FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3929, 500 aa 1>>>pF1KE3929 500 - 500 aa - 500 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0158+/-0.000425; mu= 20.1090+/- 0.026 mean_var=86.9791+/-16.913, 0's: 0 Z-trim(111.6): 228 B-trim: 227 in 1/50 Lambda= 0.137520 statistics sampled from 19948 (20220) to 19948 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.604), E-opt: 0.2 (0.237), width: 16 Scan time: 9.560 The best scores are: opt bits E(85289) NP_055194 (OMIM: 608164) potassium voltage-gated c ( 500) 3285 662.4 8.4e-190 NP_004761 (OMIM: 607738) potassium voltage-gated c ( 911) 1304 269.6 2.6e-71 XP_006723847 (OMIM: 600397,616056) PREDICTED: pota ( 858) 1276 264.1 1.2e-69 XP_011527101 (OMIM: 600397,616056) PREDICTED: pota ( 858) 1276 264.1 1.2e-69 NP_004966 (OMIM: 600397,616056) potassium voltage- ( 858) 1276 264.1 1.2e-69 NP_002227 (OMIM: 603787) potassium voltage-gated c ( 494) 918 192.8 1.9e-48 NP_036415 (OMIM: 605696) potassium voltage-gated c ( 466) 847 178.7 3.2e-44 XP_011524222 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 847 178.7 3.2e-44 XP_016881194 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 847 178.7 3.2e-44 XP_011524220 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 847 178.7 3.2e-44 XP_016881193 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 509) 847 178.7 3.4e-44 XP_016859548 (OMIM: 603888) PREDICTED: potassium v ( 491) 812 171.8 4.1e-42 NP_001269357 (OMIM: 603888) potassium voltage-gate ( 491) 812 171.8 4.1e-42 XP_011531127 (OMIM: 603888) PREDICTED: potassium v ( 491) 812 171.8 4.1e-42 NP_002243 (OMIM: 603888) potassium voltage-gated c ( 491) 812 171.8 4.1e-42 NP_598004 (OMIM: 607604,610356) potassium voltage- ( 545) 750 159.5 2.2e-38 XP_016869471 (OMIM: 607738) PREDICTED: potassium v ( 666) 741 157.8 8.9e-38 XP_016869470 (OMIM: 607738) PREDICTED: potassium v ( 666) 741 157.8 8.9e-38 NP_002242 (OMIM: 602905) potassium voltage-gated c ( 526) 686 146.8 1.5e-34 NP_001309728 (OMIM: 602905) potassium voltage-gate ( 526) 686 146.8 1.5e-34 XP_016883335 (OMIM: 602905) PREDICTED: potassium v ( 527) 686 146.8 1.5e-34 XP_011542212 (OMIM: 300281) PREDICTED: potassium v ( 647) 672 144.1 1.1e-33 NP_004970 (OMIM: 300281) potassium voltage-gated c ( 647) 672 144.1 1.1e-33 NP_000208 (OMIM: 160120,176260) potassium voltage- ( 495) 661 141.8 4.3e-33 NP_036413 (OMIM: 605410) potassium voltage-gated c ( 630) 659 141.5 6.7e-33 XP_006710694 (OMIM: 605411,607346,616399) PREDICTE ( 510) 647 139.0 3e-32 NP_751948 (OMIM: 605411,607346,616399) potassium v ( 636) 647 139.1 3.5e-32 XP_006710693 (OMIM: 605411,607346,616399) PREDICTE ( 636) 647 139.1 3.5e-32 XP_005270908 (OMIM: 605411,607346,616399) PREDICTE ( 655) 647 139.2 3.6e-32 NP_004971 (OMIM: 605411,607346,616399) potassium v ( 655) 647 139.2 3.6e-32 XP_006710692 (OMIM: 605411,607346,616399) PREDICTE ( 655) 647 139.2 3.6e-32 XP_016856733 (OMIM: 605411,607346,616399) PREDICTE ( 655) 647 139.2 3.6e-32 NP_005540 (OMIM: 602420) potassium voltage-gated c ( 511) 627 135.1 4.8e-31 XP_011539701 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 621 133.9 1.1e-30 XP_011539700 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 621 133.9 1.1e-30 XP_011539702 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 621 133.9 1.1e-30 XP_011539698 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 621 133.9 1.1e-30 XP_016856702 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 621 133.9 1.1e-30 XP_011539699 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 621 133.9 1.1e-30 NP_004965 (OMIM: 176262,616366) potassium voltage- ( 499) 621 133.9 1.1e-30 NP_758847 (OMIM: 606767) potassium voltage-gated c ( 425) 620 133.6 1.1e-30 XP_016884998 (OMIM: 300281) PREDICTED: potassium v ( 558) 620 133.7 1.3e-30 XP_016884997 (OMIM: 300281) PREDICTED: potassium v ( 558) 620 133.7 1.3e-30 NP_002223 (OMIM: 176263) potassium voltage-gated c ( 575) 616 132.9 2.3e-30 NP_579875 (OMIM: 606767) potassium voltage-gated c ( 436) 611 131.8 3.8e-30 NP_002224 (OMIM: 176266) potassium voltage-gated c ( 653) 594 128.6 5.3e-29 NP_002225 (OMIM: 176267,612240) potassium voltage- ( 613) 567 123.3 2.1e-27 NP_114092 (OMIM: 176268) potassium voltage-gated c ( 456) 553 120.3 1.2e-26 XP_016884999 (OMIM: 300281) PREDICTED: potassium v ( 405) 532 116.1 1.9e-25 XP_011514467 (OMIM: 605410) PREDICTED: potassium v ( 380) 513 112.3 2.5e-24 >>NP_055194 (OMIM: 608164) potassium voltage-gated chann (500 aa) initn: 3285 init1: 3285 opt: 3285 Z-score: 3528.6 bits: 662.4 E(85289): 8.4e-190 Smith-Waterman score: 3285; 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NP_004 AVEKAGESANTKDSADDNHLSPSRWKWARKALSETSSNKSFENKYQEVSQKDSHEQLNNT 470 480 490 500 510 520 >>XP_006723847 (OMIM: 600397,616056) PREDICTED: potassiu (858 aa) initn: 1227 init1: 565 opt: 1276 Z-score: 1371.5 bits: 264.1 E(85289): 1.2e-69 Smith-Waterman score: 1276; 45.9% identity (72.9% similar) in 468 aa overlap (43-497:35-481) 20 30 40 50 60 70 pF1KE3 LDSGSLTSLGSSVFCSEGEGEPLALGDCFTVNVGGSRFVLSQQALSCFPHTRLGKLAVVV .:::: . ..:. .:.:::::: XP_006 MTKHGSRSTSSLPPEPMEIVRSKACSRRVRLNVGGLAHEVLWRTLDRLPRTRLGKLRDCN 10 20 30 40 50 60 80 90 100 110 120 130 pF1KE3 ASYRRPGALAAVPSPLELCDDANPVDNEYFFDRSSQAFRYVLHYYRTGRLHVMEQLCALS . : ::.::: . :::::::: :: .:..:::::::.::..:::: XP_006 TH----------DSLLEVCDDYSLDDNEYFFDRHPGAFTSILNFYRTGRLHMMEEMCALS 70 80 90 100 110 140 150 160 170 180 190 pF1KE3 FLQEIQYWGIDELSIDSCCRDRYFRRKE-LSETLDFKKDTEDQESQHESEQDFSQGPCPT : ::..::::::. ..:::. :: ..:: ..: : :...: . ..:.:. :.. : XP_006 FSQELDYWGIDEIYLESCCQARYHQKKEQMNEEL--KREAETLR-EREGEE-FDNTCCAE 120 130 140 150 160 170 200 210 220 230 240 pF1KE3 VRQKLWNILEKPGSSTAARIFGVISIIFVVVSIINMALMS-AELSWLDL--------QLL :.:::..::::.::.::.:...:::.:.:.: : ..: . ::. :: :: XP_006 KRKKLWDLLEKPNSSVAAKILAIISIMFIVLSTIALSLNTLPELQSLDEFGQSTDNPQLA 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 EILEYVCISWFTGEFVLRFLCVRDRCRFLRKVPNIIDLLAILPFYITL-LVESLSGSQTT .. : :::.::: :..:::: . .:.. : ::::::::.:.:. :.:: .... 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XP_006 VVEKNGENMGKKDKVQDNHLSPNKWKWTKRTLSETSSSKSFETKEQGSPEKARSSSSPQH 470 480 490 500 510 520 >>XP_011527101 (OMIM: 600397,616056) PREDICTED: potassiu (858 aa) initn: 1227 init1: 565 opt: 1276 Z-score: 1371.5 bits: 264.1 E(85289): 1.2e-69 Smith-Waterman score: 1276; 45.9% identity (72.9% similar) in 468 aa overlap (43-497:35-481) 20 30 40 50 60 70 pF1KE3 LDSGSLTSLGSSVFCSEGEGEPLALGDCFTVNVGGSRFVLSQQALSCFPHTRLGKLAVVV .:::: . ..:. .:.:::::: XP_011 MTKHGSRSTSSLPPEPMEIVRSKACSRRVRLNVGGLAHEVLWRTLDRLPRTRLGKLRDCN 10 20 30 40 50 60 80 90 100 110 120 130 pF1KE3 ASYRRPGALAAVPSPLELCDDANPVDNEYFFDRSSQAFRYVLHYYRTGRLHVMEQLCALS . : ::.::: . :::::::: :: .:..:::::::.::..:::: XP_011 TH----------DSLLEVCDDYSLDDNEYFFDRHPGAFTSILNFYRTGRLHMMEEMCALS 70 80 90 100 110 140 150 160 170 180 190 pF1KE3 FLQEIQYWGIDELSIDSCCRDRYFRRKE-LSETLDFKKDTEDQESQHESEQDFSQGPCPT : ::..::::::. ..:::. :: ..:: ..: : :...: . ..:.:. :.. : XP_011 FSQELDYWGIDEIYLESCCQARYHQKKEQMNEEL--KREAETLR-EREGEE-FDNTCCAE 120 130 140 150 160 170 200 210 220 230 240 pF1KE3 VRQKLWNILEKPGSSTAARIFGVISIIFVVVSIINMALMS-AELSWLDL--------QLL :.:::..::::.::.::.:...:::.:.:.: : ..: . ::. :: :: XP_011 KRKKLWDLLEKPNSSVAAKILAIISIMFIVLSTIALSLNTLPELQSLDEFGQSTDNPQLA 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 EILEYVCISWFTGEFVLRFLCVRDRCRFLRKVPNIIDLLAILPFYITL-LVESLSGSQTT .. : :::.::: :..:::: . .:.. : ::::::::.:.:. :.:: .... XP_011 HV-EAVCIAWFTMEYLLRFLSSPKKWKFFKGPLNAIDLLAILPYYVTIFLTES---NKSV 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 QELENVGRIVQVLRLLRALRMLKLGRHSTGLRSLGMTITQCYEEVGLLLLFLSVGISIFS ...:: :.::..:..: ::.:::.::::::.:::.:. . :.:.:::.:::..:: ::: XP_011 LQFQNVRRVVQIFRIMRILRILKLARHSTGLQSLGFTLRRSYNELGLLILFLAMGIMIFS 290 300 310 320 330 340 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 TVEYFAEQSIPDTTFTSVPCAWWWATTSMTTVGYGDIRPDTTTGKIVAFMCILSGILVLA .. .:::.. :: : :.: ..:::: .::::::::: : : ::::. .: ..:.::.: XP_011 SLVFFAEKDEDDTKFKSIPASFWWATITMTTVGYGDIYPKTLLGKIVGGLCCIAGVLVIA 350 360 370 380 390 400 430 440 450 460 470 pF1KE3 LPIAIINDRFSACYFTLKLKEAAVRQREALKKLTKNIATDSYISVNLRDVYARSI--MEM ::: :: . :: : : .: :...::::.. .: : .:.:..:..:::: :.. XP_011 LPIPIIVNNFSEFYKEQKRQEKAIKRREALERAKRN---GSIVSMNMKDAFARSIEMMDI 410 420 430 440 450 460 480 490 500 pF1KE3 LRLKGRERASTRSSGGDDFWF . :. : . ... :. XP_011 VVEKNGENMGKKDKVQDNHLSPNKWKWTKRTLSETSSSKSFETKEQGSPEKARSSSSPQH 470 480 490 500 510 520 >>NP_004966 (OMIM: 600397,616056) potassium voltage-gate (858 aa) initn: 1227 init1: 565 opt: 1276 Z-score: 1371.5 bits: 264.1 E(85289): 1.2e-69 Smith-Waterman score: 1276; 45.9% identity (72.9% similar) in 468 aa overlap (43-497:35-481) 20 30 40 50 60 70 pF1KE3 LDSGSLTSLGSSVFCSEGEGEPLALGDCFTVNVGGSRFVLSQQALSCFPHTRLGKLAVVV .:::: . ..:. .:.:::::: NP_004 MTKHGSRSTSSLPPEPMEIVRSKACSRRVRLNVGGLAHEVLWRTLDRLPRTRLGKLRDCN 10 20 30 40 50 60 80 90 100 110 120 130 pF1KE3 ASYRRPGALAAVPSPLELCDDANPVDNEYFFDRSSQAFRYVLHYYRTGRLHVMEQLCALS . : ::.::: . :::::::: :: .:..:::::::.::..:::: NP_004 TH----------DSLLEVCDDYSLDDNEYFFDRHPGAFTSILNFYRTGRLHMMEEMCALS 70 80 90 100 110 140 150 160 170 180 190 pF1KE3 FLQEIQYWGIDELSIDSCCRDRYFRRKE-LSETLDFKKDTEDQESQHESEQDFSQGPCPT : ::..::::::. ..:::. :: ..:: ..: : :...: . ..:.:. :.. : NP_004 FSQELDYWGIDEIYLESCCQARYHQKKEQMNEEL--KREAETLR-EREGEE-FDNTCCAE 120 130 140 150 160 170 200 210 220 230 240 pF1KE3 VRQKLWNILEKPGSSTAARIFGVISIIFVVVSIINMALMS-AELSWLDL--------QLL :.:::..::::.::.::.:...:::.:.:.: : ..: . ::. :: :: NP_004 KRKKLWDLLEKPNSSVAAKILAIISIMFIVLSTIALSLNTLPELQSLDEFGQSTDNPQLA 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 EILEYVCISWFTGEFVLRFLCVRDRCRFLRKVPNIIDLLAILPFYITL-LVESLSGSQTT .. : :::.::: :..:::: . .:.. : ::::::::.:.:. :.:: .... NP_004 HV-EAVCIAWFTMEYLLRFLSSPKKWKFFKGPLNAIDLLAILPYYVTIFLTES---NKSV 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 QELENVGRIVQVLRLLRALRMLKLGRHSTGLRSLGMTITQCYEEVGLLLLFLSVGISIFS ...:: :.::..:..: ::.:::.::::::.:::.:. . :.:.:::.:::..:: ::: NP_004 LQFQNVRRVVQIFRIMRILRILKLARHSTGLQSLGFTLRRSYNELGLLILFLAMGIMIFS 290 300 310 320 330 340 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 TVEYFAEQSIPDTTFTSVPCAWWWATTSMTTVGYGDIRPDTTTGKIVAFMCILSGILVLA .. .:::.. :: : :.: ..:::: .::::::::: : : ::::. .: ..:.::.: NP_004 SLVFFAEKDEDDTKFKSIPASFWWATITMTTVGYGDIYPKTLLGKIVGGLCCIAGVLVIA 350 360 370 380 390 400 430 440 450 460 470 pF1KE3 LPIAIINDRFSACYFTLKLKEAAVRQREALKKLTKNIATDSYISVNLRDVYARSI--MEM ::: :: . :: : : .: :...::::.. .: : .:.:..:..:::: :.. NP_004 LPIPIIVNNFSEFYKEQKRQEKAIKRREALERAKRN---GSIVSMNMKDAFARSIEMMDI 410 420 430 440 450 460 480 490 500 pF1KE3 LRLKGRERASTRSSGGDDFWF . :. : . ... :. NP_004 VVEKNGENMGKKDKVQDNHLSPNKWKWTKRTLSETSSSKSFETKEQGSPEKARSSSSPQH 470 480 490 500 510 520 >>NP_002227 (OMIM: 603787) potassium voltage-gated chann (494 aa) initn: 914 init1: 428 opt: 918 Z-score: 990.6 bits: 192.8 E(85289): 1.9e-48 Smith-Waterman score: 918; 37.7% identity (67.2% similar) in 424 aa overlap (43-457:27-435) 20 30 40 50 60 70 pF1KE3 LDSGSLTSLGSSVFCSEGEGEPLALGDCFTVNVGGSRFVLSQQALSCFPHTRLGKLAVVV ::::: : :: . :: .:.:::..: . NP_002 MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAELINCL 10 20 30 40 50 80 90 100 110 120 130 pF1KE3 ASYRRPGALAAVPSPLELCDDANPVDNEYFFDRSSQAFRYVLHYYRTGRLHVMEQLCALS : :. .. : :::: .: :..:::. .::. :.. : :..:. . .: . 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NP_002 LTNVQQAVQALRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSAL 290 300 310 320 330 340 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 EYFAEQSIPDTTFTSVPCAWWWATTSMTTVGYGDIRPDTTTGKIVAFMCILSGILVLALP : ::: :.: : :.: ..::: .::::::::: : :: ::. : . .: :....::: NP_002 GYTMEQSHPETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALP 350 360 370 380 390 400 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 IAIINDRFSACYFTLKLKEAAVRQREALKKLTKNIATDSYISVNLRDVYARSIMEMLRLK : : . : : .. :.:.... : .:... NP_002 IHPIINNFVRYYNKQRVLETAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEA 410 420 430 440 450 460 490 500 pF1KE3 GRERASTRSSGGDDFWF NP_002 PSCSSRLKLSHSDTFIPLLTEEKHHRTRLQSCK 470 480 490 >>NP_036415 (OMIM: 605696) potassium voltage-gated chann (466 aa) initn: 907 init1: 416 opt: 847 Z-score: 914.8 bits: 178.7 E(85289): 3.2e-44 Smith-Waterman score: 941; 37.7% identity (64.8% similar) in 446 aa overlap (27-460:6-438) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MPSSGRALLDSPLDSGSLTSLGSSVFCSEGEGEPLALGDCFTVNVGGSRFVLSQQALSCF :: : : . . .:::: : :. ::. NP_036 MEPWPCSPGGGGG-TRARHVIINVGGCRVRLAWAALARC 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 PHTRLGKLAVVVASYRRPGALAAVPSPLELCDDANPVDNEYFFDRSSQAFRYVLHYYRTG : .:: .: . : : :..::: . .:.::::: ::: .. :.: NP_036 PLARLERLRAC----RGHDDL------LRVCDDYDVSRDEFFFDRSPCAFRAIVALLRAG 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 RLHVMEQLCALSFLQEIQYWGIDELSIDSCCRDRYFRRKELSETLDFKKDTEDQESQHES .:.... :::.: .:. :::::: .. :: : ::.: :. . . .. .: NP_036 KLRLLRGPCALAFRDELAYWGIDEARLERCCLRRLRRREE--EAAEARAGPTERGAQGSP 90 100 110 120 130 140 190 200 210 220 230 pF1KE3 EQDFS-QGPCPTVRQKLWNILEKPGSSTAARIFGVISIIFVVVSIINMAL-----MSAEL . .. .: :..: .....: :. :...:. .:. ::.:. ... : . :: NP_036 ARALGPRGRLQRGRRRLRDVVDNPHSGLAGKLFACVSVSFVAVTAVGLCLSTMPDIRAEE 150 160 170 180 190 200 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 SWLDL----QLLEILEYVCISWFTGEFVLRFLCVRDRCRFLRKVPNIIDLLAILPFYITL . . : .:: ::..::. ::.:: : ....: ::: ::::.::.::::..: NP_036 ERGECSPKCRSLFVLETVCVAWFSFEFLLRSLQAESKCAFLRAPLNIIDILALLPFYVSL 210 220 230 240 250 260 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 LVESLSGSQTTQELENVGRIVQVLRLLRALRMLKLGRHSTGLRSLGMTITQCYEEVGLLL :. .: :. :: .: ....:: ::.: ...:.::: ::::::.:. .: .: :::: NP_036 LLGLAAGPGGTKLLERAGLVLRLLRALRVLYVMRLARHSLGLRSLGLTMRRCAREFGLLL 270 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 pF1KE3 LFLSVGISIFSTVEYFAEQSI-PDTTFTSVPCAWWWATTSMTTVGYGDIRPDTTTGKIVA ::: :....:. . ..::. . :.::: ..:::. :::::::::. : . :..:: NP_036 LFLCVAMALFAPLVHLAERELGARRDFSSVPASYWWAVISMTTVGYGDMVPRSLPGQVVA 330 340 350 360 370 380 410 420 430 440 450 460 pF1KE3 FMCILSGILVLALPIAIINDRFSACYFTLKLKEA-AVRQREALKKLTKNIATDSYISVNL . ::::::..:.:.. : :: : :: .. :. . ::.. . . :: NP_036 LSSILSGILLMAFPVTSIFHTFSRSYSELKEQQQRAASPEPALQEDSTHSATATEDSSQG 390 400 410 420 430 440 470 480 490 500 pF1KE3 RDVYARSIMEMLRLKGRERASTRSSGGDDFWF NP_036 PDSAGLADDSADALWVRAGR 450 460 >>XP_011524222 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium volta (466 aa) initn: 907 init1: 416 opt: 847 Z-score: 914.8 bits: 178.7 E(85289): 3.2e-44 Smith-Waterman score: 941; 37.7% identity (64.8% similar) in 446 aa overlap (27-460:6-438) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MPSSGRALLDSPLDSGSLTSLGSSVFCSEGEGEPLALGDCFTVNVGGSRFVLSQQALSCF :: : : . . .:::: : :. ::. 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