Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5467
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5467, 328 aa
1>>>pF1KB5467 328 - 328 aa - 328 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4334+/-0.00068; mu= 15.7163+/- 0.041
mean_var=74.1801+/-15.161, 0's: 0 Z-trim(110.9): 23 B-trim: 43 in 1/50
Lambda= 0.148912
statistics sampled from 11948 (11971) to 11948 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.368), width: 16
Scan time: 2.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12729.1 CA11 gene_id:770|Hs108|chr19 ( 328) 2244 490.9 5.7e-139
CCDS32684.1 CA10 gene_id:56934|Hs108|chr17 ( 328) 1223 271.6 6.1e-73
CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 ( 260) 487 113.4 2e-25
CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 ( 305) 449 105.3 6.6e-23
CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 ( 262) 447 104.8 7.8e-23
CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX ( 317) 438 102.9 3.5e-22
CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 264) 433 101.8 6.3e-22
CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 ( 290) 430 101.2 1.1e-21
CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 ( 260) 429 101.0 1.1e-21
CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 ( 261) 412 97.3 1.4e-20
CCDS947.1 CA14 gene_id:23632|Hs108|chr1 ( 337) 394 93.5 2.6e-19
CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 208) 363 86.7 1.8e-17
CCDS6585.1 CA9 gene_id:768|Hs108|chr9 ( 459) 352 84.6 1.7e-16
CCDS10186.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 343) 347 83.4 2.8e-16
CCDS10185.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 354) 347 83.4 2.9e-16
CCDS57970.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 313) 342 82.3 5.6e-16
CCDS30578.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 308) 331 79.9 2.8e-15
CCDS2895.1 PTPRG gene_id:5793|Hs108|chr3 (1445) 319 77.8 5.9e-14
CCDS76767.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 283) 297 72.6 4.2e-13
CCDS11624.1 CA4 gene_id:762|Hs108|chr17 ( 312) 279 68.8 6.6e-12
CCDS57971.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 248) 262 65.1 6.9e-11
>>CCDS12729.1 CA11 gene_id:770|Hs108|chr19 (328 aa)
initn: 2244 init1: 2244 opt: 2244 Z-score: 2608.4 bits: 490.9 E(32554): 5.7e-139
Smith-Waterman score: 2244; 100.0% identity (100.0% similar) in 328 aa overlap (1-328:1-328)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGAAARLSAPRALVLWAALGAAAHIGPAPDPEDWWSYKDNLQGNFVPGPPFWGLVNAAWS
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CCDS12 MGAAARLSAPRALVLWAALGAAAHIGPAPDPEDWWSYKDNLQGNFVPGPPFWGLVNAAWS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LCAVGKRQSPVDVELKRVLYDPFLPPLRLSTGGEKLRGTLYNTGRHVSFLPAPRPVVNVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LCAVGKRQSPVDVELKRVLYDPFLPPLRLSTGGEKLRGTLYNTGRHVSFLPAPRPVVNVS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GGPLLYSHRLSELRLLFGARDGAGSEHQINHQGFSAEVQLIHFNQELYGNFSAASRGPNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GGPLLYSHRLSELRLLFGARDGAGSEHQINHQGFSAEVQLIHFNQELYGNFSAASRGPNG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LAILSLFVNVASTSNPFLSRLLNRDTITRISYKNDAYFLQDLSLELLFPESFGFITYQGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LAILSLFVNVASTSNPFLSRLLNRDTITRISYKNDAYFLQDLSLELLFPESFGFITYQGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LSTPPCSETVTWILIDRALNITSLQMHSLRLLSQNPPSQIFQSLSGNSRPLQPLAHRALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LSTPPCSETVTWILIDRALNITSLQMHSLRLLSQNPPSQIFQSLSGNSRPLQPLAHRALR
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB5 GNRDPRHPERRCRGPNYRLHVDGVPHGR
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CCDS12 GNRDPRHPERRCRGPNYRLHVDGVPHGR
310 320
>>CCDS32684.1 CA10 gene_id:56934|Hs108|chr17 (328 aa)
initn: 1210 init1: 1210 opt: 1223 Z-score: 1423.0 bits: 271.6 E(32554): 6.1e-73
Smith-Waterman score: 1223; 58.9% identity (84.0% similar) in 287 aa overlap (32-318:30-314)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 GAAARLSAPRALVLWAALGAAAHIGPAPDPEDWWSYKDNLQGNFVPGPPFWGLVNAAWSL
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CCDS32 MEIVWEVLFLLQANFIVCISAQQNSPKIHEGWWAYKEVVQGSFVPVPSFWGLVNSAWNL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 CAVGKRQSPVDVELKRVLYDPFLPPLRLSTGGEKLRGTLYNTGRHVSFLPAPRPVVNVSG
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CCDS32 CSVGKRQSPVNIETSHMIFDPFLTPLRINTGGRKVSGTMYNTGRHVSLRLDKEHLVNISG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GPLLYSHRLSELRLLFGARDGAGSEHQINHQGFSAEVQLIHFNQELYGNFSAASRGPNGL
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CCDS32 GPMTYSHRLEEIRLHFGSEDSQGSEHLLNGQAFSGEVQLIHYNHELYTNVTEAAKSPNGL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AILSLFVNVASTSNPFLSRLLNRDTITRISYKNDAYFLQDLSLELLFPESFGFITYQGSL
...:.:..:...:::::.:.:::::::::.::::::.:: :..: :.::. .::::.::.
CCDS32 VVVSIFIKVSDSSNPFLNRMLNRDTITRITYKNDAYLLQGLNIEELYPETSSFITYDGSM
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 STPPCSETVTWILIDRALNITSLQMHSLRLLSQNPPSQIFQSLSGNSRPLQPLAHRALRG
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CCDS32 TIPPCYETASWIIMNKPVYITRMQMHSLRLLSQNQPSQIFLSMSDNFRPVQPLNNRCIRT
240 250 260 270 280 290
310 320
pF1KB5 NRDPRHPERRCRGPNYRLHVDGVPHGR
: . . : :: :
CCDS32 NINFSLQGKDC--PNNRAQKLQYRVNEWLLK
300 310 320
>>CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 (260 aa)
initn: 442 init1: 199 opt: 487 Z-score: 569.9 bits: 113.4 E(32554): 2e-25
Smith-Waterman score: 487; 34.5% identity (68.6% similar) in 258 aa overlap (48-302:12-258)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 ALGAAAHIGPAPDPEDWWSYKDNLQGNFVPGPPFWGLVNAAWSLCAVGKRQSPVDVELKR
:: : . . . : :.::::::.. .
CCDS62 MSHHWGYGKHNGPEHW---HKDFPI-AKGERQSPVDIDTHT
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 VLYDPFLPPLRLSTG-GEKLRGTLYNTGR--HVSFLPAPRPVVNVSGGPLLYSHRLSELR
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CCDS62 AKYDPSLKPLSVSYDQATSLR--ILNNGHAFNVEFDDSQDKAV-LKGGPLDGTYRLIQFH
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 LLFGARDGAGSEHQINHQGFSAEVQLIHFNQELYGNFSAASRGPNGLAILSLFVNVASTS
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CCDS62 FHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTK-YGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGS-A
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 NPFLSRLLNRDTITRISYKNDAYFLQDLSLELLFPESFGFITYQGSLSTPPCSETVTWIL
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CCDS62 KPGLQKVV--DVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIV
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 IDRALNITSLQMHSLRLLSQNPPSQIFQSLSGNSRPLQPLAHRALRGNRDPRHPERRCRG
. . ....: :. ..: :. : .. . . : :: ::: .: ....
CCDS62 LKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
220 230 240 250 260
320
pF1KB5 PNYRLHVDGVPHGR
>>CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 (305 aa)
initn: 394 init1: 252 opt: 449 Z-score: 524.8 bits: 105.3 E(32554): 6.6e-23
Smith-Waterman score: 449; 33.2% identity (67.2% similar) in 235 aa overlap (65-297:61-290)
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 WSYKDNLQGNFVPGPPFWGLVNAAWSLCAVGKRQSPVDVELKRVLYDPFLPPLRLSTGGE
: ::::.... . .::: : :::.: .
CCDS10 GRWCSQRSCAWQTSNNTLHPLWTVPVSVPGGTRQSPINIQWRDSVYDPQLKPLRVSYEAA
40 50 60 70 80 90
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 KLRGTLYNTGR--HVSFLPAPRPVVNVSGGPLLYSHRLSELRLLFGARDGAGSEHQINHQ
. ..::: .: : : . . ..::::: .::..... .:: . .:::: .. .
CCDS10 SCL-YIWNTGYLFQVEFDDATE-ASGISGGPLENHYRLKQFHFHWGAVNEGGSEHTVDGH
100 110 120 130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 GFSAEVQLIHFNQELYGNFSAASRGPNGLAILSLFVNVASTSNPFLSRLLNRDTITRISY
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CCDS10 AYPAELHLVHWNSVKYQNYKEAVVGENGLAVIGVFLKLGA-HHQTLQRLV--DILPEIKH
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 KNDAYFLQDLSLELLFPESFGFITYQGSLSTPPCSETVTWILIDRALNITSLQMHSLRLL
:. .. .. :.: . . :: :::.::: .:.::::. . .... :. ..: :
CCDS10 KDARAAMRPFDPSTLLPTCWDYWTYAGSLTTPPLTESVTWIIQKEPVEVAPSQLSAFRTL
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320
pF1KB5 SQNPPSQIFQSLSGNSRPLQPLAHRALRGNRDPRHPERRCRGPNYRLHVDGVPHGR
. .. . . .: :::::: .:
CCDS10 LFSALGEEEKMMVNNYRPLQPLMNRKVWASFQATNEGTRS
270 280 290 300
>>CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 (262 aa)
initn: 407 init1: 235 opt: 447 Z-score: 523.4 bits: 104.8 E(32554): 7.8e-23
Smith-Waterman score: 452; 31.9% identity (62.2% similar) in 270 aa overlap (35-302:6-260)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 ARLSAPRALVLWAALGAAAHIGPAPDPEDWWSYKDNLQGNFVPGPPFWGLVNAAWSLCAV
:.:... :: : . :
CCDS62 MSRLSWGYREH------NGPIHW----KEFFPIAD
10 20
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GKRQSPVDVELKRVLYDPFLPPLRLSTGGEKLRGTLYNTGR--HVSFLPAPRPVVNVSGG
: .:::.... :.: :: : :: .. . . . :.:. .:.: . : . ::
CCDS62 GDQQSPIEIKTKEVKYDSSLRPLSIKYDPSSAK-IISNSGHSFNVDFDDTENKSV-LRGG
30 40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PLLYSHRLSELRLLFGARDGAGSEHQINHQGFSAEVQLIHFNQELYGNFSAASRGPNGLA
:: :.:: ...: .:. : :::: .. ...::....:.:.. : .: :.. :.:::
CCDS62 PLTGSYRLRQVHLHWGSADDHGSEHIVDGVSYAAELHVVHWNSDKYPSFVEAAHEPDGLA
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 ILSLFVNVASTSNPFLSRLLNRDTITRISYKNDAYFLQDLSLELLFPESFGFITYQGSLS
.:..:.... : :... ::. :. :. . ...: :.: :. . :: :::.
CCDS62 VLGVFLQIGEP-NSQLQKI--TDTLDSIKEKGKQTRFTNFDLLSLLPPSWDYWTYPGSLT
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 TPPCSETVTWILIDRALNITSLQMHSLRLLSQNPPSQIFQSLSGNSRPLQPLAHRALRGN
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CCDS62 VPPLLESVTWIVLKQPINISSQQLAKFRSLLCTAEGEAAAFLVSNHRPPQPLKGRKVRAS
210 220 230 240 250 260
310 320
pF1KB5 RDPRHPERRCRGPNYRLHVDGVPHGR
CCDS62 FH
>>CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX (317 aa)
initn: 403 init1: 247 opt: 438 Z-score: 511.8 bits: 102.9 E(32554): 3.5e-22
Smith-Waterman score: 438; 32.2% identity (63.1% similar) in 255 aa overlap (50-302:50-295)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 GAAAHIGPAPDPEDWWSYKDNLQGNFVPGPPFWGLVNAAWSLCAVGKRQSPVDVELKRVL
:.: :. : : ::::.... . .
CCDS14 WRKFQIPRFMPARPCSLYTCTYKTRNRALHPLWESVD----LVPGGDRQSPINIRWRDSV
20 30 40 50 60 70
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pF1KB5 YDPFLPPLRLSTGGEKLRGTLYNTGRH--VSFLPAPRPVVNVSGGPLLYSHRLSELRLLF
::: : :: .: ..:.: : : . : ..:::: ...::..... .
CCDS14 YDPGLKPLTISYDPATCLH-VWNNGYSFLVEFEDSTDKSV-IKGGPLEHNYRLKQFHFHW
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 GARDGAGSEHQINHQGFSAEVQLIHFNQELYGNFSAASRGPNGLAILSLFVNVASTSNPF
:: :. :::: .. . : ::..:.:.: . :: :. ::::....:..... .
CCDS14 GAIDAWGSEHTVDSKCFPAELHLVHWNAVRFENFEDAALEENGLAVIGVFLKLGK-HHKE
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 LSRLLNRDTITRISYKNDAYFLQDLSLELLFPESFGFITYQGSLSTPPCSETVTWILIDR
:..:. ::. :..:. . ... :.: . ::.:::.::: ::.::::. .
CCDS14 LQKLV--DTLPSIKHKDALVEFGSFDPSCLMPTCPDYWTYSGSLTTPPLSESVTWIIKKQ
200 210 220 230 240 250
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 ALNITSLQMHSLRLLSQNPPSQIFQSLSGNSRPLQPLAHRALRGNRDPRHPERRCRGPNY
... :....: : . .. . . : :::::: .:..:..
CCDS14 PVEVDHDQLEQFRTLLFTSEGEKEKRMVDNFRPLQPLMNRTVRSSFRHDYVLNVQAKPKP
260 270 280 290 300 310
320
pF1KB5 RLHVDGVPHGR
CCDS14 ATSQATP
>>CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (264 aa)
initn: 374 init1: 236 opt: 433 Z-score: 507.1 bits: 101.8 E(32554): 6.3e-22
Smith-Waterman score: 433; 31.1% identity (65.8% similar) in 257 aa overlap (48-302:14-261)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 ALGAAAHIGPAPDPEDWWSYKDNLQGNFVPGPPFWGLVNAAWSLCAVGKRQSPVDVELKR
:: : . : : ::::... ..
CCDS10 MTGHHGWGYGQDDGPSHWHKLYPI----AQGDRQSPINIISSQ
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 VLYDPFLPPLRLSTGGEKLRGTLYNTGR--HVSFLPAPRPVVNVSGGPLLYSHRLSELRL
..:.: : ::.:: . . .. :.:. .:.: . .: :.:::: .::.....
CCDS10 AVYSPSLQPLELSYEAC-MSLSITNNGHSVQVDFNDSDDRTV-VTGGPLEGPYRLKQFHF
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 LFGARDGAGSEHQINHQGFSAEVQLIHFNQELYGNFSAASRGPNGLAILSLFVNVASTSN
.: . .:::: .. ..: .:..:.:.: . :..:. :. .:.:::....:..... .
CCDS10 HWGKKHDVGSEHTVDGKSFPSELHLVHWNAKKYSTFGEAASAPDGLAVVGVFLETGDE-H
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 PFLSRLLNRDTITRISYKNDAYFLQDLSLELLFPESFGFITYQGSLSTPPCSETVTWILI
: ..:: :.. . .:. .. .. . :.: : . :: :::.::: ::.::::..
CCDS10 PSMNRLT--DALYMVRFKGTKAQFSCFNPKCLLPASRHYWTYPGSLTTPPLSESVTWIVL
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 DRALNITSLQMHSLRLLSQNPPSQIFQSLSGNSRPLQPLAHRALRGNRDPRHPERRCRGP
. . :. :: ..: : . .. . .: :: ::: :.....
CCDS10 REPICISERQMGKFRSLLFTSEDDERIHMVNNFRPPQPLKGRVVKASFRA
220 230 240 250 260
320
pF1KB5 NYRLHVDGVPHGR
>>CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 (290 aa)
initn: 430 init1: 172 opt: 430 Z-score: 503.0 bits: 101.2 E(32554): 1.1e-21
Smith-Waterman score: 430; 32.3% identity (63.9% similar) in 263 aa overlap (52-300:29-286)
30 40 50 60 70
pF1KB5 AAHIGPAPDPEDWWSYKDNLQGNFVPGPPFWGLVNAA-WSLC---AVGKRQSPVDVELKR
:: ... :.: : :. :::.... ..
CCDS61 MADLSFIEDTVAFPEKEEDEEEEEEGVEWGYEEGVEWGLVFPDANGEYQSPINLNSRE
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 VLYDPFLPPLRLSTGGEKLRGT-LYNTGRHVSFLPAPRPVVNVSGGPLLYSHR--LSELR
. ::: : .::: . : . : :. .. . . : .::::: .:. : :.:
CCDS61 ARYDPSLLDVRLSPNYVVCRDCEVTNDGHTIQVILKSKSV--LSGGPLPQGHEFELYEVR
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 LLFGARDGAGSEHQINHQGFSAEVQLIHFNQELYGNFSAASRGPNGLAILSLFVNVASTS
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CCDS61 FHWGRENQRGSEHTVNFKAFPMELHLIHWNSTLFGSIDEAVGKPHGIAIIALFVQIGKEH
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