Result of FASTA (omim) for
pFN21AB6668
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6668, 453 aa
1>>>pF1KB6668 453 - 453 aa - 453 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8658+/-0.000329; mu= 16.2027+/- 0.021
mean_var=93.9358+/-18.982, 0's: 0 Z-trim(117.2): 29 B-trim: 77 in 1/49
Lambda= 0.132330
statistics sampled from 28935 (28964) to 28935 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.34), width: 16
Scan time: 8.440
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005251811 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3060) 441 94.9 3.2e-18
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NP_001294977 (OMIM: 610691) protein prune homolog (3063) 441 94.9 3.2e-18
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XP_016869841 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3071) 441 94.9 3.2e-18
XP_011516630 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3072) 441 94.9 3.2e-18
XP_016869840 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3072) 441 94.9 3.2e-18
XP_016869839 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3074) 441 94.9 3.2e-18
XP_016869838 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3075) 441 94.9 3.2e-18
XP_005251808 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3075) 441 94.9 3.2e-18
XP_016869837 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3076) 441 94.9 3.2e-18
XP_016869836 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3078) 441 94.9 3.2e-18
XP_011516629 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3079) 441 94.9 3.2e-18
XP_011516628 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3085) 441 94.9 3.2e-18
XP_016869835 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3087) 441 94.9 3.2e-18
NP_056040 (OMIM: 610691) protein prune homolog 2 i (3088) 441 94.9 3.2e-18
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XP_011516625 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3089) 441 94.9 3.2e-18
XP_005251805 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3090) 441 94.9 3.2e-18
XP_005251803 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3091) 441 94.9 3.2e-18
XP_016869834 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3091) 441 94.9 3.2e-18
XP_005251802 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3092) 441 94.9 3.2e-18
XP_006717049 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3100) 441 94.9 3.2e-18
XP_006717048 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3101) 441 94.9 3.2e-18
XP_006717047 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3101) 441 94.9 3.2e-18
XP_006717046 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3103) 441 94.9 3.2e-18
XP_006717045 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3104) 441 94.9 3.2e-18
>>XP_005251811 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein prune h (3060 aa)
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Smith-Waterman score: 734; 33.3% identity (66.5% similar) in 409 aa overlap (1-406:1-397)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MEDYLQGCRAALQESRPL---HVVLGNEACDLDSTVSALALAFYLAKTTEAEEVFVPVLN
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pF1KB6 QKTIYRQGVKVAISAIYMDLEAFLQRSNLLADLHAFCQAHSYDVLVAMTIFFNTHNEPVR
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... : : : :. . :...:.... ..: : :
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10 20 30 40 50
pF1KB6 MEDYLQGCRAALQESRPL---HVVLGNEACDLDSTVSALALAFYLAKTTEAEEVFVPVLN
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>>NP_001294977 (OMIM: 610691) protein prune homolog 2 is (3063 aa)
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Smith-Waterman score: 734; 33.3% identity (66.5% similar) in 409 aa overlap (1-406:1-397)
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pF1KB6 MEDYLQGCRAALQESRPL---HVVLGNEACDLDSTVSALALAFYLAKTTEAEEVFVPVLN
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pF1KB6 QKTIYRQGVKVAISAIYMDLEAFLQRSNLLADLHAFCQAHSYDVLVAMTIFFNTHNEPVR
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>>XP_016869842 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein prune h (3068 aa)
initn: 718 init1: 325 opt: 441 Z-score: 448.1 bits: 94.9 E(85289): 3.2e-18
Smith-Waterman score: 734; 33.3% identity (66.5% similar) in 409 aa overlap (1-406:1-397)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MEDYLQGCRAALQESRPL---HVVLGNEACDLDSTVSALALAFYLAKTTEAEEVFVPVLN
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XP_016 FKWMTMESE--KISEKQEEILSILEEKFPNLPPREDIINVLQETQFSAQGLSIEQTMLKD
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pF1KB6 LDCVNMDLKIGKATPKDSKYVEKLEALFPDLPKRNDIFDSLQKAKFDVSGLTTEQMLRKD
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XP_016 FKWMTMESE--KISEKQEEILSILEEKFPNLPPREDIINVLQETQFSAQGLSIEQTMLKD
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