Result of FASTA (omim) for
pFN21AE0060
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0060, 575 aa
1>>>pF1KE0060 575 - 575 aa - 575 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9513+/-0.000415; mu= 2.0777+/- 0.026
mean_var=207.4715+/-41.770, 0's: 0 Z-trim(116.9): 43 B-trim: 0 in 0/58
Lambda= 0.089042
statistics sampled from 28339 (28381) to 28339 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.333), width: 16
Scan time: 11.340
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_073150 (OMIM: 609934) transcription factor COE2 ( 575) 3852 508.0 3.3e-143
NP_001311037 (OMIM: 164343) transcription factor C ( 583) 3137 416.2 1.5e-115
NP_001311036 (OMIM: 164343) transcription factor C ( 584) 3125 414.6 4.4e-115
NP_001311035 (OMIM: 164343) transcription factor C ( 595) 3081 409.0 2.2e-113
XP_016864684 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 595) 3081 409.0 2.2e-113
XP_016864683 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 596) 3069 407.4 6.5e-113
XP_005252726 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 587) 3039 403.6 9.3e-112
XP_005252724 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 620) 3039 403.6 9.7e-112
NP_001005463 (OMIM: 607407) transcription factor C ( 551) 2997 398.2 3.7e-110
XP_016864687 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 553) 2951 392.3 2.3e-108
NP_076870 (OMIM: 164343) transcription factor COE1 ( 591) 2912 387.3 7.6e-107
NP_001311032 (OMIM: 164343) transcription factor C ( 603) 2912 387.3 7.8e-107
XP_016864682 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 603) 2912 387.3 7.8e-107
XP_016864686 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 565) 2895 385.1 3.4e-106
NP_001103984 (OMIM: 609935) transcription factor C ( 598) 2681 357.6 6.6e-98
XP_006723663 (OMIM: 609935) PREDICTED: transcripti ( 571) 2622 350.0 1.2e-95
XP_016883472 (OMIM: 609935) PREDICTED: transcripti ( 619) 2571 343.5 1.2e-93
XP_016883473 (OMIM: 609935) PREDICTED: transcripti ( 646) 2571 343.5 1.3e-93
NP_874367 (OMIM: 164343) transcription factor COE1 ( 560) 2125 286.2 2e-76
XP_016864692 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 360) 2014 271.8 2.7e-72
XP_016864690 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 384) 1932 261.2 4.3e-69
NP_001311040 (OMIM: 164343) transcription factor C ( 459) 1673 228.0 5.1e-59
XP_016864689 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 397) 1617 220.8 6.7e-57
XP_016864688 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 397) 1617 220.8 6.7e-57
XP_016864685 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 566) 1617 220.9 8.8e-57
XP_011537877 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 457) 1547 211.8 3.8e-54
NP_001277289 (OMIM: 164343) transcription factor C ( 592) 1523 208.8 4e-53
NP_001311030 (OMIM: 164343) transcription factor C ( 604) 1523 208.8 4e-53
XP_016864681 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 604) 1523 208.8 4e-53
XP_016871516 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 497) 1497 205.4 3.5e-52
XP_006717807 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 530) 1497 205.5 3.7e-52
XP_011537876 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 534) 1497 205.5 3.7e-52
XP_006717806 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 560) 1497 205.5 3.8e-52
XP_006717805 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 593) 1497 205.5 4e-52
XP_006717804 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 596) 1497 205.5 4e-52
XP_005252725 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 596) 1497 205.5 4e-52
XP_006717803 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 628) 1497 205.5 4.2e-52
XP_006717802 (OMIM: 607407) PREDICTED: transcripti ( 629) 1497 205.5 4.2e-52
XP_016864691 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 361) 1479 203.0 1.3e-51
NP_001311038 (OMIM: 164343) transcription factor C ( 544) 1479 203.2 1.9e-51
XP_016864693 (OMIM: 164343) PREDICTED: transcripti ( 348) 1337 184.8 4e-46
XP_016883474 (OMIM: 609935) PREDICTED: transcripti ( 369) 1301 180.2 1e-44
>>NP_073150 (OMIM: 609934) transcription factor COE2 [Ho (575 aa)
initn: 3852 init1: 3852 opt: 3852 Z-score: 2691.9 bits: 508.0 E(85289): 3.3e-143
Smith-Waterman score: 3852; 100.0% identity (100.0% similar) in 575 aa overlap (1-575:1-575)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MFGIQDTLGRGPTLKEKSLGAEMDSVRSWVRNVGVVDANVAAQSGVALSRAHFEKQPPSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 MFGIQDTLGRGPTLKEKSLGAEMDSVRSWVRNVGVVDANVAAQSGVALSRAHFEKQPPSN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 LRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVDFVENDKEQGNEKTNNGTHYKLQLLYSNGVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 LRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVDFVENDKEQGNEKTNNGTHYKLQLLYSNGVR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 TEQDLYVRLIDSVTKQPIAYEGQNKNPEMCRVLLTHEVMCSRCCEKKSCGNRNETPSDPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 TEQDLYVRLIDSVTKQPIAYEGQNKNPEMCRVLLTHEVMCSRCCEKKSCGNRNETPSDPV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 IIDRFFLKFFLKCNQNCLKTAGNPRDMRRFQVVLSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 IIDRFFLKFFLKCNQNCLKTAGNPRDMRRFQVVLSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKHG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 RRARRLDPSEATPCIKAISPSEGWTTGGAMVIIIGDNFFDGLQVVFGTMLVWSELITPHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 RRARRLDPSEATPCIKAISPSEGWTTGGAMVIIIGDNFFDGLQVVFGTMLVWSELITPHA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 IRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGAPGRFIYTALNEPTIDYGFQRLQKVIPRHPGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 IRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGAPGRFIYTALNEPTIDYGFQRLQKVIPRHPGD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 PERLAKEMLLKRAADLVEALYGTPHNNQDIILKRAADIAEALYSVPRNPSQLPALSSSPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 PERLAKEMLLKRAADLVEALYGTPHNNQDIILKRAADIAEALYSVPRNPSQLPALSSSPA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 HSGMMGINSYGSQLGVSISESTQGNNQGYIRNTSSISPRGYSSSSTPQQSNYSTSSNSMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 HSGMMGINSYGSQLGVSISESTQGNNQGYIRNTSSISPRGYSSSSTPQQSNYSTSSNSMN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 GYSNVPMANLGVPGSPGFLNGSPTGSPYGIMSSSPTVGSSSTSSILPFSSSVFPAVKQKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 GYSNVPMANLGVPGSPGFLNGSPTGSPYGIMSSSPTVGSSSTSSILPFSSSVFPAVKQKS
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KE0 AFAPVIRPQGSPSPACSSGNGNGFRAMTGLVVPPM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 AFAPVIRPQGSPSPACSSGNGNGFRAMTGLVVPPM
550 560 570
>>NP_001311037 (OMIM: 164343) transcription factor COE1 (583 aa)
initn: 3029 init1: 2792 opt: 3137 Z-score: 2195.4 bits: 416.2 E(85289): 1.5e-115
Smith-Waterman score: 3137; 77.9% identity (93.3% similar) in 585 aa overlap (1-575:1-583)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MFGIQDTLGR-GPTLKEKSLGAEMDSVRSWVRNVGVVDANVAAQSGVALSRAHFEKQPPS
:::::... : : ..::. ::. :..::.:....::.:::.::::::.:.::::::::::
NP_001 MFGIQESIQRSGSSMKEEPLGSGMNAVRTWMQGAGVLDANTAAQSGVGLARAHFEKQPPS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVDFVENDKEQGNEKTNNGTHYKLQLLYSNGV
:::::::::::::::::::::::::::::: :::..:: ..:::::: ::.::::::::.
NP_001 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVGFVEKEKEANSEKTNNGIHYRLQLLYSNGI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RTEQDLYVRLIDSVTKQPIAYEGQNKNPEMCRVLLTHEVMCSRCCEKKSCGNRNETPSDP
:::::.:::::::.::: :.::::.:::::::::::::.::::::.::::::::::::::
NP_001 RTEQDFYVRLIDSMTKQAIVYEGQDKNPEMCRVLLTHEIMCSRCCDKKSCGNRNETPSDP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKTAGNPRDMRRFQVVLSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
::::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
NP_001 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKNAGNPRDMRRFQVVVSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 GRRARRLDPSEATPCIKAISPSEGWTTGGAMVIIIGDNFFDGLQVVFGTMLVWSELITPH
:::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::.::::::::::::::
NP_001 GRRARRLDPSEATPCIKAISPSEGWTTGGATVIIIGDNFFDGLQVIFGTMLVWSELITPH
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 AIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGAPGRFIYTALNEPTIDYGFQRLQKVIPRHPG
:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGTPGRFIYTALNEPTIDYGFQRLQKVIPRHPG
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 DPERLAKEMLLKRAADLVEALYGTPHNNQDIILKRAADIAEALYSVPRNPSQLPALSSSP
::::: ::..::::::::::::: :::::.::::::::::::::::::: .:::::...
NP_001 DPERLPKEVILKRAADLVEALYGMPHNNQEIILKRAADIAEALYSVPRNHNQLPALANTS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 AHSGMMGINSYGSQLGVSISESTQGNNQGYIRNTSSISPRGYSSSSTPQQSNYSTSSNSM
.:.::::.::...::.:..::..:..:::. ::.::.::.:: :.::::.::.. ..::
NP_001 VHAGMMGVNSFSGQLAVNVSEASQATNQGFTRNSSSVSPHGYVPSTTPQQTNYNSVTTSM
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 NGYSNVPMANLGVPGSPGFLNGSPTGSPYGIMSSSPTVGSS--------STSSILPFS-S
:::... :.::: ::: ::::: ..:::.:. ::::..:: :.:.:. :: .
NP_001 NGYGSAAMSNLG--GSPTFLNGSAANSPYAIVPSSPTMASSTSLPSNCSSSSGIFSFSPA
490 500 510 520 530
540 550 560 570
pF1KE0 SVFPAVKQKSAFAPVIRPQGSPSPACSSGNGNGFRAMTGLVVPPM
.. :::::::::::.::: :: :.:.: :::...:..:..::::
NP_001 NMVSAVKQKSAFAPVVRPQTSPPPTCTSTNGNSLQAISGMIVPPM
540 550 560 570 580
>>NP_001311036 (OMIM: 164343) transcription factor COE1 (584 aa)
initn: 1788 init1: 1435 opt: 3125 Z-score: 2187.1 bits: 414.6 E(85289): 4.4e-115
Smith-Waterman score: 3125; 77.8% identity (93.2% similar) in 586 aa overlap (1-575:1-584)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MFGIQDTLGR-GPTLKEKSLGAEMDSVRSWVRNVGVVDANVAAQSGVALSRAHFEKQPPS
:::::... : : ..::. ::. :..::.:....::.:::.::::::.:.::::::::::
NP_001 MFGIQESIQRSGSSMKEEPLGSGMNAVRTWMQGAGVLDANTAAQSGVGLARAHFEKQPPS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVDFVENDKEQGNEKTNNGTHYKLQLLYSNGV
:::::::::::::::::::::::::::::: :::..:: ..:::::: ::.::::::::.
NP_001 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVGFVEKEKEANSEKTNNGIHYRLQLLYSNGI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RTEQDLYVRLIDSVTKQPIAYEGQNKNPEMCRVLLTHEVMCSRCCEKKSCGNRNETPSDP
:::::.:::::::.::: :.::::.:::::::::::::.::::::.::::::::::::::
NP_001 RTEQDFYVRLIDSMTKQAIVYEGQDKNPEMCRVLLTHEIMCSRCCDKKSCGNRNETPSDP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKTAGNPRDMRRFQVVLSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
::::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
NP_001 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKNAGNPRDMRRFQVVVSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 GRRARRLDPSEA-TPCIKAISPSEGWTTGGAMVIIIGDNFFDGLQVVFGTMLVWSELITP
:::::::::::: :::::::::::::::::: ::::::::::::::.:::::::::::::
NP_001 GRRARRLDPSEAATPCIKAISPSEGWTTGGATVIIIGDNFFDGLQVIFGTMLVWSELITP
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 HAIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGAPGRFIYTALNEPTIDYGFQRLQKVIPRHP
::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HAIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGTPGRFIYTALNEPTIDYGFQRLQKVIPRHP
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 GDPERLAKEMLLKRAADLVEALYGTPHNNQDIILKRAADIAEALYSVPRNPSQLPALSSS
:::::: ::..::::::::::::: :::::.::::::::::::::::::: .:::::...
NP_001 GDPERLPKEVILKRAADLVEALYGMPHNNQEIILKRAADIAEALYSVPRNHNQLPALANT
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 PAHSGMMGINSYGSQLGVSISESTQGNNQGYIRNTSSISPRGYSSSSTPQQSNYSTSSNS
.:.::::.::...::.:..::..:..:::. ::.::.::.:: :.::::.::.. ..:
NP_001 SVHAGMMGVNSFSGQLAVNVSEASQATNQGFTRNSSSVSPHGYVPSTTPQQTNYNSVTTS
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520
pF1KE0 MNGYSNVPMANLGVPGSPGFLNGSPTGSPYGIMSSSPTVGSS--------STSSILPFS-
::::... :.::: ::: ::::: ..:::.:. ::::..:: :.:.:. ::
NP_001 MNGYGSAAMSNLG--GSPTFLNGSAANSPYAIVPSSPTMASSTSLPSNCSSSSGIFSFSP
490 500 510 520 530
530 540 550 560 570
pF1KE0 SSVFPAVKQKSAFAPVIRPQGSPSPACSSGNGNGFRAMTGLVVPPM
... :::::::::::.::: :: :.:.: :::...:..:..::::
NP_001 ANMVSAVKQKSAFAPVVRPQTSPPPTCTSTNGNSLQAISGMIVPPM
540 550 560 570 580
>>NP_001311035 (OMIM: 164343) transcription factor COE1 (595 aa)
initn: 3080 init1: 2792 opt: 3081 Z-score: 2156.4 bits: 409.0 E(85289): 2.2e-113
Smith-Waterman score: 3081; 78.3% identity (93.2% similar) in 575 aa overlap (1-565:1-573)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MFGIQDTLGR-GPTLKEKSLGAEMDSVRSWVRNVGVVDANVAAQSGVALSRAHFEKQPPS
:::::... : : ..::. ::. :..::.:....::.:::.::::::.:.::::::::::
NP_001 MFGIQESIQRSGSSMKEEPLGSGMNAVRTWMQGAGVLDANTAAQSGVGLARAHFEKQPPS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVDFVENDKEQGNEKTNNGTHYKLQLLYSNGV
:::::::::::::::::::::::::::::: :::..:: ..:::::: ::.::::::::.
NP_001 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVGFVEKEKEANSEKTNNGIHYRLQLLYSNGI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RTEQDLYVRLIDSVTKQPIAYEGQNKNPEMCRVLLTHEVMCSRCCEKKSCGNRNETPSDP
:::::.:::::::.::: :.::::.:::::::::::::.::::::.::::::::::::::
NP_001 RTEQDFYVRLIDSMTKQAIVYEGQDKNPEMCRVLLTHEIMCSRCCDKKSCGNRNETPSDP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKTAGNPRDMRRFQVVLSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
::::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
NP_001 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKNAGNPRDMRRFQVVVSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 GRRARRLDPSEATPCIKAISPSEGWTTGGAMVIIIGDNFFDGLQVVFGTMLVWSELITPH
:::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::.::::::::::::::
NP_001 GRRARRLDPSEATPCIKAISPSEGWTTGGATVIIIGDNFFDGLQVIFGTMLVWSELITPH
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
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::::: ::..::::::::::::: :::::.::::::::::::::::::: .:::::...
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.:.::::.::...::.:..::..:..:::. ::.::.::.:: :.::::.::.. ..::
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:::... :.::: ::: ::::: ..:::.:. ::::..:: :.:.:. :: .
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.. :::::::::::.::: :: :.:.: :::...
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::::: ::..::::::::::::: :::::.::::::::::::::::::: .:::::...
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:::::... : : ..::. ::. :..::.:....::.:::.::::::.:.::::::::::
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XP_016 GRRARRLDPSEAATPCIKAISPSEGWTTGGATVIIIGDNFFDGLQVIFGTMLVWSELITP
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:::::: ::..::::::::::::: :::::.::::::::::::::::::: .:::::...
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... :::::::::::.::: :: :.:.: :::...
XP_016 ANMVSAVKQKSAFAPVVRPQTSPPPTCTSTNGNSLQDQSFVDSSKFSSAGSLPGLAFS
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NP_001 MFGIQENIPRGGTTMKEEPLGSGMNPVRSWMHTAGVVDANTAAQSGVGLARAHFEKQPPS
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NP_001 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVDFVEKEKEPNNEKTNNGIHYKLQLLYSNGV
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NP_001 RTEQDLYVRLIDSMTKQAIVYEGQDKNPEMCRVLLTHEIMCSRCCDKKSCGNRNETPSDP
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NP_001 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKNAGNPRDMRRFQVVVSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
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NP_001 GRRARRLDPSEATPCIKAISPSEGWTTGGATVIIIGDNFFDGLQVVFGTMLVWSELITPH
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