Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB4538
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4538, 397 aa
1>>>pF1KB4538 397 - 397 aa - 397 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5027+/-0.000912; mu= 15.3270+/- 0.055
mean_var=63.9396+/-12.906, 0's: 0 Z-trim(104.8): 25 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.160394
statistics sampled from 8045 (8062) to 8045 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16
Scan time: 2.800
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1870.1 B3GNT2 gene_id:10678|Hs108|chr2 ( 397) 2707 635.3 2.8e-182
CCDS46540.1 B3GNT7 gene_id:93010|Hs108|chr2 ( 401) 877 211.9 8.5e-55
CCDS81751.1 B3GNT4 gene_id:79369|Hs108|chr12 ( 353) 853 206.3 3.6e-53
CCDS9227.1 B3GNT4 gene_id:79369|Hs108|chr12 ( 378) 853 206.3 3.8e-53
CCDS53681.1 B3GNT6 gene_id:192134|Hs108|chr11 ( 384) 832 201.5 1.1e-51
CCDS12364.1 B3GNT3 gene_id:10331|Hs108|chr19 ( 372) 799 193.8 2.2e-49
CCDS12582.1 B3GNT8 gene_id:374907|Hs108|chr19 ( 397) 728 177.4 2e-44
CCDS2227.1 B3GALT1 gene_id:8708|Hs108|chr2 ( 326) 643 157.7 1.4e-38
CCDS45509.1 B3GNT9 gene_id:84752|Hs108|chr16 ( 402) 627 154.0 2.2e-37
CCDS1383.1 B3GALT2 gene_id:8707|Hs108|chr1 ( 422) 580 143.2 4.4e-34
CCDS3244.1 B3GNT5 gene_id:84002|Hs108|chr3 ( 378) 557 137.8 1.6e-32
CCDS13667.1 B3GALT5 gene_id:10317|Hs108|chr21 ( 310) 483 120.7 1.9e-27
CCDS74795.1 B3GALT5 gene_id:10317|Hs108|chr21 ( 314) 483 120.7 1.9e-27
CCDS3193.1 B3GALNT1 gene_id:8706|Hs108|chr3 ( 331) 438 110.3 2.7e-24
CCDS34425.1 B3GALT4 gene_id:8705|Hs108|chr6 ( 378) 262 69.6 5.6e-12
>>CCDS1870.1 B3GNT2 gene_id:10678|Hs108|chr2 (397 aa)
initn: 2707 init1: 2707 opt: 2707 Z-score: 3385.9 bits: 635.3 E(32554): 2.8e-182
Smith-Waterman score: 2707; 100.0% identity (100.0% similar) in 397 aa overlap (1-397:1-397)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSVGRRRIKLLGILMMANVFIYFIMEVSKSSSQEKNGKGEVIIPKEKFWKISTPPEAYWN
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CCDS18 MSVGRRRIKLLGILMMANVFIYFIMEVSKSSSQEKNGKGEVIIPKEKFWKISTPPEAYWN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 REQEKLNRQYNPILSMLTNQTGEAGRLSNISHLNYCEPDLRVTSVVTGFNNLPDRFKDFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 REQEKLNRQYNPILSMLTNQTGEAGRLSNISHLNYCEPDLRVTSVVTGFNNLPDRFKDFL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LYLRCRNYSLLIDQPDKCAKKPFLLLAIKSLTPHFARRQAIRESWGQESNAGNQTVVRVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LYLRCRNYSLLIDQPDKCAKKPFLLLAIKSLTPHFARRQAIRESWGQESNAGNQTVVRVF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LLGQTPPEDNHPDLSDMLKFESEKHQDILMWNYRDTFFNLSLKEVLFLRWVSTSCPDTEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LLGQTPPEDNHPDLSDMLKFESEKHQDILMWNYRDTFFNLSLKEVLFLRWVSTSCPDTEF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 VFKGDDDVFVNTHHILNYLNSLSKTKAKDLFIGDVIHNAGPHRDKKLKYYIPEVVYSGLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 VFKGDDDVFVNTHHILNYLNSLSKTKAKDLFIGDVIHNAGPHRDKKLKYYIPEVVYSGLY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 PPYAGGGGFLYSGHLALRLYHITDQVHLYPIDDVYTGMCLQKLGLVPEKHKGFRTFDIEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PPYAGGGGFLYSGHLALRLYHITDQVHLYPIDDVYTGMCLQKLGLVPEKHKGFRTFDIEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KB4 KNKNNICSYVDLMLVHSRKPQEMIDIWSQLQSAHLKC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KNKNNICSYVDLMLVHSRKPQEMIDIWSQLQSAHLKC
370 380 390
>>CCDS46540.1 B3GNT7 gene_id:93010|Hs108|chr2 (401 aa)
initn: 669 init1: 294 opt: 877 Z-score: 1097.2 bits: 211.9 E(32554): 8.5e-55
Smith-Waterman score: 878; 37.8% identity (67.9% similar) in 368 aa overlap (47-397:33-394)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 ANVFIYFIMEVSKSSSQEKNGKGEVIIPKEKFWKISTPPEAYWNREQEKLNRQYNPI---
.: . :: .. :. .. ::
CCDS46 LWKKTVYRSLCLALALLVAVTVFQRSLTPGQFLQEPPPPTLEPQKAQKPNGQLVNPNNFW
10 20 30 40 50 60
80 90 100 110 120
pF1KB4 -----LSMLTNQTGEAGRLSNISHLNYCEPDLRVTSVVTGFNNLPDRFKDFLLYLRCRNY
.. : ..... . ... : : .. .: :. : .:..::.: .:: .
CCDS46 KNPKDVAAPTPMASQGPQAWDVTTTN-CSANINLTHQ-PWFQVLEPQFRQFLFYRHCRYF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 SLLIDQPDKCAKKPFLLLAIKSLTPHFARRQAIRESWGQE--SNAGNQTVVR-VFLLGQT
.:...:.:: .::...::. . ::.:::..::.: : .:.. .:: .:::: .
CCDS46 PMLLNHPEKCRGDVYLLVVVKSVITQHDRREAIRQTWGRERQSAGGGRGAVRTLFLLGTA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 PPEDNHPDLSDMLKFESEKHQDILMWNYRDTFFNLSLKEVLFLRWVSTSCPDTEFVFKGD
.... ...: .:.. . :::.:.. ::::::.:::. ::.:.. :: . :.::::
CCDS46 SKQEERTHYQQLLAYEDRLYGDILQWGFLDTFFNLTLKEIHFLKWLDIYCPHVPFIFKGD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 DDVFVNTHHILNYLNSLSKTKAKDLFIGDVIHNAGPHRDKKLKYYIPEVVYS-GLYPPYA
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CCDS46 DDVFVNPTNLLEFLA--DRQPQENLFVGDVLQHARPIRRKDNKYYIPGALYGKASYPPYA
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 GGGGFLYSGHLALRLYHITDQVHLYPIDDVYTGMCLQKLGLVPEKHKGFRTFDIEEKNKN
::::::..: :: ::.: : ..:::::::. ::::. ::. : :.::.:: : .:.:
CCDS46 GGGGFLMAGSLARRLHHACDTLELYPIDDVFLGMCLEVLGVQPTAHEGFKTFGIS-RNRN
300 310 320 330 340 350
370 380 390
pF1KB4 N-----ICSYVDLMLVHSRKPQEMIDIWSQLQSAHLKC
. : . ...::. : :.. .:. ..: .: :
CCDS46 SRMNKEPCFFRAMLVVHKLLPPELLAMWGLVHS-NLTCSRKLQVL
360 370 380 390 400
>>CCDS81751.1 B3GNT4 gene_id:79369|Hs108|chr12 (353 aa)
initn: 759 init1: 244 opt: 853 Z-score: 1068.1 bits: 206.3 E(32554): 3.6e-53
Smith-Waterman score: 853; 43.5% identity (72.1% similar) in 308 aa overlap (96-397:51-345)
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LNRQYNPILSMLTNQTGEAGRLSNISHLNYCEPDLRVTSVVTGFNNLPDRFKDFLLYLRC
: :. :.:. .::.: . :: : .:
CCDS81 LLFLRKAAKPAGDPTAHQPFWAPPTPRHSRCPPNHTVSSASL---SLPSRHRLFLTYRHC
30 40 50 60 70
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RNYSLLIDQPDKCAKKPFLLLAIKSLTPHFARRQAIRESWGQESN-AGNQTVVRVFLLG-
::.:.:.. :. :.: :::::::: : :: ::: .::. .. : .. . :::::
CCDS81 RNFSILLE-PSGCSKDTFLLLAIKSQPGHVERRAAIRSTWGRVGGWARGRQLKLVFLLGV
80 90 100 110 120 130
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 --QTPPEDNHPDLSDMLKFESEKHQDILMWNYRDTFFNLSLKEVLFLRWVSTSCPDTEFV
..:: ...: .::.. .:::.:.. . ::::.:::. . ::: ..::...:.
CCDS81 AGSAPP-------AQLLAYESREFDDILQWDFTEDFFNLTLKELHLQRWVVAACPQAHFM
140 150 160 170 180
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 FKGDDDVFVNTHHILNYLNSLSKTKAKDLFIGDVIHNAGPHRDKKLKYYIPEVVYSGL-Y
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CCDS81 LKGDDDVFVHVPNVLEFLDGWDP--AQDLLVGDVIRQALPNRNTKVKYFIPPSMYRATHY
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 PPYAGGGGFLYSGHLALRLYHITDQVHLYPIDDVYTGMCLQKLGLVPEKHKGFRTFDIEE
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CCDS81 PPYAGGGGYVMSRATVRRLQAIMEDAELFPIDDVFVGMCLRRLGLSPMHHAGFKTFGIRR
250 260 270 280 290 300
370 380 390
pF1KB4 K-NKNNICSYVDLMLVHSRKPQEMIDIWSQLQSAHLKC
. . : : :.::: .: :: .:. . . :::
CCDS81 PLDPLDPCLYRGLLLVHRLSPLEMWTMWALVTDEGLKCAAGPIPQR
310 320 330 340 350
>>CCDS9227.1 B3GNT4 gene_id:79369|Hs108|chr12 (378 aa)
initn: 759 init1: 244 opt: 853 Z-score: 1067.6 bits: 206.3 E(32554): 3.8e-53
Smith-Waterman score: 853; 43.5% identity (72.1% similar) in 308 aa overlap (96-397:76-370)
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LNRQYNPILSMLTNQTGEAGRLSNISHLNYCEPDLRVTSVVTGFNNLPDRFKDFLLYLRC
: :. :.:. .::.: . :: : .:
CCDS92 LLFLRKAAKPAGDPTAHQPFWAPPTPRHSRCPPNHTVSSASL---SLPSRHRLFLTYRHC
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RNYSLLIDQPDKCAKKPFLLLAIKSLTPHFARRQAIRESWGQESN-AGNQTVVRVFLLG-
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CCDS92 RNFSILLE-PSGCSKDTFLLLAIKSQPGHVERRAAIRSTWGRVGGWARGRQLKLVFLLGV
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 --QTPPEDNHPDLSDMLKFESEKHQDILMWNYRDTFFNLSLKEVLFLRWVSTSCPDTEFV
..:: ...: .::.. .:::.:.. . ::::.:::. . ::: ..::...:.
CCDS92 AGSAPP-------AQLLAYESREFDDILQWDFTEDFFNLTLKELHLQRWVVAACPQAHFM
170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 FKGDDDVFVNTHHILNYLNSLSKTKAKDLFIGDVIHNAGPHRDKKLKYYIPEVVYSGL-Y
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CCDS92 LKGDDDVFVHVPNVLEFLDGWDP--AQDLLVGDVIRQALPNRNTKVKYFIPPSMYRATHY
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 PPYAGGGGFLYSGHLALRLYHITDQVHLYPIDDVYTGMCLQKLGLVPEKHKGFRTFDIEE
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CCDS92 PPYAGGGGYVMSRATVRRLQAIMEDAELFPIDDVFVGMCLRRLGLSPMHHAGFKTFGIRR
280 290 300 310 320 330
370 380 390
pF1KB4 K-NKNNICSYVDLMLVHSRKPQEMIDIWSQLQSAHLKC
. . : : :.::: .: :: .:. . . :::
CCDS92 PLDPLDPCLYRGLLLVHRLSPLEMWTMWALVTDEGLKCAAGPIPQR
340 350 360 370
>>CCDS53681.1 B3GNT6 gene_id:192134|Hs108|chr11 (384 aa)
initn: 756 init1: 227 opt: 832 Z-score: 1041.3 bits: 201.5 E(32554): 1.1e-51
Smith-Waterman score: 832; 41.3% identity (70.8% similar) in 298 aa overlap (109-397:82-377)
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 NQTGEAGRLSNISHLNYCEPDLRVTSVVTGFNNLPDRFKDFLLYLRCRNYSLLIDQPDKC
:..:: :..::: : .::.. :: : : ::
CCDS53 TDAPAADEPPSELVPGPPCVANASANATADFEQLPARIQDFLRYRHCRHFPLLWDAPAKC
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 A--KKPFLLLAIKSLTPHFARRQAIRESWGQESNAGNQTVVRVFLLGQTPPEDNH--PDL
: . :::::.:: :. ::. ::..:::: . :.. : :.:::: :::. :
CCDS53 AGGRGVFLLLAVKSAPEHYERRELIRRTWGQERSYGGRPVRRLFLLGTPGPEDEARAERL
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 SDMLKFESEKHQDILMWNYRDTFFNLSLKEVLFLRWVSTSCPDTEFVFKGDDDVFVNTHH
.... .:...: :.:.: . :::.::.::.. .: :... :: ..:...:::::::.: .
CCDS53 AELVALEAREHGDVLQWAFADTFLNLTLKHLHLLDWLAARCPHARFLLSGDDDVFVHTAN
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 ILNYLNSLSKTKAKDLFIGDVIHNAGPHRDKKLKYYIPEVVYSG-LYPPYAGGGGFLYSG
.. .:.. . .. :: :...... : ::. ::..: .. : :: : .::::: ::
CCDS53 VVRFLQA--QPPGRHLFSGQLMEGSVPIRDSWSKYFVPPQLFPGSAYPVYCSGGGFLLSG
240 250 260 270 280
320 330 340 350 360
pF1KB4 HLALRLYHITDQVHLYPIDDVYTGMCLQKLGLVPEKHKGFRTFDIE----EKNKNNICSY
: : . .. :.::::.: ::::.. ::.: :.:.: : .. .... . : :
CCDS53 PTARALRAAARHTPLFPIDDAYMGMCLERAGLAPSGHEGIRPFGVQLPGAQQSSFDPCMY
290 300 310 320 330 340
370 380 390
pF1KB4 VDLMLVHSRKPQEMIDIWSQLQSAHLKC
.:.::: : ::. .:. :.: :.:
CCDS53 RELLLVHRFAPYEMLLMWKALHSPALSCDRGHRVS
350 360 370 380
>>CCDS12364.1 B3GNT3 gene_id:10331|Hs108|chr19 (372 aa)
initn: 739 init1: 372 opt: 799 Z-score: 1000.2 bits: 193.8 E(32554): 2.2e-49
Smith-Waterman score: 799; 41.3% identity (70.0% similar) in 303 aa overlap (103-397:65-365)
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 ILSMLTNQTGEAGRLSNISHLNYCEPDLRVTSVVT--GFNNLPDRFKDFLLYLRCRNYSL
::.:: : . :.. ..:::: .::.. :
CCDS12 KVQEQPPAIPEALAWPTPPTRPAPAPCHANTSMVTHPDFATQPQHVQNFLLYRHCRHFPL
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180
pF1KB4 LID-QPDKCAKKPFLLLAIKSLTPHFARRQAIRESWGQESNAGNQTVVRVFLLGQTPPED
: : :.:::. ::::.::: ...::. .:..::.: .. . . .::.: .
CCDS12 LQDVPPSKCAQPVFLLLVIKSSPSNYVRRELLRRTWGRERKVRGLQLRLLFLVGTASNPH
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 NHPDLSDMLKFESEKHQDILMWNYRDTFFNLSLKEVLFLRWVSTSCPDTEFVFKGDDDVF
. .. .:..:.. : :::.:...:.::::.::.::::.: : : .. ::..::::::
CCDS12 EARKVNRLLELEAQTHGDILQWDFHDSFFNLTLKQVLFLQWQETRCANASFVLNGDDDVF
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 VNTHHILNYLNSLSKTKAKDLFIGDVIHNAGPHRDKKLKYYIPEVVYSGL-YPPYAGGGG
..: ... ::. .. .. ::.:..:.:.:: : :::.:::: .. :::: ::::
CCDS12 AHTDNMVFYLQ--DHDPGRHLFVGQLIQNVGPIRAFWSKYYVPEVVTQNERYPPYCGGGG
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 FLYSGHLALRLYHITDQVHLYPIDDVYTGMCLQKLGLVPEKHKGFRTFDIEEKNKN----
:: : : : . . . ..:::::. ::::. :: : .:.:.:: .. ..
CCDS12 FLLSRFTAAALRRAAHVLDIFPIDDVFLGMCLELEGLKPASHSGIRTSGVRAPSQRLSSF
280 290 300 310 320 330
370 380 390
pF1KB4 NICSYVDLMLVHSRKPQEMIDIWSQLQSAHLKC
. : : ::.::: : ::. .:. :.. .: :
CCDS12 DPCFYRDLLLVHRFLPYEMLLMWDALNQPNLTCGNQTQIY
340 350 360 370
>>CCDS12582.1 B3GNT8 gene_id:374907|Hs108|chr19 (397 aa)
initn: 719 init1: 495 opt: 728 Z-score: 911.0 bits: 177.4 E(32554): 2e-44
Smith-Waterman score: 746; 34.5% identity (65.8% similar) in 351 aa overlap (55-397:69-397)
30 40 50 60 70 80
pF1KB4 MEVSKSSSQEKNGKGEVIIPKEKFWKISTPPEAYWNREQEKLNRQYNPILSMLTNQTGEA
: ::::..: .:. :. .... :.
CCDS12 RGTPPSPTPANPEPTLPANLSTRLGQTIPLPFAYWNQQQWRLG-------SLPSGDSTET
40 50 60 70 80 90
90 100 110 120 130
pF1KB4 GRLSNISHLNYCEP-DLRVTSVVTGFNNLPDRFKDFLLYLRCRNYSLLI-----DQPDKC
: :. ... . : . : .. ::: ::.. . .: ..:
CCDS12 GG---------CQAWGAAAATEIPDFASYPKDLRRFLLSAACRSFPQWLPGGGGSQVSSC
100 110 120 130 140
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 AKK--PFLLLAIKSLTPHFARRQAIRESWGQESNAGNQTVVRVFLLGQTPPEDNHPDLSD
. :.::::.:: .::.:::.::.::. . . . .:::: .: . :::..
CCDS12 SDTDVPYLLLAVKSEPGRFAERQAVRETWGSPAPG----IRLLFLLG-SPVGEAGPDLDS
150 160 170 180 190
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 MLKFESEKHQDILMWNYRDTFFNLSLKEVLFLRWVSTSCPDTEFVFKGDDDVFVNTHHIL
.. .::....:.:.:.. :. :: .::..:.: :.. :: . ::....::.::.: .:
CCDS12 LVAWESRRYSDLLLWDFLDVPFNQTLKDLLLLAWLGRHCPTVSFVLRAQDDAFVHTPALL
200 210 220 230 240 250
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 NYLNSLSKTKAKDLFIGDVIHNAGPHRDKKLKYYIPEVVYSGLYPPYAGGGGFLYSGHLA
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CCDS12 AHLRALPPASARSLYLGEVFTQAMPLRKPGGPFYVPESFFEGGYPAYASGGGYVIAGRLA
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320 330 340 350 360 370
380 390
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CCDS12 PLGPQASIRLWKQLQDPRLQC
380 390
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CCDS45 EGARTHWRALLRAESLAYADILLWAFDDTFFNLTLKEIHFLAWASAFCPDVRFVFKGDAD
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CCDS45 VFVNVGNLLEFLAP--RDPAQDLLAGDVIVHARPIRTRASKYYIPEAVY-GLPAYPAYAG
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CCDS45 GGGFVLSGATLHRLAGACAQVELFPIDDVFLGMCLQRLRLTPEPHPAFRTFGIPQPSAAP
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CCDS45 HLSTFDPCFYRELVVVHGLSAADIWLMWRLLHGPHGPACAHPQPVAAGPFQWDS
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CCDS13 EARRAIRQTWGNESLAPGIQITRIFLLGLSIKLNGY--LQRAILEESRQYHDIIQQEYLD
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CCDS13 TYYNLTIKTLMGMNWVATYCPHIPYVMKTDSDMFVNTEYLINKLLKPDLPPRHNYFTGYL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]