Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5294
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5294, 343 aa
1>>>pF1KB5294 343 - 343 aa - 343 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4130+/-0.000872; mu= 15.1540+/- 0.053
mean_var=64.3877+/-13.107, 0's: 0 Z-trim(105.5): 73 B-trim: 350 in 1/53
Lambda= 0.159835
statistics sampled from 8359 (8438) to 8359 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.259), width: 16
Scan time: 2.350
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3328.1 BDH1 gene_id:622|Hs108|chr3 ( 343) 2270 532.3 2.2e-151
CCDS8925.1 HSD17B6 gene_id:8630|Hs108|chr12 ( 317) 674 164.2 1.3e-40
CCDS8926.1 SDR9C7 gene_id:121214|Hs108|chr12 ( 313) 661 161.2 1e-39
CCDS2231.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs108|chr2 ( 319) 659 160.8 1.4e-39
CCDS74600.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs108|chr2 ( 379) 659 160.8 1.6e-39
CCDS41797.1 RDH16 gene_id:8608|Hs108|chr12 ( 317) 639 156.2 3.4e-38
CCDS31829.1 RDH5 gene_id:5959|Hs108|chr12 ( 318) 603 147.9 1.1e-35
CCDS10936.1 HSD17B2 gene_id:3294|Hs108|chr16 ( 387) 594 145.8 5.4e-35
CCDS10837.1 HSD11B2 gene_id:3291|Hs108|chr16 ( 405) 566 139.4 4.9e-33
CCDS12223.2 RDH8 gene_id:50700|Hs108|chr19 ( 331) 341 87.5 1.7e-17
CCDS82092.1 DHRS7B gene_id:25979|Hs108|chr17 ( 310) 320 82.6 4.7e-16
CCDS11215.1 DHRS7B gene_id:25979|Hs108|chr17 ( 325) 320 82.6 4.9e-16
CCDS11428.1 HSD17B1 gene_id:3292|Hs108|chr17 ( 328) 306 79.4 4.6e-15
CCDS82126.1 HSD17B1 gene_id:3292|Hs108|chr17 ( 329) 300 78.0 1.2e-14
CCDS12736.1 HSD17B14 gene_id:51171|Hs108|chr19 ( 270) 265 69.9 2.7e-12
CCDS58517.1 DHRS7C gene_id:201140|Hs108|chr17 ( 311) 264 69.7 3.6e-12
CCDS56020.1 DHRS7C gene_id:201140|Hs108|chr17 ( 312) 260 68.8 6.9e-12
CCDS81810.1 DHRS7 gene_id:51635|Hs108|chr14 ( 289) 245 65.3 7.1e-11
CCDS9743.1 DHRS7 gene_id:51635|Hs108|chr14 ( 339) 245 65.3 8.1e-11
>>CCDS3328.1 BDH1 gene_id:622|Hs108|chr3 (343 aa)
initn: 2270 init1: 2270 opt: 2270 Z-score: 2831.2 bits: 532.3 E(32554): 2.2e-151
Smith-Waterman score: 2270; 100.0% identity (100.0% similar) in 343 aa overlap (1-343:1-343)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLATRLSRPLSRLPGKTLSACDRENGARRPLLLGSTSFIPIGRRTYASAAEPVGSKAVLV
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CCDS33 MLATRLSRPLSRLPGKTLSACDRENGARRPLLLGSTSFIPIGRRTYASAAEPVGSKAVLV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TGCDSGFGFSLAKHLHSKGFLVFAGCLMKDKGHDGVKELDSLNSDRLRTVQLNVCSSEEV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 EKVVEIVRSSLKDPEKGMWGLVNNAGISTFGEVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKSFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EKVVEIVRSSLKDPEKGMWGLVNNAGISTFGEVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKSFL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 PLIRRAKGRVVNISSMLGRMANPARSPYCITKFGVEAFSDCLRYEMYPLGVKVSVVEPGN
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CCDS33 PLIRRAKGRVVNISSMLGRMANPARSPYCITKFGVEAFSDCLRYEMYPLGVKVSVVEPGN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 FIAATSLYSPESIQAIAKKMWEELPEVVRKDYGKKYFDEKIAKMETYCSSGSTDTSPVID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FIAATSLYSPESIQAIAKKMWEELPEVVRKDYGKKYFDEKIAKMETYCSSGSTDTSPVID
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB5 AVTHALTATTPYTRYHPMDYYWWLRMQIMTHLPGAISDMIYIR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AVTHALTATTPYTRYHPMDYYWWLRMQIMTHLPGAISDMIYIR
310 320 330 340
>>CCDS8925.1 HSD17B6 gene_id:8630|Hs108|chr12 (317 aa)
initn: 596 init1: 164 opt: 674 Z-score: 842.8 bits: 164.2 E(32554): 1.3e-40
Smith-Waterman score: 674; 40.2% identity (69.8% similar) in 291 aa overlap (56-343:30-308)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 GARRPLLLGSTSFIPIGRRTYASAAEPVGSKAVLVTGCDSGFGFSLAKHLHSKGFLVFAG
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CCDS89 MWLYLAAFVGLYYLLHWYRERQVVSHLQDKYVFITGCDSGFGNLLARQLDARGLRVLAA
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 CLMKDKGHDGVKELDSLNSDRLRTVQLNVCSSEEVEKVVEIVRSSLKDPEKGMWGLVNNA
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CCDS89 CLTEK----GAEQLRGQTSDRLETVTLDVTKMESIAAATQWVKEHVGD--RGLWGLVNNA
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 GIST-FGEVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKSFLPLIRRAKGRVVNISSMLGRMANPA
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CCDS89 GILTPITLCEWLNTEDSMNMLKVNLIGVIQVTLSMLPLVRRARGRIVNVSSILGRVAFFV
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 RSPYCITKFGVEAFSDCLRYEMYPLGVKVSVVEPGNFIAATSLYSPESIQAIAKKMWEEL
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CCDS89 -GGYCVSKYGVEAFSDILRREIQHFGVKISIVEPGYFRTGMTNMT-QSLERM-KQSWKEA
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 PEVVRKDYGKKYFDEKIAKMETYCSSGSTDTSPVIDAVTHALTATTPYTRYHPMDYYWWL
:. ... ::..::: :. . ::. . : : . ::::.. : ::: :
CCDS89 PKHIKETYGQQYFDALYNIMKEGLLNCSTNLNLVTDCMEHALTSVHPRTRYSA---GWDA
240 250 260 270 280
330 340
pF1KB5 RMQI--MTHLPGAISDMIYIR
.. . ...:: ...:.: :
CCDS89 KFFFIPLSYLPTSLADYILTRSWPKPAQAV
290 300 310
>>CCDS8926.1 SDR9C7 gene_id:121214|Hs108|chr12 (313 aa)
initn: 552 init1: 175 opt: 661 Z-score: 826.6 bits: 161.2 E(32554): 1e-39
Smith-Waterman score: 661; 38.6% identity (70.3% similar) in 290 aa overlap (56-343:26-304)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 GARRPLLLGSTSFIPIGRRTYASAAEPVGSKAVLVTGCDSGFGFSLAKHLHSKGFLVFAG
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CCDS89 MAALTDLSFMYRWFKNCNLVGNLSEKYVFITGCDSGFGNLLAKQLVDRGMQVLAA
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 CLMKDKGHDGVKELDSLNSDRLRTVQLNVCSSEEVEKVVEIVRSSLKDPEKGMWGLVNNA
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CCDS89 CFTEE----GSQKLQRDTSYRLQTTLLDVTKSESIKAAAQWVRD--KVGEQGLWALVNNA
60 70 80 90 100
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 GIST-FGEVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKSFLPLIRRAKGRVVNISSMLGRMANPA
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CCDS89 GVGLPSGPNEWLTKDDFVKVINVNLVGLIEVTLHMLPMVKRARGRVVNMSSSGGRVAVIG
110 120 130 140 150 160
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 RSPYCITKFGVEAFSDCLRYEMYPLGVKVSVVEPGNFIAATSLYSPESIQAIAKKMWEEL
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CCDS89 -GGYCVSKFGVEAFSDSIRRELYYFGVKVCIIEPGNY--RTAILGKENLESRMRKLWERL
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 PEVVRKDYGKKYFDEKIAKMETYCSSGSTDTSPVIDAVTHALTATTPYTRYHP-MDYYWW
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CCDS89 PQETRDSYGEDYFRIYTDKLKNIMQVAEPRVRDVINSMEHAIVSRSPRIRYNPGLDAK--
230 240 250 260 270 280
330 340
pF1KB5 LRMQIMTHLPGAISDMIYIR
: . ...:: ..:.: :
CCDS89 LLYIPLAKLPTPVTDFILSRYLPRPADSV
290 300 310
>>CCDS2231.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs108|chr2 (319 aa)
initn: 573 init1: 159 opt: 659 Z-score: 824.0 bits: 160.8 E(32554): 1.4e-39
Smith-Waterman score: 659; 36.9% identity (70.8% similar) in 298 aa overlap (51-343:25-308)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 CDRENGARRPLLLGSTSFIPIGRRTYASAAEPVGSKAVLVTGCDSGFGFSLAKHLHSKGF
: . .: ...:::::::: :. . .:::
CCDS22 MLFWVLGLLILCGFLWTRKGKLKIEDITDKYIFITGCDSGFGNLAARTFDKKGF
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 LVFAGCLMKDKGHDGVKELDSLNSDRLRTVQLNVCSSEEVEKVVEIVRSSLKDPEKGMWG
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CCDS22 HVIAACLTES----GSTALKAETSERLRTVLLDVTDPENVKRTAQWVKNQVG--EKGLWG
60 70 80 90 100
150 160 170 180 190
pF1KB5 LVNNAGI-STFGEVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKSFLPLIRRAKGRVVNISSMLGR
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CCDS22 LINNAGVPGVLAPTDWLTLEDYREPIEVNLFGLISVTLNMLPLVKKAQGRVINVSSVGGR
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 MANPARSPYCITKFGVEAFSDCLRYEMYPLGVKVSVVEPGNFIAATSLYSPESIQAIAKK
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CCDS22 LAI-VGGGYTPSKYAVEGFNDSLRRDMKAFGVHVSCIEPGLF--KTNLADP--VKVIEKK
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 M--WEELPEVVRKDYGKKYFDEKIAKMETYCSSGSTDTSPVIDAVTHALTATTPYTRYHP
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CCDS22 LAIWEQLSPDIKQQYGEGYIEKSLDKLKGNKSYVNMDLSPVVECMDHALTSLFPKTHYAA
230 240 250 260 270 280
320 330 340
pF1KB5 MD--YYWWLRMQIMTHLPGAISDMIYIR
.:. ..:.:.:..:.. ..
CCDS22 GKDAKIFWIP---LSHMPAALQDFLLLKQKAELANPKAV
290 300 310
>>CCDS74600.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs108|chr2 (379 aa)
initn: 573 init1: 159 opt: 659 Z-score: 822.9 bits: 160.8 E(32554): 1.6e-39
Smith-Waterman score: 659; 36.9% identity (70.8% similar) in 298 aa overlap (51-343:85-368)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 CDRENGARRPLLLGSTSFIPIGRRTYASAAEPVGSKAVLVTGCDSGFGFSLAKHLHSKGF
: . .: ...:::::::: :. . .:::
CCDS74 SHTGGKMLFWVLGLLILCGFLWTRKGKLKIEDITDKYIFITGCDSGFGNLAARTFDKKGF
60 70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 LVFAGCLMKDKGHDGVKELDSLNSDRLRTVQLNVCSSEEVEKVVEIVRSSLKDPEKGMWG
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CCDS74 HVIAACLTES----GSTALKAETSERLRTVLLDVTDPENVKRTAQWVKNQVG--EKGLWG
120 130 140 150 160
150 160 170 180 190
pF1KB5 LVNNAGI-STFGEVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKSFLPLIRRAKGRVVNISSMLGR
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CCDS74 LINNAGVPGVLAPTDWLTLEDYREPIEVNLFGLISVTLNMLPLVKKAQGRVINVSSVGGR
170 180 190 200 210 220
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 MANPARSPYCITKFGVEAFSDCLRYEMYPLGVKVSVVEPGNFIAATSLYSPESIQAIAKK
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CCDS74 LAI-VGGGYTPSKYAVEGFNDSLRRDMKAFGVHVSCIEPGLF--KTNLADP--VKVIEKK
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 M--WEELPEVVRKDYGKKYFDEKIAKMETYCSSGSTDTSPVIDAVTHALTATTPYTRYHP
. ::.: ....::. :..... :.. : . : :::.. . ::::. : :.:
CCDS74 LAIWEQLSPDIKQQYGEGYIEKSLDKLKGNKSYVNMDLSPVVECMDHALTSLFPKTHYAA
290 300 310 320 330 340
320 330 340
pF1KB5 MD--YYWWLRMQIMTHLPGAISDMIYIR
.:. ..:.:.:..:.. ..
CCDS74 GKDAKIFWIP---LSHMPAALQDFLLLKQKAELANPKAV
350 360 370
>>CCDS41797.1 RDH16 gene_id:8608|Hs108|chr12 (317 aa)
initn: 551 init1: 162 opt: 639 Z-score: 799.1 bits: 156.2 E(32554): 3.4e-38
Smith-Waterman score: 639; 39.5% identity (66.3% similar) in 291 aa overlap (56-340:30-305)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 GARRPLLLGSTSFIPIGRRTYASAAEPVGSKAVLVTGCDSGFGFSLAKHLHSKGFLVFAG
: :..:::::::: ::..: ..:. :.:.
CCDS41 MWLYLAVFVGLYYLLHWYRERQVLSHLRDKYVFITGCDSGFGKLLARQLDARGLRVLAA
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 CLMKDKGHDGVKELDSLNSDRLRTVQLNVCSSEEVEKVVEIVRSSLKDPEKGMWGLVNNA
:: . :...: . .::::.:: :.: ..: : ... :. ..: ::.:::::::
CCDS41 CLTEK----GAEQLRGQTSDRLETVTLDVTKTESVAAAAQWVKECVRD--KGLWGLVNNA
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 GIST-FGEVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKSFLPLIRRAKGRVVNISSMLGRMANPA
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CCDS41 GISLPTAPNELLTKQDFVTILDVNLLGVIDVTLSLLPLVRRARGRVVNVSSVMGRVSLFG
120 130 140 150 160 170
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pF1KB5 RSPYCITKFGVEAFSDCLRYEMYPLGVKVSVVEPGNFIAATSLYSPESIQAIAKKMWEEL
. :::.:.::::::: :: :. .::::...::: : :.. : : . ..:..
CCDS41 -GGYCISKYGVEAFSDSLRRELSYFGVKVAMIEPGYF--KTAVTSKERFLKSFLEIWDRS
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 PEVVRKDYGKKY---FDEKIAKMETYCSSGSTDTSPVIDAVTHALTATTPYTRYHPMDYY
:.. ::.:. . .. .:: :.. : : : . . ::: : : :::
CCDS41 SPEVKEAYGEKFVADYKKSAEQMEQKCTQ---DLSLVTNCMEHALIACHPRTRYSAG---
240 250 260 270 280
330 340
pF1KB5 WWLRMQI--MTHLPGAISDMIYIR
: .. :...: . : :
CCDS41 WDAKLLYLPMSYMPTFLVDAIMYWVSPSPAKAL
290 300 310
>>CCDS31829.1 RDH5 gene_id:5959|Hs108|chr12 (318 aa)
initn: 499 init1: 154 opt: 603 Z-score: 754.2 bits: 147.9 E(32554): 1.1e-35
Smith-Waterman score: 603; 34.9% identity (64.5% similar) in 318 aa overlap (30-340:4-305)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLATRLSRPLSRLPGKTLSACDRENGARRPLLLGSTSFIPIGRRTYASAAEPVGSKAVLV
:::::. . . . :... :..
CCDS31 MWLPLLLGALLWA-VLWLLRDRQSLPASNAFVFI
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 TGCDSGFGFSLAKHLHSKGFLVFAGCLMKDKGHDGVKELDSLNSDRLRTVQLNVCSSEEV
:::::::: :: .: ..:: :.:.:: . :...:. . :.::.:. :.. . . :
CCDS31 TGCDSGFGRLLALQLDQRGFRVLASCLTPS----GAEDLQRVASSRLHTTLLDITDPQSV
40 50 60 70 80
130 140 150 160 170
pF1KB5 EKVVEIVRSSLKDPEKGMWGLVNNAGIS-TFGEVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKSF
..... :. .: : :..:::::::.. .: . . . . ...: .:: : . .: ..
CCDS31 QQAAKWVEMHVK--EAGLFGLVNNAGVAGIIGPTPWLTRDDFQRVLNVNTMGPIGVTLAL
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 LPLIRRAKGRVVNISSMLGRMANPARSPYCITKFGVEAFSDCLRYEMYPLGVKVSVVEPG
:::...:.:::.::.:.:::.: . . ::..:::.::::: :: .. .:..::.::::
CCDS31 LPLLQQARGRVINITSVLGRLAANG-GGYCVSKFGLEAFSDSLRRDVAHFGIRVSIVEPG
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 NFIAATSLYSPESIQAIAKKMWEELPEVVRKDYG----KKYFDEKIAKMETYCSSGSTDT
: : . . ::.. . : .:: ... :: ::. . :. : . :
CCDS31 FF--RTPVTNLESLEKTLQACWARLPPATQAHYGGAFLTKYLKMQQRIMNLIC---DPDL
210 220 230 240 250 260
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pF1KB5 SPVIDAVTHALTATTPYTRYHPMDYYWWLRMQIM--THLPGAISDMIYIR
. : . ::::: : ::: : : .. . ..::... : .
CCDS31 TKVSRCLEHALTARHPRTRYSP---GWDAKLLWLPASYLPASLVDAVLTWVLPKPAQAVY
270 280 290 300 310
>>CCDS10936.1 HSD17B2 gene_id:3294|Hs108|chr16 (387 aa)
initn: 469 init1: 246 opt: 594 Z-score: 741.7 bits: 145.8 E(32554): 5.4e-35
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20 30 40 50 60 70
pF1KB5 GKTLSACDRENGARRPLLLGSTSFIPIGRRTYASAAE--PVGSKAVLVTGCDSGFGFSLA
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CCDS10 CLAGLCAVCLLILSPFWGLILFSVSCFLMYTYLSGQELLPVDQKAVLVTGGDCGLGHALC
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 KHLHSKGFLVFAGCLMKDKGHDGVKELDSLNSDRLRTVQLNVCSSEEVEKVVEIVRSSLK
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CCDS10 KYLDELGFTVFAGVL--NENGPGAEELRRTCSPRLSVLQMDITKPVQIKDAYSKVAAMLQ
100 110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 DPEKGMWGLVNNAGISTFG-EVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKSFLPLIRRAKGRVV
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CCDS10 D--RGLWAVINNAGVLGFPTDGELLLMTDYKQCMAVNFFGTVEVTKTFLPLLRKSKGRLV
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
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CCDS10 NVSSMGGGAPMERLASYGSSKAAVTMFSSVMRLELSKWGIKVASIQPGGFLTNIAGTS-D
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 SIQAIAKKMWEELPEVVRKDYGKKYFDEKIAKMETYCSSGSTDTSPVIDAVTHALTATTP
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CCDS10 KWEKLEKDILDHLPAEVQEDYGQDYILAQRNFLLLINSLASKDFSPVLRDIQHAILAKSP
280 290 300 310 320 330
320 330 340
pF1KB5 YTRYHP-MDYYWWLRMQIMTHLPGAISDMIYIR
.. : : : :. . .:: .: :.. :
CCDS10 FAYYTPGKGAYLWICL--AHYLPIGIYDYFAKRHFGQDKPMPRALRMPNYKKKAT
340 350 360 370 380
>>CCDS10837.1 HSD11B2 gene_id:3291|Hs108|chr16 (405 aa)
initn: 482 init1: 212 opt: 566 Z-score: 706.5 bits: 139.4 E(32554): 4.9e-33
Smith-Waterman score: 566; 33.8% identity (63.4% similar) in 328 aa overlap (5-317:29-340)
10 20 30
pF1KB5 MLATRLSRPLSRLPGKTLSA-----CDRENGARRPL
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CCDS10 MERWPWPSGGAWLLVAARALLQLLRSDLRLGRPL--LAALALLAALDWLCQRLLPPPAAL
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 -LLGSTSFIPIGRRTYASAAEPVGSKAVLVTGCDSGFGFSLAKHLHSKGFLVFAGCLMKD
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CCDS10 AVLAAAGWIALSRLARPQRL-PVATRAVLITGCDSGFGKETAKKLDSMGFTVLATVL--E
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100 110 120 130 140
pF1KB5 KGHDGVKELDSLNSDRLRTVQLNVCSSEEVEKVVEIVRSSLKDPEKGMWGLVNNAGIS-T
. :. :: . : ::: .:... . .. .:.:.... . :.:::::::: . .
CCDS10 LNSPGAIELRTCCSPRLRLLQMDLTKPGDISRVLEFTKAHTTS--TGLWGLVNNAGHNEV
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 FGEVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKSFLPLIRRAKGRVVNISSMLGRMANPARSPYC
...:.. . :... :::..:....::..:::.: ..::.:...: : : : . :
CCDS10 VADAELSPVATFRSCMEVNFFGALELTKGLLPLLRSSRGRIVTVGSPAGDMPYPCLGAYG
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 ITKFGVEAFSDCLRYEMYPLGVKVSVVEPGNFIAATSLYSPESIQAIAKKMWEE------
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CCDS10 TSKAAVALLMDTFSCELLPWGVKVSIIQPGCF-------KTESVRNVGQ--WEKRKQLLL
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 --LPEVVRKDYGKKYFDEKIAKMETYCSSGSTDTSPVIDAVTHALTATTPYTRYHPMDYY
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CCDS10 ANLPQELLQAYGKDYIEHLHGQFLHSLRLAMSDLTPVVDAITDALLAARPRRRYYPGQGL
290 300 310 320 330 340
330 340
pF1KB5 WWLRMQIMTHLPGAISDMIYIR
CCDS10 GLMYFIHYYLPEGLRRRFLQAFFISHCLPRALQPGQPGTTPPQDAAQDPNLSPGPSPAVA
350 360 370 380 390 400
>>CCDS12223.2 RDH8 gene_id:50700|Hs108|chr19 (331 aa)
initn: 216 init1: 123 opt: 341 Z-score: 427.5 bits: 87.5 E(32554): 1.7e-17
Smith-Waterman score: 342; 28.0% identity (59.8% similar) in 321 aa overlap (34-343:3-299)
10 20 30 40 50
pF1KB5 TRLSRPLSRLPGKTLSACDRENGARRPLLLGSTSFIPIG----RRTYASAAEPVGSKAVL
:... .: : :. :: : ..::
CCDS12 MNGQSQVLPGGGHESREGINMAAAP---RTVL
10 20
60 70 80 90 100 110
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..::.::.:. :: .: :. : . : : :.: :. . : . .. . : ..::.:
CCDS12 ISGCSSGIGLELAVQLAHDPKKRYQVVA--TMRDLGKKETLEAAAGEALGQTLTVAQLDV
30 40 50 60 70 80
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::.: : . . ... . ::::::.. : .: :: ....: ..:..:.::
CCDS12 CSDESVAQCLSCIQGEVD-------VLVNNAGMGLVGPLEGLSLAAMQNVFDTNFFGAVR
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..:. :: . :: .:..: :::..: .. . : .::..:.: . : .. ... .
CCDS12 LVKAVLPGMKRRRQGHIVVISSVMGLQGVIFNDVYAASKFALEGFFESLAIQLLQFNIFI
150 160 170 180 190 200
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CCDS12 SLVEPGPVV--TEFEGKLLAQVSMAEFPGTDPETLH--YFRDLYLPASRKL--FCSVGQ-
210 220 230 240 250
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CCDS12 NPQDVVQAIVNVISSTRP-----PLRRQTNIRYSPLTTLKTVDSSGSLYVRTTHRLLFRC
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CCDS12 PRLLNLGLQCLSCGCLPTRVRPR
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343 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]