Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1508
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1508, 142 aa
1>>>pF1KE1508 142 - 142 aa - 142 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3641+/-0.000768; mu= 10.4093+/- 0.046
mean_var=52.1097+/-10.301, 0's: 0 Z-trim(106.1): 16 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.177670
statistics sampled from 8803 (8816) to 8803 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.665), E-opt: 0.2 (0.271), width: 16
Scan time: 1.720
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10397.1 HBZ gene_id:3050|Hs108|chr16 ( 142) 909 240.5 2.6e-64
CCDS10398.1 HBA2 gene_id:3040|Hs108|chr16 ( 142) 563 151.8 1.3e-37
CCDS10399.1 HBA1 gene_id:3039|Hs108|chr16 ( 142) 563 151.8 1.3e-37
CCDS10400.1 HBQ1 gene_id:3049|Hs108|chr16 ( 142) 485 131.9 1.3e-31
CCDS32347.1 HBM gene_id:3042|Hs108|chr16 ( 141) 436 119.3 8e-28
CCDS7755.1 HBG2 gene_id:3048|Hs108|chr11 ( 147) 362 100.3 4.3e-22
CCDS7754.1 HBG1 gene_id:3047|Hs108|chr11 ( 147) 362 100.3 4.3e-22
CCDS7756.1 HBE1 gene_id:3046|Hs108|chr11 ( 147) 357 99.0 1e-21
CCDS31376.1 HBD gene_id:3045|Hs108|chr11 ( 147) 330 92.1 1.3e-19
CCDS7753.1 HBB gene_id:3043|Hs108|chr11 ( 147) 321 89.8 6.2e-19
CCDS13917.1 MB gene_id:4151|Hs108|chr22 ( 154) 230 66.5 6.8e-12
>>CCDS10397.1 HBZ gene_id:3050|Hs108|chr16 (142 aa)
initn: 909 init1: 909 opt: 909 Z-score: 1268.2 bits: 240.5 E(32554): 2.6e-64
Smith-Waterman score: 909; 100.0% identity (100.0% similar) in 142 aa overlap (1-142:1-142)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHFDLHPGSAQLRAHG
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CCDS10 MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHFDLHPGSAQLRAHG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 SKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAARFPADFTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAARFPADFTA
70 80 90 100 110 120
130 140
pF1KE1 EAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
::::::::::::::::::::::
CCDS10 EAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
130 140
>>CCDS10398.1 HBA2 gene_id:3040|Hs108|chr16 (142 aa)
initn: 563 init1: 563 opt: 563 Z-score: 788.9 bits: 151.8 E(32554): 1.3e-37
Smith-Waterman score: 563; 59.9% identity (83.1% similar) in 142 aa overlap (1-142:1-142)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHFDLHPGSAQLRAHG
: :. ...: . . :.:....: :.:.:::.::: : :::::::::: ::::...::
CCDS10 MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 SKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAARFPADFTA
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CCDS10 KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP
70 80 90 100 110 120
130 140
pF1KE1 EAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
.::. ::::. ::.::: :::
CCDS10 AVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
130 140
>>CCDS10399.1 HBA1 gene_id:3039|Hs108|chr16 (142 aa)
initn: 563 init1: 563 opt: 563 Z-score: 788.9 bits: 151.8 E(32554): 1.3e-37
Smith-Waterman score: 563; 59.9% identity (83.1% similar) in 142 aa overlap (1-142:1-142)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHFDLHPGSAQLRAHG
: :. ...: . . :.:....: :.:.:::.::: : :::::::::: ::::...::
CCDS10 MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 SKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAARFPADFTA
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CCDS10 KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP
70 80 90 100 110 120
130 140
pF1KE1 EAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
.::. ::::. ::.::: :::
CCDS10 AVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
130 140
>>CCDS10400.1 HBQ1 gene_id:3049|Hs108|chr16 (142 aa)
initn: 485 init1: 485 opt: 485 Z-score: 680.8 bits: 131.9 E(32554): 1.3e-31
Smith-Waterman score: 485; 52.1% identity (80.3% similar) in 142 aa overlap (1-142:1-142)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHFDLHPGSAQLRAHG
:.:. .:... ..: :..... . ::.::: ::. : ::::: :.:: :::.:.::::
CCDS10 MALSAEDRALVRALWKKLGSNVGVYTTEALERTFLAFPATKTYFSHLDLSPGSSQVRAHG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 SKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAARFPADFTA
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CCDS10 QKVADALSLAVERLDDLPHALSALSHLHACQLRVDPASFQLLGHCLLVTLARHYPGDFSP
70 80 90 100 110 120
130 140
pF1KE1 EAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
.:. ::::: : :.:. .::
CCDS10 ALQASLDKFLSHVISALVSEYR
130 140
>>CCDS32347.1 HBM gene_id:3042|Hs108|chr16 (141 aa)
initn: 436 init1: 436 opt: 436 Z-score: 613.0 bits: 119.3 E(32554): 8e-28
Smith-Waterman score: 436; 47.9% identity (77.9% similar) in 140 aa overlap (3-142:2-141)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHFDLHPGSAQLRAHG
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CCDS32 MLSAQERAQIAQVWDLIAGHEAQFGAELLLRLFTVYPSTKVYFPHLSACQDATQLLSHG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 SKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAARFPADFTA
....:::: ::. .:.. .::: :..::: .:::::.:: :: .:. :.::... .::.
CCDS32 QRMLAAVGAAVQHVDNLRAALSPLADLHALVLRVDPANFPLLIQCFHVVLASHLQDEFTV
60 70 80 90 100 110
130 140
pF1KE1 EAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
. .:::::::. :. :::::::
CCDS32 QMQAAWDKFLTGVAVVLTEKYR
120 130 140
>>CCDS7755.1 HBG2 gene_id:3048|Hs108|chr11 (147 aa)
initn: 324 init1: 272 opt: 362 Z-score: 510.2 bits: 100.3 E(32554): 4.3e-22
Smith-Waterman score: 362; 40.0% identity (76.6% similar) in 145 aa overlap (3-141:4-146)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHF-DLHPGSA----
.:. ... :.:.:.:.... : ::: ::.. .: :. .: : .: .::
CCDS77 MGHFTEEDKATITSLWGKVNVE--DAGGETLGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSASAIMGN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 -QLRAHGSKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAR
...:::.::....:::.: .::. :....::::: :.::: :::::.. :...:: .
CCDS77 PKVKAHGKKVLTSLGDAIKHLDDLKGTFAQLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVTVLAIH
60 70 80 90 100 110
120 130 140
pF1KE1 FPADFTAEAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
: .:: :..:.:.:... :.:.:. .:
CCDS77 FGKEFTPEVQASWQKMVTGVASALSSRYH
120 130 140
>>CCDS7754.1 HBG1 gene_id:3047|Hs108|chr11 (147 aa)
initn: 324 init1: 272 opt: 362 Z-score: 510.2 bits: 100.3 E(32554): 4.3e-22
Smith-Waterman score: 362; 40.0% identity (77.2% similar) in 145 aa overlap (3-141:4-146)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHF-DLHPGSA----
.:. ... :.:.:.:.... : ::: ::.. .: :. .: : .: .::
CCDS77 MGHFTEEDKATITSLWGKVNVE--DAGGETLGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSASAIMGN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 -QLRAHGSKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAR
...:::.::....:::.: .::. :....::::: :.::: :::::.. :...:: .
CCDS77 PKVKAHGKKVLTSLGDATKHLDDLKGTFAQLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVTVLAIH
60 70 80 90 100 110
120 130 140
pF1KE1 FPADFTAEAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
: .:: :..:.:.:....:.:.:. .:
CCDS77 FGKEFTPEVQASWQKMVTAVASALSSRYH
120 130 140
>>CCDS7756.1 HBE1 gene_id:3046|Hs108|chr11 (147 aa)
initn: 287 init1: 287 opt: 357 Z-score: 503.2 bits: 99.0 E(32554): 1e-21
Smith-Waterman score: 357; 40.0% identity (75.9% similar) in 145 aa overlap (3-141:4-146)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHF-DLH-P----GS
.: :.. ..:.:.:.... : :.: ::.. .: :. .: : .: : :.
CCDS77 MVHFTAEEKAAVTSLWSKMNVE--EAGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSPSAILGN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 AQLRAHGSKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAR
...:::.::... :::.:..:.. :..:::::: :.::: :::::.. ... ::..
CCDS77 PKVKAHGKKVLTSFGDAIKNMDNLKPAFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVMVIILATH
60 70 80 90 100 110
120 130 140
pF1KE1 FPADFTAEAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
: .:: :..:::.:..:.:. .:..::
CCDS77 FGKEFTPEVQAAWQKLVSAVAIALAHKYH
120 130 140
>>CCDS31376.1 HBD gene_id:3045|Hs108|chr11 (147 aa)
initn: 239 init1: 239 opt: 330 Z-score: 465.8 bits: 92.1 E(32554): 1.3e-19
Smith-Waterman score: 330; 38.6% identity (73.1% similar) in 145 aa overlap (3-141:4-146)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHF-DLH-P----GS
:: :.: . ..:.:.. .:..: :.: ::.. .: :. .: : :: : :.
CCDS31 MVHLTPEEKTAVNALWGKVN--VDAVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSSPDAVMGN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 AQLRAHGSKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAR
...:::.::..: .:.. .:.. :..:.::::: :.::: ::.::.. :. .::
CCDS31 PKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFSQLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLARN
60 70 80 90 100 110
120 130 140
pF1KE1 FPADFTAEAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
: .:: . .::..: .. :...:..::
CCDS31 FGKEFTPQMQAAYQKVVAGVANALAHKYH
120 130 140
>>CCDS7753.1 HBB gene_id:3043|Hs108|chr11 (147 aa)
initn: 231 init1: 231 opt: 321 Z-score: 453.4 bits: 89.8 E(32554): 6.2e-19
Smith-Waterman score: 321; 37.2% identity (73.1% similar) in 145 aa overlap (3-141:4-146)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHF-DLH-P----GS
:: :.. ....:.:.. .: .: :.: ::.. .: :. .: : :: : :.
CCDS77 MVHLTPEEKSAVTALWGKVN--VDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 AQLRAHGSKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAR
...:::.::..: .:.. .:.. :... ::::: :.::: ::.::.. :. .:: .
CCDS77 PKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHH
60 70 80 90 100 110
120 130 140
pF1KE1 FPADFTAEAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
: .:: ..::..: .. :...:..::
CCDS77 FGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
120 130 140
142 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 22:35:21 2016 done: Sun Nov 6 22:35:22 2016
Total Scan time: 1.720 Total Display time: -0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]