Result of FASTA (omim) for
pFN21AE0029
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0029, 530 aa
1>>>pF1KE0029 530 - 530 aa - 530 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3742+/-0.000429; mu= 13.9519+/- 0.027
mean_var=99.7659+/-19.901, 0's: 0 Z-trim(113.2): 16 B-trim: 411 in 1/55
Lambda= 0.128405
statistics sampled from 22449 (22462) to 22449 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.632), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16
Scan time: 10.570
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011513891 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hycc ( 521) 1719 329.3 1.7e-89
NP_115970 (OMIM: 610531,610532) hyccin [Homo sapie ( 521) 1719 329.3 1.7e-89
XP_011513892 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hycc ( 370) 1492 287.2 6e-77
XP_005249951 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hycc ( 419) 1488 286.5 1.1e-76
XP_005249952 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hycc ( 406) 1482 285.3 2.3e-76
>>XP_011513891 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hyccin i (521 aa)
initn: 1617 init1: 1539 opt: 1719 Z-score: 1727.5 bits: 329.3 E(85289): 1.7e-89
Smith-Waterman score: 1719; 52.1% identity (78.2% similar) in 537 aa overlap (1-526:1-518)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MLGTDRCVVEEWLSEFKALPDTQITSYAATLHRKKTLVPALYKVIQDSNNELLEPVCHQL
:. ... ::::::::::.::.:.. .::..:. :..:: .::::::. ..::::::::::
XP_011 MFTSEKGVVEEWLSEFKTLPETSLPNYATNLKDKSSLVSSLYKVIQEPQSELLEPVCHQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 FELYRSSEVRLKRFTLQFLPELMWVYLRLTVSRDRQSNGCIEALLLGIYNLEIADKDGNN
::.:::.: .: .:::::::::.: :: ...::. .:.:::::::::.:::::.::.:..
XP_011 FEFYRSGEEQLLQFTLQFLPELIWCYLAVSASRNVHSSGCIEALLLGVYNLEIVDKQGHT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 KVLSFTIPSLSKPSIYHEPSTIGSMALTEGALCQHDLIRVVYSDLHPQRETFTAQNRFEV
::::::::::::::.:::::.::::::::.:: :: : .:::: ::::: .::::::::
XP_011 KVLSFTIPSLSKPSVYHEPSSIGSMALTESALSQHGLSKVVYSGPHPQREMLTAQNRFEV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 LSFLMLCYNSAIVYMPASSYQSLCRMGSRVCVSGFPRQHEKHWKELCGRIVLDPEFMVQL
:.::.::::.:..:::. : ::::.. ::.:: :.:::: ...: . .:: .. ::::.
XP_011 LTFLLLCYNAALTYMPSVSLQSLCQICSRICVCGYPRQHVRKYKGISSRIPVSSGFMVQM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LTGVYYAMYNGQWDLGQEVLDDIIYRAQLELFSQPLLVANAMKNSLPFDAPDSTQEGQKV
:::.:.:.:::.:::.:..::::::::::::. .:::::::.: ::: :..:: .
XP_011 LTGIYFAFYNGEWDLAQKALDDIIYRAQLELYPEPLLVANAIKASLPHGPMKSNKEGTRC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 LKVEVTPTVPRISRTAITTASIRRHRWRREGAEGVNGGEESVNLNDADEGFSSGASLSSQ
..::.::: ::::.:.:. ::: :::.:.: ..: :: ......:::: : :. :..
XP_011 IQVEITPTSSRISRNAVTSMSIRGHRWKRHGNTELTGQEELMEISEVDEGFYSRAASSTS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE0 PIGTKPSSS--SQRGSL-----RKVATGRSAKDKETASAIKSSESPRDSVVRKQYVQQPT
: . :: :.. :. :. .. ..:.::: ..:: .: .::: .:.
XP_011 QSGLSNSSHNCSNKPSIGKNHRRSGGSKTGGKEKET-----TGESCKDHFARKQ-TQRAQ
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE0 DLSVDSVELTPMKKHLSLPAGQVVPKINSLSLIRTASASSSKSFDYVNG----SQASTSI
. ...:: .:. :.: ..: .:: .: .: .::.. ::::. :.: . :...
XP_011 S---ENLELLSLKR-LTLTTSQSLPKPSSHGLAKTAATVFSKSFEQVSGVTVPHNPSSAV
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 GVGTEGGTNLAANNANRYSTVSLQEDRLGQAGEGKELLSPGAPLTKQSRSPSFNMQLISQ
: : :...:::.:. ::::..: ..: :: : . :.: ::... :
XP_011 GCG-------AGTDANRFSACSLQEEKLIYVSERTEL--PMKHQSGQQRPPSISITLSTD
480 490 500 510 520
530
pF1KE0 V
>>NP_115970 (OMIM: 610531,610532) hyccin [Homo sapiens] (521 aa)
initn: 1617 init1: 1539 opt: 1719 Z-score: 1727.5 bits: 329.3 E(85289): 1.7e-89
Smith-Waterman score: 1719; 52.1% identity (78.2% similar) in 537 aa overlap (1-526:1-518)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MLGTDRCVVEEWLSEFKALPDTQITSYAATLHRKKTLVPALYKVIQDSNNELLEPVCHQL
:. ... ::::::::::.::.:.. .::..:. :..:: .::::::. ..::::::::::
NP_115 MFTSEKGVVEEWLSEFKTLPETSLPNYATNLKDKSSLVSSLYKVIQEPQSELLEPVCHQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 FELYRSSEVRLKRFTLQFLPELMWVYLRLTVSRDRQSNGCIEALLLGIYNLEIADKDGNN
::.:::.: .: .:::::::::.: :: ...::. .:.:::::::::.:::::.::.:..
NP_115 FEFYRSGEEQLLQFTLQFLPELIWCYLAVSASRNVHSSGCIEALLLGVYNLEIVDKQGHT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 KVLSFTIPSLSKPSIYHEPSTIGSMALTEGALCQHDLIRVVYSDLHPQRETFTAQNRFEV
::::::::::::::.:::::.::::::::.:: :: : .:::: ::::: .::::::::
NP_115 KVLSFTIPSLSKPSVYHEPSSIGSMALTESALSQHGLSKVVYSGPHPQREMLTAQNRFEV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 LSFLMLCYNSAIVYMPASSYQSLCRMGSRVCVSGFPRQHEKHWKELCGRIVLDPEFMVQL
:.::.::::.:..:::. : ::::.. ::.:: :.:::: ...: . .:: .. ::::.
NP_115 LTFLLLCYNAALTYMPSVSLQSLCQICSRICVCGYPRQHVRKYKGISSRIPVSSGFMVQM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LTGVYYAMYNGQWDLGQEVLDDIIYRAQLELFSQPLLVANAMKNSLPFDAPDSTQEGQKV
:::.:.:.:::.:::.:..::::::::::::. .:::::::.: ::: :..:: .
NP_115 LTGIYFAFYNGEWDLAQKALDDIIYRAQLELYPEPLLVANAIKASLPHGPMKSNKEGTRC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 LKVEVTPTVPRISRTAITTASIRRHRWRREGAEGVNGGEESVNLNDADEGFSSGASLSSQ
..::.::: ::::.:.:. ::: :::.:.: ..: :: ......:::: : :. :..
NP_115 IQVEITPTSSRISRNAVTSMSIRGHRWKRHGNTELTGQEELMEISEVDEGFYSRAASSTS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE0 PIGTKPSSS--SQRGSL-----RKVATGRSAKDKETASAIKSSESPRDSVVRKQYVQQPT
: . :: :.. :. :. .. ..:.::: ..:: .: .::: .:.
NP_115 QSGLSNSSHNCSNKPSIGKNHRRSGGSKTGGKEKET-----TGESCKDHFARKQ-TQRAQ
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE0 DLSVDSVELTPMKKHLSLPAGQVVPKINSLSLIRTASASSSKSFDYVNG----SQASTSI
. ...:: .:. :.: ..: .:: .: .: .::.. ::::. :.: . :...
NP_115 S---ENLELLSLKR-LTLTTSQSLPKPSSHGLAKTAATVFSKSFEQVSGVTVPHNPSSAV
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 GVGTEGGTNLAANNANRYSTVSLQEDRLGQAGEGKELLSPGAPLTKQSRSPSFNMQLISQ
: : :...:::.:. ::::..: ..: :: : . :.: ::... :
NP_115 GCG-------AGTDANRFSACSLQEEKLIYVSERTEL--PMKHQSGQQRPPSISITLSTD
480 490 500 510 520
530
pF1KE0 V
>>XP_011513892 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hyccin i (370 aa)
initn: 1487 init1: 1461 opt: 1492 Z-score: 1502.4 bits: 287.2 E(85289): 6e-77
Smith-Waterman score: 1492; 62.6% identity (87.1% similar) in 348 aa overlap (1-348:1-346)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MLGTDRCVVEEWLSEFKALPDTQITSYAATLHRKKTLVPALYKVIQDSNNELLEPVCHQL
:. ... ::::::::::.::.:.. .::..:. :..:: .::::::. ..::::::::::
XP_011 MFTSEKGVVEEWLSEFKTLPETSLPNYATNLKDKSSLVSSLYKVIQEPQSELLEPVCHQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 FELYRSSEVRLKRFTLQFLPELMWVYLRLTVSRDRQSNGCIEALLLGIYNLEIADKDGNN
::.:::.: .: .:::::::::.: :: ...::. .:.:::::::::.:::::.::.:..
XP_011 FEFYRSGEEQLLQFTLQFLPELIWCYLAVSASRNVHSSGCIEALLLGVYNLEIVDKQGHT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 KVLSFTIPSLSKPSIYHEPSTIGSMALTEGALCQHDLIRVVYSDLHPQRETFTAQNRFEV
::::::::::::::.:::::.::::::::.:: :: : .:::: ::::: .::::::::
XP_011 KVLSFTIPSLSKPSVYHEPSSIGSMALTESALSQHGLSKVVYSGPHPQREMLTAQNRFEV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 LSFLMLCYNSAIVYMPASSYQSLCRMGSRVCVSGFPRQHEKHWKELCGRIVLDPEFMVQL
:.::.::::.:..:::. : ::::.. ::.:: :.:::: ...: . .:: .. ::::.
XP_011 LTFLLLCYNAALTYMPSVSLQSLCQICSRICVCGYPRQHVRKYKGISSRIPVSSGFMVQM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LTGVYYAMYNGQWDLGQEVLDDIIYRAQLELFSQPLLVANAMKNSLPFDAPDSTQEGQKV
:::.:.:.:::.:::.:..::::::::::::. .:::::::.: ::: :..:: .
XP_011 LTGIYFAFYNGEWDLAQKALDDIIYRAQLELYPEPLLVANAIKASLPHGPMKSNKEGTRC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 LKVEVTPTVPRISRTAITTASIRRHRWRREGAEGVNGGEESVNLNDADEGFSSGASLSSQ
..::.::: ::::.:.:. ::: :::.:.: : .:.... . ::.:
XP_011 IQVEITPTSSRISRNAVTSMSIRGHRWKRHG--GSKGSRQNSTSNDVDSVSCWNLQSLFK
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 PIGTKPSSSSQRGSLRKVATGRSAKDKETASAIKSSESPRDSVVRKQYVQQPTDLSVDSV
XP_011 YDLNCQKIVFKI
360 370
>>XP_005249951 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hyccin i (419 aa)
initn: 1463 init1: 1463 opt: 1488 Z-score: 1497.6 bits: 286.5 E(85289): 1.1e-76
Smith-Waterman score: 1488; 54.2% identity (80.0% similar) in 421 aa overlap (1-419:1-413)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MLGTDRCVVEEWLSEFKALPDTQITSYAATLHRKKTLVPALYKVIQDSNNELLEPVCHQL
:. ... ::::::::::.::.:.. .::..:. :..:: .::::::. ..::::::::::
XP_005 MFTSEKGVVEEWLSEFKTLPETSLPNYATNLKDKSSLVSSLYKVIQEPQSELLEPVCHQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 FELYRSSEVRLKRFTLQFLPELMWVYLRLTVSRDRQSNGCIEALLLGIYNLEIADKDGNN
::.:::.: .: .:::::::::.: :: ...::. .:.:::::::::.:::::.::.:..
XP_005 FEFYRSGEEQLLQFTLQFLPELIWCYLAVSASRNVHSSGCIEALLLGVYNLEIVDKQGHT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 KVLSFTIPSLSKPSIYHEPSTIGSMALTEGALCQHDLIRVVYSDLHPQRETFTAQNRFEV
::::::::::::::.:::::.::::::::.:: :: : .:::: ::::: .::::::::
XP_005 KVLSFTIPSLSKPSVYHEPSSIGSMALTESALSQHGLSKVVYSGPHPQREMLTAQNRFEV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 LSFLMLCYNSAIVYMPASSYQSLCRMGSRVCVSGFPRQHEKHWKELCGRIVLDPEFMVQL
:.::.::::.:..:::. : ::::.. ::.:: :.:::: ...: . .:: .. ::::.
XP_005 LTFLLLCYNAALTYMPSVSLQSLCQICSRICVCGYPRQHVRKYKGISSRIPVSSGFMVQM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LTGVYYAMYNGQWDLGQEVLDDIIYRAQLELFSQPLLVANAMKNSLPFDAPDSTQEGQKV
:::.:.:.:::.:::.:..::::::::::::. .:::::::.: ::: :..:: .
XP_005 LTGIYFAFYNGEWDLAQKALDDIIYRAQLELYPEPLLVANAIKASLPHGPMKSNKEGTRC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE0 LKVEVTPTVPRISRTAITTASIRRHRWRREGAEGVNGGEESVNLNDADE-GFSSGASLSS
..::.::: ::::.:.:. ::: :::.:. :. : ::: : :. .:
XP_005 IQVEITPTSSRISRNAVTSMSIRGHRWKRH--------EQPDNNNDATELGILVIPEISV
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 QPIGTKPSSSSQRG-SLRKVATGRSAKDKETASAIKSSESPRDSVVRKQYVQQPTDLSVD
.. . ......: .: .. . . .:::. .. . . :.. :.. . ...
XP_005 TNVAGERTGNGEKGRTLGEIDAQHIQGVQETATDPRTESKGLPEIRRQKSVRKMMEDGIN
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 SVELTPMKKHLSLPAGQVVPKINSLSLIRTASASSSKSFDYVNGSQASTSIGVGTEGGTN
:
XP_005 SPGRVQF
>>XP_005249952 (OMIM: 610531,610532) PREDICTED: hyccin i (406 aa)
initn: 1479 init1: 1453 opt: 1482 Z-score: 1491.8 bits: 285.3 E(85289): 2.3e-76
Smith-Waterman score: 1482; 56.0% identity (80.7% similar) in 409 aa overlap (1-407:1-400)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MLGTDRCVVEEWLSEFKALPDTQITSYAATLHRKKTLVPALYKVIQDSNNELLEPVCHQL
:. ... ::::::::::.::.:.. .::..:. :..:: .::::::. ..::::::::::
XP_005 MFTSEKGVVEEWLSEFKTLPETSLPNYATNLKDKSSLVSSLYKVIQEPQSELLEPVCHQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 FELYRSSEVRLKRFTLQFLPELMWVYLRLTVSRDRQSNGCIEALLLGIYNLEIADKDGNN
::.:::.: .: .:::::::::.: :: ...::. .:.:::::::::.:::::.::.:..
XP_005 FEFYRSGEEQLLQFTLQFLPELIWCYLAVSASRNVHSSGCIEALLLGVYNLEIVDKQGHT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 KVLSFTIPSLSKPSIYHEPSTIGSMALTEGALCQHDLIRVVYSDLHPQRETFTAQNRFEV
::::::::::::::.:::::.::::::::.:: :: : .:::: ::::: .::::::::
XP_005 KVLSFTIPSLSKPSVYHEPSSIGSMALTESALSQHGLSKVVYSGPHPQREMLTAQNRFEV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 LSFLMLCYNSAIVYMPASSYQSLCRMGSRVCVSGFPRQHEKHWKELCGRIVLDPEFMVQL
:.::.::::.:..:::. : ::::.. ::.:: :.:::: ...: . .:: .. ::::.
XP_005 LTFLLLCYNAALTYMPSVSLQSLCQICSRICVCGYPRQHVRKYKGISSRIPVSSGFMVQM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LTGVYYAMYNGQWDLGQEVLDDIIYRAQLELFSQPLLVANAMKNSLPFDAPDSTQEGQKV
:::.:.:.:::.:::.:..::::::::::::. .:::::::.: ::: :..:: .
XP_005 LTGIYFAFYNGEWDLAQKALDDIIYRAQLELYPEPLLVANAIKASLPHGPMKSNKEGTRC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE0 LKVEVTPTVPRISRTAITTASIRRHRWRREGAEGVNGGEESVNLNDADE-GFSSGASLSS
..::.::: ::::.:.:. ::: :::.:. :. : ::: : :. .:
XP_005 IQVEITPTSSRISRNAVTSMSIRGHRWKRH--------EQPDNNNDATELGILVIPEISV
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 QPIGTKPSSSSQRG-SLRKVATGRSAKDKETASAIKSSESPRDSVVRKQYVQQPTDLSVD
.. . ......: .: .. . . .:::. .. :: .:.:
XP_005 TNVAGERTGNGEKGRTLGEIDAQHIQGVQETATDPRT-ESKGLPEIRRQKSEIQN
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 SVELTPMKKHLSLPAGQVVPKINSLSLIRTASASSSKSFDYVNGSQASTSIGVGTEGGTN
530 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 07:31:19 2016 done: Fri Nov 4 07:31:21 2016
Total Scan time: 10.570 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]