Result of FASTA (omim) for
pFN21AB4713
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4713, 776 aa
1>>>pF1KB4713 776 - 776 aa - 776 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.3594+/-0.000394; mu= -7.0571+/- 0.025
mean_var=341.2738+/-69.181, 0's: 0 Z-trim(122.5): 34 B-trim: 0 in 0/61
Lambda= 0.069426
statistics sampled from 40721 (40761) to 40721 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.779), E-opt: 0.2 (0.478), width: 16
Scan time: 16.290
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_066959 (OMIM: 600865) reticulon-1 isoform A [Ho ( 776) 5098 524.9 5.2e-148
XP_011535365 (OMIM: 600865) PREDICTED: reticulon-1 ( 620) 3929 407.7 7.7e-113
NP_996734 (OMIM: 600865) reticulon-1 isoform C [Ho ( 208) 1180 132.0 2.5e-30
XP_016877067 (OMIM: 600865) PREDICTED: reticulon-1 ( 193) 1172 131.2 4.1e-30
NP_722550 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform B [Ho ( 373) 936 107.8 9e-23
NP_997403 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform D [Ho ( 392) 925 106.7 2e-22
XP_005264491 (OMIM: 604475) PREDICTED: reticulon-4 ( 986) 922 106.7 5.1e-22
NP_001308792 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform E ( 986) 922 106.7 5.1e-22
XP_016860008 (OMIM: 604475) PREDICTED: reticulon-4 ( 986) 922 106.7 5.1e-22
NP_997404 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform E [Ho ( 986) 922 106.7 5.1e-22
NP_001308788 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform E ( 986) 922 106.7 5.1e-22
NP_001308791 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform E ( 986) 922 106.7 5.1e-22
NP_001308833 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform E ( 986) 922 106.7 5.1e-22
NP_001308790 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform E ( 986) 922 106.7 5.1e-22
NP_001308789 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform E ( 986) 922 106.7 5.1e-22
XP_016860007 (OMIM: 604475) PREDICTED: reticulon-4 ( 986) 922 106.7 5.1e-22
NP_065393 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform A [Ho (1192) 922 106.7 5.9e-22
NP_008939 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform C [Ho ( 199) 877 101.7 3.3e-21
NP_006045 (OMIM: 604249) reticulon-3 isoform a [Ho ( 236) 784 92.4 2.4e-18
NP_958832 (OMIM: 604249) reticulon-3 isoform c [Ho ( 255) 773 91.3 5.5e-18
NP_001252519 (OMIM: 604249) reticulon-3 isoform f ( 920) 760 90.4 3.7e-17
NP_958831 (OMIM: 604249) reticulon-3 isoform b [Ho (1013) 760 90.4 4e-17
NP_001252518 (OMIM: 604249) reticulon-3 isoform e (1032) 760 90.4 4.1e-17
NP_996783 (OMIM: 603183,604805) reticulon-2 isofor ( 472) 695 83.7 2e-15
NP_958833 (OMIM: 604249) reticulon-3 isoform d [Ho ( 241) 667 80.7 8.2e-15
XP_011543033 (OMIM: 604249) PREDICTED: reticulon-3 ( 260) 656 79.6 1.9e-14
NP_996784 (OMIM: 603183,604805) reticulon-2 isofor ( 205) 645 78.4 3.3e-14
NP_005610 (OMIM: 603183,604805) reticulon-2 isofor ( 545) 648 79.0 5.8e-14
XP_011543032 (OMIM: 604249) PREDICTED: reticulon-3 (1037) 643 78.7 1.4e-13
NP_001252520 (OMIM: 604249) reticulon-3 isoform g ( 214) 358 49.7 1.6e-05
>>NP_066959 (OMIM: 600865) reticulon-1 isoform A [Homo s (776 aa)
initn: 5098 init1: 5098 opt: 5098 Z-score: 2778.3 bits: 524.9 E(85289): 5.2e-148
Smith-Waterman score: 5098; 100.0% identity (100.0% similar) in 776 aa overlap (1-776:1-776)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAAPGDPQDELLPLAGPGSQWLRHRGEGENEAVTPKGATPAPQAGEPSPGLGARAREAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 MAAPGDPQDELLPLAGPGSQWLRHRGEGENEAVTPKGATPAPQAGEPSPGLGARAREAAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 REAGSGPARQSPVAMETASTGVAGVSSAMDHTFSTTSKDGEGSCYTSLISDICYPPQEDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 REAGSGPARQSPVAMETASTGVAGVSSAMDHTFSTTSKDGEGSCYTSLISDICYPPQEDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TYFTGILQKENGHVTISESPEELGTPGPSLPDVPGIESRGLFSSDSGIEMTPAESTEVNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 TYFTGILQKENGHVTISESPEELGTPGPSLPDVPGIESRGLFSSDSGIEMTPAESTEVNK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 ILADPLDQMKAEAYKYIDITRPEEVKHQEQHHPELEDKDLDFKNKDTDISIKPEGVREPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 ILADPLDQMKAEAYKYIDITRPEEVKHQEQHHPELEDKDLDFKNKDTDISIKPEGVREPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 KPAPVEGKIIKDHLLEESTFAPYIDDLSEEQRRAPQITTPVKITLTEIEPSVETTTQEKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 KPAPVEGKIIKDHLLEESTFAPYIDDLSEEQRRAPQITTPVKITLTEIEPSVETTTQEKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 PEKQDICLKPSPDTVPTVTVSEPEDDSPGSITPPSSGTEPSAAESQGKGSISEDELITAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 PEKQDICLKPSPDTVPTVTVSEPEDDSPGSITPPSSGTEPSAAESQGKGSISEDELITAI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 KEAKGLSYETAENPRPVGQLADRPEVKARSGPPTIPSPLDHEASSAESGDSEIELVSEDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 KEAKGLSYETAENPRPVGQLADRPEVKARSGPPTIPSPLDHEASSAESGDSEIELVSEDP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 MAAEDALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSILREEREAELDSELIIESCDASSASEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 MAAEDALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSILREEREAELDSELIIESCDASSASEES
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 PKREQDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 PKREQDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 GALEPETPMLPRKPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 GALEPETPMLPRKPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 TGIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 TGIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 LELEITLSQEQIQKYTDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 LELEITLSQEQIQKYTDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KB4 GLTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 GLTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
730 740 750 760 770
>>XP_011535365 (OMIM: 600865) PREDICTED: reticulon-1 iso (620 aa)
initn: 3961 init1: 3929 opt: 3929 Z-score: 2146.9 bits: 407.7 E(85289): 7.7e-113
Smith-Waterman score: 3929; 99.8% identity (99.8% similar) in 590 aa overlap (1-590:1-590)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAAPGDPQDELLPLAGPGSQWLRHRGEGENEAVTPKGATPAPQAGEPSPGLGARAREAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MAAPGDPQDELLPLAGPGSQWLRHRGEGENEAVTPKGATPAPQAGEPSPGLGARAREAAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 REAGSGPARQSPVAMETASTGVAGVSSAMDHTFSTTSKDGEGSCYTSLISDICYPPQEDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 REAGSGPARQSPVAMETASTGVAGVSSAMDHTFSTTSKDGEGSCYTSLISDICYPPQEDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TYFTGILQKENGHVTISESPEELGTPGPSLPDVPGIESRGLFSSDSGIEMTPAESTEVNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TYFTGILQKENGHVTISESPEELGTPGPSLPDVPGIESRGLFSSDSGIEMTPAESTEVNK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 ILADPLDQMKAEAYKYIDITRPEEVKHQEQHHPELEDKDLDFKNKDTDISIKPEGVREPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ILADPLDQMKAEAYKYIDITRPEEVKHQEQHHPELEDKDLDFKNKDTDISIKPEGVREPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 KPAPVEGKIIKDHLLEESTFAPYIDDLSEEQRRAPQITTPVKITLTEIEPSVETTTQEKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KPAPVEGKIIKDHLLEESTFAPYIDDLSEEQRRAPQITTPVKITLTEIEPSVETTTQEKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 PEKQDICLKPSPDTVPTVTVSEPEDDSPGSITPPSSGTEPSAAESQGKGSISEDELITAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PEKQDICLKPSPDTVPTVTVSEPEDDSPGSITPPSSGTEPSAAESQGKGSISEDELITAI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 KEAKGLSYETAENPRPVGQLADRPEVKARSGPPTIPSPLDHEASSAESGDSEIELVSEDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KEAKGLSYETAENPRPVGQLADRPEVKARSGPPTIPSPLDHEASSAESGDSEIELVSEDP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 MAAEDALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSILREEREAELDSELIIESCDASSASEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MAAEDALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSILREEREAELDSELIIESCDASSASEES
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 PKREQDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PKREQDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 GALEPETPMLPRKPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :
XP_011 GALEPETPMLPRKPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKDIIRVQEILPQK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 TGIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAY
XP_011 SFTAPDCSCLMEFKKGIRVT
610 620
>>NP_996734 (OMIM: 600865) reticulon-1 isoform C [Homo s (208 aa)
initn: 1180 init1: 1180 opt: 1180 Z-score: 665.5 bits: 132.0 E(85289): 2.5e-30
Smith-Waterman score: 1180; 99.0% identity (100.0% similar) in 191 aa overlap (586-776:18-208)
560 570 580 590 600 610
pF1KB4 EDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSL
:..:::::::::::::::::::::::::::
NP_996 MQATADSTKMDCVWSNWKSQAIDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSL
10 20 30 40
620 630 640 650 660 670
pF1KB4 TQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_996 TQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKY
50 60 70 80 90 100
680 690 700 710 720 730
pF1KB4 TDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_996 TDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTL
110 120 130 140 150 160
740 750 760 770
pF1KB4 PVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_996 PVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
170 180 190 200
>>XP_016877067 (OMIM: 600865) PREDICTED: reticulon-1 iso (193 aa)
initn: 1172 init1: 1172 opt: 1172 Z-score: 661.6 bits: 131.2 E(85289): 4.1e-30
Smith-Waterman score: 1172; 100.0% identity (100.0% similar) in 188 aa overlap (589-776:6-193)
560 570 580 590 600 610
pF1KB4 SSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSLTQF
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MPFLPAIDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSLTQF
10 20 30
620 630 640 650 660 670
pF1KB4 SVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKYTDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKYTDC
40 50 60 70 80 90
680 690 700 710 720 730
pF1KB4 LQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTLPVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTLPVV
100 110 120 130 140 150
740 750 760 770
pF1KB4 YVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
160 170 180 190
>>NP_722550 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform B [Homo s (373 aa)
initn: 1068 init1: 865 opt: 936 Z-score: 529.8 bits: 107.8 E(85289): 9e-23
Smith-Waterman score: 964; 47.6% identity (69.3% similar) in 361 aa overlap (441-776:16-373)
420 430 440 450 460
pF1KB4 SEIELVSEDPMAAEDALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSILRE----EREAELDSEL
:: : .:...:...:: :.: : . :
NP_722 MEDLDQSPLVSSSDSPPRP-QPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEED
10 20 30 40
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 IIESCDASSASEESPKREQDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRG---LAEPGSFL
:. . . :..: .. :. :.: : . :. :: : : .
NP_722 EDEDLEELEVLERKPAAGLSAAPV-PTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPE
50 60 70 80 90 100
530 540 550 560 570
pF1KB4 DYPSTEPQPGPELPPGDG-----ALEP-------ETPMLPRKPEEDSSSNQSPAATKGPG
:: .:.: :. . :. : : : : : : : :. . :.
NP_722 RQPSWDPSPVSSTVPAPSPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPA
110 120 130 140 150 160
580 590 600 610 620
pF1KB4 PLGPGAPPPLLFLNKQKA------IDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVA
: .:.::: :... .:::::::::.::.:::. :.::.::: ::.:::.:
NP_722 P-APAAPPSTPAAPKRRGSSGSVVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTA
170 180 190 200 210 220
630 640 650 660 670 680
pF1KB4 YLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKYTDCLQFYVNS
:.::: ::.::::::::.:.::.::.::::::.:::: :...:.: .:::.. .::
NP_722 YIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNSALGHVNC
230 240 250 260 270 280
690 700 710 720 730 740
pF1KB4 TLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQ
:.:::::::::.:::::::::::::..:::::::::::::..:..:.:..::.: .::::
NP_722 TIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQ
290 300 310 320 330 340
750 760 770
pF1KB4 IDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
::.::::. ... ..::::::::: ::.::
NP_722 IDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
350 360 370
>>NP_997403 (OMIM: 604475) reticulon-4 isoform D [Homo s (392 aa)
initn: 1068 init1: 865 opt: 925 Z-score: 523.6 bits: 106.7 E(85289): 2e-22
Smith-Waterman score: 942; 42.8% identity (64.7% similar) in 425 aa overlap (380-776:4-392)
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 SISEDELITAIKEAKGLSYETAENPRPVGQLADRPEVKARSGPPT---------IPSPLD
: . : :.. ..:: . : :
NP_997 MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPED
10 20 30
410 420 430 440
pF1KB4 HEASSAESGDSE------IELVSEDPMAAEDALP------SG--YVSFGHVGGPPPSPAS
.: : ..: .:.. . : :. .: : .: ..::. ::.: .
NP_997 EEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPAAGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGN-DFVPPAPRG
40 50 60 70 80 90
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