Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1025
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1025, 838 aa
1>>>pF1KE1025 838 - 838 aa - 838 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4466+/-0.00117; mu= 16.7138+/- 0.071
mean_var=128.0197+/-25.468, 0's: 0 Z-trim(107.2): 42 B-trim: 398 in 2/48
Lambda= 0.113354
statistics sampled from 9405 (9440) to 9405 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.637), E-opt: 0.2 (0.29), width: 16
Scan time: 4.220
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6286.1 RNF19A gene_id:25897|Hs108|chr8 ( 838) 5622 931.6 0
CCDS372.2 RNF19B gene_id:127544|Hs108|chr1 ( 732) 2306 389.3 1.3e-107
CCDS72754.1 RNF19B gene_id:127544|Hs108|chr1 ( 731) 2299 388.1 2.9e-107
CCDS44107.1 RNF19B gene_id:127544|Hs108|chr1 ( 587) 2290 386.6 6.9e-107
>>CCDS6286.1 RNF19A gene_id:25897|Hs108|chr8 (838 aa)
initn: 5622 init1: 5622 opt: 5622 Z-score: 4975.3 bits: 931.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5622; 100.0% identity (100.0% similar) in 838 aa overlap (1-838:1-838)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MQEQEIGFISKYNEGLCVNTDPVSILTSILDMSLHRQMGSDRDLQSSASSVSLPSVKKAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 MQEQEIGFISKYNEGLCVNTDPVSILTSILDMSLHRQMGSDRDLQSSASSVSLPSVKKAP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 KKRRISIGSLFRRKKDNKRKSRELNGGVDGIASIESIHSEMCTDKNSIFSTNTSSDNGLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 KKRRISIGSLFRRKKDNKRKSRELNGGVDGIASIESIHSEMCTDKNSIFSTNTSSDNGLT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SISKQIGDFIECPLCLLRHSKDRFPDIMTCHHRSCVDCLRQYLRIEISESRVNISCPECT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 SISKQIGDFIECPLCLLRHSKDRFPDIMTCHHRSCVDCLRQYLRIEISESRVNISCPECT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 ERFNPHDIRLILSDDVLMEKYEEFMLRRWLVADPDCRWCPAPDCGYAVIAFGCASCPKLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 ERFNPHDIRLILSDDVLMEKYEEFMLRRWLVADPDCRWCPAPDCGYAVIAFGCASCPKLT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 CGREGCGTEFCYHCKQIWHPNQTCDAARQERAQSLRLRTIRSSSISYSQESGAAADDIKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 CGREGCGTEFCYHCKQIWHPNQTCDAARQERAQSLRLRTIRSSSISYSQESGAAADDIKP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 CPRCAAYIIKMNDGSCNHMTCAVCGCEFCWLCMKEISDLHYLSPSGCTFWGKKPWSRKKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 CPRCAAYIIKMNDGSCNHMTCAVCGCEFCWLCMKEISDLHYLSPSGCTFWGKKPWSRKKK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 ILWQLGTLVGAPVGIALIAGIAIPAMIIGIPVYVGRKIHNRYEGKDVSKHKRNLAIAGGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 ILWQLGTLVGAPVGIALIAGIAIPAMIIGIPVYVGRKIHNRYEGKDVSKHKRNLAIAGGV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 TLSVIVSPVVAAVTVGIGVPIMLAYVYGVVPISLCRSGGCGVSAGNGKGVRIEFDDENDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 TLSVIVSPVVAAVTVGIGVPIMLAYVYGVVPISLCRSGGCGVSAGNGKGVRIEFDDENDI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 NVGGTNTAVDTTSVAEARHNPSIGEGSVGGLTGSLSASGSHMDRIGAIRDNLSETASTMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 NVGGTNTAVDTTSVAEARHNPSIGEGSVGGLTGSLSASGSHMDRIGAIRDNLSETASTMA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE1 LAGASITGSLSGSAMVNCFNRLEVQADVQKERYSLSGESGTVSLGTVSDNASTKAMAGSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 LAGASITGSLSGSAMVNCFNRLEVQADVQKERYSLSGESGTVSLGTVSDNASTKAMAGSI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE1 LNSYIPLDKEGNSMEVQVDIESKPSKFRHNSGSSSVDDGSATRSHAGGSSSGLPEGKSSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 LNSYIPLDKEGNSMEVQVDIESKPSKFRHNSGSSSVDDGSATRSHAGGSSSGLPEGKSSA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE1 TKWSKEATAGKKSKSGKLRKKGNMKINETREDMDAQLLEQQSTNSSEFEAPSLSDSMPSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 TKWSKEATAGKKSKSGKLRKKGNMKINETREDMDAQLLEQQSTNSSEFEAPSLSDSMPSV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE1 ADSHSSHFSEFSCSDLESMKTSCSHGSSDYHTRFATVNILPEVENDRLENSPHQCSISVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 ADSHSSHFSEFSCSDLESMKTSCSHGSSDYHTRFATVNILPEVENDRLENSPHQCSISVV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KE1 TQTASCSEVSQLNHIAEEHGNNGIKPNVDLYFGDALKETNNNHSHQTMELKVAIQTEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 TQTASCSEVSQLNHIAEEHGNNGIKPNVDLYFGDALKETNNNHSHQTMELKVAIQTEI
790 800 810 820 830
>>CCDS372.2 RNF19B gene_id:127544|Hs108|chr1 (732 aa)
initn: 1630 init1: 1204 opt: 2306 Z-score: 2045.4 bits: 389.3 E(32554): 1.3e-107
Smith-Waterman score: 2592; 64.3% identity (81.8% similar) in 610 aa overlap (130-729:117-712)
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 EMCTDKNSIFSTNTSSDNGLTSISKQIGDFIECPLCLLRHSKDRFPDIMTCHHRSCVDCL
.::::::.: .: : ...: :::: :::
CCDS37 EAEAEAAAAAAEPGFDDEEAAEGGGPGAEEVECPLCLVRLPPERAPRLLSCPHRSCRDCL
90 100 110 120 130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 RQYLRIEISESRVNISCPECTERFNPHDIRLILSDDVLMEKYEEFMLRRWLVADPDCRWC
:.:::.::::::: ::::::.::.:::::::.:.: ::.:::::::::.:..:::::::
CCDS37 RHYLRLEISESRVPISCPECSERLNPHDIRLLLADPPLMHKYEEFMLRRYLASDPDCRWC
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 PAPDCGYAVIAFGCASCPKLTCGREGCGTEFCYHCKQIWHPNQTCDAARQERAQSLRLRT
:::::::::::.:::::::::: :::: :::::::::::::::::: :::.:::.::.::
CCDS37 PAPDCGYAVIAYGCASCPKLTCEREGCQTEFCYHCKQIWHPNQTCDMARQQRAQTLRVRT
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 IRSSSISYSQESGAAADDIKPCPRCAAYIIKMNDGSCNHMTCAVCGCEFCWLCMKEISDL
..:..::.:::: : :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 KHTSGLSYGQESGPA-DDIKPCPRCSAYIIKMNDGSCNHMTCAVCGCEFCWLCMKEISDL
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 HYLSPSGCTFWGKKPWSRKKKILWQLGTLVGAPVGIALIAGIAIPAMIIGIPVYVGRKIH
:::::::::::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::.::::::::::::
CCDS37 HYLSPSGCTFWGKKPWSRKKKILWQLGTLIGAPVGISLIAGIAIPAMVIGIPVYVGRKIH
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 NRYEGKDVSKHKRNLAIAGGVTLSVIVSPVVAAVTVGIGVPIMLAYVYGVVPISLCRSGG
.::::. .:::::::::.::::::::.:::.:::.::::::::::::::::::::::.::
CCDS37 SRYEGRKTSKHKRNLAITGGVTLSVIASPVIAAVSVGIGVPIMLAYVYGVVPISLCRGGG
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KE1 CGVSAGNGKGVRIEFDDENDINVGGTNTAVDTTSVAEARHNPSIGEGSVGGLTGSLSASG
::::..:::::.:::: :.: : :..:. .: .::::::.:. :::. ::.::
CCDS37 CGVSTANGKGVKIEFD-EDD----GPITVADA---WRALKNPSIGESSIEGLTSVLSTSG
450 460 470 480 490
520 530 540 550 560 570
pF1KE1 SHMDRIGAIRDNLSETASTMALAGASITGSLSGSAMVNCFNRLEVQADVQKERYSLSGES
: : ..... ::::: ::.:....:.. .:. . ..::::::::::: . .
CCDS37 SPTDGLSVMQGPYSETASFAALSGGTLSGGILSSGK-GKYSRLEVQADVQKEIFP----K
500 510 520 530 540 550
580 590 600 610 620 630
pF1KE1 GTVSLGTVSDNASTKAMAGSILNSYIPLDKEGNSMEVQVDIESKPSKFRHNSGSSSVDD-
:.:::..::::::.::::::..:: : :.: :.::.:::::.:::... ::::. :.
CCDS37 DTASLGAISDNASTRAMAGSIISSYNPQDRECNNMEIQVDIEAKPSHYQLVSGSSTEDSL
560 570 580 590 600 610
640 650 660 670 680 690
pF1KE1 ---GSATRSHAGGSSSGLPEGKSSATKWSKEATAGKKSKSGKLRKKGNMKINETREDMDA
.. .... ::..: : . : : :: . .: :. ::
CCDS37 HVHAQMAENEEEGSGGGGSEEDPPCRHQSCEQKDCLASKPWDISLAQPESIRSDLESSDA
620 630 640 650 660 670
700 710 720 730 740
pF1KE1 QLLEQQSTNSSEFEAP-SLSDSMPSV-----ADSHSSHFSEFSCSDLESMKTSCSHGSSD
: . . .:.: .: : . . ::. : : :.:..
CCDS37 QSDDVPDITSDECGSPRSHTAACPSTPRAQGAPSPSAHMNLSALAEGQTVLKPEGGEARV
680 690 700 710 720 730
750 760 770 780 790 800
pF1KE1 YHTRFATVNILPEVENDRLENSPHQCSISVVTQTASCSEVSQLNHIAEEHGNNGIKPNVD
>>CCDS72754.1 RNF19B gene_id:127544|Hs108|chr1 (731 aa)
initn: 1627 init1: 1201 opt: 2299 Z-score: 2039.2 bits: 388.1 E(32554): 2.9e-107
Smith-Waterman score: 2585; 64.1% identity (81.6% similar) in 610 aa overlap (130-729:117-711)
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 EMCTDKNSIFSTNTSSDNGLTSISKQIGDFIECPLCLLRHSKDRFPDIMTCHHRSCVDCL
.::::::.: .: : ...: :::: :::
CCDS72 EAEAEAAAAAAEPGFDDEEAAEGGGPGAEEVECPLCLVRLPPERAPRLLSCPHRSCRDCL
90 100 110 120 130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 RQYLRIEISESRVNISCPECTERFNPHDIRLILSDDVLMEKYEEFMLRRWLVADPDCRWC
:.:::.::::::: ::::::.::.:::::::.:.: ::.:::::::::.:..:::::::
CCDS72 RHYLRLEISESRVPISCPECSERLNPHDIRLLLADPPLMHKYEEFMLRRYLASDPDCRWC
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 PAPDCGYAVIAFGCASCPKLTCGREGCGTEFCYHCKQIWHPNQTCDAARQERAQSLRLRT
:::::::::::.:::::::::: :::: :::::::::::::::::: :::.:::.::.::
CCDS72 PAPDCGYAVIAYGCASCPKLTCEREGCQTEFCYHCKQIWHPNQTCDMARQQRAQTLRVRT
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 IRSSSISYSQESGAAADDIKPCPRCAAYIIKMNDGSCNHMTCAVCGCEFCWLCMKEISDL
..:..::.:::: :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 KHTSGLSYGQESG--PDDIKPCPRCSAYIIKMNDGSCNHMTCAVCGCEFCWLCMKEISDL
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 HYLSPSGCTFWGKKPWSRKKKILWQLGTLVGAPVGIALIAGIAIPAMIIGIPVYVGRKIH
:::::::::::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::.::::::::::::
CCDS72 HYLSPSGCTFWGKKPWSRKKKILWQLGTLIGAPVGISLIAGIAIPAMVIGIPVYVGRKIH
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 NRYEGKDVSKHKRNLAIAGGVTLSVIVSPVVAAVTVGIGVPIMLAYVYGVVPISLCRSGG
.::::. .:::::::::.::::::::.:::.:::.::::::::::::::::::::::.::
CCDS72 SRYEGRKTSKHKRNLAITGGVTLSVIASPVIAAVSVGIGVPIMLAYVYGVVPISLCRGGG
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KE1 CGVSAGNGKGVRIEFDDENDINVGGTNTAVDTTSVAEARHNPSIGEGSVGGLTGSLSASG
::::..:::::.:::: :.: : :..:. .: .::::::.:. :::. ::.::
CCDS72 CGVSTANGKGVKIEFD-EDD----GPITVADA---WRALKNPSIGESSIEGLTSVLSTSG
450 460 470 480 490
520 530 540 550 560 570
pF1KE1 SHMDRIGAIRDNLSETASTMALAGASITGSLSGSAMVNCFNRLEVQADVQKERYSLSGES
: : ..... ::::: ::.:....:.. .:. . ..::::::::::: . .
CCDS72 SPTDGLSVMQGPYSETASFAALSGGTLSGGILSSGK-GKYSRLEVQADVQKEIFP----K
500 510 520 530 540 550
580 590 600 610 620 630
pF1KE1 GTVSLGTVSDNASTKAMAGSILNSYIPLDKEGNSMEVQVDIESKPSKFRHNSGSSSVDD-
:.:::..::::::.::::::..:: : :.: :.::.:::::.:::... ::::. :.
CCDS72 DTASLGAISDNASTRAMAGSIISSYNPQDRECNNMEIQVDIEAKPSHYQLVSGSSTEDSL
560 570 580 590 600 610
640 650 660 670 680 690
pF1KE1 ---GSATRSHAGGSSSGLPEGKSSATKWSKEATAGKKSKSGKLRKKGNMKINETREDMDA
.. .... ::..: : . : : :: . .: :. ::
CCDS72 HVHAQMAENEEEGSGGGGSEEDPPCRHQSCEQKDCLASKPWDISLAQPESIRSDLESSDA
620 630 640 650 660 670
700 710 720 730 740
pF1KE1 QLLEQQSTNSSEFEAP-SLSDSMPSV-----ADSHSSHFSEFSCSDLESMKTSCSHGSSD
: . . .:.: .: : . . ::. : : :.:..
CCDS72 QSDDVPDITSDECGSPRSHTAACPSTPRAQGAPSPSAHMNLSALAEGQTVLKPEGGEARV
680 690 700 710 720 730
750 760 770 780 790 800
pF1KE1 YHTRFATVNILPEVENDRLENSPHQCSISVVTQTASCSEVSQLNHIAEEHGNNGIKPNVD
>>CCDS44107.1 RNF19B gene_id:127544|Hs108|chr1 (587 aa)
initn: 2470 init1: 1201 opt: 2290 Z-score: 2032.5 bits: 386.6 E(32554): 6.9e-107
Smith-Waterman score: 2452; 73.1% identity (89.0% similar) in 480 aa overlap (130-609:117-581)
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 EMCTDKNSIFSTNTSSDNGLTSISKQIGDFIECPLCLLRHSKDRFPDIMTCHHRSCVDCL
.::::::.: .: : ...: :::: :::
CCDS44 EAEAEAAAAAAEPGFDDEEAAEGGGPGAEEVECPLCLVRLPPERAPRLLSCPHRSCRDCL
90 100 110 120 130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 RQYLRIEISESRVNISCPECTERFNPHDIRLILSDDVLMEKYEEFMLRRWLVADPDCRWC
:.:::.::::::: ::::::.::.:::::::.:.: ::.:::::::::.:..:::::::
CCDS44 RHYLRLEISESRVPISCPECSERLNPHDIRLLLADPPLMHKYEEFMLRRYLASDPDCRWC
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 PAPDCGYAVIAFGCASCPKLTCGREGCGTEFCYHCKQIWHPNQTCDAARQERAQSLRLRT
:::::::::::.:::::::::: :::: :::::::::::::::::: :::.:::.::.::
CCDS44 PAPDCGYAVIAYGCASCPKLTCEREGCQTEFCYHCKQIWHPNQTCDMARQQRAQTLRVRT
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 IRSSSISYSQESGAAADDIKPCPRCAAYIIKMNDGSCNHMTCAVCGCEFCWLCMKEISDL
..:..::.:::: :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KHTSGLSYGQESG--PDDIKPCPRCSAYIIKMNDGSCNHMTCAVCGCEFCWLCMKEISDL
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 HYLSPSGCTFWGKKPWSRKKKILWQLGTLVGAPVGIALIAGIAIPAMIIGIPVYVGRKIH
:::::::::::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::.::::::::::::
CCDS44 HYLSPSGCTFWGKKPWSRKKKILWQLGTLIGAPVGISLIAGIAIPAMVIGIPVYVGRKIH
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 NRYEGKDVSKHKRNLAIAGGVTLSVIVSPVVAAVTVGIGVPIMLAYVYGVVPISLCRSGG
.::::. .:::::::::.::::::::.:::.:::.::::::::::::::::::::::.::
CCDS44 SRYEGRKTSKHKRNLAITGGVTLSVIASPVIAAVSVGIGVPIMLAYVYGVVPISLCRGGG
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KE1 CGVSAGNGKGVRIEFDDENDINVGGTNTAVDTTSVAEARHNPSIGEGSVGGLTGSLSASG
::::..:::::.:::: :.: : :..:. .: .::::::.:. :::. ::.::
CCDS44 CGVSTANGKGVKIEFD-EDD----GPITVADAW---RALKNPSIGESSIEGLTSVLSTSG
450 460 470 480 490
520 530 540 550 560 570
pF1KE1 SHMDRIGAIRDNLSETASTMALAGASITGSLSGSAMVNCFNRLEVQADVQKERYSLSGES
: : ..... ::::: ::.:....:.. .:. . ..::::::::::: . .
CCDS44 SPTDGLSVMQGPYSETASFAALSGGTLSGGILSSGK-GKYSRLEVQADVQKEIFP----K
500 510 520 530 540 550
580 590 600 610 620 630
pF1KE1 GTVSLGTVSDNASTKAMAGSILNSYIPLDKEGNSMEVQVDIESKPSKFRHNSGSSSVDDG
:.:::..::::::.::::::..:: : :.
CCDS44 DTASLGAISDNASTRAMAGSIISSYNPQDRFSMIHA
560 570 580
838 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]