Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3356
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3356, 859 aa
1>>>pF1KB3356 859 - 859 aa - 859 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5023+/-0.000419; mu= 16.2030+/- 0.026
mean_var=150.9341+/-30.180, 0's: 0 Z-trim(116.7): 301 B-trim: 10 in 1/51
Lambda= 0.104395
statistics sampled from 27659 (28038) to 27659 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.329), width: 16
Scan time: 11.900
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002324 (OMIM: 603159) low-density lipoprotein r ( 770) 1735 274.1 1.7e-72
XP_005259002 (OMIM: 603159) PREDICTED: low-density ( 785) 1372 219.5 4.9e-56
NP_054764 (OMIM: 609921) low-density lipoprotein r ( 713) 926 152.3 7.7e-36
XP_005267567 (OMIM: 609921) PREDICTED: low-density ( 721) 926 152.3 7.7e-36
NP_001316155 (OMIM: 609921) low-density lipoprotei ( 556) 900 148.2 9.8e-35
XP_011509486 (OMIM: 222448,600073) PREDICTED: low- (3892) 372 69.6 3.2e-10
XP_016874793 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTE (1345) 355 66.5 9.1e-10
XP_011518973 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTE (1462) 355 66.6 9.7e-10
NP_002327 (OMIM: 603507,610947,616724) low-density (1613) 355 66.6 1e-09
XP_006719141 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTE (1613) 355 66.6 1e-09
XP_016873225 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 ( 833) 347 65.1 1.5e-09
NP_001278831 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1034) 347 65.2 1.8e-09
XP_016873224 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1072) 347 65.2 1.8e-09
XP_016873223 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) P (1809) 350 65.9 1.9e-09
NP_002325 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) low- (1905) 350 66.0 1.9e-09
XP_011543333 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1600) 347 65.4 2.4e-09
NP_002326 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60181 (1615) 347 65.4 2.4e-09
XP_011543332 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1624) 347 65.4 2.4e-09
XP_005274051 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1653) 347 65.4 2.4e-09
XP_011543331 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1662) 347 65.4 2.4e-09
XP_016859831 (OMIM: 608766) PREDICTED: low-density (2883) 344 65.2 4.8e-09
XP_016859830 (OMIM: 608766) PREDICTED: low-density (4469) 344 65.4 6.5e-09
NP_061027 (OMIM: 608766) low-density lipoprotein r (4599) 344 65.5 6.6e-09
NP_001265515 (OMIM: 605236,614595) atrial natriure ( 734) 331 62.7 7.4e-09
NP_001265514 (OMIM: 605236,614595) atrial natriure ( 938) 328 62.3 1.2e-08
NP_006578 (OMIM: 605236,614595) atrial natriuretic (1042) 328 62.4 1.3e-08
XP_011530516 (OMIM: 606742,613087) PREDICTED: toll ( 837) 322 61.4 2.1e-08
XP_016864059 (OMIM: 606742,613087) PREDICTED: toll ( 964) 322 61.4 2.3e-08
NP_036596 (OMIM: 606742,613087) tolloid-like prote (1013) 322 61.4 2.4e-08
NP_002323 (OMIM: 107770) prolow-density lipoprotei (4544) 330 63.3 2.8e-08
XP_016874792 (OMIM: 107770) PREDICTED: prolow-dens (4561) 330 63.3 2.8e-08
NP_036597 (OMIM: 606743) tolloid-like protein 2 pr (1015) 309 59.5 9.2e-08
NP_113621 (OMIM: 606227,609549,611040) membrane fr ( 579) 302 58.2 1.3e-07
NP_006120 (OMIM: 112264,614856) bone morphogenetic ( 986) 291 56.8 5.9e-07
XP_011509485 (OMIM: 222448,600073) PREDICTED: low- (4612) 276 55.2 8e-06
NP_004516 (OMIM: 222448,600073) low-density lipopr (4655) 276 55.2 8.1e-06
NP_001190 (OMIM: 112264,614856) bone morphogenetic ( 730) 257 51.5 1.7e-05
NP_005520 (OMIM: 142461,224410,255800) basement me (4391) 268 54.0 1.8e-05
NP_001278789 (OMIM: 142461,224410,255800) basement (4392) 268 54.0 1.8e-05
XP_016856611 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4438) 268 54.0 1.8e-05
XP_016856610 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4439) 268 54.0 1.8e-05
XP_016856609 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4456) 268 54.0 1.8e-05
XP_011539620 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4574) 268 54.0 1.8e-05
NP_001182732 (OMIM: 143890,606945) low-density lip ( 682) 250 50.4 3.3e-05
XP_011528291 (OMIM: 206200,609862) PREDICTED: tran ( 680) 244 49.5 6.2e-05
NP_001275930 (OMIM: 206200,609862) transmembrane p ( 802) 244 49.6 6.9e-05
NP_705837 (OMIM: 206200,609862) transmembrane prot ( 811) 244 49.6 7e-05
NP_001275929 (OMIM: 206200,609862) transmembrane p ( 824) 244 49.6 7.1e-05
XP_011541269 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1158) 246 50.1 7.2e-05
XP_016868501 (OMIM: 608399) PREDICTED: CUB and sus (3463) 253 51.6 7.3e-05
>>NP_002324 (OMIM: 603159) low-density lipoprotein recep (770 aa)
initn: 2024 init1: 847 opt: 1735 Z-score: 1422.5 bits: 274.1 E(85289): 1.7e-72
Smith-Waterman score: 2157; 44.4% identity (66.6% similar) in 748 aa overlap (10-726:12-737)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPS
.: :. : .. :.... .: :. . .::. ::
NP_002 MEKRAAAGLEGAPGARAQLAVVCLVNIFLTGRLSSAVPAL------AACSGKLEQHTERR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 GIITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTI--ETYKNI
:.: ::.:: .:: ::::.:... :..:::::..::.. :..:.:::: . .
NP_002 GVIYSPAWPLNYPPGTNCSWYIQGDRGDMITISFRNFDVEESHQCSLDWLLLGPAAPPRQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 ESYRACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNIS--RKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCG
:..: :::.::: .::..::.:: :::: . : .::::.:. :: . .: :.:::
NP_002 EAFRLCGSAIPPAFISARDHVWIFFHSDASSSGQAQGFRLSYIRGKLGQASCQADEFRCD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 NGKCIPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCL-SRFTKVYTCL
::::.: :.::..:::::.::: :. :. : .. : . : : .: :. ::
NP_002 NGKCLPGPWQCNTVDECGDGSDEGNCSAPASEPPGSL---CPGGTFPCSGARSTR---CL
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 PESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNY--PDFYPPGSNCTWLIDT
: .::: :: : .:: : .::. : :::.: ::. : .::::.::
NP_002 PVERRCDGLQDCGDGSDEAGCPDLACGRRLGSFYGSFASPDLFGAARGPSDLHCTWLVDT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 GDHRKVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIR
: :.:.:.. ...: :: :::..:.:: : .::..:. ..: :... ...:..
NP_002 QDSRRVLLQL-ELRL---GYDDYVQVYEGLGERGDRLLQTLSYRSNHRPVSLEAAQGRLT
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB3 VHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCG----------GNWGCYTEQQRCDGYWHC
: . : .:..:::::::: :.::::: ::: :. ::..: :::::.:::
NP_002 VAYHARARSAGHGFNATYQVKGYCLPWEQPCGSSSDSDGGSLGDQGCFSEPQRCDGWWHC
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 PNGRDETNCTMCQKEEFPC-SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKN
.:::: .: : ...:: . .:.:: .:::: :. ::.:.:::::: ::::.::: .
NP_002 ASGRDEQGCPACPPDQYPCEGGSGLCYTPADRCNNQKSCPDGADEKNCFSCQPGTFHCGT
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 NRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYS
: :.::.: ::.:.:: :::::..: . :: .:::::.::::.:::::::::::. ::::
NP_002 NLCIFETWRCDGQEDCQDGSDEHGCLAAVPRKVITAALIGSLVCGLLLVIALGCAFKLYS
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 LRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLRL
:: : :.::::..:.:::..::::::::::::::::::::::::: : .:::::.:::
NP_002 LRTQEYRAFETQMTRLEAEFVRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVYSASQASVLQNLRT
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630
pF1KB3 AVRSQLG-FTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSAD-------GDEVV-PS
:.: :. .: : : : . .:::.:. :. :.. :..: :: . :.
NP_002 AMRRQMRRHASRRGPSRRRLGRLWNRLFHRPRA-PRGQIPLLTAARPSQTVLGDGFLQPA
590 600 610 620 630 640
640 650 660 670 680
pF1KB3 QSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENERRDMAGASGGVAAPLPQKV--PPTTAVEATV
... .: . . .: . : .: :: :::. . : :.
NP_002 PGAAPDPPAPLMDTGSTRAAGDRPPSAPGRAPEVGPSG---PPLPSGLRDPECRPVDKDR
650 660 670 680 690 700
690 700 710 720 730 740
pF1KB3 GACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVE-P-PSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRS
.: ... . :: :. :.. : :.:: : :
NP_002 KVCREPLVDGP--APADAPREPCSAQDPHPQVSTASSTLGPHSPEPLGVCRNPPPPCSPM
710 720 730 740 750
750 760 770 780 790 800
pF1KB3 SSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLR
NP_002 LEASDDEALLVC
760 770
>>XP_005259002 (OMIM: 603159) PREDICTED: low-density lip (785 aa)
initn: 1720 init1: 543 opt: 1372 Z-score: 1127.0 bits: 219.5 E(85289): 4.9e-56
Smith-Waterman score: 2121; 43.6% identity (65.3% similar) in 763 aa overlap (10-726:12-752)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPS
.: :. : .. :.... .: :. . .::. ::
XP_005 MEKRAAAGLEGAPGARAQLAVVCLVNIFLTGRLSSAVPAL------AACSGKLEQHTERR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 GIITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTI--ETYKNI
:.: ::.:: .:: ::::.:... :..:::::..::.. :..:.:::: . .
XP_005 GVIYSPAWPLNYPPGTNCSWYIQGDRGDMITISFRNFDVEESHQCSLDWLLLGPAAPPRQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 ESYRACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNIS--RKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCG
:..: :::.::: .::..::.:: :::: . : .::::.:. :: . .: :.:::
XP_005 EAFRLCGSAIPPAFISARDHVWIFFHSDASSSGQAQGFRLSYIRGKLGQASCQADEFRCD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 NGKCIPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCL-SRFTKVYTCL
::::.: :.::..:::::.::: :. :. : .. : . : : .: :. ::
XP_005 NGKCLPGPWQCNTVDECGDGSDEGNCSAPASEPPGSL---CPGGTFPCSGARSTR---CL
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 PESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNY--PDFYPPGSNCTWLIDT
: .::: :: : .:: : .::. : :::.: ::. : .::::.::
XP_005 PVERRCDGLQDCGDGSDEAGCPDLACGRRLGSFYGSFASPDLFGAARGPSDLHCTWLVDT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 GDHRKVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIR
: :.:.:.. ...: :: :::..:.:: : .::..:. ..: :... ...:..
XP_005 QDSRRVLLQL-ELRL---GYDDYVQVYEGLGERGDRLLQTLSYRSNHRPVSLEAAQGRLT
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB3 VHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCG----------GNWGCYTEQQRCDGYWHC
: . : .:..:::::::: :.::::: ::: :. ::..: :::::.:::
XP_005 VAYHARARSAGHGFNATYQVKGYCLPWEQPCGSSSDSDGGSLGDQGCFSEPQRCDGWWHC
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 PNGRDETNCTMCQKEEFPC-SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKN
.:::: .: : ...:: . .:.:: .:::: :. ::.:.:::::: ::::.::: .
XP_005 ASGRDEQGCPACPPDQYPCEGGSGLCYTPADRCNNQKSCPDGADEKNCFSCQPGTFHCGT
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 NRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYS
: :.::.: ::.:.:: :::::..: . :: .:::::.::::.:::::::::::. ::::
XP_005 NLCIFETWRCDGQEDCQDGSDEHGCLAAVPRKVITAALIGSLVCGLLLVIALGCAFKLYS
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560
pF1KB3 LRMFERRS---------------FETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFP
:: : :: ::::..:.:::..::::::::::::::::::::::::
XP_005 LRTQEYRSRAAQSCRPPPTASRAFETQMTRLEAEFVRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFP
530 540 550 560 570 580
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 VCSPNQASVLENLRLAVRSQLG-FTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSAD
: : .:::::.::: :.: :. .: : : : . .:::.:. :. :.. :..:
XP_005 VYSASQASVLQNLRTAMRRQMRRHASRRGPSRRRLGRLWNRLFHRPRA-PRGQIPLLTAA
590 600 610 620 630 640
630 640 650 660 670
pF1KB3 -------GDEVV-PSQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENERRDMAGASGGVAAPLP
:: . :. ... .: . . .: . : .: :: :::
XP_005 RPSQTVLGDGFLQPAPGAAPDPPAPLMDTGSTRAAGDRPPSAPGRAPEVGPSG---PPLP
650 660 670 680 690 700
680 690 700 710 720 730
pF1KB3 QKV--PPTTAVEATVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVE-P-PSVSPARHQLTSALSR
. . : :. .: ... . :: :. :.. : :.:: : :
XP_005 SGLRDPECRPVDKDRKVCREPLVDGP--APADAPREPCSAQDPHPQVSTASSTLGPHSPE
710 720 730 740 750
740 750 760 770 780 790
pF1KB3 MTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCS
XP_005 PLGVCRNPPPPCSPMLEASDDEALLVC
760 770 780
>>NP_054764 (OMIM: 609921) low-density lipoprotein recep (713 aa)
initn: 1146 init1: 527 opt: 926 Z-score: 764.4 bits: 152.3 E(85289): 7.7e-36
Smith-Waterman score: 1377; 35.5% identity (55.7% similar) in 795 aa overlap (16-781:4-698)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
: :::.: : :::: : . . . . :: . : . .:
NP_054 MLLATLLLLLLG----GALA-HPDRIIFP--NHACEDPPAVLLEVQGT
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
. : . . ::.:.: .. . .:: :: . . :. . ::... ..
NP_054 LQRPLVRDSRTSPANCTWLILGSKEQTVTIRFQKLHLA----CGSERLTLRS--PLQPLI
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KB3 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISR--KGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKC
. . : : .. : . . .:: :.: ... : ..:.: : .:
NP_054 SLCEAPPSPLQLPGGNVTITYSYAGARAPMGQGFLLSY---SQDWLMCLQEEFQCLNHRC
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 IPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLK
. . .:...: :::.::: :... : .. : . ::
NP_054 VSAVQRCDGVDACGDGSDEAGCSSDPFP----GLTP-------------RPVPSLP----
160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 CDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYP---PGSNCTWLIDTGDHR
:.: :. :::.:.::.: . : : : ::.: : :
NP_054 ---------------CNVT-----LEDFYGVFSSPGYTHLASVSHPQS-CHWLLDPHDGR
200 210 220 230
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 KVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGL-EENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHF
.. .::: . : :.:: :..::: . .::: :: :.. .:: . ::: : .
NP_054 RLAVRFTALDL---GFGDAVHVYDGPGPPESSRLLRSLTHFSNGKAVTVETLSGQAVVSY
240 250 260 270 280
360 370 380 390 400
pF1KB3 CADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWG----------CYTEQQRCDGYWHCPNG
. . .:::::::.: :.::::. ::: . : ::.: ::::: : : .:
NP_054 HTVAWSNGRGFNATYHVRGYCLPWDRPCGLGSGLGAGEGLGERCYSEAQRCDGSWDCADG
290 300 310 320 330 340
410 420 430 440 450
pF1KB3 RDETNCTMCQKEEFPCSRNGV-----CYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCK
:: .: : .:::. :. :: .::::::. : .:.::. : ::::::.:.
NP_054 TDEEDCPGCPPGHFPCGAAGTSGATACYLPADRCNYQTFCADGADERRCRHCQPGNFRCR
350 360 370 380 390 400
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 NNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLY
...::.:.::::.: ::.::::: .: ..: .::::::::::.::::::::::::::::
NP_054 DEKCVYETWVCDGQPDCADGSDEWDCSYVLPRKVITAAVIGSLVCGLLLVIALGCTCKLY
410 420 430 440 450 460
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 SLRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLR
..: : : . :::.:::.....:::::::::::: ::::::::. .::. ::: :::
NP_054 AIRTQEYSIF-APLSRMEAEIVQQQAPPSYGQLIAQGAIPPVEDFPTENPNDNSVLGNLR
470 480 490 500 510 520
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 --LAVRSQLGFTSVRLPMAGRSSN--IWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTS
: . : .: : : : . . :. : :. : : ... :....
NP_054 SLLQILRQ-DMTPGGGPGARRRQRGRLMRRLVR--RLRRWGLLPRTNT------PARASE
530 540 550 560 570
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 REPERNHTHRSLFSVESDDTDTENERRDMA--GASGGVAAPLPQKVP-PTTAVEATVGAC
:... : .:. : : :. : : .: : ::: :.: :.
NP_054 ---ARSQVTPSAAPLEALDGGTGPAREGGAVGGQDGEQAPPLPIKAPLPS----------
580 590 600 610 620
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 ASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRF-TLGRSSSLS
::.: : : : :. :. : :: ..:.:: . .:: .
NP_054 ASTSPAPT-----------TVPEAPGPLPSLPLEPSLLSGVVQALRGRLLPSLGPPGPTR
630 640 650 660 670
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 QNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYN
. .: ..: . ::.::: .:.:...
NP_054 SPPGP----HTAVLALEDEDDV-LLVPLAEPGVWVAEAEDEPLLT
680 690 700 710
>>XP_005267567 (OMIM: 609921) PREDICTED: low-density lip (721 aa)
initn: 1146 init1: 527 opt: 926 Z-score: 764.4 bits: 152.3 E(85289): 7.7e-36
Smith-Waterman score: 1377; 35.5% identity (55.5% similar) in 800 aa overlap (16-781:4-706)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
: :::.: : :::: : . . . . :: . : . .:
XP_005 MLLATLLLLLLG----GALA-HPDRIIFP--NHACEDPPAVLLEVQGT
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
. : . . ::.:.: .. . .:: :: . . :. . ::... ..
XP_005 LQRPLVRDSRTSPANCTWLILGSKEQTVTIRFQKLHLA----CGSERLTLRS--PLQPLI
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KB3 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISR--KGFRLAY----FSGKSEEP-NCACDQFRC
. . : : .. : . . .:: :.: . : : . : ..:.:
XP_005 SLCEAPPSPLQLPGGNVTITYSYAGARAPMGQGFLLSYSQAPLHGASADWLMCLQEEFQC
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 GNGKCIPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCL
: .:. . .:...: :::.::: :... : .. : . :
XP_005 LNHRCVSAVQRCDGVDACGDGSDEAGCSSDPFP----GLTP-------------RPVPSL
160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 PESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYP---PGSNCTWLID
: :.: :. :::.:.::.: . : : : ::.:
XP_005 P-------------------CNVT-----LEDFYGVFSSPGYTHLASVSHPQS-CHWLLD
200 210 220 230
300 310 320 330 340
pF1KB3 TGDHRKVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGL-EENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQ
: :.. .::: . : :.:: :..::: . .::: :: :.. .:: . :::
XP_005 PHDGRRLAVRFTALDL---GFGDAVHVYDGPGPPESSRLLRSLTHFSNGKAVTVETLSGQ
240 250 260 270 280 290
350 360 370 380 390
pF1KB3 IRVHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWG----------CYTEQQRCDGYW
: . . . .:::::::.: :.::::. ::: . : ::.: ::::: :
XP_005 AVVSYHTVAWSNGRGFNATYHVRGYCLPWDRPCGLGSGLGAGEGLGERCYSEAQRCDGSW
300 310 320 330 340 350
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 HCPNGRDETNCTMCQKEEFPCSRNGV-----CYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPG
: .: :: .: : .:::. :. :: .::::::. : .:.::. : ::::
XP_005 DCADGTDEEDCPGCPPGHFPCGAAGTSGATACYLPADRCNYQTFCADGADERRCRHCQPG
360 370 380 390 400 410
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 NFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGC
::.:....::.:.::::.: ::.::::: .: ..: .::::::::::.:::::::::::
XP_005 NFRCRDEKCVYETWVCDGQPDCADGSDEWDCSYVLPRKVITAAVIGSLVCGLLLVIALGC
420 430 440 450 460 470
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 TCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASV
:::::..: : : . :::.:::.....:::::::::::: ::::::::. .::. ::
XP_005 TCKLYAIRTQEYSIF-APLSRMEAEIVQQQAPPSYGQLIAQGAIPPVEDFPTENPNDNSV
480 490 500 510 520
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 LENLR--LAVRSQLGFTSVRLPMAGRSSN--IWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVP
: ::: : . : .: : : : . . :. : :. : : ... :
XP_005 LGNLRSLLQILRQ-DMTPGGGPGARRRQRGRLMRRLVR--RLRRWGLLPRTNT------P
530 540 550 560 570 580
640 650 660 670 680
pF1KB3 SQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENERRDMA--GASGGVAAPLPQKVP-PTTAVEA
.... :... : .:. : : :. : : .: : ::: :.: :.
XP_005 ARASE---ARSQVTPSAAPLEALDGGTGPAREGGAVGGQDGEQAPPLPIKAPLPS-----
590 600 610 620 630
690 700 710 720 730 740
pF1KB3 TVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRF-TLGR
::.: : : : :. :. : :: ..:.:: . .::
XP_005 -----ASTSPAPT-----------TVPEAPGPLPSLPLEPSLLSGVVQALRGRLLPSLGP
640 650 660 670
750 760 770 780 790 800
pF1KB3 SSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGL
. . .: ..: . ::.::: .:.:...
XP_005 PGPTRSPPGP----HTAVLALEDEDDV-LLVPLAEPGVWVAEAEDEPLLT
680 690 700 710 720
810 820 830 840 850
pF1KB3 RQPYNATNPGVRPSNRDGPCERCGIVHTAQIPDTCLEVTLKNETSDDEALLLC
>>NP_001316155 (OMIM: 609921) low-density lipoprotein re (556 aa)
initn: 1146 init1: 527 opt: 900 Z-score: 744.6 bits: 148.2 E(85289): 9.8e-35
Smith-Waterman score: 1339; 39.1% identity (59.5% similar) in 585 aa overlap (16-579:4-526)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
: :::.: : :::: : . . . . :: . : . .:
NP_001 MLLATLLLLLLG----GALA-HPDRIIFP--NHACEDPPAVLLEVQGT
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
. : . . ::.:.: .. . .:: :: . . :. . ::... ..
NP_001 LQRPLVRDSRTSPANCTWLILGSKEQTVTIRFQKLHLA----CGSERLTLRS--PLQPLI
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KB3 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISR--KGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKC
. . : : .. : . . .:: :.: ... : ..:.: : .:
NP_001 SLCEAPPSPLQLPGGNVTITYSYAGARAPMGQGFLLSY---SQDWLMCLQEEFQCLNHRC
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 IPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLK
. . .:...: :::.::: :... : .. : . ::
NP_001 VSAVQRCDGVDACGDGSDEAGCSSDPFP----GLTP-------------RPVPSLP----
160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 CDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYP---PGSNCTWLIDTGDHR
:.: :. :::.:.::.: . : : : ::.: : :
NP_001 ---------------CNVT-----LEDFYGVFSSPGYTHLASVSHPQS-CHWLLDPHDGR
200 210 220 230
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 KVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGL-EENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHF
.. .::: . : :.:: :..::: . .::: :: :.. .:: . ::: : .
NP_001 RLAVRFTALDL---GFGDAVHVYDGPGPPESSRLLRSLTHFSNGKAVTVETLSGQAVVSY
240 250 260 270 280
360 370 380 390 400
pF1KB3 CADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWG----------CYTEQQRCDGYWHCPNG
. . .:::::::.: :.::::. ::: . : ::.: ::::: : : .:
NP_001 HTVAWSNGRGFNATYHVRGYCLPWDRPCGLGSGLGAGEGLGERCYSEAQRCDGSWDCADG
290 300 310 320 330 340
410 420 430 440 450
pF1KB3 RDETNCTMCQKEEFPCSRNGV-----CYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCK
:: .: : .:::. :. :: .::::::. : .:.::. : ::::::.:.
NP_001 TDEEDCPGCPPGHFPCGAAGTSGATACYLPADRCNYQTFCADGADERRCRHCQPGNFRCR
350 360 370 380 390 400
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 NNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLY
...::.:.::::.: ::.::::: .: ..: .::::::::::.::::::::::::::::
NP_001 DEKCVYETWVCDGQPDCADGSDEWDCSYVLPRKVITAAVIGSLVCGLLLVIALGCTCKLY
410 420 430 440 450 460
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 SLRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLR
..: : : . :::.:::.....:::::::::::: ::::::::. .::. ::: :::
NP_001 AIRTQEYSIF-APLSRMEAEIVQQQAPPSYGQLIAQGAIPPVEDFPTENPNDNSVLGNLR
470 480 490 500 510 520
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 LAVRSQLGFTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPE
NP_001 SLLQILRQDMTPGGGPGARRRQRGRLMRRL
530 540 550
>>XP_011509486 (OMIM: 222448,600073) PREDICTED: low-dens (3892 aa)
initn: 336 init1: 179 opt: 372 Z-score: 304.5 bits: 69.6 E(85289): 3.2e-10
Smith-Waterman score: 477; 27.8% identity (48.0% similar) in 396 aa overlap (166-491:1937-2311)
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 HIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKCIPEAWKCNNMDECGDSS
:. ..: :.::.:: : :::.: ..:::.:
XP_011 PNGAECQCPHEGNWYLANNRKHCIVDNGERCGASSFTCSNGRCISEEWKCDNDNDCGDGS
1910 1920 1930 1940 1950 1960
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 DE--EICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLKCDGNIDCLDLGDEID
:: .:: .. ::: : : . :. : .:: :: : .::
XP_011 DEMESVCALHTCSPTA----------FTCANG-----RCVQYSYRCDYYNDCGDGSDEAG
1970 1980 1990 2000 2010
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 CDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYP-DFYPPGSNCTWLIDTGDHRKVILRFTDFKLDGTGYG
: :. ... . : : .: : . .:.:... : . .
XP_011 CLFRDCNATTEFMCN--NRRCIPREFICNGVDNCHDNNTSDEKNCPDRTCQSGYTKCHNS
2020 2030 2040 2050 2060
320 330 340 350 360
pF1KB3 DYV--KIY---------DGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVN-
. ..: :. .::: : : . . .:. . .: ....
XP_011 NICIPRVYLCDGDNDCGDNSDENP---TYCTTHTCSSSEFQCASGRCIPQHWYCDQETDC
2070 2080 2090 2100 2110 2120
370 380 390
pF1KB3 -------AARGFNAT------YQVDG-FCLPWEIPCGGNWGC---YTEQQR---------
:. : . .. :: :.: : : :. : :..:
XP_011 FDASDEPASCGHSERTCLADEFKCDGGRCIPSEWICDGDNDCGDMSDEDKRHQCQNQNCS
2130 2140 2150 2160 2170 2180
400 410 420
pF1KB3 ----------------------CDGYWHCPNGRDET-NCT--MCQKEEFPCSRNGVCYPR
::: : .: ::. ::: :...:: :. :.: :.
XP_011 DSEFLCVNDRPPDRRCIPQSWVCDGDVDCTDGYDENQNCTRRTCSENEFTCGY-GLCIPK
2190 2200 2210 2220 2230 2240
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 SDRCNYQNHCPNGSDEKNCFF--CQPGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDE--ENC
::. .: : . :::..:.. :: ..: :.:.::. ...::: ..:::::::: . :
XP_011 IFRCDRHNDCGDYSDERGCLYQTCQQNQFTCQNGRCISKTFVCDEDNDCGDGSDELMHLC
2250 2260 2270 2280 2290 2300
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 PVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAELLRREA
. ::
XP_011 HTPEPTCPPHEFKCDNGRCIEMMKLCNHLDDCLDNSDEKGCGINECHDPSISGCDHNCTD
2310 2320 2330 2340 2350 2360
>--
initn: 336 init1: 179 opt: 418 Z-score: 342.0 bits: 76.5 E(85289): 2.6e-12
Smith-Waterman score: 515; 26.7% identity (49.8% similar) in 450 aa overlap (80-513:187-571)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 TPEQIRAPSGIITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQ-GSRRCNLDWL
::.. . :. .. : .:: :: ::
XP_011 AIFGEHLFFTDWRLGAIIRVRKADGGEMTVIRSGIAYILHLKSYDVNIQTGSNACNQP--
160 170 180 190 200 210
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 TIETYKNIESYRACGSTIPPPYISS--QDHIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNC
:. : . . : .: : .. .:. :. ... .: . .: :.
XP_011 ---THPNGDCSHFC---FPVPNFQRVCGCPYGMRLASN-HLTCEG------DPTNEPPTE
220 230 240 250 260
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 ACDQFR--CGNGKCIPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLS
: : : ::.:.:. . :...:.: :.:::..:. : ...:: :....
XP_011 QCGLFSFPCKNGRCVPNYYLCDGVDDCHDNSDEQLCGTLNNTCSSSAFT-CGHGE-----
270 280 290 300 310
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 RFTKVYTCLPESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSN
:.: .:: ::.: .:: .: :: . :.:
XP_011 -------CIPAHWRCDKRNDCVDGSDEHNC--PT--------------------HAPAS-
320 330 340
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 CTWLIDTGDHRKVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVV
: : :... : . :. :: .:. . .. . . :
XP_011 CLDTQYTCDNHQCISKNWVCDTDND-------CGDGSDEKNCNSTETCQPSQFNCP----
350 360 370 380 390
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 SSSGQIRVHF-CADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPN
. : . : : . . : . . : . : .. :... : .:::: . : .
XP_011 -NHRCIDLSFVCDGDKDCVDGSDEVGCVLN-CTASQFKCASGDKCIGVTNRCDGVFDCSD
400 410 420 430 440 450
410 420 430 440 450
pF1KB3 GRDETNCT-----MCQKEEFPCSRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKN-CF--FCQPGN
. ::..: ::...:: :...:.: : .:. . : ::::.: : : .
XP_011 NSDEAGCPTRPPGMCHSDEFQCQEDGICIPNFWECDGHPDCLYGSDEHNACVPKTCPSSY
460 470 480 490 500 510
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 FHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAA--VIGSLICGLLLVIALG
::: :. :. ..:.:: ..:::: :::..::. : : . .: :: : :. :
XP_011 FHCDNGNCIHRAWLCDRDNDCGDMSDEKDCPTQ-PFRCPSWQWQCLGHNICVNLSVVCDG
520 530 540 550 560 570
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 CTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQAS
XP_011 IFDCPNGTDESPLCNGNSCSDFNGGCTHECVQEPFGAKCLCPLGFLLANDSKTCEDIDEC
580 590 600 610 620 630
>--
initn: 411 init1: 178 opt: 321 Z-score: 263.0 bits: 61.9 E(85289): 6.5e-08
Smith-Waterman score: 483; 30.5% identity (47.7% similar) in 344 aa overlap (166-490:2872-3162)
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 HIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKCIPEAWKCNNMDECGDSS
: ::::.::.:::.::::. ..::: :
XP_011 RCIPESWQCDTFNDCEDNSDEDSSHCASRTCRPGQFRCANGRCIPQAWKCDVDNDCGDHS
2850 2860 2870 2880 2890 2900
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 DEEI--CAKEANPPTAAAFQPC-AYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLKCDGNIDCLDLGDEI
:: : : . :. : ...:.: . : :.:. :.: :: : .::
XP_011 DEPIEECMSSAHL--------CDNFTEFSCKTN----YRCIPKWAVCNGVDDCRDNSDEQ
2910 2920 2930 2940
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 DCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSNCTWLIDTGDHRKVILRFTDFKLDGTGYG
:. :: . : : :. : .: : ::. .:
XP_011 GCEERTC-----HPVGDFRCKNH-HCIPLRWQCDGQNDCGDN-------SD---------
2950 2960 2970 2980
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 DYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHF--CADKVNAARGFNATYQ
::: . . : . : : :. :.:. . :
XP_011 ---------EENCAPRECTESEFRCVNQQCI--PSRWICDHYNDCGDNSDERDCEMRT--
2990 3000 3010 3020 3030
380 390 400 410 420
pF1KB3 VDGFCLPWEIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPNGRDETNC-------TMCQKEEFPCSRN
: : . : .. : . .::: : .. ::..: ..:: : : .:
XP_011 ----CHPEYFQCTSG-HCVHSELKCDGSADCLDASDEADCPTRFPDGAYCQATMFEC-KN
3040 3050 3060 3070 3080
430 440 450 460 470
pF1KB3 GVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKN--CF--FCQ-PGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGD
:: : .:. .. : .::::. :. :. :. :.: ::::.. ::.. :::::
XP_011 HVCIPPYWKCDGDDDCGDGSDEELHLCLDVPCNSPNRFRCDNNRCIYSHEVCNGVDDCGD
3090 3100 3110 3120 3130 3140
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 GSDE--ENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRV
:.:: :.: .:
XP_011 GTDETEEHCRKPTPKPCTEYEYKCGNGHCIPHDNVCDDADDCGDWSDELGCNKGKERTCA
3150 3160 3170 3180 3190 3200
>--
initn: 319 init1: 112 opt: 315 Z-score: 258.1 bits: 61.0 E(85289): 1.2e-07
Smith-Waterman score: 316; 34.2% identity (57.9% similar) in 152 aa overlap (353-484:2715-2864)
330 340 350 360 370
pF1KB3 ENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVNAARGFNA-------TYQVDG--
:.: : ...::. : :..:
XP_011 THRPFDIHVYHPYRQPIVSNPCGTNNGGCSHLCLIK-PGGKGFTCECPDDFRTLQLSGST
2690 2700 2710 2720 2730 2740
380 390 400 410 420
pF1KB3 FCLPW----EIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPNGRDETN-CTM--CQKEEFPCSRNGVC
.:.: .. :..: : .::: : .: :: : . :. .: :: .: :
XP_011 YCMPMCSSTQFLCANNEKCIPIWWKCDGQKDCSDGSDELALCPQRFCRLGQFQCS-DGNC
2750 2760 2770 2780 2790 2800
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YPRSDRCNYQNHCPNGSDEKN--C--FFCQPGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDE
. :: ...::.:::: : :. ....: :.::. ::: ::. .:: :.:::
XP_011 TSPQTLCNAHQNCPDGSDEDRLLCENHHCDSNEWQCANKRCIPESWQCDTFNDCEDNSDE
2810 2820 2830 2840 2850 2860
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 ENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAELLR
..
XP_011 DSSHCASRTCRPGQFRCANGRCIPQAWKCDVDNDCGDHSDEPIEECMSSAHLCDNFTEFS
2870 2880 2890 2900 2910 2920
>>XP_016874793 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTED: l (1345 aa)
initn: 285 init1: 209 opt: 355 Z-score: 296.3 bits: 66.5 E(85289): 9.1e-10
Smith-Waterman score: 375; 26.8% identity (53.0% similar) in 362 aa overlap (375-729:981-1312)
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 SSSGQIRVHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPC-GGNWGCYTEQQRCDGYWHCPN
: : .. : :. : ::::. .: .
XP_016 LVKGDGTTRCSCPMHLVLLQDELSCGEPPTCSPQQFTCFTGEIDCIPVAWRCDGFTECED
960 970 980 990 1000 1010
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 GRDETNCTMCQKEEFPCSRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNC-FFCQPGNFHCKNNR
:: :: .:.. .: :. .: : . ::: . .: . :::::: .: .:.: :..
XP_016 HSDELNCPVCSESQFQCA-SGQCIDGALRCNGDANCQDKSDEKNCEVLCLIDQFRCANGQ
1020 1030 1040 1050 1060
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 CVFESWVCDSQDDCGDGSDEENC-PVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSL
:. . :: . ::.: ::: .: :. :. : .: ::.: :....: .. : .
XP_016 CIGKHKKCDHNVDCSDKSDELDCYPTEEPAPQATNTV-GSVI-GVIVTIFVSGTVYFICQ
1070 1080 1090 1100 1110 1120
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 RMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCS-PNQASVLENLRL
::. : .. .. .. ...: :. . :. :. .:. .:
XP_016 RMLCPR-------------MKGDGETMTNDYVVHG---PA-SVPLGYVPHPSSLSGSLPG
1130 1140 1150 1160 1170
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 AVRSQLGFTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPER
:.. ..:. . :.: :. ..: . : :.: :. : :. :
XP_016 MSRGKSMISSLSI-MGGSSGPPYDRAHVTGASSSSSS----STKGT-YFPA--ILNPPPS
1180 1190 1200 1210 1220
650 660 670 680 690
pF1KB3 NHTHRSLFSVE-SDDTDTENERRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACAS--SST
:.:: ...: . .... . .:... . : .: .: : . : . .:.
XP_016 PATERSHYTMEFGYSSNSPSTHRSYSYRPYSYRHFAPPTTPCSTDVCDSDYAPSRRMTSV
1230 1240 1250 1260 1270 1280
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 QSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPL
...: .: . : : :: .: : : ::
XP_016 ATAKGYTSDLNYDSEPVPPPP-TP-RSQYLSAEENYESCPPSPYTERSYSHHLYPPPPSP
1290 1300 1310 1320 1330 1340
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 RQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGV
XP_016 CTDSS
>>XP_011518973 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTED: l (1462 aa)
initn: 285 init1: 209 opt: 355 Z-score: 295.9 bits: 66.6 E(85289): 9.7e-10
Smith-Waterman score: 375; 26.8% identity (53.0% similar) in 362 aa overlap (375-729:1098-1429)
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 SSSGQIRVHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPC-GGNWGCYTEQQRCDGYWHCPN
: : .. : :. : ::::. .: .
XP_011 LVKGDGTTRCSCPMHLVLLQDELSCGEPPTCSPQQFTCFTGEIDCIPVAWRCDGFTECED
1070 1080 1090 1100 1110 1120
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 GRDETNCTMCQKEEFPCSRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNC-FFCQPGNFHCKNNR
:: :: .:.. .: :. .: : . ::: . .: . :::::: .: .:.: :..
XP_011 HSDELNCPVCSESQFQCA-SGQCIDGALRCNGDANCQDKSDEKNCEVLCLIDQFRCANGQ
1130 1140 1150 1160 1170 1180
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 CVFESWVCDSQDDCGDGSDEENC-PVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSL
:. . :: . ::.: ::: .: :. :. : .: ::.: :....: .. : .
XP_011 CIGKHKKCDHNVDCSDKSDELDCYPTEEPAPQATNTV-GSVI-GVIVTIFVSGTVYFICQ
1190 1200 1210 1220 1230 1240
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 RMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCS-PNQASVLENLRL
::. : .. .. .. ...: :. . :. :. .:. .:
XP_011 RMLCPR-------------MKGDGETMTNDYVVHG---PA-SVPLGYVPHPSSLSGSLPG
1250 1260 1270 1280
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 AVRSQLGFTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPER
:.. ..:. . :.: :. ..: . : :.: :. : :. :
XP_011 MSRGKSMISSLSI-MGGSSGPPYDRAHVTGASSSSSS----STKGT-YFPA--ILNPPPS
1290 1300 1310 1320 1330
650 660 670 680 690
pF1KB3 NHTHRSLFSVE-SDDTDTENERRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACAS--SST
:.:: ...: . .... . .:... . : .: .: : . : . .:.
XP_011 PATERSHYTMEFGYSSNSPSTHRSYSYRPYSYRHFAPPTTPCSTDVCDSDYAPSRRMTSV
1340 1350 1360 1370 1380 1390
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 QSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPL
...: .: . : : :: .: : : ::
XP_011 ATAKGYTSDLNYDSEPVPPPP-TP-RSQYLSAEENYESCPPSPYTERSYSHHLYPPPPSP
1400 1410 1420 1430 1440 1450
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 RQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGV
XP_011 CTDSS
1460
>>NP_002327 (OMIM: 603507,610947,616724) low-density lip (1613 aa)
initn: 285 init1: 209 opt: 355 Z-score: 295.4 bits: 66.6 E(85289): 1e-09
Smith-Waterman score: 375; 26.8% identity (53.0% similar) in 362 aa overlap (375-729:1249-1580)
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 SSSGQIRVHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPC-GGNWGCYTEQQRCDGYWHCPN
: : .. : :. : ::::. .: .
NP_002 LVKGDGTTRCSCPMHLVLLQDELSCGEPPTCSPQQFTCFTGEIDCIPVAWRCDGFTECED
1220 1230 1240 1250 1260 1270
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 GRDETNCTMCQKEEFPCSRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNC-FFCQPGNFHCKNNR
:: :: .:.. .: :. .: : . ::: . .: . :::::: .: .:.: :..
NP_002 HSDELNCPVCSESQFQCA-SGQCIDGALRCNGDANCQDKSDEKNCEVLCLIDQFRCANGQ
1280 1290 1300 1310 1320 1330
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 CVFESWVCDSQDDCGDGSDEENC-PVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSL
:. . :: . ::.: ::: .: :. :. : .: ::.: :....: .. : .
NP_002 CIGKHKKCDHNVDCSDKSDELDCYPTEEPAPQATNTV-GSVI-GVIVTIFVSGTVYFICQ
1340 1350 1360 1370 1380 1390
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 RMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCS-PNQASVLENLRL
::. : .. .. .. ...: :. . :. :. .:. .:
NP_002 RMLCPR-------------MKGDGETMTNDYVVHG---PA-SVPLGYVPHPSSLSGSLPG
1400 1410 1420 1430
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 AVRSQLGFTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPER
:.. ..:. . :.: :. ..: . : :.: :. : :. :
NP_002 MSRGKSMISSLSI-MGGSSGPPYDRAHVTGASSSSSS----STKGT-YFPA--ILNPPPS
1440 1450 1460 1470 1480 1490
650 660 670 680 690
pF1KB3 NHTHRSLFSVE-SDDTDTENERRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACAS--SST
:.:: ...: . .... . .:... . : .: .: : . : . .:.
NP_002 PATERSHYTMEFGYSSNSPSTHRSYSYRPYSYRHFAPPTTPCSTDVCDSDYAPSRRMTSV
1500 1510 1520 1530 1540 1550
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 QSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPL
...: .: . : : :: .: : : ::
NP_002 ATAKGYTSDLNYDSEPVPPPP-TP-RSQYLSAEENYESCPPSPYTERSYSHHLYPPPPSP
1560 1570 1580 1590 1600
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 RQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGV
NP_002 CTDSS
1610
>>XP_006719141 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTED: l (1613 aa)
initn: 285 init1: 209 opt: 355 Z-score: 295.4 bits: 66.6 E(85289): 1e-09
Smith-Waterman score: 375; 26.8% identity (53.0% similar) in 362 aa overlap (375-729:1249-1580)
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 SSSGQIRVHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPC-GGNWGCYTEQQRCDGYWHCPN
: : .. : :. : ::::. .: .
XP_006 LVKGDGTTRCSCPMHLVLLQDELSCGEPPTCSPQQFTCFTGEIDCIPVAWRCDGFTECED
1220 1230 1240 1250 1260 1270
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 GRDETNCTMCQKEEFPCSRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNC-FFCQPGNFHCKNNR
:: :: .:.. .: :. .: : . ::: . .: . :::::: .: .:.: :..
XP_006 HSDELNCPVCSESQFQCA-SGQCIDGALRCNGDANCQDKSDEKNCEVLCLIDQFRCANGQ
1280 1290 1300 1310 1320 1330
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 CVFESWVCDSQDDCGDGSDEENC-PVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSL
:. . :: . ::.: ::: .: :. :. : .: ::.: :....: .. : .
XP_006 CIGKHKKCDHNVDCSDKSDELDCYPTEEPAPQATNTV-GSVI-GVIVTIFVSGTVYFICQ
1340 1350 1360 1370 1380 1390
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 RMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCS-PNQASVLENLRL
::. : .. .. .. ...: :. . :. :. .:. .:
XP_006 RMLCPR-------------MKGDGETMTNDYVVHG---PA-SVPLGYVPHPSSLSGSLPG
1400 1410 1420 1430
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 AVRSQLGFTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPER
:.. ..:. . :.: :. ..: . : :.: :. : :. :
XP_006 MSRGKSMISSLSI-MGGSSGPPYDRAHVTGASSSSSS----STKGT-YFPA--ILNPPPS
1440 1450 1460 1470 1480 1490
650 660 670 680 690
pF1KB3 NHTHRSLFSVE-SDDTDTENERRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACAS--SST
:.:: ...: . .... . .:... . : .: .: : . : . .:.
XP_006 PATERSHYTMEFGYSSNSPSTHRSYSYRPYSYRHFAPPTTPCSTDVCDSDYAPSRRMTSV
1500 1510 1520 1530 1540 1550
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 QSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPL
...: .: . : : :: .: : : ::
XP_006 ATAKGYTSDLNYDSEPVPPPP-TP-RSQYLSAEENYESCPPSPYTERSYSHHLYPPPPSP
1560 1570 1580 1590 1600
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 RQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGV
XP_006 CTDSS
1610
859 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 22:25:01 2016 done: Sun Nov 6 22:25:03 2016
Total Scan time: 11.900 Total Display time: 0.230
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]