1 P-IGSFLGSLSLLPATKLGSIAIQGAIEKAGIPKEEVKEAYMGNVLQGGEGQAPTRQAVL
: . : . .:.: :. :. : ......::: : .:.:.: . . .:.:.:
CCDS17 PFLLSGTSYKDLMPHD-LARAALTGLLHRTSVPKEVVDYIIFGTVIQEVKTSNVAREAAL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 GAGLPISTPCTTINKVCASGMKAIMMASQSLMCGHQDVMVAGGMESMSNVPYVMNR----
:::. .:: :.. .: :. .:. . . :. ::.::::.: ::.:: .:
CCDS17 GAGFSDKTPAHTVTMACISANQAMTTGVGLIASGQCDVIVAGGVELMSDVPIRHSRKMRK
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KE1 -----GSTPYGGVKLEDLIVK----------DGLTDVYNKIHMGSCAENTAKKLNIARNE
... : .: .:: : .... .. :: :. : . ..: :
CCDS17 LMLDLNKAKSMGQRL-SLISKFRFNFLAPELPAVSEFSTSETMGHSADRLAAAFAVSRLE
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 QDAYAINSYTRSKAAWEAGKFGNEVIPVTVTVKGQPDVVVKEDEEYKRVDFSKVPKLKTV
:: ::. :.. .: : . : . ..:.: : : :.:.: :. . .. .. ::: .
CCDS17 QDEYALRSHSLAKKAQDEGLL-SDVVPFKVPGK---DTVTK-DNGIRPSSLEQMAKLKPA
250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KE1 FQKENGTVTAANASTLNDGAAALVLMTADAAKRLNVTPLARIVAFADAAVEPID-FPIAP
: : :::::::.: :.:::.:...:. . : .. : : . : .. .: : . ..:
CCDS17 FIKPYGTVTAANSSFLTDGASAMLIMAEEKALAMGYKPKAYLRDFMYVSQDPKDQLLLGP
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370
pF1KE1 VYAASMVLKDVGLKKEDIAMWEVNEAFSLVVLANIKMLEID---------------P--Q
.::. ::. .:: .:: .: .:::: .:::.: .. : : .
CCDS17 TYATPKVLEKAGLTMNDIDAFEFHEAFSGQILANFKAMDSDWFAENYMGRKTKVGLPPLE
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420
pF1KE1 KVNINGGAVSLGHPIGMSGARIVGHLTHALKQ--GEYGLASICNGGGGASAMLIQKL
: : ::..:::::.: .: :.: .. :.. :.:::.. : .:: . ::...
CCDS17 KFNNWGGSLSLGHPFGATGCRLVMAAANRLRKEGGQYGLVAACAAGGQGHAMIVEAYPK
420 430 440 450 460 470
427 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 21:37:34 2016 done: Sun Nov 6 21:37:35 2016
Total Scan time: 2.880 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]