Result of FASTA (omim) for
pFN21AB9906
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9906, 589 aa
1>>>pF1KB9906 589 - 589 aa - 589 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4370+/-0.000394; mu= 0.8099+/- 0.025
mean_var=217.8508+/-45.030, 0's: 0 Z-trim(120.0): 99 B-trim: 985 in 1/57
Lambda= 0.086895
statistics sampled from 34622 (34729) to 34622 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.407), width: 16
Scan time: 11.660
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_038466 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 1 [Ho ( 589) 3824 492.3 1.9e-138
NP_444295 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 2 [Ho ( 561) 2718 353.6 1e-96
XP_005252005 (OMIM: 605046) PREDICTED: ubiquilin-1 ( 449) 2694 350.5 6.7e-96
NP_038472 (OMIM: 300264,300857) ubiquilin-2 [Homo ( 624) 2617 341.0 7.1e-93
NP_001291271 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 2 ( 581) 2031 267.5 8.7e-71
NP_064516 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 1 [Ho ( 601) 2029 267.3 1.1e-70
XP_005245405 (OMIM: 605440) PREDICTED: ubiquilin-4 ( 427) 1293 174.9 4.8e-43
XP_011518446 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 ( 655) 1150 157.1 1.7e-37
NP_059509 (OMIM: 605473) ubiquilin-3 [Homo sapiens ( 655) 1150 157.1 1.7e-37
XP_011518447 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 ( 502) 1138 155.5 3.9e-37
>>NP_038466 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 1 [Homo s (589 aa)
initn: 3824 init1: 3824 opt: 3824 Z-score: 2606.5 bits: 492.3 E(85289): 1.9e-138
Smith-Waterman score: 3824; 100.0% identity (100.0% similar) in 589 aa overlap (1-589:1-589)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 IPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 IPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KB9 QNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 QNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
550 560 570 580
>>NP_444295 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 2 [Homo s (561 aa)
initn: 2710 init1: 2710 opt: 2718 Z-score: 1857.5 bits: 353.6 E(85289): 1e-96
Smith-Waterman score: 3565; 95.2% identity (95.2% similar) in 589 aa overlap (1-589:1-561)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQM---
370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 -------------------------QNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 IPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 IPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQL
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580
pF1KB9 QNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 QNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
520 530 540 550 560
>>XP_005252005 (OMIM: 605046) PREDICTED: ubiquilin-1 iso (449 aa)
initn: 2694 init1: 2694 opt: 2694 Z-score: 1842.6 bits: 350.5 E(85289): 6.7e-96
Smith-Waterman score: 2694; 100.0% identity (100.0% similar) in 416 aa overlap (1-416:1-416)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQRPQL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
XP_005 RKLGILMLAEHSGSLGKLYRQYRWLGPHP
430 440
>>NP_038472 (OMIM: 300264,300857) ubiquilin-2 [Homo sapi (624 aa)
initn: 3022 init1: 1826 opt: 2617 Z-score: 1788.4 bits: 341.0 E(85289): 7.1e-93
Smith-Waterman score: 2931; 74.5% identity (87.1% similar) in 628 aa overlap (1-582:1-617)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
:::.:::.::: . . :.:.:. ::: :::::.:::::::::::::::::::::::
NP_038 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGS----AAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
::: :::::::.::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::: .:.: .
NP_038 FKEAISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
:.::.:.:..::: :::: :..:::::::.::::::::::::..:::::::::::.::.
NP_038 NAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLM
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::
NP_038 ASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
.::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.
NP_038 IARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVG
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
:..:::::.::::::::::::::::: . .:::...:....:. .:...:...:....:
NP_038 SSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAA
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
: : ::.:.:::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 ANYV----ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
.:::..::::::::: :::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
NP_038 SPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGL
420 430 440 450 460 470
490 500
pF1KB9 IPGFTPGLGA---------------------------------LGSTG-----GSSGTNG
::.::::.:. .: :: ::.:..:
NP_038 IPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGG
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550
pF1KB9 ------SNATPSENTSPTAGTTEPG-HQQFIQQMLQALAGVN-PQLQNPEVRFQQQLEQL
:.:.:::.:::: .: : .:::::::.:::::.: ::: :::::::::::::
NP_038 PTGPTVSSAAPSETTSPT---SESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQL
540 550 560 570 580
560 570 580
pF1KB9 SAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
.:::::::::::::::::::::::::::
NP_038 NAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
590 600 610 620
>>NP_001291271 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 2 [Hom (581 aa)
initn: 2191 init1: 870 opt: 2031 Z-score: 1391.8 bits: 267.5 E(85289): 8.7e-71
Smith-Waterman score: 2373; 64.9% identity (85.6% similar) in 589 aa overlap (26-589:4-581)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
:..: . : ..:::::::.:::... . .::..
NP_001 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .: .
NP_001 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160
pF1KB9 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSNPFGLG------GLGGLAGLSSLGLNT
.. : :.. .: .:: . ::::::.:. : : :.::. ::.::::..
NP_001 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDA-GSGSRRSSAGFGGILGLGSLGLGS
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 TNFSELQSQMQRQLLSNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEI
.:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.:::::::..::::::::::..:::::
NP_001 ANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEI
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 SHMLNNPDIMRQTLELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLS
:::::::..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
NP_001 SHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFS
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 AAQEQFGGNPFASLVSNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGT
::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.:. :.. .:: .: ::.
NP_001 AAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEGT-GGS
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 TGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQ
:.. . .. . : . ..:..:::.: ::.:::::.::::::::..::::::::::
NP_001 -GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQ
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 SLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQ
.:.::::.:::::.: ::::::::::::.: :::.::::::::..:: ..::::::::::
NP_001 TLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQALLQ
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510
pF1KB9 IQQGLQTLATEAPGLIPGF-------TPGLGALGSTGGSS--GTNGSNATPSENTSPTAG
:::::::: ::::::.:.. ::. .: ::..::. . ..: :::. ..:::..
NP_001 IQQGLQTLQTEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSA-GSNAGSTPEAPTSSPATPA-TSSPTGA
460 470 480 490 500
520 530 540 550 560 570
pF1KB9 TTEPGHQQFIQQMLQALAGV-NPQLQNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATGGD
.. ..::..:::.: ::: : :.:.::::::::::::..:::.:::::::::::::::
NP_001 SS--AQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGD
510 520 530 540 550 560
580
pF1KB9 INAAIERLLGSQPS
:::::::::::: :
NP_001 INAAIERLLGSQLS
570 580
>>NP_064516 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 1 [Homo s (601 aa)
initn: 1876 init1: 908 opt: 2029 Z-score: 1390.2 bits: 267.3 E(85289): 1.1e-70
Smith-Waterman score: 2337; 62.8% identity (83.2% similar) in 608 aa overlap (26-589:4-601)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
:..: . : ..:::::::.:::... . .::..
NP_064 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE
10 20 30
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pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .: .
NP_064 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA
40 50 60 70 80 90
130 140
pF1KB9 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSN---------------------PFG--
.. : :.. .: .:: . ::::::.:. : .
NP_064 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATA
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150 160 170 180 190 200
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:.:.::. ::.::::...:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.:::::::
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160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
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..::::::::::..::::::::::::..::::.:::::::::::::::::::::::::::
NP_064 HMIMANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
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270 280 290 300 310 320
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:::::::::::::::::.:::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.:
NP_064 GGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSP
280 290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 QTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITE
. :.. .:: .: ::. :.. . .. . : . ..:..:::.: ::.:::::.:
NP_064 SPPTSQAPGSGGEGT-GGS-GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISE
340 350 360 370 380 390
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pF1KB9 NPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQ
:::::::..::::::::::.:.::::.:::::.: ::::::::::::.: :::.::::::
NP_064 NPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQ
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::..:: ..:::::::::::::::::: ::::::.:.. ::. .: ::..::.
NP_064 NPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSA-GSNAGSTP
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500 510 520 530 540 550
pF1KB9 -GTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGV-NPQLQNPEVRFQQQLEQLSA
. ..: :::. ..:::.... ..::..:::.: ::: : :.:.::::::::::::..
NP_064 EAPTSSPATPA-TSSPTGASS--AQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNS
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pF1KB9 MGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
:::.::::::::::::::::::::::::::: :
NP_064 MGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQLS
570 580 590 600
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initn: 1311 init1: 908 opt: 1293 Z-score: 893.8 bits: 174.9 E(85289): 4.8e-43
Smith-Waterman score: 1601; 60.9% identity (81.9% similar) in 425 aa overlap (26-416:4-422)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
:..: . : ..:::::::.:::... . .::..
XP_005 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE
10 20 30
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pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .: .
XP_005 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA
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pF1KB9 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSN---------------------PFG--
.. : :.. .: .:: . ::::::.:. : .
XP_005 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATA
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150 160 170 180 190 200
pF1KB9 --LGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLLSNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMR
:.:.::. ::.::::...:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.:::::::
XP_005 SILSGFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMR
160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 QLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
..::::::::::..::::::::::::..::::.:::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HMIMANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
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270 280 290 300 310 320
pF1KB9 GGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLVSNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAP
:::::::::::::::::.:::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.:
XP_005 GGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSP
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330 340 350 360 370 380
pF1KB9 QTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITE
. :.. .:: .: ::. :.. . .. . : . ..:..:::.: ::.:::::.:
XP_005 SPPTSQAPGSGGEGT-GGS-GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISE
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pF1KB9 NPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQ
:::::::..::::::::::.:.::::.:::
XP_005 NPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQAFRIL
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>>XP_011518446 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 iso (655 aa)
initn: 1256 init1: 762 opt: 1150 Z-score: 794.1 bits: 157.1 E(85289): 1.7e-37
Smith-Waterman score: 1222; 41.4% identity (63.5% similar) in 567 aa overlap (17-496:2-557)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
: :.:. . : .:...::::::::.::.:.: .. ..::
XP_011 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQ
10 20 30 40
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pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
.:::::.:::.: :::::::::::::: :.:.: :..:::::::::: :.: . . .
XP_011 LKEEISQRFKAHPDQLVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAA
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pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
.. .. . .: :. .: . :.:: :.::: ::: .: . :...:: .
XP_011 SVPTQGPSPGSLPQPSSIYPADGPPAFSLGL---LTGLSRLGLAYRGFPDQPSSLMRQHV
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pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
: ::...:....::. ..::: :.:::.. ::.::::::.::::.:.::::.:::::::
XP_011 SVPEFVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQHNPEIGHILNNPEIMRQTLE
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pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
. :::::::::.:.:::.::::::::::::.: :::::..:::.:.::::::::::. .
XP_011 FLRNPAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIMDPMLNAVQEQFGGNPFATAT
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pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSG-----------------------
..... ::::: :: :::::::. .: .:.. .:
XP_011 TDNATTTTSQPSRMENCDPLPNPWT-STHGGSGSRQGRQDGDQDAPDIRNRFPNFLGIIR
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pF1KB9 ----------TASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLV------------PGVGASM----
. ...: .:::. : :: : : :: : .
XP_011 LYDYLQQLHENPQSLGTYLQGTASALS-QSQEPPPSVNRVPPSSPSSQEPGSGQPLPEES
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380 390 400
pF1KB9 FNTPGMQS---LLQQITEN----------------------PQLMQNMLSA----PYMRS
: .: .:. ::: :.:.... .. :.
XP_011 VAIKGRSSCPAFLRYPTENSTGQGGDQDGAGKSSTGHSTNLPDLVSGLGDSANRVPFAPL
410 420 430 440 450 460
410 420 430 440 450
pF1KB9 MMQSLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGN---------PQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSA
.. . : . : .: . . ::::.... ::: .:...: .:
XP_011 SFSPTAAIPGIPEPPWLPSPAYPRSLRPDGMNPAPQLQDEIQPQLP-LLMHLQ-----AA
470 480 490 500 510
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 MSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGLIPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSP
:.::::.::: ::.::::.:::::: :. : : :.. ::..:
XP_011 MANPRALQALRQIEQGLQVLATEAPRLLLWFMPCLAGTGSVAGGIESREDPLMSEDPLPN
520 530 540 550 560 570
520 530 540 550 560 570
pF1KB9 TAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQLQNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATG
XP_011 PPPEVFPALDSAELGFLSPPFLHMLQDLVSTNPQQLQPEAHFQVQLEQLRSMGFLNREAN
580 590 600 610 620 630
>>NP_059509 (OMIM: 605473) ubiquilin-3 [Homo sapiens] (655 aa)
initn: 1256 init1: 762 opt: 1150 Z-score: 794.1 bits: 157.1 E(85289): 1.7e-37
Smith-Waterman score: 1222; 41.4% identity (63.5% similar) in 567 aa overlap (17-496:2-557)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
: :.:. . : .:...::::::::.::.:.: .. ..::
NP_059 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQ
10 20 30 40
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pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
.:::::.:::.: :::::::::::::: :.:.: :..:::::::::: :.: . . .
NP_059 LKEEISQRFKAHPDQLVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAA
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pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
.. .. . .: :. .: . :.:: :.::: ::: .: . :...:: .
NP_059 SVPTQGPSPGSLPQPSSIYPADGPPAFSLGL---LTGLSRLGLAYRGFPDQPSSLMRQHV
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
: ::...:....::. ..::: :.:::.. ::.::::::.::::.:.::::.:::::::
NP_059 SVPEFVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQHNPEIGHILNNPEIMRQTLE
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pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
. :::::::::.:.:::.::::::::::::.: :::::..:::.:.::::::::::. .
NP_059 FLRNPAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIMDPMLNAVQEQFGGNPFATAT
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pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSG-----------------------
..... ::::: :: :::::::. .: .:.. .:
NP_059 TDNATTTTSQPSRMENCDPLPNPWT-STHGGSGSRQGRQDGDQDAPDIRNRFPNFLGIIR
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370
pF1KB9 ----------TASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLV------------PGVGASM----
. ...: .:::. : :: : : :: : .
NP_059 LYDYLQQLHENPQSLGTYLQGTASALS-QSQEPPPSVNRVPPSSPSSQEPGSGQPLPEES
350 360 370 380 390 400
380 390 400
pF1KB9 FNTPGMQS---LLQQITEN----------------------PQLMQNMLSA----PYMRS
: .: .:. ::: :.:.... .. :.
NP_059 VAIKGRSSCPAFLRYPTENSTGQGGDQDGAGKSSTGHSTNLPDLVSGLGDSANRVPFAPL
410 420 430 440 450 460
410 420 430 440 450
pF1KB9 MMQSLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGN---------PQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSA
.. . : . : .: . . ::::.... ::: .:...: .:
NP_059 SFSPTAAIPGIPEPPWLPSPAYPRSLRPDGMNPAPQLQDEIQPQLP-LLMHLQ-----AA
470 480 490 500 510
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 MSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGLIPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSP
:.::::.::: ::.::::.:::::: :. : : :.. ::..:
NP_059 MANPRALQALRQIEQGLQVLATEAPRLLLWFMPCLAGTGSVAGGIESREDPLMSEDPLPN
520 530 540 550 560 570
520 530 540 550 560 570
pF1KB9 TAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQLQNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATG
NP_059 PPPEVFPALDSAELGFLSPPFLHMLQDLVSTNPQQLQPEAHFQVQLEQLRSMGFLNREAN
580 590 600 610 620 630
>>XP_011518447 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 iso (502 aa)
initn: 1218 init1: 762 opt: 1138 Z-score: 787.7 bits: 155.5 E(85289): 3.9e-37
Smith-Waterman score: 1484; 47.0% identity (68.4% similar) in 576 aa overlap (17-583:2-499)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
: :.:. . : .:...::::::::.::.:.: .. ..::
XP_011 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
.:::::.:::.: :::::::::::::: :.:.: :..:::::::::: :.: . . .
XP_011 LKEEISQRFKAHPDQLVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAA
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
.. .. . .: :. .: . :.:: : .::: ::: .: . :...:: .
XP_011 SVPTQGPSPGSLPQPSSIYPADGPPAFSLGLL---TGLSRLGLAYRGFPDQPSSLMRQHV
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
: ::...:....::. ..::: :.:::.. ::.::::::.::::.:.::::.:::::::
XP_011 SVPEFVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQHNPEIGHILNNPEIMRQTLE
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
. :::::::::.:.:::.::::::::::::.: :::::..:::.:.::::::::::. .
XP_011 FLRNPAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIMDPMLNAVQEQFGGNPFATAT
230 240 250 260 270 280
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pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
..... ::::: :: :::::::. :: ::..
XP_011 TDNATTTTSQPSRMENCDPLPNPWT--------------STHGGSA--------------
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pF1KB9 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
.::. : : : : : : ::. :: :
XP_011 ---IPGI-------P----------EPPWLP----SPAYPRSL------RPD---GM---
320 330
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pF1KB9 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
:: ::::.... ::: .:...: .::.::::.::: ::.::::.:::::: :
XP_011 NP----APQLQDEIQPQLP-LLMHLQ-----AAMANPRALQALRQIEQGLQVLATEAPRL
340 350 360 370 380
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pF1KB9 IPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSN-------ATPSENTSPTAGTTEPGHQQ--FIQQMLQ
. : : :.. ::..:. . . .: .. :. ..: : . :.. :::
XP_011 LLWFMPCLAGTGSVAGGIESREDPLMSEDPLPNPPPEVFPALDSAELGFLSPPFLH-MLQ
390 400 410 420 430 440
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pF1KB9 ALAGVNPQLQNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
:...::: .::..:: ::::: .:::::::::::::::::::..::.:.:
XP_011 DLVSTNPQQLQPEAHFQVQLEQLRSMGFLNREANLQALIATGGDVDAAVEKLRQS
450 460 470 480 490 500
589 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]