Result of FASTA (ccds) for
pFN21AA0994
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0994, 665 aa
1>>>pF1KA0994 665 - 665 aa - 665 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6940+/-0.000964; mu= 16.6743+/- 0.058
mean_var=62.4989+/-12.357, 0's: 0 Z-trim(103.7): 17 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.162233
statistics sampled from 7537 (7546) to 7537 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.232), width: 16
Scan time: 3.400
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS177.1 PADI2 gene_id:11240|Hs108|chr1 ( 665) 4520 1067.0 0
CCDS179.1 PADI3 gene_id:51702|Hs108|chr1 ( 664) 2371 564.1 2.3e-160
CCDS178.1 PADI1 gene_id:29943|Hs108|chr1 ( 663) 2301 547.7 1.9e-155
CCDS180.1 PADI4 gene_id:23569|Hs108|chr1 ( 663) 2267 539.7 4.8e-153
CCDS72715.1 PADI6 gene_id:353238|Hs108|chr1 ( 694) 1347 324.4 3.3e-88
>>CCDS177.1 PADI2 gene_id:11240|Hs108|chr1 (665 aa)
initn: 4520 init1: 4520 opt: 4520 Z-score: 5710.9 bits: 1067.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4520; 100.0% identity (100.0% similar) in 665 aa overlap (1-665:1-665)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MLRERTVRLQYGSRVEAVYVLGTYLWTDVYSAAPAGAQTFSLKHSEHVWVEVVRDGEAEE
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CCDS17 MLRERTVRLQYGSRVEAVYVLGTYLWTDVYSAAPAGAQTFSLKHSEHVWVEVVRDGEAEE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 VATNGKQRWLLSPSTTLRVTMSQASTEASSDKVTVNYYDEEGSIPIDQAGLFLTAIEISL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 VATNGKQRWLLSPSTTLRVTMSQASTEASSDKVTVNYYDEEGSIPIDQAGLFLTAIEISL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 DVDADRDGVVEKNNPKKASWTWGPEGQGAILLVNCDRETPWLPKEDCRDEKVYSKEDLKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 DVDADRDGVVEKNNPKKASWTWGPEGQGAILLVNCDRETPWLPKEDCRDEKVYSKEDLKD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 MSQMILRTKGPDRLPAGYEIVLYISMSDSDKVGVFYVENPFFGQRYIHILGRRKLYHVVK
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CCDS17 MSQMILRTKGPDRLPAGYEIVLYISMSDSDKVGVFYVENPFFGQRYIHILGRRKLYHVVK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 YTGGSAELLFFVEGLCFPDEGFSGLVSIHVSLLEYMAQDIPLTPIFTDTVIFRIAPWIMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 YTGGSAELLFFVEGLCFPDEGFSGLVSIHVSLLEYMAQDIPLTPIFTDTVIFRIAPWIMT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 PNILPPVSVFVCCMKDNYLFLKEVKNLVEKTNCELKVCFQYLNRGDRWIQDEIEFGYIEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 PNILPPVSVFVCCMKDNYLFLKEVKNLVEKTNCELKVCFQYLNRGDRWIQDEIEFGYIEA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 PHKGFPVVLDSPRDGNLKDFPVKELLGPDFGYVTREPLFESVTSLDSFGNLEVSPPVTVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 PHKGFPVVLDSPRDGNLKDFPVKELLGPDFGYVTREPLFESVTSLDSFGNLEVSPPVTVN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 GKTYPLGRILIGSSFPLSGGRRMTKVVRDFLKAQQVQAPVELYSDWLTVGHVDEFMSFVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 GKTYPLGRILIGSSFPLSGGRRMTKVVRDFLKAQQVQAPVELYSDWLTVGHVDEFMSFVP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 IPGTKKFLLLMASTSACYKLFREKQKDGHGEAIMFKGLGGMSSKRITINKILSNESLVQE
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CCDS17 IPGTKKFLLLMASTSACYKLFREKQKDGHGEAIMFKGLGGMSSKRITINKILSNESLVQE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 NLYFQRCLDWNRDILKKELGLTEQDIIDLPALFKMDEDHRARAFFPNMVNMIVLDKDLGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 NLYFQRCLDWNRDILKKELGLTEQDIIDLPALFKMDEDHRARAFFPNMVNMIVLDKDLGI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 PKPFGPQVEEECCLEMHVRGLLEPLGLECTFIDDISAYHKFLGEVHCGTNVRRKPFTFKW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 PKPFGPQVEEECCLEMHVRGLLEPLGLECTFIDDISAYHKFLGEVHCGTNVRRKPFTFKW
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 WHMVP
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CCDS17 WHMVP
>>CCDS179.1 PADI3 gene_id:51702|Hs108|chr1 (664 aa)
initn: 1976 init1: 1976 opt: 2371 Z-score: 2992.6 bits: 564.1 E(32554): 2.3e-160
Smith-Waterman score: 2371; 51.9% identity (77.1% similar) in 668 aa overlap (1-665:1-664)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MLRERTVRLQYGSRVEAVYVLGTYLWTDVYSAAPAGAQTFSLKHSEHVWVEVVRDGE-AE
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CCDS17 MSLQRIVRVSLEHPTSAVCVAGVETLVDIYGSVPEGTEMFEVYGTPGVDIYISPNMERGR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 EVATNGKQRWLLSPSTTLRVTMSQASTEASSDKVTVNYYDEEGSIPIDQAGLFLTAIEIS
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CCDS17 ERADT--RRWRFDATLEIIVVMNSPSNDLNDSHVQISYHSSHEPLPLAYAVLYLTCVDIS
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 LDVDADRDGVVEKNNPKKASWTWGPEGQGAILLVNCDRETPWLPKEDCRDEKVYSKEDLK
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CCDS17 LDCDLNCEGRQDRNFVDKRQWVWGPSGYGGILLVNCDRDDPSCDVQDNCDQHVHCLQDLE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 DMSQMILRTKGPDRLPAGYEIVLYISMSDSDKVGVFYVENPF-FGQRYIHILGRRKLYHV
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CCDS17 DMSVMVLRTQGPAALFDDHKLVLHTSSYDAKRAQVFHICGPEDVCEAYRHVLGQDKVSYE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 VKYTGGSAELLFFVEGLCFPDEGFSGLVSIHVSLLEYMAQDIPLTPIFTDTVIFRIAPWI
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CCDS17 VPRLHGDEER-FFVEGLSFPDAGFTGLISFHVTLLDDSNEDFSASPIFTDTVVFRVAPWI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 MTPNILPPVSVFVCCMKDNYLFLKEVKNLVEKTNCELKVCFQYLNRGDRWIQDEIEFGYI
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CCDS17 MTPSTLPPLEVYVCRVRNNTCFVDAVAELARKAGCKLTICPQAENRNDRWIQDEMELGYV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 EAPHKGFPVVLDSPRDGNLKDFPVKELLGPDFGYVTREPLFESVTSLDSFGNLEVSPPVT
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CCDS17 QAPHKTLPVVFDSPRNGELQDFPYKRILGPDFGYVTREPRDRSVSGLDSFGNLEVSPPVV
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 VNGKTYPLGRILIGSSFPLSGGRRMTKVVRDFLKAQQVQAPVELYSDWLTVGHVDEFMSF
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CCDS17 ANGKEYPLGRILIGGNLPGSSGRRVTQVVRDFLHAQKVQPPVELFVDWLAVGHVDEFLSF
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 VPIPGTKKFLLLMASTSACYKLFREKQKDGHGEAIMFKGL-GGMSSKRITINKILSNESL
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CCDS17 VPAPDGKGFRMLLASPGACFKLFQEKQKCGHGRALLFQGVVDDEQVKTISINQVLSNKDL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 VQENLYFQRCLDWNRDILKKELGLTEQDIIDLPALFKMDEDHRARAFFPNMVNMIVLDKD
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CCDS17 INYNKFVQSCIDWNREVLKRELGLAECDIIDIPQLFKT-ERKKATAFFPDLVNMLVLGKH
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 LGIPKPFGPQVEEECCLEMHVRGLLEPLGLECTFIDDISAYHKFLGEVHCGTNVRRKPFT
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CCDS17 LGIPKPFGPIINGCCCLEEKVRSLLEPLGLHCTFIDDFTPYHMLHGEVHCGTNVCRKPFS
600 610 620 630 640 650
660
pF1KA0 FKWWHMVP
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CCDS17 FKWWNMVP
660
>>CCDS178.1 PADI1 gene_id:29943|Hs108|chr1 (663 aa)
initn: 2055 init1: 963 opt: 2301 Z-score: 2904.1 bits: 547.7 E(32554): 1.9e-155
Smith-Waterman score: 2301; 52.3% identity (76.2% similar) in 669 aa overlap (1-665:1-663)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MLRERTVRLQYGSRVEAVYVLGTYLWTDVYSAAPAGAQTFSLKHSEHVWVEVVRDGEAEE
: .:.:.:. ..:: :.:. .:..: .: ::..: .. : : : .: . ...
CCDS17 MAPKRVVQLSLKMPTHAVCVVGVEAHVDIHSDVPKGANSFRVSGSSGVEVFMVYN-RTRV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 VATNGKQRWLLSPSTTLRVTMSQASTEASSDKVTVNYYDEEGSIPIDQAGLFLTAIEISL
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CCDS17 KEPIGKARWPLDTDADMVVSVGTASKELKDFKVRVSYFGEQEDQALGRSVLYLTGVDISL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 DVDADRDGVVEKNNPKKASWTWGPEGQGAILLVNCDRETPWLPKEDCRDEKVYSKEDLKD
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CCDS17 EVDTGRTGKVKRSQGDKKTWRWGPEGYGAILLVNCDRDNHRSAEPDLTHSWLMSLADLQD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 MSQMILRTKGPDRLPAGYEIVLYISMSDSDKVGVFYVENPFFGQRYIHILGRRKLYHVVK
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CCDS17 MSPMLLSCNGPDKLFDSHKLVLNVPFSDSKRVRVFCARGGNSLSDYKQVLGPQCLSYEVE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 YTGGSAELLFFVEGLCFPDEGFSGLVSIHVSLLEYMAQDIPLTPIFTDTVIFRIAPWIMT
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CCDS17 RQPGEQEIKFYVEGLTFPDADFLGLVSLSVSLVD--PGTLPEVTLFTDTVGFRMAPWIMT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KA0 PNILPPVSVFVCCMKD----NYLFLKEVKNLVEKTNCELKVCFQYLNRGDRWIQDEIEFG
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CCDS17 PNTQPPEELYVCRVMDTHGSNEKFLEDMSYLTLKANCKLTICPQVENRNDRWIQDEMEFG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 YIEAPHKGFPVVLDSPRDGNLKDFPVKELLGPDFGYVTREPLFESVTSLDSFGNLEVSPP
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CCDS17 YIEAPHKSFPVVFDSPRNRGLKDFPYKRILGPDFGYVTREIPLPGPSSLDSFGNLDVSPP
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 VTVNGKTYPLGRILIGSSFPLSGGRRMTKVVRDFLKAQQVQAPVELYSDWLTVGHVDEFM
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CCDS17 VTVGGTEYPLGRILIGSSFPKSGGRQMARAVRNFLKAQQVQAPVELYSDWLSVGHVDEFL
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 SFVPIPGTKKFLLLMASTSACYKLFREKQKDGHGEAIMFKGLGGMSSKRITINKILSNES
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CCDS17 TFVPTSDQKGFRLLLASPSACLKLFQEKKEEGYGEAAQFDGLK-HQAKR-SINEMLADRH
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 LVQENLYFQRCLDWNRDILKKELGLTEQDIIDLPALFKMDEDHRARAFFPNMVNMIVLDK
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CCDS17 LQRDNLHAQKCIDWNRNVLKRELGLAESDIVDIPQLFFL-KNFYAEAFFPDMVNMVVLGK
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 DLGIPKPFGPQVEEECCLEMHVRGLLEPLGLECTFIDDISAYHKFLGEVHCGTNVRRKPF
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CCDS17 YLGIPKPYGPIINGRCCLEEKVQSLLEPLGLHCIFIDDYLSYHELQGEIHCGTNVRRKPF
600 610 620 630 640 650
660
pF1KA0 TFKWWHMVP
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CCDS17 PFKWWNMVP
660
>>CCDS180.1 PADI4 gene_id:23569|Hs108|chr1 (663 aa)
initn: 2199 init1: 1057 opt: 2267 Z-score: 2861.1 bits: 539.7 E(32554): 4.8e-153
Smith-Waterman score: 2267; 50.4% identity (76.0% similar) in 668 aa overlap (1-665:1-663)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MLRERTVRLQYGSRVEAVYVLGTYLWTDVYSAAPAGAQTFSLKHSEHVWVEVVRDGEAEE
: . .:. . ..:: :::: :. :.:: .::.. : : :.... :..
CCDS18 MAQGTLIRVTPEQPTHAVCVLGTLTQLDICSSAPEDCTSFSINASPGVVVDIAHGPPAKK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 VATNGKQRWLLSPSTTLRVTMSQASTEASSDKVTVNYYDEEGSIPIDQAGLFLTAIEISL
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CCDS18 KST-GSSTWPLDPGVEVTLTMKVASGSTGDQKVQISYYGPK-TPPV-KALLYLTGVEISL
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KA0 DVDADRDGVVEKNNPKKA--SWTWGPEGQGAILLVNCDRETPWLPKEDCRDEKVYSKEDL
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CCDS18 CADITRTGKVKPTRAVKDQRTWTWGPCGQGAILLVNCDRDNLESSAMDCEDDEVLDSEDL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 KDMSQMILRTKGPDRLPAGYEIVLYISMSDSDKVGVFYVENPFFGQRYIHILGRRKLYHV
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CCDS18 QDMSLMTLSTKTPKDFFTNHTLVLHVARSEMDKVRVFQATRGKLSSKCSVVLGPKWPSHY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 VKYTGGSAELLFFVEGLCFPDEGFSGLVSIHVSLLEYMAQDIPLTPIFTDTVIFRIAPWI
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CCDS18 LMVPGGKHNMDFYVEALAFPDTDFPGLITLTISLLDTSNLELPEAVVFQDSVVFRVAPWI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 MTPNILPPVSVFVCCMKDNYLFLKEVKNLVEKTNCELKVCFQYLNRGDRWIQDEIEFGYI
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CCDS18 MTPNTQPPQEVYACSIFENEDFLKSVTTLAMKAKCKLTICPEEENMDDQWMQDEMEIGYI
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 EAPHKGFPVVLDSPRDGNLKDFPVKELLGPDFGYVTREPLFESVTSLDSFGNLEVSPPVT
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CCDS18 QAPHKTLPVVFDSPRNRGLKEFPIKRVMGPDFGYVTRGPQTGGISGLDSFGNLEVSPPVT
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 VNGKTYPLGRILIGSS-FPLSGGRRMTKVVRDFLKAQQVQAPVELYSDWLTVGHVDEFMS
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CCDS18 VRGKEYPLGRILFGDSCYPSNDSRQMHQALQDFLSAQQVQAPVKLYSDWLSVGHVDEFLS
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 FVPIPGTKKFLLLMASTSACYKLFREKQKDGHGEAIMFKGLGGMSSKRITINKILSNESL
::: : : : ::.:: .:::::.:.:..:::::..:.:. ..:. :..::::..:
CCDS18 FVPAPDRKGFRLLLASPRSCYKLFQEQQNEGHGEALLFEGI--KKKKQQKIKNILSNKTL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 VQENLYFQRCLDWNRDILKKELGLTEQDIIDLPALFKMDEDHRARAFFPNMVNMIVLDKD
..: . .::.::::..::.::::.:.::::.: :::. : .:.:::::::::.:: :
CCDS18 REHNSFVERCIDWNRELLKRELGLAESDIIDIPQLFKLKEFSKAEAFFPNMVNMLVLGKH
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 LGIPKPFGPQVEEECCLEMHVRGLLEPLGLECTFIDDISAYHKFLGEVHCGTNVRRKPFT
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CCDS18 LGIPKPFGPVINGRCCLEEKVCSLLEPLGLQCTFINDFFTYHIRHGEVHCGTNVRRKPFS
600 610 620 630 640 650
660
pF1KA0 FKWWHMVP
::::.:::
CCDS18 FKWWNMVP
660
>>CCDS72715.1 PADI6 gene_id:353238|Hs108|chr1 (694 aa)
initn: 1601 init1: 697 opt: 1347 Z-score: 1697.0 bits: 324.4 E(32554): 3.3e-88
Smith-Waterman score: 1851; 44.1% identity (68.8% similar) in 690 aa overlap (1-665:9-694)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MLRERTVRLQYGSRVEAVYVLGTYLWTDVYSAAPAGAQTFSLKHSEHVWVEV
: . ..:. : :.:: :::: . :. . :: : :... : .: ..:
CCDS72 MVSVEGRAMSFQSIIHLSLDSPVHAVCVLGTEICLDLSGCAPQKCQCFTIHGSGRVLIDV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 VRDGEAEEVATNGKQRWLLSPSTTLRVTMSQASTEASSDKVTVNYYDEEGSIPIDQAGLF
. .:. .. : :: : : :.. : ...:::.:.:: . . :. : :.
CCDS72 ANTVISEK--EDATIWWPLSDPTYATVKMTSPSPSVDADKVSVTYYGPNEDAPVGTAVLY
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