Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9975
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9975, 531 aa
1>>>pF1KB9975 531 - 531 aa - 531 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7916+/-0.00108; mu= 18.1413+/- 0.066
mean_var=115.8058+/-24.229, 0's: 0 Z-trim(106.0): 53 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.119182
statistics sampled from 8704 (8742) to 8704 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 2.220
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32859.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 ( 531) 3427 600.7 1.3e-171
CCDS72830.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 532) 2615 461.1 1.4e-129
CCDS754.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 531) 2600 458.5 8.6e-129
CCDS42456.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 ( 557) 1941 345.2 1.1e-94
CCDS45892.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 ( 550) 1931 343.5 3.7e-94
CCDS72828.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 537) 1916 340.9 2.2e-93
CCDS72829.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 536) 1901 338.3 1.3e-92
CCDS59140.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 457) 1203 218.2 1.6e-56
CCDS55332.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 524) 1203 218.3 1.7e-56
CCDS6784.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 552) 1203 218.3 1.8e-56
CCDS55333.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 555) 1203 218.3 1.8e-56
CCDS59141.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 558) 1203 218.3 1.8e-56
>>CCDS32859.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 (531 aa)
initn: 3427 init1: 3427 opt: 3427 Z-score: 3194.2 bits: 600.7 E(32554): 1.3e-171
Smith-Waterman score: 3427; 100.0% identity (100.0% similar) in 531 aa overlap (1-531:1-531)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRSAGVPSRV
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CCDS32 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRSAGVPSRV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 IHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPV
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CCDS32 IHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAGQ
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CCDS32 LRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAGQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKLS
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CCDS32 SPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAFGLS
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CCDS32 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAFGLS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 VPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIAIPGLAGAGNSVLLVSNLNPERVTPQSLFILFGV
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CCDS32 VPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIAIPGLAGAGNSVLLVSNLNPERVTPQSLFILFGV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 YGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMSHLNGHKLHGKPIRITLSKHQNVQLPREG
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CCDS32 YGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMSHLNGHKLHGKPIRITLSKHQNVQLPREG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 QEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSSNGGV
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CCDS32 QEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSSNGGV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB9 VKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
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CCDS32 VKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
490 500 510 520 530
>>CCDS72830.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 (532 aa)
initn: 1888 init1: 1190 opt: 2615 Z-score: 2439.6 bits: 461.1 E(32554): 1.4e-129
Smith-Waterman score: 2615; 75.0% identity (92.3% similar) in 535 aa overlap (1-531:1-532)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRSAGVPSRV
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CCDS72 MDGIVTEVAVGVKRGSDELLSGSVLSSPNSNMSSMVVTANGNDSKKFKGEDKMDGAPSRV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 IHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPV
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CCDS72 LHIRKLPGEVTETEVIALGLPFGKVTNILMLKGKNQAFLELATEEAAITMVNYYSAVTPH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAGQ
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CCDS72 LRNQPIYIQYSNHKELKTDNTLNQ-RAQAVLQAVTAVQTANTPL--SGTTVSESAVTPAQ
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKLS
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CCDS72 SPVLRIIIDNMYYPVTLDVLHQIFSKFGAVLKIITFTKNNQFQALLQYGDPVNAQQAKLA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB9 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAFG--
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CCDS72 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLVNLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDGQPALDPAIAAAFAKE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 LSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAA--GRIAIPGLAGAGNSVLLVSNLNPERVTPQSLFI
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CCDS72 TSLLAVPGALSPLAIPNAAAAAAAAAAGRVGMPGVSAGGNTVLLVSNLNEEMVTPQSLFT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 LFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMSHLNGHKLHGKPIRITLSKHQNVQL
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CCDS72 LFGVYGDVQRVKILYNKKDSALIQMADGNQSQLAMNHLNGQKMYGKIIRVTLSKHQTVQL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 PREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSS
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CCDS72 PREGLDDQGLTKDFGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSVAEEDLRTLFAN
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 NGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
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CCDS72 TGGTVKAFKFFQRDHKMALLQMATVEEAIQALIDLHNYNLGENHHLRVSFSKSTI
480 490 500 510 520 530
>>CCDS754.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 (531 aa)
initn: 2424 init1: 954 opt: 2600 Z-score: 2425.7 bits: 458.5 E(32554): 8.6e-129
Smith-Waterman score: 2600; 75.0% identity (92.1% similar) in 535 aa overlap (1-531:1-531)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRSAGVPSRV
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CCDS75 MDGIVTEVAVGVKRGSDELLSGSVLSSPNSNMSSMVVTANGNDSKKFKGEDKMDGAPSRV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 IHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPV
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CCDS75 LHIRKLPGEVTETEVIALGLPFGKVTNILMLKGKNQAFLELATEEAAITMVNYYSAVTPH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAGQ
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CCDS75 LRNQPIYIQYSNHKELKTDNTLNQ-RAQAVLQAVTAVQTANTPL--SGTTVSESAVTPAQ
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKLS
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CCDS75 SPVLRIIIDNMYYPVTLDVLHQIFSKFGAVLKIITFTKNNQFQALLQYGDPVNAQQAKLA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB9 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAFG--
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CCDS75 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLVNLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDGQPALDPAIAAAFAKE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 LSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAA--GRIAIPGLAGAGNSVLLVSNLNPERVTPQSLFI
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CCDS75 TSLLAVPGALSPLAIPNAAAAAAAAAAGRVGMPGVSAGGNTVLLVSNLNEEMVTPQSLFT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 LFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMSHLNGHKLHGKPIRITLSKHQNVQL
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CCDS75 LFGVYGDVQRVKILYNKKDSALIQMADGNQSQLAMNHLNGQKMYGKIIRVTLSKHQTVQL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 PREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSS
:::: .:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::..::..
CCDS75 PREGLDDQGLTKDFGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSVAEEDLRTLFAN
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 NGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
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CCDS75 TGGTVKAFKFFQ-DHKMALLQMATVEEAIQALIDLHNYNLGENHHLRVSFSKSTI
480 490 500 510 520 530
>>CCDS42456.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 (557 aa)
initn: 1918 init1: 1918 opt: 1941 Z-score: 1813.0 bits: 345.2 E(32554): 1.1e-94
Smith-Waterman score: 3365; 95.3% identity (95.3% similar) in 557 aa overlap (1-531:1-557)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRSAGVPSRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRSAGVPSRV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 IHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 IHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAGQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KB9 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAFG--
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAFGAP
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330
pF1KB9 ------------------------LSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIAIPGLAGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GIISASPYAGAGFPPTFAIPQAAGLSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIAIPGLAGA
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 GNSVLLVSNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMSHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GNSVLLVSNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMSHL
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 NGHKLHGKPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 NGHKLHGKPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSA
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 TLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLHNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLHNH
490 500 510 520 530 540
520 530
pF1KB9 DLGENHHLRVSFSKSTI
:::::::::::::::::
CCDS42 DLGENHHLRVSFSKSTI
550
>>CCDS45892.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 (550 aa)
initn: 1902 init1: 1902 opt: 1931 Z-score: 1803.8 bits: 343.5 E(32554): 3.7e-94
Smith-Waterman score: 3379; 96.5% identity (96.5% similar) in 550 aa overlap (1-531:1-550)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRSAGVPSRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRSAGVPSRV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 IHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 IHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAGQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KB9 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAF---
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAFASP
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KB9 ----------------GLSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIAIPGLAGAGNSVLLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 YAGAGFPPTFAIPQAAGLSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIAIPGLAGAGNSVLLV
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 SNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMSHLNGHKLHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMSHLNGHKLHG
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 KPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNI
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB9 PPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLHNHDLGENHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLHNHDLGENHH
490 500 510 520 530 540
530
pF1KB9 LRVSFSKSTI
::::::::::
CCDS45 LRVSFSKSTI
550
>>CCDS72828.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 (537 aa)
initn: 2513 init1: 1190 opt: 1916 Z-score: 1790.0 bits: 340.9 E(32554): 2.2e-93
Smith-Waterman score: 2620; 74.6% identity (91.5% similar) in 540 aa overlap (1-531:1-537)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRSAGVPSRV
::::: ..:::.:::::::.: : ..: :. . .:::::::::::... :.::::
CCDS72 MDGIVTEVAVGVKRGSDELLSGSVLSSPNSNMSSMVVTANGNDSKKFKGEDKMDGAPSRV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 IHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPV
.:::::: .::: :::.::::::::::.::::::::::.:. ::::: ::::::..:::
CCDS72 LHIRKLPGEVTETEVIALGLPFGKVTNILMLKGKNQAFLELATEEAAITMVNYYSAVTPH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAGQ
::.::::::.:::::::::.. :: ::::.::::..::..: : :...:. . . .:
CCDS72 LRNQPIYIQYSNHKELKTDNTLNQ-RAQAVLQAVTAVQTANTPL--SGTTVSESAVTPAQ
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKLS
:::::::..:..::::::::::::::::.:::::::::::::::::::.:::.::.:::.
CCDS72 SPVLRIIIDNMYYPVTLDVLHQIFSKFGAVLKIITFTKNNQFQALLQYGDPVNAQQAKLA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB9 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAF---
::::::::::::::::::::..::::::::::::::::::::::.::.:: ..::::
CCDS72 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLVNLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDGQPALDPAIAAAFAKE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 ----GLSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAA--GRIAIPGLAGAGNSVLLVSNLNPERVTP
:: : : :::.:::::.:::::::: ::...::....::.:::::::: : :::
CCDS72 TSLLGLPVAAVPGALSPLAIPNAAAAAAAAAAGRVGMPGVSAGGNTVLLVSNLNEEMVTP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 QSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMSHLNGHKLHGKPIRITLSKH
:::: ::::::::::::::.:::..::.:::::::.::::.::::.:..:: ::.:::::
CCDS72 QSLFTLFGVYGDVQRVKILYNKKDSALIQMADGNQSQLAMNHLNGQKMYGKIIRVTLSKH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 QNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSVSEEDLK
:.::::::: .:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.
CCDS72 QTVQLPREGLDDQGLTKDFGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSVAEEDLR
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 VLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
.::...::.::.:::::.:.::::.::..::::.::::::::..::::::::::::::::
CCDS72 TLFANTGGTVKAFKFFQRDHKMALLQMATVEEAIQALIDLHNYNLGENHHLRVSFSKSTI
480 490 500 510 520 530
>>CCDS72829.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 (536 aa)
initn: 2311 init1: 954 opt: 1901 Z-score: 1776.1 bits: 338.3 E(32554): 1.3e-92
Smith-Waterman score: 2605; 74.6% identity (91.3% similar) in 540 aa overlap (1-531:1-536)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRSAGVPSRV
::::: ..:::.:::::::.: : ..: :. . .:::::::::::... :.::::
CCDS72 MDGIVTEVAVGVKRGSDELLSGSVLSSPNSNMSSMVVTANGNDSKKFKGEDKMDGAPSRV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 IHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPV
.:::::: .::: :::.::::::::::.::::::::::.:. ::::: ::::::..:::
CCDS72 LHIRKLPGEVTETEVIALGLPFGKVTNILMLKGKNQAFLELATEEAAITMVNYYSAVTPH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAGQ
::.::::::.:::::::::.. :: ::::.::::..::..: : :...:. . . .:
CCDS72 LRNQPIYIQYSNHKELKTDNTLNQ-RAQAVLQAVTAVQTANTPL--SGTTVSESAVTPAQ
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKLS
:::::::..:..::::::::::::::::.:::::::::::::::::::.:::.::.:::.
CCDS72 SPVLRIIIDNMYYPVTLDVLHQIFSKFGAVLKIITFTKNNQFQALLQYGDPVNAQQAKLA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB9 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAF---
::::::::::::::::::::..::::::::::::::::::::::.::.:: ..::::
CCDS72 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLVNLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDGQPALDPAIAAAFAKE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 ----GLSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAA--GRIAIPGLAGAGNSVLLVSNLNPERVTP
:: : : :::.:::::.:::::::: ::...::....::.:::::::: : :::
CCDS72 TSLLGLPVAAVPGALSPLAIPNAAAAAAAAAAGRVGMPGVSAGGNTVLLVSNLNEEMVTP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 QSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMSHLNGHKLHGKPIRITLSKH
:::: ::::::::::::::.:::..::.:::::::.::::.::::.:..:: ::.:::::
CCDS72 QSLFTLFGVYGDVQRVKILYNKKDSALIQMADGNQSQLAMNHLNGQKMYGKIIRVTLSKH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 QNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSVSEEDLK
:.::::::: .:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.
CCDS72 QTVQLPREGLDDQGLTKDFGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSVAEEDLR
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 VLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
.::...::.::.::::: :.::::.::..::::.::::::::..::::::::::::::::
CCDS72 TLFANTGGTVKAFKFFQ-DHKMALLQMATVEEAIQALIDLHNYNLGENHHLRVSFSKSTI
480 490 500 510 520 530
>>CCDS59140.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 (457 aa)
initn: 1812 init1: 1096 opt: 1203 Z-score: 1128.3 bits: 218.2 E(32554): 1.6e-56
Smith-Waterman score: 2177; 74.5% identity (86.6% similar) in 462 aa overlap (97-531:2-457)
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 PIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPVLRGQPI
::.:: .:::: ::::::: .:: ::.::.
CCDS59 MAFLEMASEEAAVTMVNYYTPITPHLRSQPV
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 YIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAGQSPVLRI
:::.:::.:::::. :::::::::::::..::::.::: :.. . : .. ::::::::
CCDS59 YIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLAL--SGGPSNEGTVLPGQSPVLRI
40 50 60 70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 IVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKLSLDGQNI
:.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.:..::..::::::
CCDS59 IIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAHYAKMALDGQNI
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290
pF1KB9 YNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAFG--------
::::::::::::::::::::::::::::.:: :::.::.::::. ::::::
CCDS59 YNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAAAFGAPGIISSP
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330
pF1KB9 ------------------LSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIAIPGLAGA-GNSVL
:::: : :::.::.: :.:.. ::.:::: .: :::::
CCDS59 YAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVT----GRMAIPGASGIPGNSVL
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 LVSNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMSHLNGHKL
::.::::. .::..:::::::::::.::::.:::::::::::::.:::::::.::.:..:
CCDS59 LVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLAMNHLSGQRL
270 280 290 300 310 320
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 HGKPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLS
.:: .: :::::: ::::::::::::::::..::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 YGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLS
330 340 350 360 370 380
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 NIPPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLHNHDLGEN
::::::. .::: :: : ::.::::::::::::::.::::::.::::.:::::::::
CCDS59 NIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELHNHDLGEN
390 400 410 420 430 440
520 530
pF1KB9 HHLRVSFSKSTI
::::::::::::
CCDS59 HHLRVSFSKSTI
450
>>CCDS55332.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 (524 aa)
initn: 1869 init1: 1096 opt: 1203 Z-score: 1127.6 bits: 218.3 E(32554): 1.7e-56
Smith-Waterman score: 2465; 73.8% identity (86.3% similar) in 531 aa overlap (31-531:1-524)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASA---ANGNDSKKFKGDSRSAGVP
:.:.. :. :::::::::: : : :
CCDS55 MNSSTPSTGVYANGNDSKKFKRD-RPPCSP
10 20
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 SRVIHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSV
:::.:.::.: ::::.:.:::::::::::::::::::.:::.:: .:::: ::::::: .
CCDS55 SRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNYYTPI
30 40 50 60 70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 TPVLRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAM
:: ::.::.:::.:::.:::::. :::::::::::::..::::.::: :.. . : ..
CCDS55 TPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLAL--SGGPSNEGTVL
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 AGQSPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHA
:::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.:..:
CCDS55 PGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAHYA
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 KLSLDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAF
:..::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::.::.::::. :::::
CCDS55 KMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAAAF
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330
pF1KB9 G--------------------------LSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIAIPGL
: :::: : :::.::.: :.:. .::.::::
CCDS55 GAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAV----TGRMAIPGA
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 AGA-GNSVLLVSNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLA
.: :::::::.::::. .::..:::::::::::.::::.:::::::::::::.::::::
CCDS55 SGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLA
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 MSHLNGHKLHGKPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIF
:.::.:..:.:: .: :::::: ::::::::::::::::..:::::::::::::::::::
CCDS55 MNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIF
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 PPSATLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALID
:::::::::::::::. .::: :: : ::.::::::::::::::.::::::.::::.
CCDS55 PPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIE
450 460 470 480 490 500
520 530
pF1KB9 LHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
:::::::::::::::::::::
CCDS55 LHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
510 520
>>CCDS6784.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 (552 aa)
initn: 1991 init1: 1096 opt: 1203 Z-score: 1127.3 bits: 218.3 E(32554): 1.8e-56
Smith-Waterman score: 2610; 73.7% identity (86.4% similar) in 559 aa overlap (1-531:1-552)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MDGIVPD-IAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRSAGVPSR
:::.: : :.:: :::::::.:. . :::: :.:.. :.:::::::::: : : :::
CCDS67 MDGVVTDLITVGLKRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTANGNDSKKFKRD-RPPCSPSR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 VIHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTP
:.:.::.: ::::.:.:::::::::::::::::::.:::.:: .:::: ::::::: .::
CCDS67 VLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNYYTPITP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 VLRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDAGMAMAG
::.::.:::.:::.:::::. :::::::::::::..::::.::: :.. . : .. :
CCDS67 HLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLAL--SGGPSNEGTVLPG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 QSPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVSAQHAKL
::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.:..::.
CCDS67 QSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAHYAKM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 SLDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTMAAAFG-
.::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::.::.::::. ::::::
CCDS67 ALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAAAFGA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KB9 -------------------------LSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIAIPGLAG
:::: : :::.::.: :.:. .::.:::: .:
CCDS67 PGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAV----TGRMAIPGASG
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 A-GNSVLLVSNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQAQLAMS
:::::::.::::. .::..:::::::::::.::::.:::::::::::::.:::::::.
CCDS67 IPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLAMN
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 HLNGHKLHGKPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPP
::.:..:.:: .: :::::: ::::::::::::::::..:::::::::::::::::::::
CCDS67 HLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPP
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 SATLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQALIDLH
:::::::::::::. .::: :: : ::.::::::::::::::.::::::.::::.::
CCDS67 SATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELH
480 490 500 510 520 530
520 530
pF1KB9 NHDLGENHHLRVSFSKSTI
:::::::::::::::::::
CCDS67 NHDLGENHHLRVSFSKSTI
540 550
531 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 08:58:54 2016 done: Fri Nov 4 08:58:54 2016
Total Scan time: 2.220 Total Display time: 0.110
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]