Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8844
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8844, 522 aa
1>>>pF1KB8844 522 - 522 aa - 522 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5985+/-0.00101; mu= 17.2804+/- 0.060
mean_var=97.5589+/-19.746, 0's: 0 Z-trim(106.5): 210 B-trim: 31 in 1/50
Lambda= 0.129850
statistics sampled from 8811 (9047) to 8811 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.278), width: 16
Scan time: 2.940
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1966.1 LRRTM1 gene_id:347730|Hs108|chr2 ( 522) 3549 675.8 3.3e-194
CCDS47272.1 LRRTM2 gene_id:26045|Hs108|chr5 ( 516) 1667 323.2 4.4e-88
CCDS7270.1 LRRTM3 gene_id:347731|Hs108|chr10 ( 581) 1647 319.5 6.5e-87
CCDS46347.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 518) 1631 316.5 4.7e-86
CCDS74530.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 519) 1628 315.9 7e-86
CCDS46346.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 590) 1627 315.8 8.8e-86
CCDS82475.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 591) 1624 315.2 1.3e-85
CCDS46715.1 CHADL gene_id:150356|Hs108|chr22 ( 762) 496 104.0 6.4e-22
CCDS30971.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 967) 410 88.0 5.4e-17
CCDS75573.1 TRIL gene_id:9865|Hs108|chr7 ( 811) 406 87.2 7.9e-17
CCDS61194.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 883) 403 86.6 1.2e-16
CCDS9000.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 907) 389 84.0 7.8e-16
CCDS47218.1 LRRC70 gene_id:100130733|Hs108|chr5 ( 622) 380 82.2 1.9e-15
CCDS10514.1 VASN gene_id:114990|Hs108|chr16 ( 673) 369 80.2 8.5e-15
CCDS75204.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 784) 362 78.9 2.3e-14
CCDS33920.1 CPN2 gene_id:1370|Hs108|chr3 ( 545) 358 78.0 3e-14
CCDS14721.1 BGN gene_id:633|Hs108|chrX ( 368) 351 76.6 5.6e-14
CCDS9038.1 LUM gene_id:4060|Hs108|chr12 ( 338) 349 76.1 6.9e-14
CCDS58930.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 724) 351 76.8 9.2e-14
CCDS43276.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 757) 350 76.6 1.1e-13
CCDS1448.1 LRRN2 gene_id:10446|Hs108|chr1 ( 713) 347 76.1 1.5e-13
CCDS10446.1 IGFALS gene_id:3483|Hs108|chr16 ( 605) 343 75.2 2.3e-13
CCDS53982.1 IGFALS gene_id:3483|Hs108|chr16 ( 643) 343 75.3 2.4e-13
CCDS1424.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 915) 335 73.9 8.7e-13
CCDS34969.1 LRRC24 gene_id:441381|Hs108|chr8 ( 513) 326 72.0 1.8e-12
CCDS9342.1 RXFP2 gene_id:122042|Hs108|chr13 ( 754) 324 71.8 3.2e-12
CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10 (1534) 322 71.7 6.9e-12
CCDS30972.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 828) 315 70.1 1.1e-11
CCDS34172.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1302) 316 70.5 1.3e-11
CCDS58954.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1346) 316 70.5 1.4e-11
CCDS58951.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1367) 316 70.5 1.4e-11
CCDS3990.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1371) 316 70.5 1.4e-11
CCDS58953.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1412) 316 70.5 1.4e-11
CCDS58952.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1419) 316 70.5 1.4e-11
CCDS58929.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 709) 312 69.5 1.4e-11
CCDS7957.1 RTN4RL2 gene_id:349667|Hs108|chr11 ( 420) 305 68.0 2.4e-11
CCDS6411.1 SCRIB gene_id:23513|Hs108|chr8 (1630) 308 69.1 4.4e-11
CCDS6412.1 SCRIB gene_id:23513|Hs108|chr8 (1655) 308 69.1 4.5e-11
CCDS33685.1 LRRN1 gene_id:57633|Hs108|chr3 ( 716) 302 67.6 5.3e-11
CCDS646.1 LRRC40 gene_id:55631|Hs108|chr1 ( 602) 298 66.8 7.9e-11
CCDS11568.1 CHAD gene_id:1101|Hs108|chr17 ( 359) 294 65.9 9.1e-11
CCDS7568.1 SHOC2 gene_id:8036|Hs108|chr10 ( 582) 296 66.4 1e-10
>>CCDS1966.1 LRRTM1 gene_id:347730|Hs108|chr2 (522 aa)
initn: 3549 init1: 3549 opt: 3549 Z-score: 3600.1 bits: 675.8 E(32554): 3.3e-194
Smith-Waterman score: 3549; 100.0% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
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CCDS19 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PHNLSGLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 PHNLSGLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELTL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPVRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 SSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPVRI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 FQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSLCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 FQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSLCL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 RRNKVAIVVSSLDWVWNLEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEPRIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 RRNKVAIVVSSLDWVWNLEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEPRIL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 NSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAVYAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 NSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAVYAF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 HLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFEPATVALPGGEHAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 HLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFEPATVALPGGEHAE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 NAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQKQKQTMHQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 NAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQKQKQTMHQM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB8 AAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 AAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
490 500 510 520
>>CCDS47272.1 LRRTM2 gene_id:26045|Hs108|chr5 (516 aa)
initn: 1959 init1: 776 opt: 1667 Z-score: 1694.8 bits: 323.2 E(32554): 4.4e-88
Smith-Waterman score: 1667; 47.6% identity (77.1% similar) in 525 aa overlap (6-522:1-516)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTEA
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CCDS47 MGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGMACPPKCRCEKLLFYCDSQGFHSV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 PHNLS-GLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKELT
:. . : ::::::.: ..::. ::... :::::.::::.: .:. :::: : ..:::
CCDS47 PNATDKGSLGLSLRHNHITELERDQFASFSQLTWLHLDHNQISTVKEDAFQGLYKLKELI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LSSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPVR
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CCDS47 LSSNKIFYLPNTTFTQLINLQNLDLSFNQLSSLHPELFYGLRKLQTLHLRSNSLRTIPVR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 IFQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSLC
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CCDS47 LFWDCRSLEFLDLSTNRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEHNQLTKINFAHFLRLSSLHTLF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LRRNKVAIVVSSLDWVWN-LEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEPR
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CCDS47 LQWNKISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFETMPNLKILLMDNNKLNSLDSK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 ILNSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAVY
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CCDS47 ILNSLRSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILDAVH
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 AFHLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFE-PAT--VALPG
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CCDS47 GFQLCWNLSTTVT---VMATTYRD----PTTEYTKRISSS-SYHVGDKEIPTTAGIAVTT
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 GEH---AENAVQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRRKQK
:: .::. ..:.::::::.:::.........: :: : .::..::: ..: ..:
CCDS47 EEHFPEPDNAIFTQRVITGTMALLFSFFFIIFIVFISRKCCPPTLRRIRQCSMVQNHRQL
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KB8 QKQTMHQMAAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
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CCDS47 RSQTRLHMSNMSDQGPYNEYEPTH-EGPFIIINGYGQCKCQQLPYKECEV
470 480 490 500 510
>>CCDS7270.1 LRRTM3 gene_id:347731|Hs108|chr10 (581 aa)
initn: 1625 init1: 799 opt: 1647 Z-score: 1673.9 bits: 319.5 E(32554): 6.5e-87
Smith-Waterman score: 1647; 47.4% identity (78.3% similar) in 521 aa overlap (13-522:5-513)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGA---CFQMLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNL
..: :: .. :. : . :: .: :::. :::::...:::. .:
CCDS72 MGFNVIRLLSGSAVALVIAPTVLLTMLSSAERGCPKGCRCEGKMVYCESQKL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 TEAPHNLS-GLLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVK
: : ..: : ::::::::::..:. .:: :: :::::::::::: ... .::. .::.:
CCDS72 QEIPSSISAGCLGLSLRYNSLQKLKYNQFKGLNQLTWLYLDHNHISNIDENAFNGIRRLK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 ELTLSSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFV
:: ::::.:. . :.::::. :::..:::::.:..:. . :.::::: .::.:.:... .
CCDS72 ELILSSNRISYFLNNTFRPVTNLRNLDLSYNQLHSLGSEQFRGLRKLLSLHLRSNSLRTI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 PVRIFQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLH
:::::::::.:..::.:::...::::: :::...: :::::::.. :.:.: ::::.::.
CCDS72 PVRIFQDCRNLELLDLGYNRIRSLARNVFAGMIRLKELHLEHNQFSKLNLALFPRLVSLQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 SLCLRRNKVAIVVSSLDWVWN-LEKMDLSGNEIE-YMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTY
.: :. ::.... ....:.:. :...:::::::: . : ::. ::.:: :.::::.::.
CCDS72 NLYLQWNKISVIGQTMSWTWSSLQRLDLSGNEIEAFSGPSVFQCVPNLQRLNLDSNKLTF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 IEPRILNSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVL
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CCDS72 IGQEILDSWISLNDISLAGNIWECSRNICSLVNWLKSFKGLRENTIICASPKELQGVNVI
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 DAVYAFHLCEDGAEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFE-PATVAL
::: . .: : ...:.: ::. . : . .:.. : ::.
CCDS72 DAVKNYSIC--G---------KSTTERFDLARALPKPTFKPKLPRPKHESKPPLPPTVGA
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KB8 --PGGEHAENA--VQIHKVVTGTMALIFSFLIVVLVLYVSWKCFPASLRQLRQCFVTQRR
:: : .: ...::...:..::..: :...::.::::: .:::..::.: . .:.
CCDS72 TEPGPETDADAEHISFHKIIAGSVALFLSVLVILLVIYVSWKRYPASMKQLQQRSLMRRH
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB8 KQKQKQTMHQMAAMSAQEYYVDYKPNHIEGALVIINEYGSCTCHQQPARECEV
..:..:...::. :.::.::::::.. : . ...: : :: ... .::::.
CCDS72 RKKKRQSLKQMTP-STQEFYVDYKPTNTETSEMLLNGTGPCTYNKSGSRECEIPLSMNVS
470 480 490 500 510 520
CCDS72 TFLAYDQPTISYCGVHHELLSHKSFETNAQEDTMETHLETELDLSTITTAGRISDHKQQL
530 540 550 560 570 580
>>CCDS46347.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 (518 aa)
initn: 950 init1: 822 opt: 1631 Z-score: 1658.3 bits: 316.5 E(32554): 4.7e-86
Smith-Waterman score: 1631; 46.7% identity (75.7% similar) in 522 aa overlap (6-522:1-518)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MDFLLLGLCLYWLLRRPSGVVLCLLGACFQ-MLPAAPSGCPQLCRCEGRLLYCEALNLTE
.:. : :. : ::: :: . . :: .: .::. :::.:...:::. ...
CCDS46 MGFHLITQLKGMS-VVLVLLPTLLLVMLTGAQRACPKNCRCDGKIVYCESHAFAD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 APHNLSG-LLGLSLRYNSLSELRAGQFTGLMQLTWLYLDHNHICSVQGDAFQKLRRVKEL
:.:.:: :::::.::...:...::.:: :: :::::::.: ::. :::: .::.:::
CCDS46 IPENISGGSQGLSLRFNSIQKLKSNQFAGLNQLIWLYLDHNYISSVDEDAFQGIRRLKEL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 TLSSNQITQLPNTTFRPMPNLRSVDLSYNKLQALAPDLFHGLRKLTTLHMRANAIQFVPV
::::.:: : : ::.:.::::..::::::::.: . :.::::: ::.:.:... ::.
CCDS46 ILSSNKITYLHNKTFHPVPNLRNLDLSYNKLQTLQSEQFKGLRKLIILHLRSNSLKTVPI
120 130 140 150 160 170
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pF1KB8 RIFQDCRSLKFLDIGYNQLKSLARNSFAGLFKLTELHLEHNDLVKVNFAHFPRLISLHSL
:.:::::.: :::.:::.:.::.::.::::.:: :::::::.. :.::::::::..:.:.
CCDS46 RVFQDCRNLDFLDLGYNRLRSLSRNAFAGLLKLKELHLEHNQFSKINFAHFPRLFNLRSI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 CLRRNKVAIVVSSLDWVWN-LEKMDLSGNEIEYMEPHVFETVPHLQSLQLDSNRLTYIEP
:. :.. . ..: :.:. :...:::::.:. .:: .:. .:.::.:.::::.:: :
CCDS46 YLQWNRIRSISQGLTWTWSSLHNLDLSGNDIQGIEPGTFKCLPNLQKLNLDSNKLTNISQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 RILNSWKSLTSITLAGNLWDCGRNVCALASWLNNFQGRYDGNLQCASPEYAQGEDVLDAV
. .:.: :: ::::.::.:.:.:..: : ::.::.: .... ::.:.. ::: : :::
CCDS46 ETVNAWISLISITLSGNMWECSRSICPLFYWLKNFKGNKESTMICAGPKHIQGEKVSDAV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 YAFHLCEDG--AEPTSGHLLSAVTNRSDLGPPASSATTLADGGEGQHDGTFEPATVALPG
....: . .. .::. . .. . : . : .. . .::
CCDS46 ETYNICSEVQVVNTERSHLVPQTPQKPLIIPRPT--IFKPDVTQSTFETPSPSPGFQIPG
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CCDS75 MEAARALRLLLVVC---GCLALPPLAEPVCPERCDCQHPQHLLCTNRGLRV
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CCDS75 VPKTSSLPSPHDVLTYSLGGNFITNITAFDFHRLGQLRRLDLQYNQIRSLHPKTFEKLSR
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CCDS75 LEELYLGNNLLQALAPGTLAPLRKLRILYANGNEISRLSRGSFEGLESLVKLRLDGNALG
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CCDS75 ALPDAVFAPLGNLLYLHLESNRIRFLGKNAFAQLGKLRFLNLSANELQPSLRHAATFAPL
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CCDS75 RSLSSLILSANNLQHLGPRIFQHLPRLGLLSLRGNQLTHLAPEAFWGLEALRELRLEGNR
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CCDS75 LSQLPTALLEPLHSLEALDLSGNELSALHPATFGHLGRLRELSLRNNALSALSGDIFAAS
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