Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0071
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0071, 723 aa
1>>>pF1KE0071 723 - 723 aa - 723 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4033+/-0.00121; mu= 16.9068+/- 0.073
mean_var=224.9847+/-43.009, 0's: 0 Z-trim(111.1): 245 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.085506
statistics sampled from 11844 (12120) to 11844 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.723), E-opt: 0.2 (0.372), width: 16
Scan time: 4.110
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5313.1 DLL1 gene_id:28514|Hs108|chr6 ( 723) 5389 678.8 8.1e-195
CCDS45232.1 DLL4 gene_id:54567|Hs108|chr15 ( 685) 2172 281.9 2.3e-75
CCDS13112.1 JAG1 gene_id:182|Hs108|chr20 (1218) 1771 232.8 2.4e-60
CCDS9999.1 JAG2 gene_id:3714|Hs108|chr14 (1200) 1756 230.9 8.7e-60
CCDS9998.1 JAG2 gene_id:3714|Hs108|chr14 (1238) 1706 224.8 6.3e-58
CCDS43905.1 NOTCH1 gene_id:4851|Hs108|chr9 (2555) 1001 138.3 1.4e-31
CCDS908.1 NOTCH2 gene_id:4853|Hs108|chr1 (2471) 950 132.0 1.1e-29
CCDS12537.1 DLL3 gene_id:10683|Hs108|chr19 ( 587) 896 124.4 5.1e-28
CCDS12538.1 DLL3 gene_id:10683|Hs108|chr19 ( 618) 896 124.4 5.2e-28
CCDS34420.1 NOTCH4 gene_id:4855|Hs108|chr6 (2003) 892 124.7 1.4e-27
CCDS33390.1 DNER gene_id:92737|Hs108|chr2 ( 737) 872 121.5 4.5e-27
CCDS12326.1 NOTCH3 gene_id:4854|Hs108|chr19 (2321) 858 120.6 2.8e-26
CCDS4897.1 DLK2 gene_id:65989|Hs108|chr6 ( 383) 833 116.3 8.7e-26
CCDS9963.1 DLK1 gene_id:8788|Hs108|chr14 ( 383) 830 115.9 1.1e-25
CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10 (1534) 809 114.3 1.5e-24
CCDS81852.1 DLK1 gene_id:8788|Hs108|chr14 ( 310) 794 111.4 2.2e-24
CCDS47445.1 EYS gene_id:346007|Hs108|chr6 (3144) 804 114.1 3.3e-24
CCDS78156.1 EYS gene_id:346007|Hs108|chr6 (3165) 804 114.1 3.3e-24
CCDS58052.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 ( 870) 742 105.6 3.3e-22
CCDS58053.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 (1382) 742 105.9 4.2e-22
CCDS1390.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 (1406) 742 105.9 4.3e-22
CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1521) 740 105.7 5.3e-22
CCDS75110.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1525) 740 105.7 5.3e-22
CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529) 740 105.7 5.3e-22
CCDS6852.2 CRB2 gene_id:286204|Hs108|chr9 (1285) 698 100.4 1.7e-20
CCDS48004.1 SVEP1 gene_id:79987|Hs108|chr9 (3571) 691 100.3 5.6e-20
CCDS75461.1 DLK2 gene_id:65989|Hs108|chr6 ( 377) 672 96.4 8.3e-20
CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530) 620 90.9 1.5e-17
CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523) 614 90.2 2.5e-17
CCDS46562.1 SNED1 gene_id:25992|Hs108|chr2 (1413) 607 89.3 4.4e-17
CCDS53454.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 (1294) 588 86.9 2.1e-16
CCDS74370.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1557) 550 82.3 6.1e-15
CCDS74368.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1587) 550 82.3 6.1e-15
CCDS74369.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1624) 550 82.3 6.2e-15
CCDS72880.1 NOTCH2NL gene_id:388677|Hs108|chr1 ( 236) 527 78.2 1.5e-14
CCDS4967.1 EYS gene_id:346007|Hs108|chr6 ( 594) 515 77.4 7.2e-14
CCDS47446.1 EYS gene_id:346007|Hs108|chr6 ( 619) 515 77.4 7.3e-14
CCDS47177.1 FAT1 gene_id:2195|Hs108|chr4 (4588) 520 79.3 1.4e-13
CCDS73268.1 NELL1 gene_id:4745|Hs108|chr11 ( 753) 492 74.7 5.8e-13
CCDS7855.1 NELL1 gene_id:4745|Hs108|chr11 ( 810) 492 74.7 6.1e-13
CCDS73267.1 NELL1 gene_id:4745|Hs108|chr11 ( 838) 492 74.8 6.2e-13
CCDS7113.1 CUBN gene_id:8029|Hs108|chr10 (3623) 482 74.5 3.2e-12
CCDS6811.1 TNC gene_id:3371|Hs108|chr9 (2201) 461 71.6 1.5e-11
CCDS3732.3 FAT4 gene_id:79633|Hs108|chr4 (4981) 458 71.7 3e-11
CCDS34222.1 FBN2 gene_id:2201|Hs108|chr5 (2912) 450 70.4 4.4e-11
>>CCDS5313.1 DLL1 gene_id:28514|Hs108|chr6 (723 aa)
initn: 5389 init1: 5389 opt: 5389 Z-score: 3611.1 bits: 678.8 E(32554): 8.1e-195
Smith-Waterman score: 5389; 100.0% identity (100.0% similar) in 723 aa overlap (1-723:1-723)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MGSRCALALAVLSALLCQVWSSGVFELKLQEFVNKKGLLGNRNCCRGGAGPPPCACRTFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MGSRCALALAVLSALLCQVWSSGVFELKLQEFVNKKGLLGNRNCCRGGAGPPPCACRTFF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RVCLKHYQASVSPEPPCTYGSAVTPVLGVDSFSLPDGGGADSAFSNPIRFPFGFTWPGTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RVCLKHYQASVSPEPPCTYGSAVTPVLGVDSFSLPDGGGADSAFSNPIRFPFGFTWPGTF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SLIIEALHTDSPDDLATENPERLISRLATQRHLTVGEEWSQDLHSSGRTDLKYSYRFVCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SLIIEALHTDSPDDLATENPERLISRLATQRHLTVGEEWSQDLHSSGRTDLKYSYRFVCD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 EHYYGEGCSVFCRPRDDAFGHFTCGERGEKVCNPGWKGPYCTEPICLPGCDEQHGFCDKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 EHYYGEGCSVFCRPRDDAFGHFTCGERGEKVCNPGWKGPYCTEPICLPGCDEQHGFCDKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 GECKCRVGWQGRYCDECIRYPGCLHGTCQQPWQCNCQEGWGGLFCNQDLNYCTHHKPCKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GECKCRVGWQGRYCDECIRYPGCLHGTCQQPWQCNCQEGWGGLFCNQDLNYCTHHKPCKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 GATCTNTGQGSYTCSCRPGYTGATCELGIDECDPSPCKNGGSCTDLENSYSCTCPPGFYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GATCTNTGQGSYTCSCRPGYTGATCELGIDECDPSPCKNGGSCTDLENSYSCTCPPGFYG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 KICELSAMTCADGPCFNGGRCSDSPDGGYSCRCPVGYSGFNCEKKIDYCSSSPCSNGAKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KICELSAMTCADGPCFNGGRCSDSPDGGYSCRCPVGYSGFNCEKKIDYCSSSPCSNGAKC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 VDLGDAYLCRCQAGFSGRHCDDNVDDCASSPCANGGTCRDGVNDFSCTCPPGYTGRNCSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VDLGDAYLCRCQAGFSGRHCDDNVDDCASSPCANGGTCRDGVNDFSCTCPPGYTGRNCSA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 PVSRCEHAPCHNGATCHERGHRYVCECARGYGGPNCQFLLPELPPGPAVVDLTEKLEGQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PVSRCEHAPCHNGATCHERGHRYVCECARGYGGPNCQFLLPELPPGPAVVDLTEKLEGQG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 GPFPWVAVCAGVILVLMLLLGCAAVVVCVRLRLQKHRPPADPCRGETETMNNLANCQREK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GPFPWVAVCAGVILVLMLLLGCAAVVVCVRLRLQKHRPPADPCRGETETMNNLANCQREK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 DISVSIIGATQIKNTNKKADFHGDHSADKNGFKARYPAVDYNLVQDLKGDDTAVRDAHSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DISVSIIGATQIKNTNKKADFHGDHSADKNGFKARYPAVDYNLVQDLKGDDTAVRDAHSK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 RDTKCQPQGSSGEEKGTPTTLRGGEASERKRPDSGCSTSKDTKYQSVYVISEEKDECVIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RDTKCQPQGSSGEEKGTPTTLRGGEASERKRPDSGCSTSKDTKYQSVYVISEEKDECVIA
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 TEV
:::
CCDS53 TEV
>>CCDS45232.1 DLL4 gene_id:54567|Hs108|chr15 (685 aa)
initn: 1696 init1: 1291 opt: 2172 Z-score: 1466.6 bits: 281.9 E(32554): 2.3e-75
Smith-Waterman score: 2496; 49.7% identity (70.5% similar) in 739 aa overlap (3-723:5-685)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MGSRCALALAVLSALLCQVWS-----SGVFELKLQEFVNKKGLLGNRNCCRGGAGPPP
:: : . :.: :: .:. ::::.:.::::.:..:.:.. :. :
CCDS45 MAAASRSASGWALL--LLVALWQQRAAGSGVFQLQLQEFINERGVLASGRPCEPG-----
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 CACRTFFRVCLKHYQASVSPEPPCTYGSAVTPVLGVDSFSLPD---GGGADSAFSNPIRF
:::::::::::.:: ::: :::.:.. :::::..::.. : ::: ::...
CCDS45 --CRTFFRVCLKHFQAVVSP-GPCTFGTVSTPVLGTNSFAVRDDSSGGG-----RNPLQL
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KE0 PFGFTWPGTFSLIIEALHTDSPDDLATEN--PERLISRLATQRHLTVGEEWSQDLHSSGR
::.::::::::::::: :. . ::: : :. :::..: : :.::..: : ..:
CCDS45 PFNFTWPGTFSLIIEAWHAPG-DDLRPEALPPDALISKIAIQGSLAVGQNWLLDEQTSTL
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 TDLKYSYRFVCDEHYYGEGCSVFCRPRDDAFGHFTCGERGEKVCNPGWKGPYCTEPICLP
: :.:::: .:...:::..:: .:. :.: :::..: :. : ::: : :: .::::
CCDS45 TRLRYSYRVICSDNYYGDNCSRLCKKRNDHFGHYVCQPDGNLSCLPGWTGEYCQQPICLS
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 GCDEQHGFCDKPGECKCRVGWQGRYCDECIRYPGCLHGTCQQPWQCNCQEGWGGLFCNQD
:: ::.:.:.::.:: :: ::::: :.::: . :: ::::. ::::.:.::::::::.::
CCDS45 GCHEQNGYCSKPAECLCRPGWQGRLCNECIPHNGCRHGTCSTPWQCTCDEGWGGLFCDQD
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LNYCTHHKPCKNGATCTNTGQGSYTCSCRPGYTGATCELGIDECDPSPCKNGGSCTDLEN
:::::::.::::::::.:.:: ::::.:::::::. ::: ..::: .::.::::: : :.
CCDS45 LNYCTHHSPCKNGATCSNSGQRSYTCTCRPGYTGVDCELELSECDSNPCRNGGSCKDQED
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 SYSCTCPPGFYGKICELSAMTCADGPCFNGGRCSDSPDGG-YSCRCPVGYSGFNCEKKID
.: : ::::.:: :: :...:::.:::::: : . .:. :.:.:: ...: :::::.:
CCDS45 GYHCLCPPGYYGLHCEHSTLSCADSPCFNGGSCRERNQGANYACECPPNFTGSNCEKKVD
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 YCSSSPCSNGAKCVDLGDAYLCRCQAGFSGRHCDDNVDDCASSPCANGGTCRDGVNDFSC
:.:.::.::..:.. : . .:::. ::.: .:. .:.::: .:::.::::.: : . :
CCDS45 RCTSNPCANGGQCLNRGPSRMCRCRPGFTGTYCELHVSDCARNPCAHGGTCHDLENGLMC
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 TCPPGYTGRNCSA--PVSRCEHAPCHNGATCHE--RGHRYVCECARGYGGPNCQFLLPEL
::: :..:: : . .. : .:: : :::. .::.: :. : :.: . :
CCDS45 TCPAGFSGRRCEVRTSIDACASSPCFNRATCYTDLSTDTFVCNCPYGFVGSRCEFPVG-L
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KE0 PPGPAVVDLTEKLEGQGGPFPWVAVCAGVIL-VLMLLLGCAAVVVCVRLRLQKHRPPADP
::. :::::: :: : ::..::: .::.: .:::.. : :
CCDS45 PPS----------------FPWVAVSLGVGLAVLLVLLGMVAVAV-RQLRLRR---PDD-
530 540 550 560
590 600 610 620 630 640
pF1KE0 CRGETETMNNLANCQREKDISVSIIGATQIKNTNKKADFHGDHSADK-NGFKARYPAVDY
: :.::::.. :.. ..: :.:.::::.: ... : . :: : : . ..::
CCDS45 --GSREAMNNLSDFQKD-----NLIPAAQLKNTNQKKELEVDCGLDKSNCGKQQNHTLDY
570 580 590 600 610
650 660 670 680 690 700
pF1KE0 NLVQDLKGDDTAV-RDAHSKRDTKCQPQGSSGEEKGTPTTLRGGEASERKRPDSGCSTSK
::. : : . :: . : ::. .: :.. : : : .. :: .
CCDS45 NLAPGPLGRGTMPGKFPHSDK--------SLGEK--APLRLHS-EKPE-CRISAICSP-R
620 630 640 650 660
710 720
pF1KE0 DTKYQSVYVISEEKDECVIATEV
:. :::: .::::..::::::::
CCDS45 DSMYQSVCLISEERNECVIATEV
670 680
>>CCDS13112.1 JAG1 gene_id:182|Hs108|chr20 (1218 aa)
initn: 2203 init1: 962 opt: 1771 Z-score: 1196.8 bits: 232.8 E(32554): 2.4e-60
Smith-Waterman score: 1784; 41.3% identity (64.8% similar) in 576 aa overlap (2-531:11-576)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MGSRCALALAVLSALLCQV-WSSGVFELKLQEFVNKKGLLGNRNCCRGGAG
: .: ::.: :: .: .:: :::.. . : .: : : ::: :::
CCDS13 MRSPRTRGRSGRPLSLLLALLCALRAKVCGASGQFELEILSMQNVNGELQNGNCC-GGAR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE0 PP---PCA---CRTFFRVCLKHYQASVSPEPPCTYGSAVTPVLGVDSFSLPDGGGADSAF
: :. : :.:.::::.::. :. ::..::. :::.: ..:.: . : :
CCDS13 NPGDRKCTRDECDTYFKVCLKEYQSRVTAGGPCSFGSGSTPVIGGNTFNLKASRGND---
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 SNPIRFPFGFTWPGTFSLIIEALHTDSPDDLATENPERLISRLATQRHLTVGEEWSQDLH
: : .::.:.:: ...:..:: :: .: : .:. .: . . . .. ...:. .
CCDS13 RNRIVLPFSFAWPRSYTLLVEAW--DSSND--TVQPDSIIEKASHSGMINPSRQWQTLKQ
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 SSGRTDLKYSYRFVCDEHYYGEGCSVFCRPRDDAFGHFTCGERGEKVCNPGWKGPYCTEP
..: . ..:. : .::..::: ::. ::::::: :::..: . :.:.: :: :: :..
CCDS13 NTGVAHFEYQIRVTCDDYYYGFGCNKFCRPRDDFFGHYACDQNGNKTCMEGWMGPECNRA
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ICLPGCDEQHGFCDKPGECKCRVGWQGRYCDECIRYPGCLHGTCQQPWQCNCQEGWGGLF
:: ::. .:: : ::.:.:. :::: :::.:: .:::.:: :..:::: :. .::: .
CCDS13 ICRQGCSPKHGSCKLPGDCRCQYGWQGLYCDKCIPHPGCVHGICNEPWQCLCETNWGGQL
240 250 260 270 280 290
290 300 310
pF1KE0 CNQDLNYCTHHKPCKNGATCTNTGQGSYTCSC----------------------------
:..::::: :.:: ::.::.::: .: :::
CCDS13 CDKDLNYCGTHQPCLNGGTCSNTGPDKYQCSCPEGYSGPNCEIAEHACLSDPCHNRGSCK
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360
pF1KE0 ----------RPGYTGATCELGIDECDPSPCKNGGSCTDLENSYSCTCPPGFYGKICELS
::.:: :: .::.:.:. :..::.: :: :...:.::: . :: :.:.
CCDS13 ETSLGFECECSPGWTGPTCSTNIDDCSPNNCSHGGTCQDLVNGFKCVCPPQWTGKTCQLD
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 AMTCADGPCFNGGRCSDSPDGGYSCRCPVGYSGFNCEKKIDYCSSSPCSNGAKCVDLGDA
: : :: :. :.. ..: : : :. : ::. .:. : .. :.: :.: :: ..
CCDS13 ANECEAKPCVNAKSCKNLI-ASYYCDCLPGWMGQNCDININDCLGQ-CQNDASCRDLVNG
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 YLCRCQAGFSGRHCDDNVDDCASSPCANGGTCRDGVNDFSCTCPPGYTGRNCSAPVSRCE
: : : :..: ::. ..:.:::.:: ::: :.. .: :.: :: :..: :. .. ::
CCDS13 YRCICPPGYAGDHCERDIDECASNPCLNGGHCQNEINRFQCLCPTGFSGNLCQLDIDYCE
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 HAPCHNGATCHERGHRYVCECARGYGGPNCQFLLPELPPGPA-VVDLTEKLEGQGGPFPW
::.::: :..:. : :.: . : : ::. : . : :.:
CCDS13 PNPCQNGAQCYNRASDYFCKCPEDYEGKNCSHLKDHCRTTPCEVIDSCTVAMASNDTPEG
540 550 560 570 580 590
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: : :: : : .:. :. .: . :.: :. : :.::.. :. .::...
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310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ATCTNTGQGSYTCSCRPGYTGATCELGIDECDPSPCKNGGSCTDLENSYSCTCPPGFYGK
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370 380 390 400 410 420
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::... ::..::...::: :. . ..:.::.:..: :. .: :.:.::.:::::.
CCDS43 HCEVNTDECASSPCLHNGRCLDKINE-FQCECPTGFTGHLCQYDVDECASTPCKNGAKCL
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: ..: : : :..: ::. ..:.: .:: . :.:.::: :.: : :::::..: .
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...: ::..:.::..: . :.: : .: ::::.. : . .:
CCDS43 INECSSQPCRHGGTCQDRDNAYLCFCLKGTTGPNCEINLDDCASSPCDSGTCLDKIDGYE
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. .:. : :.. . :. .: : .. ..: .: : . .:
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CCDS90 DGFICRCPPGFSGARCQSSCGQVKCRKGEQCVHTASGPRCFCPSPRDCESGCASSPCQHG
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..:: . . : :.:: ..: :.. : ::
CCDS90 GSCHPQRQPPYYSCQCAPPFSGSRCELYTAPPSTPPATCLSQYCADKARDGVCDEACNSH
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CCDS90 ACQWDGGDCSLTMENPWANCSSPLPCWDYINNQCDELCNTVECLFDNFECQGNSKTCKYD
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CCDS12 SYRARCEPPAVGTACTRLCRPRS---APSRCGP-GLRPCAP--LEDECEAPLVCRAGCSP
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: . . : : : : :: .:: :::::.. :. :
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::: :::: ::.:..::::::::::: : . .::..: :.:: :..: ::::..: ::
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.:: ::. :.::: : :::.:::.: .:. ..::::. ::::::: .: . :.:
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. : : .. : .:: . : : ..: :: :
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CCDS12 VHALPDALNNLRTQEGSGDGPSSSVDWNRPEDVDPQGIYVISAPSIYAREA
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CCDS12 MVSPRMSGLLSQTVILALIFLPQTRPAGVFELQIHSFGPGPGPGAPRSPC--SARLP---
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